BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-067K02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 39,424,442 - 39,537,274
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDennd2a, Adck2
Upstream geneD130059P03Rik, 3110054G05Rik, 1110001J03Rik, LOC621228, Luc7l2, Klrg2, LOC665180, Hipk2, Tbxas1, 1700025N23Rik, Parp12, 4930599N23Rik, A630082K20Rik, Slc37a3, Rab19, Mkrn1, ENSMUSG00000068601
Downstream geneNdufb2, Braf, Fth-ps2, Mrps33, LOC665247, LOC665254, EG434008, Agk, E330009J07Rik, BC052883, Ssbp1, Tas2r137, Tas2r108, 1700016G05Rik, LOC669661, Olfr461, Olfr460, Clec5a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-067K02.bB6Ng01-067K02.g
ACCDH886456DH886457
length1,131820
definitionDH886456|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067K02, 5' end.DH886457|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067K02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,536,130 - 39,537,274)(39,424,442 - 39,425,257)
sequence
gaattctcccatctccccacctccctcccagcaggcagaagggtatacta
gggctactagtggcacccaggacaagggtgcatccctcacctaagcacca
tcaacaaaagccaagaagggaaagaatgaaaataatctggctggaccctt
tctatgtctttaaatatattttctacatctaaagattattgtactttgac
tacatagattgagatatcctcagactttgttctgaagggatcacaagccc
actgggcctacatcagaagataaagaaatagtcattatgcaaaaaaagct
gaggaaaagaaggtttacccattctactgcctgtgccctactccaccctt
ttcccaagacttctctttaaccacacctcaccttatgggtcatcagtagc
ttaaagacactggataggaggctggaaacatgaagctgcaaaacaaaagg
tcccagtagaatccagaagtatttcttccccttccagagtcctgtccttt
gacacttaccactccacatcactacgctcacaagtatgtgcacacactac
ccaacaaacatcacaaaggaatttaccaatagaggtccatcccacctcaa
gtttcaagtcacaaatgcctgcagaggaaacctcagagtcatgtccaccc
cattcttctccccatccctggccacactcagaactctctaaggaagcaga
ctagggtgtattgaggtagcagaagcagaggcttgcctagtggatgcaca
tgtcgtgcattcgtgagcgcacacgtggaagtgcatgtgatttgtaacca
cctgaataagccagatcgtcatcagcagtatctactctgtgcatagcaag
tcctgctgaaataggccatcaactcagcaaagacaggcgactagctgaag
tgagtacaccacagactctgagggagaccaaacaagggacacaggcttat
gcacacctttggggtgctgctgccctgcatgttcagtgtctcacaacagc
tattccctaagtaaagcaaggctctacagcgagaagcctgtaatttcagt
tggcccgtggggcttcttgagaagatatgaacaagaaagttgggggttct
gtttgttagttgttgttttagctacctaaaa
gaattctgcactcatgggtggggcagagggtgggtgctgcagggaaaggg
gaaatagagcctgagggggactcttggaggaagctggggcagagcccaag
tgtctcgctgagcactggctgttgcagaagaggcatttgtgaaggatggc
caaggagagctgtctcacagctggctcccattactgtgggggtggaggaa
ctgccaagctcccacagctgtgaccaattgtgcagaagtgggggagggaa
gagaatcccccagtaggaaggtggctgggccagagagagggctcagtgat
ggacgcaggtgagagagggaggtcaggcctcgagacgagacgtttagtat
tgggtggtggtttcctaagggctgaagcactgtgctagaacatcagcatg
tgcttgtgagagttaacatctggaaatgtttcggttctgggtgcttgggt
tcctgaatcagacacccaggagcagctcagatgatgagcaggcaggtatc
ccactgcacgccatttccaagaacaggagtgaagggttaaaactcaggtt
gtgctgctcatgatgaaacctcccaaaattgtatcaccaagcaagactac
catgttttctctgactgcacctttaactctcaagtaacatgtcgccgagt
tttaaaaaggcacacatggcccttgaagggtctcattctgctatcttctg
tgtgacttcaaaagaacctttcactaccttaggcccctcactctacccct
acggtagatttgagccgggcctagacgagtcccagtgtccccctccagcc
tttgcagtcacccactctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_39536130_39537274
seq2: B6Ng01-067K02.b_42_1172 (reverse)

seq1  TTTTAGTGTAGCTAAAAAACAACCAACTAACAAACAGAACCCCCAACTTT  50
      |||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTTAG-GTAGCT--AAAACAA-CAACTAACAAACAGAACCCCCAAC-TT  45

seq1  TCTTGTTCCATATCTTCCTTCAAGAAGCCCCACGGGCCAACTGAAATTAC  100
      ||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTT-CATATCTTC--TCAAGAAGCCCCACGGGCCAACTGAAATTAC  92

seq1  AGGCTTCTCGCTGGTAGAGCCCTTGCTTTACTTAGGGAATAGCTGTTGTG  150
      |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGGCTTCTCGCT-GTAGAG-CCTTGCTTTACTTAGGGAATAGCTGTTGT-  139

seq1  GAGACACCTGAACATGCAGGGCAGCAGCACCCCAAAGGTGTGCATAAGCC  200
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACA-CTGAACATGCAGGGCAGCAGCACCCCAAAGGTGTGCATAAGCC  188

seq1  TGTGTCCCTTGTTTGGTCTCCCTCAGAGTCTGTGGTGTACTCACTTTCAG  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGTGTCCCTTGTTTGGTCTCCCTCAGAGTCTGTGGTGTACTCAC-TTCAG  237

seq1  CTAAGTCGCCTGTCTTTGCTGAGTTGATGGCCTATTTCAGCAGGACTTGC  300
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CT-AGTCGCCTGTCTTTGCTGAGTTGATGGCCTATTTCAGCAGGACTTGC  286

seq1  TATGCACAGAGTAGATACTGCTGATGACGATCTGGCTTATTCAGGTGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACAGAGTAGATACTGCTGATGACGATCTGGCTTATTCAGGTGGTT  336

seq1  ACAAATCACATGCACTTCCACGTGTGCGCTCACGAATGCACGACATGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCACATGCACTTCCACGTGTGCGCTCACGAATGCACGACATGTGC  386

seq1  ATCCACTAGGCAAGCCTCTGCTTCTGCTACCTCAATACACCCTAGTCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACTAGGCAAGCCTCTGCTTCTGCTACCTCAATACACCCTAGTCTGC  436

seq1  TTCCTTAGAGAGTTCTGAGTGTGGCCAGGGATGGGGAGAAGAATGGGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTAGAGAGTTCTGAGTGTGGCCAGGGATGGGGAGAAGAATGGGGTG  486

seq1  GACATGACTCTGAGGTTTCCTCTGCAGGCATTTGTGACTTGAAACTTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGACTCTGAGGTTTCCTCTGCAGGCATTTGTGACTTGAAACTTGAG  536

seq1  GTGGGATGGACCTCTATTGGTAAATTCCTTTGTGATGTTTGTTGGGTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGATGGACCTCTATTGGTAAATTCCTTTGTGATGTTTGTTGGGTAGT  586

seq1  GTGTGCACATACTTGTGAGCGTAGTGATGTGGAGTGGTAAGTGTCAAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCACATACTTGTGAGCGTAGTGATGTGGAGTGGTAAGTGTCAAAGG  636

seq1  ACAGGACTCTGGAAGGGGAAGAAATACTTCTGGATTCTACTGGGACCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGACTCTGGAAGGGGAAGAAATACTTCTGGATTCTACTGGGACCTTT  686

seq1  TGTTTTGCAGCTTCATGTTTCCAGCCTCCTATCCAGTGTCTTTAAGCTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGCAGCTTCATGTTTCCAGCCTCCTATCCAGTGTCTTTAAGCTAC  736

seq1  TGATGACCCATAAGGTGAGGTGTGGTTAAAGAGAAGTCTTGGGAAAAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGACCCATAAGGTGAGGTGTGGTTAAAGAGAAGTCTTGGGAAAAGGG  786

seq1  TGGAGTAGGGCACAGGCAGTAGAATGGGTAAACCTTCTTTTCCTCAGCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTAGGGCACAGGCAGTAGAATGGGTAAACCTTCTTTTCCTCAGCTT  836

seq1  TTTTTGCATAATGACTATTTCTTTATCTTCTGATGTAGGCCCAGTGGGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCATAATGACTATTTCTTTATCTTCTGATGTAGGCCCAGTGGGCT  886

seq1  TGTGATCCCTTCAGAACAAAGTCTGAGGATATCTCAATCTATGTAGTCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCCCTTCAGAACAAAGTCTGAGGATATCTCAATCTATGTAGTCAA  936

seq1  AGTACAATAATCTTTAGATGTAGAAAATATATTTAAAGACATAGAAAGGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAATAATCTTTAGATGTAGAAAATATATTTAAAGACATAGAAAGGG  986

seq1  TCCAGCCAGATTATTTTCATTCTTTCCCTTCTTGGCTTTTGTTGATGGTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCAGATTATTTTCATTCTTTCCCTTCTTGGCTTTTGTTGATGGTG  1036

seq1  CTTAGGTGAGGGATGCACCCTTGTCCTGGGTGCCACTAGTAGCCCTAGTA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGTGAGGGATGCACCCTTGTCCTGGGTGCCACTAGTAGCCCTAGTA  1086

seq1  TACCCTTCTGCCTGCTGGGAGGGAGGTGGGGAGATGGGAGAATTC  1145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTTCTGCCTGCTGGGAGGGAGGTGGGGAGATGGGAGAATTC  1131

seq1: chr6_39424442_39425257
seq2: B6Ng01-067K02.g_66_885

seq1  GAATTCTGCACTCATGGGTGGGGCAGAGGGTGGGTGCTGCAGGGAAAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCACTCATGGGTGGGGCAGAGGGTGGGTGCTGCAGGGAAAGGG  50

seq1  GAAATAGAGCCTGAGGGGGACTCTTGGAGGAAGCTGGGGCAGAGCCCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGAGCCTGAGGGGGACTCTTGGAGGAAGCTGGGGCAGAGCCCAAG  100

seq1  TGTCTCGCTGAGCACTGGCTGTTGCAGAAGAGGCATTTGTGAAGGATGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCGCTGAGCACTGGCTGTTGCAGAAGAGGCATTTGTGAAGGATGGC  150

seq1  CAAGGAGAGCTGTCTCACAGCTGGCTCCCATTACTGTGGGGGTGGAGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGAGCTGTCTCACAGCTGGCTCCCATTACTGTGGGGGTGGAGGAA  200

seq1  CTGCCAAGCTCCCACAGCTGTGACCAATTGTGCAGAAGTGGGGGAGGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAAGCTCCCACAGCTGTGACCAATTGTGCAGAAGTGGGGGAGGGAA  250

seq1  GAGAATCCCCCAGTAGGAAGGTGGCTGGGCCAGAGAGAGGGCTCAGTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATCCCCCAGTAGGAAGGTGGCTGGGCCAGAGAGAGGGCTCAGTGAT  300

seq1  GGACGCAGGTGAGAGAGGGAGGTCAGGCCTCGAGACGAGACGTTTAGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGCAGGTGAGAGAGGGAGGTCAGGCCTCGAGACGAGACGTTTAGTAT  350

seq1  TGGGTGGTGGTTTCCTAAGGGCTGAAGCACTGTGCTAGAACATCAGCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGTGGTTTCCTAAGGGCTGAAGCACTGTGCTAGAACATCAGCATG  400

seq1  TGCTTGTGAGAGTTAACATCTGGAAATGTTTCGGTTCTGGGTGCTTGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTGAGAGTTAACATCTGGAAATGTTTCGGTTCTGGGTGCTTGGGT  450

seq1  TCCTGAATCAGACACCCAGGAGCAGCTCAGATGATGAGCAGGCAGGTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAATCAGACACCCAGGAGCAGCTCAGATGATGAGCAGGCAGGTATC  500

seq1  CCACTGCACGCCATTTCCAAGAACAGGAGTGAAGGGTTAAAACTCAGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGCACGCCATTTCCAAGAACAGGAGTGAAGGGTTAAAACTCAGGTT  550

seq1  GTGCTGCTCATGATGAAACCTCCCAAAATTGTATCACCAAGCAAGACTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCTCATGATGAAACCTCCCAAAATTGTATCACCAAGCAAGACTAC  600

seq1  CATG-TTTCTCTGACTGCACCTTTAACTCTCAAGTAACATGTCGCCGAGT  649
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTCTCTGACTGCACCTTTAACTCTCAAGTAACATGTCGCCGAGT  650

seq1  TT--AAAAGGCACACATGGCCCTTGAAGGGTCTCATTCTGCTATCTTCTG  697
      ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAGGCACACATGGCCCTTGAAGGGTCTCATTCTGCTATCTTCTG  700

seq1  TGTGACTTCAGAAAGAACCTTTCACTACCTTAGGCCCCCCACTCTACCCC  747
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGTGACTTCA-AAAGAACCTTTCACTACCTTAGGCCCCTCACTCTACCCC  749

seq1  TACGGTAGATATGAGCC-GGCCTAGACGAGTCCCAGTGT-CCCCTCCAGC  795
      |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TACGGTAGATTTGAGCCGGGCCTAGACGAGTCCCAGTGTCCCCCTCCAGC  799

seq1  CTTAGCAGCCACCCACTCTGA  816
      ||| |||| ||||||||||||
seq2  CTTTGCAGTCACCCACTCTGA  820