BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-063F24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 27,514,576 - 27,628,861
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrm8
Upstream geneLOC100041247
Downstream gene6530409C15Rik, AA407452, LOC100041304, LOC384360, Gcc1, Arf5, Fscn3, Pax4, LOC100041350, Snd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-063F24.bB6Ng01-063F24.g
ACCDH883493DH883494
length1,1361,068
definitionDH883493|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063F24, 5' end.DH883494|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063F24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,627,687 - 27,628,861)(27,514,576 - 27,515,667)
sequence
gaattcatataatagaagcttcatatgactatcttctcagttgtaaagtt
atgcttggttatgtaaatgtaggttaaaaatgaaaacactaggtaaatag
attatttaaatatgagtaaagaaaagcataagttgctagtctaactcaat
tggatagtgactgattgtaaaaatatttgtttctgatttaattgaccaga
gattgactataaattgatttgtctaagtttaatgaattaaacttccttca
ctacaggttgataagtctaagatacttattatacattcttaactttgtga
aattgatataatgtagcattcattgtttctgatgtatgtcattatcacag
caggatacatgattttcagcacttgaaaggcaggtgtacgttggtatata
tcttggtctacataaggagaacaggccagcctgggatgcaaggttagact
ctggtctcataaataaataaataaataaataaataaataaataaataaat
aaataaataaataaatttcaacagcatttaaatttccttataaattttca
atttaagctaaaaatttaaagtgatttcttcacatatcagatataataat
agtaataaaccaaaatgtatctcatttatttctgtacttctaccaagctc
tcatttggagaatcacatcataaagagtgaaaggctaatgagttcgcagg
gttgtcttgcatgtcatctccaggatctgtgctttccatggcatttccct
gaggaagacagcctgggccagagtctggggtcaggaacttctcatggcta
acatgcatcagtccaacttggctatcttttaatattactaatgttcagat
taagaagaaagacgctcagttggctcccttgagaatttatgagagctgaa
gatttcaaaatatttcttagttgctatcacaagggtaaaggagataaaaa
gcagcttatatttttggatgttggatataaatatttctgatgatgtctca
cgatattcatatgacttactgtgttgggaacaagaaatacatgacttata
gtacgagtggagctatgagggttagtcccaccaagtcccaaatgcacttt
atggactacatataccagtttatgacaattcttttc
gaattcacacagctgtggttgcttgggcaggaactgcataaaacaaagcc
agtcaatattccagcacaggatgagatgggagagaggcacatgagaacct
gatcctttctgaggatgtattgagagacatacatatatacttatatatgt
acatatgtatacttatatatacatatatgtgtgtatatatacatatatat
atatatatatatacaataaattgatcaaatgagaacttggtaaaaaaatc
agaattaataaaaaagattatcatggaagggtaacattggagtctcttct
atttatggtatgagtttcatggaacctgctcagatgatcagtaatagagt
cccacataccacacttgtgtaagacacagcaataaccatgaaatgaaggt
cacatagcttgaaaatattaaatatagatttggtgatctggggtgtgact
atcttagtggtagaatgttttcttgctatatcctgggttggatctcttga
cattgaaaaaaaaaagacaggaataaatctagtaggggagggtatcagtg
tagatagtgactttgagagaaatgctgtggaccctaaatgtcagtctaag
tacattggaaatttgttttgcaaataataaagaaatacccaagacaggaa
catgaaaaaattaaaagagttggctgccattaacctgtatatttgtgcaa
gaaggaagcagggtaagatgttataacaataaatgtgtaaagagaaagaa
aatggacagagactagtaccaagtgaaaattagtattaggcagttaaata
attgtgaagctcatatggaaaaatatactctgagatattaaaacaaagag
tgtgaggaaactgattaaacccaaaaattaaaaaaaaaaaaaacatgtac
tttagacacatatagaagacagctgctacccactacttttgtctgctgag
atatatttgtctgcccagctatgaattgctatttgttaataaacagcata
ttgataaaatatatggagaaattttataatatactgaaagttaattgact
actaaccttttgtttatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_27627687_27628861
seq2: B6Ng01-063F24.b_48_1183 (reverse)

seq1  GAAAAGAATATGTCATATAAAAACTGTGGTATATGTTATGTCCCATATAA  50
      ||||||||| ||||||    ||||  ||||||||||   ||||   ||||
seq2  GAAAAGAAT-TGTCAT----AAAC--TGGTATATGT--AGTCC---ATAA  38

seq1  AGTGGCATCTGGGACTTGGGTTGCGACTTAACCCCTCATAGCCTCCACTC  100
      ||| |||| ||||||||||  || ||||  | ||||||||| ||||||||
seq2  AGT-GCATTTGGGACTTGG--TGGGACT--AACCCTCATAG-CTCCACTC  82

seq1  TGTACTTATTAAGTCATAGTTATTTCTTGTGTCCCAAACACAGGTAAGTC  150
       |||||   ||||||||   |||||||||| |||| |||||| |||||||
seq2  -GTACT--ATAAGTCAT--GTATTTCTTGT-TCCC-AACACA-GTAAGTC  124

seq1  ATTATGAAATATCGTTGGAGACATCATCAGAAATATTTTATTATCCAAAC  200
      | |||| ||||||||  |||||||||||||||||||||   ||||| |||
seq2  A-TATG-AATATCGT--GAGACATCATCAGAAATATTT--ATATCC-AAC  167

seq1  ATTCCAAAAATATAAGCTGCTTTTTTATCTCCTTTACCCTTGTGATTAGC  250
      | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  A-TCCAAAAATATAAGCTGC-TTTTTATCTCCTTTACCCTTGTGA-TAGC  214

seq1  AACTAAGAAATATTTTTGAAATCTTTCAGCTCTCATAAATTCTCAAGGGA  300
      |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAGAAATA-TTTTGAAATC-TTCAGCTCTCATAAATTCTCAAGGGA  262

seq1  GCCAACTGAGCGTCTTTCTTCTTAATCTGAACATTAGTAATATTAAAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACTGAGCGTCTTTCTTCTTAATCTGAACATTAGTAATATTAAAAGA  312

seq1  TAGCCAAGTTGGACTGATGCATGTTAGCCATGAGAAGTTCCTGACCCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAAGTTGGACTGATGCATGTTAGCCATGAGAAGTTCCTGACCCCAG  362

seq1  ACCTCTGGCCCAGGCTGTCTTCCTCAGGGAAATGCCATGGAAAGCACAGA  450
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CTCTGGCCCAGGCTGTCTTCCTCAGGGAAATGCCATGGAAAGCACAGA  411

seq1  TCCTGGAGATGACATGCAAGACAACCCTGCGAACTCATTAGCCTTTCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGAGATGACATGCAAGACAACCCTGCGAACTCATTAGCCTTTCACT  461

seq1  CTTTATGATGTGATTCTCCAAATGAGAGCTTGGTAGAAGTACAGAAATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGATGTGATTCTCCAAATGAGAGCTTGGTAGAAGTACAGAAATAA  511

seq1  ATGAGATACATTTTGGTTTATTACTATTATTATATCTGATATGTGAAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATACATTTTGGTTTATTACTATTATTATATCTGATATGTGAAGAA  561

seq1  ATCACTTTAAATTTTTAGCTTAAATTGAAAATTTATAAGGAAATTTAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTTTAAATTTTTAGCTTAAATTGAAAATTTATAAGGAAATTTAAAT  611

seq1  GCTGTTGAAATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGAAATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTA  661

seq1  TTTATTTATTTATTTATGAGACCAGAGTCTAACCTTGCATCCCAGGCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATTTATTTATGAGACCAGAGTCTAACCTTGCATCCCAGGCTGG  711

seq1  CCTGTTCTCCTTATGTAGACCAAGATATATACCAACGTACACCTGCCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCTCCTTATGTAGACCAAGATATATACCAACGTACACCTGCCTTT  761

seq1  CAAGTGCTGAAAATCATGTATCCTGCTGTGATAATGACATACATCAGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGCTGAAAATCATGTATCCTGCTGTGATAATGACATACATCAGAAA  811

seq1  CAATGAATGCTACATTATATCAATTTCACAAAGTTAAGAATGTATAATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAATGCTACATTATATCAATTTCACAAAGTTAAGAATGTATAATAA  861

seq1  GTATCTTAGACTTATCAACCTGTAGTGAAGGAAGTTTAATTCATTAAACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTTAGACTTATCAACCTGTAGTGAAGGAAGTTTAATTCATTAAACT  911

seq1  TAGACAAATCAATTTATAGTCAATCTCTGGTCAATTAAATCAGAAACAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAAATCAATTTATAGTCAATCTCTGGTCAATTAAATCAGAAACAAA  961

seq1  TATTTTTACAATCAGTCACTATCCAATTGAGTTAGACTAGCAACTTATGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTACAATCAGTCACTATCCAATTGAGTTAGACTAGCAACTTATGC  1011

seq1  TTTTCTTTACTCATATTTAAATAATCTATTTACCTAGTGTTTTCATTTTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTACTCATATTTAAATAATCTATTTACCTAGTGTTTTCATTTTT  1061

seq1  AACCTACATTTACATAACCAAGCATAACTTTACAACTGAGAAGATAGTCA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTACATTTACATAACCAAGCATAACTTTACAACTGAGAAGATAGTCA  1111

seq1  TATGAAGCTTCTATTATATGAATTC  1175
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGCTTCTATTATATGAATTC  1136

seq1: chr6_27514576_27515667
seq2: B6Ng01-063F24.g_67_1134

seq1  GAATTCACACAGCTGTGGTTGCTTGGGCAGGAACTGCATAAAACAAAGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACAGCTGTGGTTGCTTGGGCAGGAACTGCATAAAACAAAGCC  50

seq1  AGTCAATATTCCAGCACAGGATGAGATGGGAGAGAGGCACATGAGAACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAATATTCCAGCACAGGATGAGATGGGAGAGAGGCACATGAGAACCT  100

seq1  GATCCTTTCTGAGGATGTATTGAGAGACATACATATATACTTATATATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTTTCTGAGGATGTATTGAGAGACATACATATATACTTATATATGT  150

seq1  ACATATGTATACTTATATATACATATATGTGTGTATATATACATATATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGTATACTTATATATACATATATGTGTGTATATATACATATATAT  200

seq1  ATATATATATATACAATAAATTGATCAAATGAGAACTTGGTAAAAAAATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATACAATAAATTGATCAAATGAGAACTTGGTAAAAAAATC  250

seq1  AGAATTAATAAAAAAGATTATCATGGAAGGGTAACATTGGAGTCTCTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTAATAAAAAAGATTATCATGGAAGGGTAACATTGGAGTCTCTTCT  300

seq1  ATTTATGGTATGAGTTTCATGGAACCTGCTCAGATGATCAGTAATAGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGGTATGAGTTTCATGGAACCTGCTCAGATGATCAGTAATAGAGT  350

seq1  CCCACATACCACACTTGTGTAAGACACAGCAATAACCATGAAATGAAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATACCACACTTGTGTAAGACACAGCAATAACCATGAAATGAAGGT  400

seq1  CACATAGCTTGAAAATATTAAATATAGATTTGGTGATCTGGGGTGTGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAGCTTGAAAATATTAAATATAGATTTGGTGATCTGGGGTGTGACT  450

seq1  ATCTTAGTGGTAGAATGTTTTCTTGCTATATCCTGGGTTGGATCTCTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGTGGTAGAATGTTTTCTTGCTATATCCTGGGTTGGATCTCTTGA  500

seq1  CATTGAAAAAAAAAAGACAGGAATAAATCTAGTAGGGGAGGGTATCAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAAAAAAAAAAGACAGGAATAAATCTAGTAGGGGAGGGTATCAGTG  550

seq1  TAGATAGTGACTTTGAGAGAAATGCTGTGGACCCTAAATGTCAGTCTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGTGACTTTGAGAGAAATGCTGTGGACCCTAAATGTCAGTCTAAG  600

seq1  TACATTGGAAATTTGTTTTGCAAATAATAAAGAAATACCCAAGACAGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTGGAAATTTGTTTTGCAAATAATAAAGAAATACCCAAGACAGGAA  650

seq1  CATGAAAAAATTAAAAGAGTTGGCTGCCATTAACCTGTATATTTGTGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAAAAATTAAAAGAGTTGGCTGCCATTAACCTGTATATTTGTGCAA  700

seq1  GAAGGAAGCAGGGTAAGATGTTATAACAATAAATGTGTAAAGAGAAAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAGCAGGGTAAGATGTTATAACAATAAATGTGTAAAGAGAAAGAA  750

seq1  AATGGACAGAGACTAGTACCAAGTGAAAATTAGTATTAGGCAGTTAAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGACAGAGACTAGTACCAAGTGAAAATTAGTATTAGGCAGTTAAATA  800

seq1  ATTGTGAAGCTCATATGGAAAAATATACTCTGAGATATTAAAACAAAAGA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATTGTGAAGCTCATATGGAAAAATATACTCTGAGATATTAAAAC-AAAGA  849

seq1  GTGTTGAGGAAACTGATTAAACCAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAACATGT  900
      ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTG-TGAGGAAACTGATTAAACCCAAAAATTAAAAAAAAAAAAAACATGT  898

seq1  ACTTTAGACACAATATAGAAGACAAGCTGCTACCCACTACCTATGTCTGC  950
      ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| 
seq2  ACTTTAGACAC-ATATAGAAGAC-AGCTGCTACCCACTACTTTTGTCTG-  945

seq1  CTGAGGATTATATTTGTCTTGCCCAAGCTATGAAATTTGCTATTTGTTAA  1000
      |||||   |||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||
seq2  CTGAG--ATATATTTGTC-TGCCC-AGCTATGAA--TTGCTATTTGTTAA  989

seq1  TTAAACACAGCATATTTGATAAAATATAATTGAGATATTTTATAATATAC  1050
      |   | |||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||
seq2  T---AAACAGCATA-TTGATAAAATAT-ATGGAGAAATTTTATAATATAC  1034

seq1  TGAAAAGTTATAATTTAACTACTTTAACCTTTTTTTTTTATC  1092
      || ||||||   | || |||||  |||||  |||| ||||||
seq2  TG-AAAGTT---AATTGACTAC--TAACC--TTTTGTTTATC  1068