BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-057D14
Chromosome6 (Build37)
Map Location 120,416,586 - 120,503,516
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIl17ra, Cecr6, Cecr5
Upstream geneWnt5b, Fbxl14, Erc1, LOC666887, Rad52, Wnk1, EG406236, Ninj2, B4galnt3, Ccdc77, Jarid1a
Downstream gene1700072O05Rik, Cecr2, Slc25a18, Atp6v1e1, Bcl2l13, Bid, Mical3, LOC100043793, Minpp1-ps, Pex26, Tuba8, Usp18, Slc6a13, Slc6a12, Iqsec3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-057D14.bB6Ng01-057D14.g
ACCDH879156DH879157
length1,069935
definitionDH879156|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057D14, 5' end.DH879157|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057D14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,502,501 - 120,503,516)(120,416,586 - 120,417,523)
sequence
gaattccatagtgtgctttaaatcagacctgtgagctcacttgtgtctct
ctttctatcttggtaatgggacaccccagcatgctggacctctgcagaat
aaaatgctctttgtgtttacttttgtgaatcacagacccttacaagactc
tgacctcagaagcagggcaacagtctcttgcaaattggaagtaatttcct
tcagggatcttctgtgtgcattaactgacaaataacattgcatttgtcac
aataaacgttacaaataacttttaaagtcccgtgagagcagagctgggga
tgtagctcagtgagaagactgcctgcctgggccacacgcagccctgagtg
ggatccccagcagggcataagccaggtgtgacagtgcgtggatgtaaccc
agcactgagggccggaagaaggatgcacgcctgttgactgactcttggaa
gagattttcttgagttcagcatttatgatggcatcacagttcatgtgcta
aaactagctccaaagtagcccagaaaagaattcattaataaacagaaagt
cagaacactttttattcactatgtattttaagatatatatttgagtatat
attttaaaaatataaacaaatacccatatctatctatctatctgtctatc
tgtctatctatctatctgtctgtctatctatctatctatctatctgtcta
tctgtctatctatctatctatctatctatctatctgtctgtctatctatt
ttatctatctatctatctgtctgtctatcttggagtctccatttaagaaa
gtctctctatatagccctggctgtcctacctagaacttgctttgttggcc
aggctggtttcagactcacagactcacagaggatctacctgcctttgtct
cctgagtagagtattaaaggaatgtgaacagcatccactcctttgagaca
ggatctcttcatgcctgaagtttgttcataggcttgactccctgtccagt
gagaccctgcctttccagcgctggcattgacaatgacagtgtgctctggt
acatctccagccgttccca
cacctcaaaacctggatgactgtaatgtccccacagaaaccaaccctgaa
gacaccagaagtgattgtagttcccggaatgtttttttgttggcctgcct
aggtaggcctcttagttccccatttactgccattcttgaggaagaagccc
tgtaagcagcacccgggagttcaccagcgtgaatgctcacactgctcaca
gacaggatatctgttaccattgccagttcgttttcctgagtgcttgtggt
tttgacttgtggtagaatgactgtttggcatcgcccctgtgtcttgtggt
cgccggaagctgtgctcagcccttctactcttccctaagttaaaaagttg
tgttctgcgggtgctcccctggtggactttagcatcaattaccaacgagc
aaaccaaagcctggtgttcagtcagagaagacctggacctaggcaagcct
ccccatcccctgttcctaagtcctgtgtcctcaccttgaagggtgtaggg
aggggcctcctcatggctctgtctgtgaaggcctcaggctgcgtacactg
ggtgctctgccagcctgtatcaggcagttggcaatgcatgctcaatgccc
agagctaaacacttcttcttttaatcatcctgctctgagtacagaggaga
agtctgtgtgttgtaaacatccctttactggaggcagggtagcagtgctg
gccatggttctggagcaaagcaggctcactgtagctcttcaacctggagc
cacctggctactctccgtacagggagacatgttctgagatgtgtctggta
ggtgatctaatcctggtgtgaatttcacagagtacacatacgtgcataac
ctggaagggtaccatcagcgcagcctctttgatgtagcaaaagacgtggt
aagcagattatgtaagactgctgccgcatacagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_120502501_120503516
seq2: B6Ng01-057D14.b_96_1111 (reverse)

seq1  TGGGAACGGGCTGGAGATGTA-CAGAGCACACCTGTCATTGTC-ATGCCA  48
      ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  TGGGAAC-GGCTGGAGATGTACCAGAGCACA-CTGTCATTGTCAATGCCA  48

seq1  GCGCTGGGAAGGCAGGGTCTCACTGGACAGGGAAGTCAAGCCTTATGAAC  98
      ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  GCGCTGGAAAGGCAGGGTCTCACTGGACAGGG-AGTCAAGCC-TATGAAC  96

seq1  AAACTTCAGGCATG-AGAGATCCTGTCTCAAGGGAGTTGGATGCTGTTCA  147
      |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  AAACTTCAGGCATGAAGAGATCCTGTCTCAAAGGAG-TGGATGCTGTTCA  145

seq1  CATTCCTTTAATACTCTACTCAGGAGACAAAGGCAGGTAGAT-CTCTGTG  196
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CATTCCTTTAATACTCTACTCAGGAGACAAAGGCAGGTAGATCCTCTGTG  195

seq1  AGTCTGTGAGTCTGGAACCAGCCTGGCCAACAAAGCAAGTTCTAGGTAGG  246
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGTGAGTCTGAAACCAGCCTGGCCAACAAAGCAAGTTCTAGGTAGG  245

seq1  ACAGCCAGGGCTATATAGAGAGACTTTCTTAAATGGAGACTCCAAGATAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCAGGGCTATATAGAGAGACTTTCTTAAATGGAGACTCCAAGATAG  295

seq1  ACAGACAGATAGATAGATAGAT-AAATAGATAGACAGACAGATAGATAGA  345
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAGATAGATAGATAGATAAAATAGATAGACAGACAGATAGATAGA  345

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGACAGATAGACAGATAGATAGATAGATAGATA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGACAGATAGACAGATAGATAGATAGATAGATA  395

seq1  GACAGACAGATAGATAGATAGACAGATAGACAGATAGATAGATAGATATG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACAGATAGATAGATAGACAGATAGACAGATAGATAGATAGATATG  445

seq1  GGTATTTGTTTATATTTTTAAAATATATACTCAAATATATATCTTAAAAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTTGTTTATATTTTTAAAATATATACTCAAATATATATCTTAAAAT  495

seq1  ACATAGTGAATAAAAAGTGTTCTGACTTTCTGTTTATTAATGAATTCTTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTGAATAAAAAGTGTTCTGACTTTCTGTTTATTAATGAATTCTTT  545

seq1  TCTGGGCTACTTTGGAGCTAGTTTTAGCACATGAACTGTGATGCCATCAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGCTACTTTGGAGCTAGTTTTAGCACATGAACTGTGATGCCATCAT  595

seq1  AAATGCTGAACTCAAGAAAATCTCTTCCAAGAGTCAGTCAACAGGCGTGC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTGAACTCAAGAAAATCTCTTCCAAGAGTCAGTCAACAGGCGTGC  645

seq1  ATCCTTCTTCCGGCCCTCAGTGCTGGGTTACATCCACGCACTGTCACACC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCTTCCGGCCCTCAGTGCTGGGTTACATCCACGCACTGTCACACC  695

seq1  TGGCTTATGCCCTGCTGGGGATCCCACTCAGGGCTGCGTGTGGCCCAGGC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTATGCCCTGCTGGGGATCCCACTCAGGGCTGCGTGTGGCCCAGGC  745

seq1  AGGCAGTCTTCTCACTGAGCTACATCCCCAGCTCTGCTCTCACGGGACTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGTCTTCTCACTGAGCTACATCCCCAGCTCTGCTCTCACGGGACTT  795

seq1  TAAAAGTTATTTGTAACGTTTATTGTGACAAATGCAATGTTATTTGTCAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTTATTTGTAACGTTTATTGTGACAAATGCAATGTTATTTGTCAG  845

seq1  TTAATGCACACAGAAGATCCCTGAAGGAAATTACTTCCAATTTGCAAGAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGCACACAGAAGATCCCTGAAGGAAATTACTTCCAATTTGCAAGAG  895

seq1  ACTGTTGCCCTGCTTCTGAGGTCAGAGTCTTGTAAGGGTCTGTGATTCAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTGCCCTGCTTCTGAGGTCAGAGTCTTGTAAGGGTCTGTGATTCAC  945

seq1  AAAAGTAAACACAAAGAGCATTTTATTCTGCAGAGGTCCAGCATGCTGGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAAACACAAAGAGCATTTTATTCTGCAGAGGTCCAGCATGCTGGG  995

seq1  GTGTCCCATTACCAAGATAGA  1016
      |||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCCATTACCAAGATAGA  1016

seq1: chr6_120416586_120417523
seq2: B6Ng01-057D14.g_76_1010

seq1  CACCTCAAAACCTGGATGACTGTAATGTCCCCACAGAAACCAACCCTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCAAAACCTGGATGACTGTAATGTCCCCACAGAAACCAACCCTGAA  50

seq1  GACACCAGAAGTGATTGTAGTTCCCGGAATGTTTTTTTGTTGGCCTGCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCAGAAGTGATTGTAGTTCCCGGAATGTTTTTTTGTTGGCCTGCCT  100

seq1  AGGTAGGCCTCTTAGTTCCCCATTTACTGCCATTCTTGAGGAAGAAGCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGGCCTCTTAGTTCCCCATTTACTGCCATTCTTGAGGAAGAAGCCC  150

seq1  TGTAAGCAGCACCCGGGAGTTCACCAGCGTGAATGCTCACACTGCTCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGCAGCACCCGGGAGTTCACCAGCGTGAATGCTCACACTGCTCACA  200

seq1  GACAGGATATCTGTTACCATTGCCAGTTCGTTTTCCTGAGTGCTTGTGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGATATCTGTTACCATTGCCAGTTCGTTTTCCTGAGTGCTTGTGGT  250

seq1  TTTGACTTGTGGTAGAATGACTGTTTGGCATCGCCCCTGTGTCTTGTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTTGTGGTAGAATGACTGTTTGGCATCGCCCCTGTGTCTTGTGGT  300

seq1  CGCCGGAAGCTGTGCTCAGCCCTTCTACTCTTCCCTAAGTTAAAAAGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCGGAAGCTGTGCTCAGCCCTTCTACTCTTCCCTAAGTTAAAAAGTTG  350

seq1  TGTTCTGCGGGTGCTCCCCTGGTGGACTTTAGCATCAATTACCAACGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTGCGGGTGCTCCCCTGGTGGACTTTAGCATCAATTACCAACGAGC  400

seq1  AAACCAAAGCCTGGTGTTCAGTCAGAGAAGACCTGGACCTAGGCAAGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAAGCCTGGTGTTCAGTCAGAGAAGACCTGGACCTAGGCAAGCCT  450

seq1  CCCCATCCCCTGTTCCTAAGTCCTGTGTCCTCACCTTGAAGGGTGTAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATCCCCTGTTCCTAAGTCCTGTGTCCTCACCTTGAAGGGTGTAGGG  500

seq1  AGGGGCCTCCTCATGGCTCTGTCTGTGAAGGCCTCAGGCTGCGTACACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCCTCCTCATGGCTCTGTCTGTGAAGGCCTCAGGCTGCGTACACTG  550

seq1  GGTGCTCTGCCAGCCTGTATCAGGCAGTTGGCAATGCATGCTCAATGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCTGCCAGCCTGTATCAGGCAGTTGGCAATGCATGCTCAATGCCC  600

seq1  AGAGCTAAACACTTCTTCTTTTAATCATCCTGCTCTGAGTACAGAGGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTAAACACTTCTTCTTTTAATCATCCTGCTCTGAGTACAGAGGAGA  650

seq1  AGTCTGTGTGTTGTAAACATCCCTTTACTGGAGGCAGGGTAGCAGTGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGTGTGTTGTAAACATCCCTTTACTGGAGGCAGGGTAGCAGTGCTG  700

seq1  GCCATGGTTCTGGAGCAAAGCAGGCTCACTGTAGCTCTTCAACCTGGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGTTCTGGAGCAAAGCAGGCTCACTGTAGCTCTTCAACCTGGAGC  750

seq1  CACCTGGCTACTCTCCGTAACAGGGAGACATGTTCTGAGATGTGTCTTGG  800
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CACCTGGCTACTCTCCGT-ACAGGGAGACATGTTCTGAGATGTGTC-TGG  798

seq1  TAGGTGATCTAATCCTGGTGTGAACTTCACAGAGTACACATACGTGCATA  850
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGATCTAATCCTGGTGTGAATTTCACAGAGTACACATACGTGCATA  848

seq1  GACCTGG-AGGGTACCATCAGCGCAGCCTC-TTGATGTAGCCAAAGACGT  898
       |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  -ACCTGGAAGGGTACCATCAGCGCAGCCTCTTTGATGTAGCAAAAGACGT  897

seq1  GGTAAGCAGATTATGTAAGACTGCTGCCAGCATTACAGTT  938
      |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
seq2  GGTAAGCAGATTATGTAAGACTGCTGCC-GCA-TACAGTT  935