BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-049H21
Chromosome6 (Build37)
Map Location 18,487,499 - 18,676,659
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMet, Capza2, St7, Wnt2, Asz1, LOC386426, LOC636450, LOC100040751, Cftr, Cttnbp2
Downstream geneEG545829, Lsm8, Ankrd7, LOC626180, Eif3s6-ps4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-049H21.bB6Ng01-049H21.g
ACCDH873737DH873738
length1,048615
definitionDH873737|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049H21, 5' end.DH873738|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049H21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,675,595 - 18,676,659)(18,487,499 - 18,488,113)
sequence
gaattcttctatcttggtgtccctattatgatcctggcaactgataacaa
ttccaaccaactatttgtatgcaatgatattaagcatgggtttgcacaac
ttgcctaaagatttaaagataatttaaatctcaatatagtatgtactatt
taaaggtgtatttctccctcagacataattctcatttatatattaatcca
taaaataattttatcattgtataatagagaaacccaagattcaatcacta
aaagtgacatagagtatggcttatcaacatacttttcaaccttccttctc
cattcatatcttctgtcctgtgttcaagtcctattctcttctcatttcta
atatgcttcagctccacatagtccctaggctatctcccaaatctcttcac
ttttatcccttcactcccacaactccccaaataactcttgctctgtatct
ttgtttggtgtgtgtgtgcacatgcacatgcgttgcatacctgtgtgcta
atatagattcacacgtgctataacacaagtatgaaagtcagagttcttgt
gttggtacttactaccaccatgttagacaggcgctcttgataacccacac
cacttcatagtgtatagcagtctggctggccctccagctttcaggatatc
tcctgtctctgcctcccatttggctttatgagtactatggttataagacc
atgctactgtcccatcctgcctagctttatgtggcttctgtgcttttgaa
tttgcctccctaagcttatatacccactgaggcccctagaccctaaaatt
ccttttaatttaaagtatacttctgtgtgctttaccactatttaagacac
ttaaagattctgctgtgtgtgtgatggtttacaaatgcctctcatttcat
cctaacattgctgtggctttaatcccactgtatcctcataatcctcagta
cagtcacaacaactaacaagaaattgccaagaactcatgggttgaatgct
ggaattctgcagttacagttttctctcagcaggaaactgtgccttctt
gaattccatccattctatacgctggttgactctttacttgcttaagtatt
tcttttgccatgcagaaaatgttaacttcatgaaatcaacttctcagttt
taaacattatttcctacgcaactggaggccacttcagaagcttcttgcct
acgggctagtgatacggctccaaaggtaaagatgcttgtagccaaacctg
gtgacctagtgatatggctccaaaggtaaagatgcatgtagccaaacctg
gtgacctagtgatacggctccaaagataaagatgcatgtagccaaacctg
gtgacctgagtttgatccccagaatctaagtagacagagagaacccctcc
aggttcccttacagctgcacctcaacatccttacacattttatggcatag
gtgcgcatgtgcacacatggagtaaataaataaaggttttaaaaagtaag
tctttgtctgtgcgaatgtctgtttttcttcctttcctttttctcccaac
agttgcagactgctgagtctaataatatatatattattagatattatatt
atatataatattatatatataatggattatatatataatgctatatatat
ataaataacccattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_18675595_18676659
seq2: B6Ng01-049H21.b_44_1091 (reverse)

seq1  AAGAAGGCACAGGTTTCCTGGCTGAGAGAAAACTGTATACTGCAGAATTC  50
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAGAAGGCACA-GTTTCCT-GCTGAGAGAAAACTGTA-ACTGCAGAATTC  47

seq1  CAGCATTTCCAAACCCATGAGTTTCTTGGCAATTTCTATGTAGTTTGTTG  100
      |||||||    |||||||||| ||||||||||||||| |||   ||||||
seq2  CAGCATT---CAACCCATGAG-TTCTTGGCAATTTCT-TGTTAGTTGTTG  92

seq1  TGACTGGTACCTGAGGATTATGGAGGATACAGTGGGATTAAAGCCAACAA  150
      ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| 
seq2  TGACT-GTA-CTGAGGATTAT-GAGGATACAGTGGGATTAAAGCC-ACA-  137

seq1  GGCAATGTTAGGATGAAATGAGGAGGCATTTGTAAACCATCACACACACA  200
       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GCAATGTTAGGATGAAATGA-GAGGCATTTGTAAACCATCACACACACA  185

seq1  GCAGAATCTTTTAAGTGTCTTAAATAGTGGTAAAGCACACAGAAGTATAC  250
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAATC-TTTAAGTGTCTTAAATAGTGGTAAAGCACACAGAAGTATAC  234

seq1  TTTAAATTAAAAAGGAATTTTAGGGTCTAGGGGCCTCAGTGGGTATATAA  300
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATT-AAAAGGAATTTTAGGGTCTAGGGGCCTCAGTGGGTATATAA  283

seq1  GCTTAGGGAGGCAAATTCAAAAGCACAGAAGCCACATAAAGCTAGGCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGGGAGGCAAATTCAAAAGCACAGAAGCCACATAAAGCTAGGCAGG  333

seq1  ATGGGACAGTAGCATGGTCTTATAACCATAGTACTCATAAAGCCAAATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGACAGTAGCATGGTCTTATAACCATAGTACTCATAAAGCCAAATGG  383

seq1  GAGGCAGAGACAGGAGATATCCTGAAAGCTGGAGGGCCAGCCAGACTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGAGACAGGAGATATCCTGAAAGCTGGAGGGCCAGCCAGACTGCT  433

seq1  ATACACTATGAAGTGGTGTGGGTTATCAAGAGCGCCTGTCTAACATGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACTATGAAGTGGTGTGGGTTATCAAGAGCGCCTGTCTAACATGGTG  483

seq1  GTAGTAAGTACCAACACAAGAACTCTGACTTTCATACTTGTGTTATAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAAGTACCAACACAAGAACTCTGACTTTCATACTTGTGTTATAGCA  533

seq1  CGTGTGAATCTATATTAGCACACAGGTATGCAACGCATGTGCATGTGCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGAATCTATATTAGCACACAGGTATGCAACGCATGTGCATGTGCAC  583

seq1  ACACACACCAAACAAAGATACAGAGCAAGAGTTATTTGGGGAGTTGTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACCAAACAAAGATACAGAGCAAGAGTTATTTGGGGAGTTGTGGG  633

seq1  AGTGAAGGGATAAAAGTGAAGAGATTTGGGAGATAGCCTAGGGACTATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGGGATAAAAGTGAAGAGATTTGGGAGATAGCCTAGGGACTATGT  683

seq1  GGAGCTGAAGCATATTAGAAATGAGAAGAGAATAGGACTTGAACACAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGAAGCATATTAGAAATGAGAAGAGAATAGGACTTGAACACAGGA  733

seq1  CAGAAGATATGAATGGAGAAGGAAGGTTGAAAAGTATGTTGATAAGCCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGATATGAATGGAGAAGGAAGGTTGAAAAGTATGTTGATAAGCCAT  783

seq1  ACTCTATGTCACTTTTAGTGATTGAATCTTGGGTTTCTCTATTATACAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTATGTCACTTTTAGTGATTGAATCTTGGGTTTCTCTATTATACAAT  833

seq1  GATAAAATTATTTTATGGATTAATATATAAATGAGAATTATGTCTGAGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAATTATTTTATGGATTAATATATAAATGAGAATTATGTCTGAGGG  883

seq1  AGAAATACACCTTTAAATAGTACATACTATATTGAGATTTAAATTATCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATACACCTTTAAATAGTACATACTATATTGAGATTTAAATTATCTT  933

seq1  TAAATCTTTAGGCAAGTTGTGCAAACCCATGCTTAATATCATTGCATACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCTTTAGGCAAGTTGTGCAAACCCATGCTTAATATCATTGCATACA  983

seq1  AATAGTTGGTTGGAATTGTTATCAGTTGCCAGGATCATAATAGGGACACC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTGGTTGGAATTGTTATCAGTTGCCAGGATCATAATAGGGACACC  1033

seq1  AAGATAGAAGAATTC  1065
      |||||||||||||||
seq2  AAGATAGAAGAATTC  1048

seq1: chr6_18487499_18488113
seq2: B6Ng01-049H21.g_69_683

seq1  GAATTCCATCCATTCTATACGCTGGTTGACTCTTTACTTGCTTAAGTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCATTCTATACGCTGGTTGACTCTTTACTTGCTTAAGTATT  50

seq1  TCTTTTGCCATGCAGAAAATGTTAACTTCATGAAATCAACTTCTCAGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGCCATGCAGAAAATGTTAACTTCATGAAATCAACTTCTCAGTTT  100

seq1  TAAACATTATTTCCTACGCAACTGGAGGCCACTTCAGAAGCTTCTTGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATTATTTCCTACGCAACTGGAGGCCACTTCAGAAGCTTCTTGCCT  150

seq1  ACGGGCTAGTGATACGGCTCCAAAGGTAAAGATGCTTGTAGCCAAACCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGCTAGTGATACGGCTCCAAAGGTAAAGATGCTTGTAGCCAAACCTG  200

seq1  GTGACCTAGTGATATGGCTCCAAAGGTAAAGATGCATGTAGCCAAACCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTAGTGATATGGCTCCAAAGGTAAAGATGCATGTAGCCAAACCTG  250

seq1  GTGACCTAGTGATACGGCTCCAAAGATAAAGATGCATGTAGCCAAACCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTAGTGATACGGCTCCAAAGATAAAGATGCATGTAGCCAAACCTG  300

seq1  GTGACCTGAGTTTGATCCCCAGAATCTAAGTAGACAGAGAGAACCCCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTGAGTTTGATCCCCAGAATCTAAGTAGACAGAGAGAACCCCTCC  350

seq1  AGGTTCCCTTACAGCTGCACCTCAACATCCTTACACATTTTATGGCATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCCCTTACAGCTGCACCTCAACATCCTTACACATTTTATGGCATAG  400

seq1  GTGCGCATGTGCACACATGGAGTAAATAAATAAAGGTTTTAAAAAGTAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGCATGTGCACACATGGAGTAAATAAATAAAGGTTTTAAAAAGTAAG  450

seq1  TCTTTGTCTGTGCGAATGTCTGTTTTTCTTCCTTTCCTTTTTCTCCCAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTCTGTGCGAATGTCTGTTTTTCTTCCTTTCCTTTTTCTCCCAAC  500

seq1  AGTTGCAGACTGCTGAGTCTAATAATATATATATTATTAGATATTATATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCAGACTGCTGAGTCTAATAATATATATATTATTAGATATTATATT  550

seq1  ATATATAATATTATATATATAATGGATTATATATATAATGCTTTATATAT  600
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATATATAATATTATATATATAATGGATTATATATATAATGCTATATATAT  600

seq1  ATATATAATCCATTC  615
      ||| |||| ||||||
seq2  ATAAATAACCCATTC  615