BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043C11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 136,561,915 - 136,715,338
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1100001H23Rik, LOC100043894, Gucy2c
Upstream geneGrin2b, EG668137, LOC545887, E330021D16Rik, EG627022, LOC100043893, Atf7ip
Downstream geneHist4h4, H2afj, Wbp11, BC049715, C030030A07Rik, Art4, Mgp, Erp27, Arhgdib, Pde6h, Rerg, Ptpro, Eps8, Strap, Dera
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043C11.bB6Ng01-043C11.g
ACCDH869306DH869307
length630969
definitionDH869306|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043C11, 5' end.DH869307|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043C11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,561,915 - 136,562,544)(136,714,372 - 136,715,338)
sequence
gaattcagtttttgtgtctgtatctgtgctaacaaggctgtgtgcacata
agcataccatggtgtgcttgtggaggtcagaagaaaagctgtgcaagtca
gttctctccttctactgtgtgggtctagagggtcaaactcaggtcagtag
gcttgacaaaaagtgccctcatctgctgagccaccctaccagcctttcag
aaatctctctgaggctttataaaggaagcaacggctctatttgttgagcc
atatgtgtacagcattagtagtatccgatattgacttcagtaatttctta
taattctctctcgtacagagatggcggacttacacaattcttatttcaca
gggaagagaaggggttttgcagagtgactcaacaaatgtgctacgtactg
ttgtatcgcatgatatatttcatggaggccatgtccgtcacgttcccttg
gtcacgcctgaagattttggcacgtggagctaagtcataagagtagtcca
agcccagcttgtgaaccagcagagggtagccactccagttgtagattgtt
ttgtggaaagggatattataggaagcccagtatcctgatgtggaatggaa
gagaaaggtagggttggacagagggagatg
gaattcttggtagtcttaatgattccccatggtaagtcctctaaagacaa
atacattggatcctgtttctagaggatacaaatgaaagctagaagtcagt
gtttctgcactactgtggaagatatagcactggagaatgtgtgttctgct
aaccaagcagcagttagaaagtatgtctctcacattttctcacatagagg
gaaagagggacaggagggagcaggtaagaagcataagtctgtgcctgcaa
ggtagctcggggtgcagagggacttgctgcccaagcctgatgacttgact
ttagtccctgggactcacatggtagaagaagagaacccattcctgccagt
tgtcatcagattgccacacacgtgcagtgtgacacacatacatgtatgtt
cacacatgcacacatactacaacataaatagatgaaacatcattttaaaa
tatcataagctcccgaatcaccagtaaaagtggtggaggtgactcgggaa
gctagttggttctaccaacagagccttagaggcttaagatagggtgtcac
caggcacgcacatctgggaacccatggcaaccaaccccaggagctcaccc
tagatacttggttggaaactggaatatacaaaacacacaattcctacagg
gacaggcatcattttaccagctctgaagtttaacactatatagtttcagg
ggcttctgggttatagttcaggctagaacctttcttgctccctatagcag
tagggagacagtagaaggaaccccttaaatgtctacaacttgtacacaca
caaagaattccctaacacccaccccataccctgcctagactaaatagcca
caatacaaagcaaaggcaccgtggtgggtttctgtctattaacagaggac
ctaggtgttagataagactccagcatagaatggatagatggatggatgga
tagatagaatagatgatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_136561915_136562544
seq2: B6Ng01-043C11.b_46_675

seq1  GAATTCAGTTTTTGTGTCTGTATCTGTGCTAACAAGGCTGTGTGCACATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTTTTGTGTCTGTATCTGTGCTAACAAGGCTGTGTGCACATA  50

seq1  AGCATACCATGGTGTGCTTGTGGAGGTCAGAAGAAAAGCTGTGCAAGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATACCATGGTGTGCTTGTGGAGGTCAGAAGAAAAGCTGTGCAAGTCA  100

seq1  GTTCTCTCCTTCTACTGTGTGGGTCTAGAGGGTCAAACTCAGGTCAGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCTCCTTCTACTGTGTGGGTCTAGAGGGTCAAACTCAGGTCAGTAG  150

seq1  GCTTGACAAAAAGTGCCCTCATCTGCTGAGCCACCCTACCAGCCTTTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGACAAAAAGTGCCCTCATCTGCTGAGCCACCCTACCAGCCTTTCAG  200

seq1  AAATCTCTCTGAGGCTTTATAAAGGAAGCAACGGCTCTATTTGTTGAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCTCTGAGGCTTTATAAAGGAAGCAACGGCTCTATTTGTTGAGCC  250

seq1  ATATGTGTACAGCATTAGTAGTATCCGATATTGACTTCAGTAATTTCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGTACAGCATTAGTAGTATCCGATATTGACTTCAGTAATTTCTTA  300

seq1  TAATTCTCTCTCGTACAGAGATGGCGGACTTACACAATTCTTATTTCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTCTCTCGTACAGAGATGGCGGACTTACACAATTCTTATTTCACA  350

seq1  GGGAAGAGAAGGGGTTTTGCAGAGTGACTCAACAAATGTGCTACGTACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGAGAAGGGGTTTTGCAGAGTGACTCAACAAATGTGCTACGTACTG  400

seq1  TTGTATCGCATGATATATTTCATGGAGGCCATGTCCGTCACGTTCCCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATCGCATGATATATTTCATGGAGGCCATGTCCGTCACGTTCCCTTG  450

seq1  GTCACGCCTGAAGATTTTGGCACGTGGAGCTAAGTCATAAGAGTAGTCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACGCCTGAAGATTTTGGCACGTGGAGCTAAGTCATAAGAGTAGTCCA  500

seq1  AGCCCAGCTTGTGAACCAGCAGAGGGTAGCCACTCCAGTTGTAGATTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGCTTGTGAACCAGCAGAGGGTAGCCACTCCAGTTGTAGATTGTT  550

seq1  TTGTGGAAAGGGATATTATAGGAAGCCCAGTATCCTGATGTGGAATGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGAAAGGGATATTATAGGAAGCCCAGTATCCTGATGTGGAATGGAA  600

seq1  GAGAAAGGTAGGGTTGGACAGAGGGAGATG  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGGTAGGGTTGGACAGAGGGAGATG  630

seq1: chr6_136714372_136715338
seq2: B6Ng01-043C11.g_68_1036 (reverse)

seq1  CTATCTATCTA-TCTATCTATCCATCCATCCATCTATCCACTTCTATGCT  49
      ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTATC-ATCTATTCTATCTATCCATCCATCCATCTATCCA-TTCTATGCT  48

seq1  GGAGTCTTTATCTAACACCTAGGTCCTCTGTTAATAGACAG-AACCCACC  98
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGAGTC-TTATCTAACACCTAGGTCCTCTGTTAATAGACAGAAACCCACC  97

seq1  ACGGTGCCTTTGCTTTGTATTGTGGCTATTTAGTCTAGGCAGGGTATGGG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTGCCTTTGCTTTGTATTGTGGCTATTTAGTCTAGGCAGGGTATGGG  147

seq1  GTGGGTGTTAGGG-ATTCTTTGTGTGTGTACAAGTTGTAGACATTTAAGG  197
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTGTTAGGGAATTCTTTGTGTGTGTACAAGTTGTAGACATTTAAGG  197

seq1  GGTTCCTTCTACTGTCTCCCTACTGCTATAGGGAGCAAG-AAGGTTCTAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGTTCCTTCTACTGTCTCCCTACTGCTATAGGGAGCAAGAAAGGTTCTAG  247

seq1  CCTGAACTATAACCCAGAAGCCCCTGAAACTATATAGTGTTAAACTTCAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAACTATAACCCAGAAGCCCCTGAAACTATATAGTGTTAAACTTCAG  297

seq1  AGCTGGTAAAATGATGCCTGTCCCTGTAGGAATTGTGTG-TTTGTATATT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGCTGGTAAAATGATGCCTGTCCCTGTAGGAATTGTGTGTTTTGTATATT  347

seq1  CCAGTTTCCAACCAAGTATCTAGGGTGAGCTCCTGGGGTTGGTTGCCATG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTTCCAACCAAGTATCTAGGGTGAGCTCCTGGGGTTGGTTGCCATG  397

seq1  GGTTCCCAGATGTGCGTGCCTGGTGACACCCTATCTTAAGCCTCTAAGGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCCAGATGTGCGTGCCTGGTGACACCCTATCTTAAGCCTCTAAGGC  447

seq1  TCTGTTGGTAGAACCAACTAGCTTCCCGAGTCACCTCCACCACTTTTACT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGGTAGAACCAACTAGCTTCCCGAGTCACCTCCACCACTTTTACT  497

seq1  GGTGATTCGGGAGCTTATGATATTTTAAAATGATGTTTCATCTATTTATG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATTCGGGAGCTTATGATATTTTAAAATGATGTTTCATCTATTTATG  547

seq1  TTGTAGTATGTGTGCATGTGTGAACATACATGTATGTGTGTCACACTGCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGTATGTGTGCATGTGTGAACATACATGTATGTGTGTCACACTGCA  597

seq1  CGTGTGTGGCAATCTGATGACAACTGGCAGGAATGGGTTCTCTTCTTCTA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGTGGCAATCTGATGACAACTGGCAGGAATGGGTTCTCTTCTTCTA  647

seq1  CCATGTGAGTCCCAGGGACTAAAGTCAAGTCATCAGGCTTGGGCAGCAAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGAGTCCCAGGGACTAAAGTCAAGTCATCAGGCTTGGGCAGCAAG  697

seq1  TCCCTCTGCACCCCGAGCTACCTTGCAGGCACAGACTTATGCTTCTTACC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTGCACCCCGAGCTACCTTGCAGGCACAGACTTATGCTTCTTACC  747

seq1  TGCTCCCTCCTGTCCCTCTTTCCCTCTATGTGAGAAAATGTGAGAGACAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCCTCCTGTCCCTCTTTCCCTCTATGTGAGAAAATGTGAGAGACAT  797

seq1  ACTTTCTAACTGCTGCTTGGTTAGCAGAACACACATTCTCCAGTGCTATA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTAACTGCTGCTTGGTTAGCAGAACACACATTCTCCAGTGCTATA  847

seq1  TCTTCCACAGTAGTGCAGAAACACTGACTTCTAGCTTTCATTTGTATCCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCACAGTAGTGCAGAAACACTGACTTCTAGCTTTCATTTGTATCCT  897

seq1  CTAGAAACAGGATCCAATGTATTTGTCTTTAGAGGACTTACCATGGGGAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAACAGGATCCAATGTATTTGTCTTTAGAGGACTTACCATGGGGAA  947

seq1  TCATTAAGACTACCAAGAATTC  967
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAAGACTACCAAGAATTC  969