BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044B23
Chromosome6 (Build37)
Map Location 89,033,883 - 89,187,802
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4933427D06Rik, Gm1965, LOC100043153, LOC100043159, EG624483, EG624491, LOC665547, EG624537, Gm839
Upstream geneRpn1, Gata2, Dnajb8, Eefsec, Ruvbl1, Sec61a1, 4933428M03Rik, Mgll, Abtb1, Podxl2, LOC100043146, Mcm2, Gpr175
Downstream gene4930512J16Rik, Plxna1, Chchd6, Txnrd3, V1r-ps1, V1rb7, V1rb9, V1r-ps2, V1r-ps3, V1ra6, V1ra5, V1rb4, V1r-ps4, V1ra2, V1rb8, V1ra4, V1ra3, V1rb2, V1rb1, V1ra1, LOC625050, V1ra7, V1ra8, V1rb3, LOC100043191
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044B23.bB6Ng01-044B23.g
ACCDH869972DH869973
length1,1351,017
definitionDH869972|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044B23, 5' end.DH869973|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044B23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,033,883 - 89,035,013)(89,186,789 - 89,187,802)
sequence
gaattctacatgcaaaaaagtccccatggaagccaaaagggagcgttagc
gtcccctctggagctggggtcaccgctggctgtgagccacctgatacatg
ttttggaaatcaaacccagggcctcaggaagatcagtaagtactcgttac
tacagaacctctctccagctcccatttccccttgtcttggtttggttttt
ttggtttctgtgattaaacactaccaaagccagtctggggaggaaagagt
ttatttggcttatctgtccttactgtcaatggcttgctcagactgctttc
ttataaagcccaggtcctcctgctcagggatggtacctcccacagtgggc
tgggccctcccacatcaattacacatcaagaaaatgccccacccacatac
ccacaggacaaattaggttccttcctccaggtaactccagtttgtgtcaa
gttgacaggaactaacctgcatgctcctactgtgaaatattattaaaaag
taaaaagaaatcaagagctacatgttatgggactcaggaagatggtgagt
ttagggccagcctgggctacacagcgagaccttgttcctaaataaacaaa
taactacaattaccgcataactcactaacaccaaaattaatctttaaaac
cacttgtttattatttttattgtatgtgtattggtgttttgcctacaagt
atgtctgtatgtcatgtacatgcagtacctggggaggccatgagggggct
tggattctctactgattgtgagccaccacatggttgctgggaatcaaacc
caggtcctctggaagagaagccaatgctcttaaccactgagccatctccc
tagcccctcaaaaattattgtaaatgctgaaatgaaagtgaaagaagtta
atctgagaaggcatgagccaggtgattccagccatgtgacgtgcatatag
ggagacgaatagagaatcttcttagggccatgatagtattccatctggca
catcagcagtggacactacaataccaggaagaatatcagtgtaaagcacg
agctttgcttagttacaatggtgtgcagttttttggcactcattcagcaa
aggttcttaatgcttcaatgttatggataacaggg
gaattcaaattttccgtgaactgtgggaaaatccctggccctctccgagg
agcaagcaaggtgcgacttgtcaatgggctaacaagtgcaaacacattca
ctttagaatttttaaagtacccccatgtgggtaacagaggctgcaaattg
gtaggtattggggatgggtcagaatacctccccaagagagggtggatgtc
atcgttctttcgaggacactagaaggggtaatttgcagggctggggagtc
agtggcagctcaggtgaagagcactgagagacctcatcttcacataagct
atagctgctcctagccctgtttccatggttactgcctagggatgagatca
acctccacaggcaggaacaccaggcactctgccaaggagactctagcgtg
tggccagcatggctggccacagggcaagatgaagcctgctgatatctccc
ttagacagcaaagatggggccacagaatataggtggccatcacagagctg
agccagagaagcatgaaaccagggtctcttgtctagccaggaccatgtga
cacgtcagtgttgacaaagcagacttggaaggaacgtcaggtagttagga
atgaccacacccaggactgcccatgttgggtcctcacctcggagctgact
gtcccgcatcacagagtccttttggagtcccagctgcttgtcagccatgc
agcccaaggagtggcagctgtggtccagagaggacatgacacattcctga
agtcctggcccctcaacgccaaagcacagagcctggatcccattagcatg
ggaccccatttggccacactgatgtcaccccaggacgatgcacgaagaga
gagggtcttgggctacaagaagcagggcagctagggcatgagaatcaaag
agggaaatgtgtgctttctgcttttctgtaggagatgacggagattgaaa
ttctgtaggccgcttgctggagatgtttgcaggaggggacaggttctttc
aaaatcctaatttagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_89033883_89035013
seq2: B6Ng01-044B23.b_42_1176

seq1  GAATTCTACATGCAAAAAAGTCCCCATGGAAGCCAAAAGGGAGCGTTAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACATGCAAAAAAGTCCCCATGGAAGCCAAAAGGGAGCGTTAGC  50

seq1  GTCCCCTCTGGAGCTGGGGTCACCGCTGGCTGTGAGCCACCTGATACATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCTCTGGAGCTGGGGTCACCGCTGGCTGTGAGCCACCTGATACATG  100

seq1  TTTTGGAAATCAAACCCAGGGCCTCAGGAAGATCAGTAAGTACTCGTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAAATCAAACCCAGGGCCTCAGGAAGATCAGTAAGTACTCGTTAC  150

seq1  TACAGAACCTCTCTCCAGCTCCCATTTCCCCTTGTCTTGGTTTGGTTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAACCTCTCTCCAGCTCCCATTTCCCCTTGTCTTGGTTTGGTTTTT  200

seq1  TTGGTTTCTGTGATTAAACACTACCAAAGCCAGTCTGGGGAGGAAAGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTCTGTGATTAAACACTACCAAAGCCAGTCTGGGGAGGAAAGAGT  250

seq1  TTATTTGGCTTATCTGTCCTTACTGTCAATGGCTTGCTCAGACTGCTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGGCTTATCTGTCCTTACTGTCAATGGCTTGCTCAGACTGCTTTC  300

seq1  TTATAAAGCCCAGGTCCTCCTGCTCAGGGATGGTACCTCCCACAGTGGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAAGCCCAGGTCCTCCTGCTCAGGGATGGTACCTCCCACAGTGGGC  350

seq1  TGGGCCCTCCCACATCAATTACACATCAAGAAAATGCCCCACCCACATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCCTCCCACATCAATTACACATCAAGAAAATGCCCCACCCACATAC  400

seq1  CCACAGGACAAATTAGGTTCCTTCCTCCAGGTAACTCCAGTTTGTGTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGACAAATTAGGTTCCTTCCTCCAGGTAACTCCAGTTTGTGTCAA  450

seq1  GTTGACAGGAACTAACCTGCATGCTCCTACTGTGAAATATTATTAAAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACAGGAACTAACCTGCATGCTCCTACTGTGAAATATTATTAAAAAG  500

seq1  TAAAAAGAAATCAAGAGCTACATGTTATGGGACTCAGGAAGATGGTGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGAAATCAAGAGCTACATGTTATGGGACTCAGGAAGATGGTGAGT  550

seq1  TTAGGGCCAGCCTGGGCTACACAGCGAGACCTTGTTCCTAAATAAACAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGCCAGCCTGGGCTACACAGCGAGACCTTGTTCCTAAATAAACAAA  600

seq1  TAACTACAATTACCGCATAACTCACTAACACCAAAATTAATCTTTAAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTACAATTACCGCATAACTCACTAACACCAAAATTAATCTTTAAAAC  650

seq1  CACTTGTTTATTATTTTTATTGTATGTGTATTGGTGTTTTGCCTACAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGTTTATTATTTTTATTGTATGTGTATTGGTGTTTTGCCTACAAGT  700

seq1  ATGTCTGTATGTCATGTACATGCAGTACCTGGGGAGGCCATGAGGGGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGTATGTCATGTACATGCAGTACCTGGGGAGGCCATGAGGGGGCT  750

seq1  TGGATTCTCTACTGATTGTGAGCCACCACATGGTTGCTGGGAATCAAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTCTCTACTGATTGTGAGCCACCACATGGTTGCTGGGAATCAAACC  800

seq1  CAGGTCCTCTGGAAGAGAAGCCAATGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCCTCTGGAAGAGAAGCCAATGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCCC  850

seq1  TAGCCCCTCAAAAATTATTGTAAATGCTGAAATGAAAGTGAAAGAAGTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCCTCAAAAATTATTGTAAATGCTGAAATGAAAGTGAAAGAAGTTA  900

seq1  ATCTGAGAAGGCATGAGCCAGGTGATTCCAGCCATGTGACGTGCATATAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGAAGGCATGAGCCAGGTGATTCCAGCCATGTGACGTGCATATAG  950

seq1  GGAGACGAATAGAGAAGCTCCTTAGGGCCATGATAGTATTCCATCTGGCA  1000
      |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACGAATAGAGAATCTTCTTAGGGCCATGATAGTATTCCATCTGGCA  1000

seq1  CATCAGCAGTGGACACTACAATACCAGG-AGAATATCAGTGTAAAGCACG  1049
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGCAGTGGACACTACAATACCAGGAAGAATATCAGTGTAAAGCACG  1050

seq1  AGCTTTGCTTAGTTACAAT-GTGTGCAGTTTTAT-GCACTCATTCAGCAA  1097
      ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||
seq2  AGCTTTGCTTAGTTACAATGGTGTGCAGTTTTTTGGCACTCATTCAGCAA  1100

seq1  AGGTCCATAATGCTACAATG-TATGGATAACAGGG  1131
      |||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  AGGTTCTTAATGCTTCAATGTTATGGATAACAGGG  1135

seq1: chr6_89186789_89187802
seq2: B6Ng01-044B23.g_66_1082 (reverse)

seq1  CTCTAAACTAGGATTTAG-AAGAACCTTGTCCCCTCCTGCAAACATCT-C  48
      ||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  CTCTAAATTAGGATTTTGAAAGAACC-TGTCCCCTCCTGCAAACATCTCC  49

seq1  AGCAAGCGGCCATCAGACTTCAATTCTCCGTCATCTCCTACAGAAAAGCA  98
      |||||||||||  |||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCGGCCTACAGAATTTCAATCTCCGTCATCTCCTACAGAAAAGCA  99

seq1  GAAAGCACACATTTCCCTCTTTGATTCTCATGCCCTAGCTGCCCTGCTTC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCACACATTTCCCTCTTTGATTCTCATGCCCTAGCTGCCCTGCTTC  149

seq1  TTGTAGCCCCAGAACCCTCTCTCTTCGTGCATCGTCCTGGGGTGACATCA  198
      ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGCCCAAG-ACCCTCTCTCTTCGTGCATCGTCCTGGGGTGACATCA  198

seq1  GTGTGGCC-AATGGGGT-CCATGCTAATGGGATCCAGGCTCTGTGCTTTG  246
      |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCCAAATGGGGTCCCATGCTAATGGGATCCAGGCTCTGTGCTTTG  248

seq1  GCGTTGAGGGGCCAGGACTTCAGGAATGTGTCATGTCCTCTCTGGACCAC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTTGAGGGGCCAGGACTTCAGGAATGTGTCATGTCCTCTCTGGACCAC  298

seq1  AGCTGCCACTCCTTGGGCTGCATGGCTGACAAGCAGCTGGGACTCC-AAA  345
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGCTGCCACTCCTTGGGCTGCATGGCTGACAAGCAGCTGGGACTCCAAAA  348

seq1  GGACTCTGTGATGCGGGACAGTCAGCTCCGAGGTGAGGACCCAACATGGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCTGTGATGCGGGACAGTCAGCTCCGAGGTGAGGACCCAACATGGG  398

seq1  CAGTCCTGGGTGTGGTCATTCCTAACTACCTGACGTTCCTTCCAAGTCTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTGGGTGTGGTCATTCCTAACTACCTGACGTTCCTTCCAAGTCTG  448

seq1  CTTTGTCAACACTGACGTGTCACATGGTCCTGGCTAGACAAGAGACCCTG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCAACACTGACGTGTCACATGGTCCTGGCTAGACAAGAGACCCTG  498

seq1  GTTTCATGCTTCTCTGGCTCAGCTCTGTGATGGCCACCTATATTCTGTGG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATGCTTCTCTGGCTCAGCTCTGTGATGGCCACCTATATTCTGTGG  548

seq1  CCCCATCTTTGCTGTCTAAGGGAGATATCAGCAGGCTTCATCTTGCCCTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATCTTTGCTGTCTAAGGGAGATATCAGCAGGCTTCATCTTGCCCTG  598

seq1  TGGCCAGCCATGCTGGCCACACGCTAGAGTCTCCTTGGCAGAGTGCCTGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAGCCATGCTGGCCACACGCTAGAGTCTCCTTGGCAGAGTGCCTGG  648

seq1  TGTTCCTGCCTGTGGAGGTTGATCTCATCCCTAGGCAGTAACCATGGAAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTGCCTGTGGAGGTTGATCTCATCCCTAGGCAGTAACCATGGAAA  698

seq1  CAGGGCTAGGAGCAGCTATAGCTTATGTGAAGATGAGGTCTCTCAGTGCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCTAGGAGCAGCTATAGCTTATGTGAAGATGAGGTCTCTCAGTGCT  748

seq1  CTTCACCTGAGCTGCCACTGACTCCCCAGCCCTGCAAATTACCCCTTCTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACCTGAGCTGCCACTGACTCCCCAGCCCTGCAAATTACCCCTTCTA  798

seq1  GTGTCCTCGAAAGAACGATGACATCCACCCTCTCTTGGGGAGGTATTCTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCTCGAAAGAACGATGACATCCACCCTCTCTTGGGGAGGTATTCTG  848

seq1  ACCCATCCCCAATACCTACCAATTTGCAGCCTCTGTTACCCACATGGGGG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATCCCCAATACCTACCAATTTGCAGCCTCTGTTACCCACATGGGGG  898

seq1  TACTTTAAAAATTCTAAAGTGAATGTGTTTGCACTTGTTAGCCCATTGAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTAAAAATTCTAAAGTGAATGTGTTTGCACTTGTTAGCCCATTGAC  948

seq1  AAGTCGCACCTTGCTTGCTCCTCGGAGAGGGCCAGGGATTTTCCCACAGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCGCACCTTGCTTGCTCCTCGGAGAGGGCCAGGGATTTTCCCACAGT  998

seq1  TCACGGAAAATTTGAATTC  1014
      |||||||||||||||||||
seq2  TCACGGAAAATTTGAATTC  1017