BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-050K09
Chromosome6 (Build37)
Map Location 113,639,307 - 113,762,314
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIrak2, Tatdn2, Ghrl, Sec13, Atp2b2
Upstream geneRad18, Srgap3, EG666387, EG620161, LOC666397, Thumpd3, EG434078, Setd5, Lhfpl4, Mtmr14, Cpne9, Brpf1, Ogg1, Camk1, Tada3l, Arpc4, Ttll3, Rpusd3, Cidec, Jagn1, Il17re, Il17rc, Creld1, Prrt3, Tmem111, Fancd2, 4931417G12Rik, 6720456B07Rik, Vhlh
Downstream geneSlc6a11, LOC666491, Slc6a1, Hrh1, Atg7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-050K09.bB6Ng01-050K09.g
ACCDH874529DH874530
length8341,031
definitionDH874529|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-050K09, 5' end.DH874530|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-050K09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,639,307 - 113,640,144)(113,761,277 - 113,762,314)
sequence
gaattcctgaagctgcacccgcttctcaaattctaggattataggcttct
tttatcccattagactctgatacttttatatttataaaaaaaagtccaca
gcagctgggtgtggtggcacactgctttaatctatcagcacttgggaggc
agaggcaggcagatgtctgtgggttcaaagccagccttgtctacagagtg
aatttcagacagccaggactctgtaggaagatactattaaaaaaaaaaaa
aggaaagaaagaaagaaaaagaattattgtgattgtgtgcaaaataaatg
aattcatatgggattttaaaattaaattcagaagtagaatgtgtgtgtgt
gtgtatgtatgtatccttgtgtacatatatgtgtacatgtacatatgcca
tgacacagatgtcaaggtcaaagaataacttctccttctaccctatgggt
cctggaactcagattgtcagtcttggcagcaagcacctttacctactgtg
ctatctcaccagcccatacactgagttgttttgcaaggcacagaggaatt
gaaatgttcttattcagggtgagcagtatgtatggcgagcaggtcagtgg
cctgggatgctgacccagcagctgaagccgctgcttaagccagctcgggc
tacggagtgagttcaaagcctggatgcattgtaaggagctcctagctcta
cgtgagacaagggagaaggtcccatgtagctccatgtagcacgtttgcct
ggtacccccgccccaaggcttctgcaatcaactcaatgtctcagacattt
gccacacctgcccagtctttgccatcagaagtca
gaattccccaggtggggttgcctagtagcactgacatttttttctggctg
catcgagggcaagagacaggctggggagcccatgggggaaaacacttctg
tgaaacccttccctacagagaccaataggtctcagtgcctgactatgctg
ttgggatctccagtccaaactggtttgggaaaagctccccatcagagagt
taaccccacaggagagataggaaatggtgtacaaaagccaggaaagtctc
cgagaggtcagcggaggtagtgagctggagtttagagggtgaataggagc
tcgcttggtccgtttccctgtaggcaagtgggatgacctggcgatacaac
agaaagatccatgagtctttcagataatagaaagtattgacttatctaga
atttattcactgcttgtcttatttagggtcactattgctgtgtgtaacac
catgaccaaaagcaacttggggacaaaaggagttatttcacccagttcca
tatgacaattgatcagggactcaaacagagtaggatcttggaggcactaa
ctggtgcagaggcccatggtttgttcaacctgctttcttacagaacccaa
ggccgccagcagcccaagggtggctccacccacaatgtgctgggccctcc
cccatcagttactaaataagcaatgcactacaggcttgccttcaccccaa
gcttagggagtcatttttttcaactggggttccctcctctcagatgactc
taacctgtgtcaagttgacatgagactaggaagtataccatatatctatt
aagcacctattgtatgccagtggatattgggacaggacaagaactatgct
tgtgctggaaattttgaagttgtgagggtagcagtcaaggaaggatgccc
taccaattgattaggtgacttcttgggacaatgaatcatcaagacacaag
actgcagggagtgggaggggcctgggcaggggagcatcttagcagtcatg
tagcactgacttagtttatgaactcaccttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_113639307_113640144
seq2: B6Ng01-050K09.b_41_873

seq1  GAATTCCTGAAGCTGCACCCGCTTCTCAAATTCTAGGATTATAGGCTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGAAGCTGCACCCGCTTCTCAAATTCTAGGATTATAGGCTTCT  50

seq1  TTTATCCCATTAGACTCTGATACTTTTATATTTATAAAAAAAAGTCCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCCATTAGACTCTGATACTTTTATATTTATAAAAAAAAGTCCACA  100

seq1  GCAGCTGGGTGTGGTGGCACACTGCTTTAATCTATCAGCACTTGGGAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTGGGTGTGGTGGCACACTGCTTTAATCTATCAGCACTTGGGAGGC  150

seq1  AGAGGCAGGCAGATGTCTGTGGGTTCAAAGCCAGCCTTGTCTACAGAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAGGCAGATGTCTGTGGGTTCAAAGCCAGCCTTGTCTACAGAGTG  200

seq1  AATTTCAGACAGCCAGGACTCTGTAGGAAGATACTATTAAAAAAAAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCAGACAGCCAGGACTCTGTAGGAAGATACTATTAAAAAAAAAAAA  250

seq1  AGGAAAGAAAGAAAGAAAAAGAATTATTGTGATTGTGTGCAAAATAAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGAAAGAAAGAAAAAGAATTATTGTGATTGTGTGCAAAATAAATG  300

seq1  AATTCATATGGGATTTTAAAATTAAATTCAGAAGTAGAATGTGTGTGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATATGGGATTTTAAAATTAAATTCAGAAGTAGAATGTGTGTGTGT  350

seq1  GTGTATGTATGTATCCTTGTGTACATATATGTGTACATGTACATATGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGTATGTATCCTTGTGTACATATATGTGTACATGTACATATGCCA  400

seq1  TGACACAGATGTCAAGGTCAAAGAATAACTTCTCCTTCTACCCTATGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACAGATGTCAAGGTCAAAGAATAACTTCTCCTTCTACCCTATGGGT  450

seq1  CCTGGAACTCAGATTGTCAGTCTTGGCAGCAAGCACCTTTACCTACTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAACTCAGATTGTCAGTCTTGGCAGCAAGCACCTTTACCTACTGTG  500

seq1  CTATCTCACCAGCCCATACACTGAGTTGTTTTGCAAGGCACAGAGGAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTCACCAGCCCATACACTGAGTTGTTTTGCAAGGCACAGAGGAATT  550

seq1  GAAATGTTCTTATTCAGGGTGAGCAGTATGTATGGCGAGCAGGTCAGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTTCTTATTCAGGGTGAGCAGTATGTATGGCGAGCAGGTCAGTGG  600

seq1  CCTGGGATGCTGACCCAGCAGCTGAAGCCGCTGCTTAAGGCCAGCTCGGG  650
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCTGGGATGCTGACCCAGCAGCTGAAGCCGCTGCTTAA-GCCAGCTCGGG  649

seq1  CTACGGAGTGAGTTCAAAGCCTGGATGCAGTGTAAGGAGCTCCTAGCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  CTACGGAGTGAGTTCAAAGCCTGGATGCATTGTAAGGAGCTCCTAGCTC-  698

seq1  GACGTGAGACAAGGGAGAAGGTCCCAATGTAGCTCCATGTAGCACGTTTG  750
       |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTGAGACAAGGGAGAAGGTCCC-ATGTAGCTCCATGTAGCACGTTTG  747

seq1  CCTGGTACCCCCGCCCCCAAGGC-TCTGCAATCAACTCAAGGTCACAGAC  799
      ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||
seq2  CCTGGTACCCCCG-CCCCAAGGCTTCTGCAATCAACTCAATGTCTCAGAC  796

seq1  ACTTGCCCACACCTGGCCCAGTCTTTGCCATCAGAAGTC  838
      | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTG-CCACACCT-GCCCAGTCTTTGCCATCAGAAGTC  833

seq1: chr6_113761277_113762314
seq2: B6Ng01-050K09.g_67_1097 (reverse)

seq1  GAAGGTTGAGTTCATGAAACCTGAGTCAGGTGCTACATGACCTGCTAAGA  50
      ||||| |||||||||  || || ||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  GAAGG-TGAGTTCAT--AAACTAAGTCA-GTGCTACATGA-CTGCTAAGA  45

seq1  TGCTCCCCTGCCCCAGGCCCCTCCCCCTCCCTGCAGTCTTGTGTCTTTGA  100
      |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGCTCCCCTG-CCCAGGCCCCTCCCACTCCCTGCAGTCTTGTGTC-TTGA  93

seq1  TGGATTCATTGTCCC-AGAGGTCACCTTATCATTTGCTAGTGCATTCCTT  149
      | ||||||||||||| ||| ||||||| |||| ||| ||| ||| |||||
seq2  T-GATTCATTGTCCCAAGAAGTCACCTAATCAATTGGTAGGGCA-TCCTT  141

seq1  CCTTGACTGCTACCCTCACCAGCTTCAAAA-TTCCAGCAC-AGCATAGTC  197
      |||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||||| 
seq2  CCTTGACTGCTACCCTCA-CAACTTCAAAATTTCCAGCACAAGCATAGTT  190

seq1  CTTGT-CTGTCCCAATATCCACTGGCATACAGTAGGTGCTTAATAGATAT  246
      ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCCTGTCCCAATATCCACTGGCATACAATAGGTGCTTAATAGATAT  240

seq1  ATGGTTATACTTCCTAGTCTCATGTCAACTTGACACAGGTTAGAGTCATC  296
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGG-TATACTTCCTAGTCTCATGTCAACTTGACACAGGTTAGAGTCATC  289

seq1  TGAGAGGAGGGAACCCCAGTTGAAAAAAATGACTCCCTAAGCTTGGGGTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGAGGGAACCCCAGTTGAAAAAAATGACTCCCTAAGCTTGGGGTG  339

seq1  AAGGCAAGCCTGTAGTGCATTGCTTAATTAGTAACTGATGGGGGAGGGCC  396
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAAGCCTGTAGTGCATTGCTTATTTAGTAACTGATGGGGGAGGGCC  389

seq1  CAGCACATTGTGGGTGGAGCCACCCTTGGGCTGCTGGCGGCCTTGGGTTC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACATTGTGGGTGGAGCCACCCTTGGGCTGCTGGCGGCCTTGGGTTC  439

seq1  TGTAAGAAAGCAGGTTGAACAAACCATGGGCCTCTGCACCAGTTAGTGCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGAAAGCAGGTTGAACAAACCATGGGCCTCTGCACCAGTTAGTGCC  489

seq1  TCCAAGATCCTACTCTGTTTGAGTCCCTGATCAATTGTCATATGGAACTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGATCCTACTCTGTTTGAGTCCCTGATCAATTGTCATATGGAACTG  539

seq1  GGTGAAATAACTCCTTTTGTCCCCAAGTTGCTTTTGGTCATGGTGTTACA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAATAACTCCTTTTGTCCCCAAGTTGCTTTTGGTCATGGTGTTACA  589

seq1  CACAGCAATAGTGACCCTAAATAAGACAAGCAGTGAATAAATTCTAGATA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAATAGTGACCCTAAATAAGACAAGCAGTGAATAAATTCTAGATA  639

seq1  AGTCAATACTTTCTATTATCTGAAAGACTCATGGATCTTTCTGTTGTATC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAATACTTTCTATTATCTGAAAGACTCATGGATCTTTCTGTTGTATC  689

seq1  GCCAGGTCATCCCACTTGCCTACAGGGAAACGGACCAAGCGAGCTCCTAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGTCATCCCACTTGCCTACAGGGAAACGGACCAAGCGAGCTCCTAT  739

seq1  TCACCCTCTAAACTCCAGCTCACTACCTCCGCTGACCTCTCGGAGACTTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCTCTAAACTCCAGCTCACTACCTCCGCTGACCTCTCGGAGACTTT  789

seq1  CCTGGCTTTTGTACACCATTTCCTATCTCTCCTGTGGGGTTAACTCTCTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTTTTGTACACCATTTCCTATCTCTCCTGTGGGGTTAACTCTCTG  839

seq1  ATGGGGAGCTTTTCCCAAACCAGTTTGGACTGGAGATCCCAACAGCATAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGAGCTTTTCCCAAACCAGTTTGGACTGGAGATCCCAACAGCATAG  889

seq1  TCAGGCACTGAGACCTATTGGTCTCTGTAGGGAAGGGTTTCACAGAAGTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCACTGAGACCTATTGGTCTCTGTAGGGAAGGGTTTCACAGAAGTG  939

seq1  TTTTCCCCCATGGGCTCCCCAGCCTGTCTCTTGCCCTCGATGCAGCCAGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCCCATGGGCTCCCCAGCCTGTCTCTTGCCCTCGATGCAGCCAGA  989

seq1  AAAAAATGTCAGTGCTACTAGGCAACCCCACCTGGGGAATTC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATGTCAGTGCTACTAGGCAACCCCACCTGGGGAATTC  1031