BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-052A05
Chromosome6 (Build37)
Map Location 86,038,503 - 86,171,232
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdd2, Tgfa
Upstream geneEG545861, EG623016, Spr, LOC665086, LOC665089, Emx1, Sfxn5, Rab11fip5, Noto, Smyd5, 1700040I03Rik, Cct7, Fbxo41, Egr4, Alms1, LOC100043497, EG665134, LOC100043493, Cml3, LOC623273, Cml5, Cml4, LOC100043504, LOC100043508, Cml2, LOC665177, 1700019G17Rik, Cml1, Tprkb, EG434057, LOC665213, Dusp11, Figla
Downstream geneLOC665233, LOC100043094, LOC100043527, 2010309E21Rik, Snrpg, Pcyox1, Tia1, C87436, 2310040G24Rik, Pcbp1, Asprv1, Mxd1, 2610209M04Rik, Gmcl1, Anxa4, 2610306M01Rik, Aak1, LOC100043555, Nfu1, Gfpt1, D6Ertd527e, Antxr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-052A05.bB6Ng01-052A05.g
ACCDH875494DH875495
length1,111411
definitionDH875494|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052A05, 5' end.DH875495|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-052A05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,170,112 - 86,171,232)(86,038,503 - 86,038,919)
sequence
gaattcttaccattcattcattcatccattcattcaagtagtgactgagt
atctattaccatggctgaataggtgttggagagactggtgacaaagaggc
ccatcactcacaacccacacagtcctcttcctgtaagccacccttccact
tcttaaaaaccaccacaatggacattagaaatggtctctgaggagctcaa
gacagagtgaggtgattgccctgccccagtggagccagagtgctcctgcc
cctgtcagcccatcccactgtgccgtatccatccatctgtgcctggctct
ctgaccctttgtttaagcctaaaaccttgggttggaggcacgaagctggc
ctgttgaatgactaggctaagcagccatagataagaacctatgcttgggt
agaaattcaagtagatgtatctgttacctggaatttgtgtcgcttgatat
agaaaatcatgactcaggttctccttgcgggtgggttgtggaactggcct
gcccagtgacccccaacctgccccaggaaagtttttgtttccacagtctt
ggctctctgggattgctctaaggagagctgagtatattccatggaagcca
gtgtgaccagtgtgtgcttgggctctttaaaaaaggaggtaccctgtaga
tctgctgtcaaagcatcagaggagctcctgccaggtctacttcgtattat
ttcttcccaggtccagggaagaaaggatctacctggtccaggttgcctaa
atacacaagctcaattgttccccacaatgctccaccccgttttctaagcc
cagctaggtgcccccacttcttgccatgtgccgtcactcctgcaggcagg
gcctttgacttccctgagctaccggatgctcattagtgccagggccagtg
ctagatcccacttggctcatgcacacagaccatctggggtcccagttctc
tctcctctcacagcccagaccctgttctccatagtctcagatttataaag
ctactcagtttttccctgtgcaaaggtcaatcaaatgtttgcatgtactt
tgagctggtagagttaaattctaatcatggcctaaaactgacatcccatc
ctggggcggca
tttatttttattttagaatatagtttctgtgggggaaatgtgtatggttg
gttctagaatattctacttagtgtgtgggagataattttaaaatattttc
aaaagctgatttagaatattgagaaacaaggtatgtttatgctagtcctg
taatatccacctggaaagcttacaagttattttcatatgatctgatgatg
tcttaagcccatccaggaaataatatataatttggttgttataaatgaat
ctttattcaactttttcttgaatatgcatgtacacattatcttgagtttt
aaaatcattttattatttcatttatttatgtgcatgtgtatgtatgtatg
tatgtgtgtatgtatgtgtgtaatcatacatatgtttgtgagtgtatgtg
tgtgtatgtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_86170112_86171232
seq2: B6Ng01-052A05.b_45_1155 (reverse)

seq1  TGCCGACCCCAGGACTGTGATGTCAGTTTTAGG-CATGTATTAGGATCTA  49
      ||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||| || | 
seq2  TGCCG-CCCCAGGA-TGGGATGTCAGTTTTAGGCCATG-ATTAGAAT-TT  46

seq1  AACTCTAAACAGCTCAAAGTACACTGCAAACATTTGATTGACCTTTGACA  99
      |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AACTCT-ACCAGCTCAAAGTACA-TGCAAACATTTGATTGACCTTTG-CA  93

seq1  CAGGGAAAAACTGAGTAGCTTTAATAAATCTGAGACTATGGAGAACAGGG  149
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAAAAACTGAGTAGCTTT-ATAAATCTGAGACTATGGAGAACAGGG  142

seq1  TCTGGGCTGTGAGAGGGAGAGAGAAACTGGGAACCCCAGATGGTCTGTGT  199
      |||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGCTGTGAGA-GGAGAGAG-AACTGGG-ACCCCAGATGGTCTGTGT  189

seq1  GCATGAGCCAAGTGGGATCTAGCACTGGCCCTGGCACTAATGAGCATCCG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGCCAAGTGGGATCTAGCACTGGCCCTGGCACTAATGAGCATCCG  239

seq1  GTAGCTCAGGGAAGTCAAAGGCCCTGCCTGCAGGAGTGACGGCACATGGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTCAGGGAAGTCAAAGGCCCTGCCTGCAGGAGTGACGGCACATGGC  289

seq1  AAGAAGTGGGGGCACCTAGCTGGGCTTAGAAAACGGGGTGGAGCATTGTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTGGGGGCACCTAGCTGGGCTTAGAAAACGGGGTGGAGCATTGTG  339

seq1  GGGAACAATTGAGCTTGTGTATTTAGGCAACCTGGACCAGGTAGATCCTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACAATTGAGCTTGTGTATTTAGGCAACCTGGACCAGGTAGATCCTT  389

seq1  TCTTCCCTGGACCTGGGAAGAAATAATACGAAGTAGACCTGGCAGGAGCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCTGGACCTGGGAAGAAATAATACGAAGTAGACCTGGCAGGAGCT  439

seq1  CCTCTGATGCTTTGACAGCAGATCTACAGGGTACCTCCTTTTTTAAAGAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGATGCTTTGACAGCAGATCTACAGGGTACCTCCTTTTTTAAAGAG  489

seq1  CCCAAGCACACACTGGTCACACTGGCTTCCATGGAATATACTCAGCTCTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGCACACACTGGTCACACTGGCTTCCATGGAATATACTCAGCTCTC  539

seq1  CTTAGAGCAATCCCAGAGAGCCAAGACTGTGGAAACAAAAACTTTCCTGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGCAATCCCAGAGAGCCAAGACTGTGGAAACAAAAACTTTCCTGG  589

seq1  GGCAGGTTGGGGGTCACTGGGCAGGCCAGTTCCACAACCCACCCGCAAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGTTGGGGGTCACTGGGCAGGCCAGTTCCACAACCCACCCGCAAGG  639

seq1  AGAACCTGAGTCATGATTTTCTATATCAAGCGACACAAATTCCAGGTAAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCTGAGTCATGATTTTCTATATCAAGCGACACAAATTCCAGGTAAC  689

seq1  AGATACATCTACTTGAATTTCTACCCAAGCATAGGTTCTTATCTATGGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACATCTACTTGAATTTCTACCCAAGCATAGGTTCTTATCTATGGCT  739

seq1  GCTTAGCCTAGTCATTCAACAGGCCAGCTTCGTGCCTCCAACCCAAGGTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGCCTAGTCATTCAACAGGCCAGCTTCGTGCCTCCAACCCAAGGTT  789

seq1  TTAGGCTTAAACAAAGGGTCAGAGAGCCAGGCACAGATGGATGGATACGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCTTAAACAAAGGGTCAGAGAGCCAGGCACAGATGGATGGATACGG  839

seq1  CACAGTGGGATGGGCTGACAGGGGCAGGAGCACTCTGGCTCCACTGGGGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGGGATGGGCTGACAGGGGCAGGAGCACTCTGGCTCCACTGGGGC  889

seq1  AGGGCAATCACCTCACTCTGTCTTGAGCTCCTCAGAGACCATTTCTAATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAATCACCTCACTCTGTCTTGAGCTCCTCAGAGACCATTTCTAATG  939

seq1  TCCATTGTGGTGGTTTTTAAGAAGTGGAAGGGTGGCTTACAGGAAGAGGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTGTGGTGGTTTTTAAGAAGTGGAAGGGTGGCTTACAGGAAGAGGA  989

seq1  CTGTGTGGGTTGTGAGTGATGGGCCTCTTTGTCACCAGTCTCTCCAACAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGGGTTGTGAGTGATGGGCCTCTTTGTCACCAGTCTCTCCAACAC  1039

seq1  CTATTCAGCCATGGTAATAGATACTCAGTCACTACTTGAATGAATGGATG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCAGCCATGGTAATAGATACTCAGTCACTACTTGAATGAATGGATG  1089

seq1  AATGAATGAATGGTAAGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATGAATGGTAAGAATTC  1111

seq1: chr6_86038503_86038919
seq2: B6Ng01-052A05.g_69_485

seq1  GAATTCTTTATTTTTATTTTAGAATATAGTTTCTGTGGGGGAAATGTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATTTTTATTTTAGAATATAGTTTCTGTGGGGGAAATGTGTA  50

seq1  TGGTTGGTTCTAGAATATTCTACTTAGTGTGTGGGAGATAATTTTAAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGTTCTAGAATATTCTACTTAGTGTGTGGGAGATAATTTTAAAAT  100

seq1  ATTTTCAAAAGCTGATTTAGAATATTGAGAAACAAGGTATGTTTATGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCAAAAGCTGATTTAGAATATTGAGAAACAAGGTATGTTTATGCTA  150

seq1  GTCCTGTAATATCCACCTGGAAAGCTTACAAGTTATTTTCATATGATCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGTAATATCCACCTGGAAAGCTTACAAGTTATTTTCATATGATCTG  200

seq1  ATGATGTCTTAAGCCCATCCAGGAAATAATATATAATTTGGTTGTTATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTCTTAAGCCCATCCAGGAAATAATATATAATTTGGTTGTTATAA  250

seq1  ATGAATCTTTATTCAACTTTTTCTTGAATATGCATGTACACATTATCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATCTTTATTCAACTTTTTCTTGAATATGCATGTACACATTATCTTG  300

seq1  AGTTTTAAAATCATTTTATTATTTCATTTATTTATGTGCATGTGTATGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTAAAATCATTTTATTATTTCATTTATTTATGTGCATGTGTATGTA  350

seq1  TGTATGTATGTGTGTATGTATGTGTGTAATCATACATATGTTTGTGAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATGTGTGTATGTATGTGTGTAATCATACATATGTTTGTGAGTG  400

seq1  TATGTGTGTGTATGTAT  417
      |||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGTGTATGTAT  417