BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-059H06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 111,118,542 - 111,210,585
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrm7
Upstream genenone
Downstream gene1700054K19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-059H06.bB6Ng01-059H06.g
ACCDH880733DH880734
length1,1541,089
definitionDH880733|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059H06, 5' end.DH880734|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059H06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,209,411 - 111,210,585)(111,118,542 - 111,119,638)
sequence
gaattctcccaatgtgacagaagagagcagattctagtgaagagcttcta
aggctcaaacagaatgacatagatctagtttctcttcctaagtttgtcct
cttttccctggtaactatacactatgggctcacacacaggttcctgaact
ccagggagtacattgacttgctattcacaaaaatgccatgttgacttctg
tcttagttagggtccccattgctgtgaacaaataccatgacccacggaac
tcttatatagacaacatttaattggggctggcttacaagttcagtccatt
attatgaaggtggcagaatccaggcaggcatggtgaaggagttttatatc
tcctgctgagagttctatatattcatgtgaaggctgctaagagaagaatg
gtttccaggcagctagaagatgggtcttaaagtccatgcccacagtgaag
gacctactaaggccacacctcctaatagtgccactccctgggctaagcat
atacaaacaatcacaactacccagacagggcagtagtcatgcagtaggtt
ttctgtggacaaccgtgtctgattgtccctcaacatcactatagctgcat
tgtttaatttacactaaatttgatgttatccctgaatttgcaaaccattt
aaaaagaaatagaggataagacaggagaaatggatgctaaaaaatccttt
cttcactctccatagatttacataccaattaacaaaatcacaacacttgg
aatattattacacataaaccatgaccccaacctggaatcaattcttggag
ttttgaatatgtaactattaattgtaagttcaattaaaagaaaacaatag
gaagagctgaaaattccagtaaacctcaggatccctccaaattattctgg
ggtagcaaagaagagggtgcttatgataacttgaactatttatacaaagc
tcagtagatcccctgggtctcctctctaactcatcaaagcttttgtatag
cccattaagactagcactaaagctgctagagagatggctgctgtagagag
tcatagctctcataagacccagcttgattcagataatctgtgtttccagt
cagggcattgacctctttcttcttactgttgaccaccctcctactcatga
gtaa
gaattcaaatatcctcacttcagcctttcttcatgaacaacttctttggg
tttgtggggtataccataggtattctgagaaagtaggctctggatgccct
ctcagaggcaaaggggatgggggagaaactctgcaagtagaaactgtgag
gaggccaacttttggaaaataaataaataaatagataggtagatattaaa
aagtggaattataatattatatggtacagtgaagtaggagcatctgcaaa
ctcaccccagttctgattgtcatgcagtggacctctgtagtgtgccattt
agaaactaactatgcatatagtgttcaacctagaagggtcaagaaagaaa
ggaagaaagaaccagagaaagaaacaaagagatgcagagaaaggaaaaga
ataagggagagagggaaagagtgaaagagcaaaaatttgttcttccatgt
aattcaaattttggtgacagatttggatacatgaattcataactacagtg
gtaataaaatgtttacagcacaaggtgaaatggaattaatagaacaattt
atgtaatcaacagcaatagttaccaaattttcttttagagcttggtaaat
gcagtcattatagtaatgacttttaacctctatagcattgcataattttc
attatgacgtagtgacaattgttcaggtactcaatgttacagagagaaaa
aggatctgatgtgctgttccagttatcattttgttgcaatgaacaaactt
tcaaagagctacaaattcagggaaaaatatttatgttgcttcatatattg
ctgtattatgatagtacatagtagaggtctttcagtgcatggcttcaggg
aatctttgttggaaacttgttcacatcccattggtaccaggagccaagta
cattctcaaagtcctacacatatgacctaattctaccagttaggttctct
tctccttagtcttgataatgtccccaaaaaacctactgttgaggagaaca
gctttcaacttgaacctgtgtagacaatttagtcaaaccttctaaactca
tgtactataggatcccttctatctctttctgatctcttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_111209411_111210585
seq2: B6Ng01-059H06.b_48_1201 (reverse)

seq1  TTACTCATGAGTGAGAGTGTGTGCTCAACAGTGAGAAGAAAAGAGGGTCA  50
      ||||||||||||  ||  | ||| |||||||| ||||| ||||| |||||
seq2  TTACTCATGAGTAGGA--GGGTGGTCAACAGTAAGAAG-AAAGA-GGTCA  46

seq1  CATGCCCTGGAACTGGAGACACAGATTATACTGGAATCAAGCTGGGGTCT  100
       ||||||||  |||||| ||||||||||| || |||||||||| ||||| 
seq2  -ATGCCCTG--ACTGGAAACACAGATTAT-CT-GAATCAAGCT-GGGTC-  89

seq1  TTATGAAGAGCTATGGACTCTCTTAACCAGCAGCCATCTCTCTAGCAGCC  150
      ||||| |||||||| ||||||||    ||||||||||||||||||||| |
seq2  TTATG-AGAGCTAT-GACTCTCT---ACAGCAGCCATCTCTCTAGCAG-C  133

seq1  TTTAGTGCTAGTCTTAATGGGCTATTACCAAAAAGCTTTGATGAGTTAGA  200
      |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTGCTAGTCTTAATGGGCTA-TAC--AAAAGCTTTGATGAGTTAGA  180

seq1  GAGGAGACCCAGGGGATCTTACTGAGCTTTGTATAAATAGTTCAAGTTAT  250
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGACCCAGGGGATC-TACTGAGCTTTGTATAAATAGTTCAAGTTAT  229

seq1  CATAAGCACCCTCTTCTTTGCTACCCCAGAATAATTTGGAGGGATCCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGCACCCTCTTCTTTGCTACCCCAGAATAATTTGGAGGGATCCTGA  279

seq1  GGTTTACTGGAATTTTCAGCTCTTCCTATTGTTTTCTTTTAATTGAACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTACTGGAATTTTCAGCTCTTCCTATTGTTTTCTTTTAATTGAACTT  329

seq1  ACAATTAATAGTTACATATTCAAAACTCCAAGAATTGATTCCAGGTTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTAATAGTTACATATTCAAAACTCCAAGAATTGATTCCAGGTTGGG  379

seq1  GTCATGGTTTATGTGTAATAATATTCCAAGTGTTGTGATTTTGTTAATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGGTTTATGTGTAATAATATTCCAAGTGTTGTGATTTTGTTAATTG  429

seq1  GTATGTAAATCTATGGAGAGTGAAGAAAGGATTTTTTAGCATCCATTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTAAATCTATGGAGAGTGAAGAAAGGATTTTTTAGCATCCATTTCT  479

seq1  CCTGTCTTATCCTCTATTTCTTTTTAAATGGTTTGCAAATTCAGGGATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTTATCCTCTATTTCTTTTTAAATGGTTTGCAAATTCAGGGATAA  529

seq1  CATCAAATTTAGTGTAAATTAAACAATGCAGCTATAGTGATGTTGAGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAATTTAGTGTAAATTAAACAATGCAGCTATAGTGATGTTGAGGGA  579

seq1  CAATCAGACACGGTTGTCCACAGAAAACCTACTGCATGACTACTGCCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAGACACGGTTGTCCACAGAAAACCTACTGCATGACTACTGCCCTG  629

seq1  TCTGGGTAGTTGTGATTGTTTGTATATGCTTAGCCCAGGGAGTGGCACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTAGTTGTGATTGTTTGTATATGCTTAGCCCAGGGAGTGGCACTA  679

seq1  TTAGGAGGTGTGGCCTTAGTAGGTCCTTCACTGTGGGCATGGACTTTAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAGGTGTGGCCTTAGTAGGTCCTTCACTGTGGGCATGGACTTTAAG  729

seq1  ACCCATCTTCTAGCTGCCTGGAAACCATTCTTCTCTTAGCAGCCTTCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATCTTCTAGCTGCCTGGAAACCATTCTTCTCTTAGCAGCCTTCACA  779

seq1  TGAATATATAGAACTCTCAGCAGGAGATATAAAACTCCTTCACCATGCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATATAGAACTCTCAGCAGGAGATATAAAACTCCTTCACCATGCCT  829

seq1  GCCTGGATTCTGCCACCTTCATAATAATGGACTGAACTTGTAAGCCAGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGATTCTGCCACCTTCATAATAATGGACTGAACTTGTAAGCCAGCC  879

seq1  CCAATTAAATGTTGTCTATATAAGAGTTCCGTGGGTCATGGTATTTGTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTAAATGTTGTCTATATAAGAGTTCCGTGGGTCATGGTATTTGTTC  929

seq1  ACAGCAATGGGGACCCTAACTAAGACAGAAGTCAACATGGCATTTTTGTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAATGGGGACCCTAACTAAGACAGAAGTCAACATGGCATTTTTGTG  979

seq1  AATAGCAAGTCAATGTACTCCCTGGAGTTCAGGAACCTGTGTGTGAGCCC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCAAGTCAATGTACTCCCTGGAGTTCAGGAACCTGTGTGTGAGCCC  1029

seq1  ATAGTGTATAGTTACCAGGGAAAAGAGGACAAACTTAGGAAGAGAAACTA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGTATAGTTACCAGGGAAAAGAGGACAAACTTAGGAAGAGAAACTA  1079

seq1  GATCTATGTCATTCTGTTTGAGCCTTAGAAGCTCTTCACTAGAATCTGCT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTATGTCATTCTGTTTGAGCCTTAGAAGCTCTTCACTAGAATCTGCT  1129

seq1  CTCTTCTGTCACATTGGGAGAATTC  1175
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTGTCACATTGGGAGAATTC  1154

seq1: chr6_111118542_111119638
seq2: B6Ng01-059H06.g_69_1157

seq1  GAATTCAAATATCCTCACTTCAGCCTTTCTTCATGAACAACTTCTTTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATATCCTCACTTCAGCCTTTCTTCATGAACAACTTCTTTGGG  50

seq1  TTTGTGGGGTATACCATAGGTATTCTGAGAAAGTAGGCTCTGGATGCCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGGGTATACCATAGGTATTCTGAGAAAGTAGGCTCTGGATGCCCT  100

seq1  CTCAGAGGCAAAGGGGATGGGGGAGAAACTCTGCAAGTAGAAACTGTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGGCAAAGGGGATGGGGGAGAAACTCTGCAAGTAGAAACTGTGAG  150

seq1  GAGGCCAACTTTTGGAAAATAAATAAATAAATAGATAGGTAGATATTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCAACTTTTGGAAAATAAATAAATAAATAGATAGGTAGATATTAAA  200

seq1  AAGTGGAATTATAATATTATATGGTACAGTGAAGTAGGAGCATCTGCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGAATTATAATATTATATGGTACAGTGAAGTAGGAGCATCTGCAAA  250

seq1  CTCACCCCAGTTCTGATTGTCATGCAGTGGACCTCTGTAGTGTGCCATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCCAGTTCTGATTGTCATGCAGTGGACCTCTGTAGTGTGCCATTT  300

seq1  AGAAACTAACTATGCATATAGTGTTCAACCTAGAAGGGTCAAGAAAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTAACTATGCATATAGTGTTCAACCTAGAAGGGTCAAGAAAGAAA  350

seq1  GGAAGAAAGAACCAGAGAAAGAAACAAAGAGATGCAGAGAAAGGAAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAAAGAACCAGAGAAAGAAACAAAGAGATGCAGAGAAAGGAAAAGA  400

seq1  ATAAGGGAGAGAGGGAAAGAGTGAAAGAGCAAAAATTTGTTCTTCCATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGGAGAGAGGGAAAGAGTGAAAGAGCAAAAATTTGTTCTTCCATGT  450

seq1  AATTCAAATTTTGGTGACAGATTTGGATACATGAATTCATAACTACAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAATTTTGGTGACAGATTTGGATACATGAATTCATAACTACAGTG  500

seq1  GTAATAAAATGTTTACAGCACAAGGTGAAATGGAATTAATAGAACAATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAAAATGTTTACAGCACAAGGTGAAATGGAATTAATAGAACAATTT  550

seq1  ATGTAATCAACAGCAATAGTTACCAAATTTTCTTTTAGAGCTTGGTAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAATCAACAGCAATAGTTACCAAATTTTCTTTTAGAGCTTGGTAAAT  600

seq1  GCAGTCATTATAGTAATGACTTTTAACCTCTATAGCATTGCATAATTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCATTATAGTAATGACTTTTAACCTCTATAGCATTGCATAATTTTC  650

seq1  ATTATGACGTAGTGACAATTGTTCAGGTACTCAATGTTACAGAGAGAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGACGTAGTGACAATTGTTCAGGTACTCAATGTTACAGAGAGAAAA  700

seq1  AGGATCTGATGTGCTGTTCCAGTTATCATTTTGTTGCAATGAACAAACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTGATGTGCTGTTCCAGTTATCATTTTGTTGCAATGAACAAACTT  750

seq1  TCAAAGAGCTACAAATTCAGGGAAAAATATTTATGTTGCTTCATATATTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGAGCTACAAATTCAGGGAAAAATATTTATGTTGCTTCATATATTG  800

seq1  CTGTATTATGATAGTACATAGTAGA-GTCTTTCAGTGCATGGCTTCA-GG  848
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTGTATTATGATAGTACATAGTAGAGGTCTTTCAGTGCATGGCTTCAGGG  850

seq1  AATCTTTGTTGGAAAC-TGTTCACATCCCAATGGTACCAGGAGCCAAGTA  897
      |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTGTTGGAAACTTGTTCACATCCCATTGGTACCAGGAGCCAAGTA  900

seq1  CATTCTTCAAAGTCCTACACATATGACCTAATTCTACCAGTTA-GTTCTC  946
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CATTC-TCAAAGTCCTACACATATGACCTAATTCTACCAGTTAGGTTCTC  949

seq1  TTCTCCTTAAGTCTGCATAATGTCCCCCAAACAAACCTACCAGTTGAGGA  996
      |||||||| |||||  |||||||||||  || ||||||| | ||||||||
seq2  TTCTCCTT-AGTCTTGATAATGTCCCC--AAAAAACCTA-CTGTTGAGGA  995

seq1  GAACAAGCTTTCTACCTTGAACCTGTGGTAGACAATTATAAGTCAAACCC  1046
      |||| ||||||| | ||||||||||| |||||||||  | ||||||||| 
seq2  GAAC-AGCTTTC-AACTTGAACCTGT-GTAGACAAT--TTAGTCAAACCT  1040

seq1  TCTAAAACTCCATGTAC-ATAGATCCCCTTCTATCTCTTTCTGAATCTCT  1095
      ||| ||||| ||||||| ||||   |||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCT-AAACT-CATGTACTATAGGATCCCTTCTATCTCTTTCTG-ATCTCT  1087

seq1  TG  1097
      ||
seq2  TG  1089