BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-068C23
Chromosome6 (Build37)
Map Location 52,163,899 - 52,337,312
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHoxa7, Hoxa9, Hoxa10, Hoxa11, Hoxa13, Evx1, EG666487
Upstream geneEG625167, Nfe2l3, Hnrpa2b1, Cbx3, Snx10, LOC100041820, Skap2, LOC666391, Hoxa1, Hoxa2, Hoxa3, Hoxa4, Hoxa5, Hoxa6
Downstream gene1700094M24Rik, EG545841, Hibadh, Tax1bp1, Jazf1, LOC666259, LOC666516, D430007I03
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-068C23.bB6Ng01-068C23.g
ACCDH886848DH886849
length1,2191,071
definitionDH886848|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068C23, 5' end.DH886849|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068C23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,336,082 - 52,337,312)(52,163,899 - 52,164,988)
sequence
gaattcatcctttttgacaaggtgaatagggtgaggctctcacagctgga
tcttaacctaatagggaggatagggagatcagccatgacaaactgggacc
cagagtaactcaactagatggcaggtgactgagaagactgggctacgttt
aagtgtataatgtcccagcacttaaagcaggtattgatgtccacatataa
ctccttatcctcttcctcttcatcttcctcctcttcttcctccttccaga
ttagctaaacgttcctctatcctctattctgacaaaattccacaaaggta
tttagaaaaagtcacattgaaattgaggtaagatgccagcaaggtggcac
agtgggtaaaggctcttacctacaagcctgatgatctgaatttaatccct
aagacccgcatggctgactcccatggatagttctctgatctccatatgtg
cactgtggcacagccacatacagttaacaagttaataaaaatgtaaagga
atcagggatgaccttaaaaggcagaggcaggaaatctctctaagtttcag
gcctgtttggtctatacagcaagtttcagaccatccagggctaaataaga
agactctatttcaaaagaaaagaaaaaggcaggaggattgaagtagagat
aaataataatagtagtagcagtggcagtagctgcagcagcagcagcagca
gcagcagcagcagcagcagcagtagtagtagcagcagcagcaacagtagt
agaagcagcagcaataacagcaacagcagcagtagcagtaatagaagcag
cagcagcagcagtagcagtagcagcagcagcagcagcaataacaacagca
gcagcagcagtagtagaagcagcaatagcagcaacagcagcagtagcagt
aataacagcagcagcagcagcaacaggaaggaggaagtggtttactttag
actcccaaacaatggagttgctttaatgtttgcatcacattaggcaaatg
accaagtcaacttaaaaaaccaaacaaaacaccaccataataacaacaaa
ccccctcaagcctcatcatgagattggaaatttaaacaatgaggaaaacc
tgcatattttcgttcataagcctcaggaattacgtagtgggtaattggac
ctatttggggctttttattaaggcctggataagaatcgctggatggagcg
agatatgacctggtcatta
gaattccatgtctttcctacccctggactgtactcaggacgcatgtggaa
tccgggatcaattggagggtaggtaatacccttttagagctcagtctaca
cctttagaggaaagttgaatttggaattcgttcatggaatttatgaaagt
ttgagaggccgtagatagaatatgtagcattaacaaatagtcttttttca
atggatctaaatagatattggtgcacatacaatagccagacaaaaaccat
ctacaaagaggaaggcatatatacaattatagtcacagaaaaacacagaa
acccacacacacaattatagacatgagaaatgttgatgcacacgcatgtg
tgtgggaatgcatacaattataactataagcaagcacacagagaaataga
aatgtgcttaagtacacataaaaacatgtgaaaagagacatgatacattt
gtccatgaatagctaaaatttggactcagggacagtggctctgcatttgt
ttcccgtgtctctttggcctacagccagggctggtccttcagctatggcc
acttccccttgcacaagaccctctggataaagcagtccgtgtttctttgt
caccaagcatctttattgttacataaaacacaggtagctgggctgggaag
cgtgccttctctgaaccccaggctggggggtgggacgggacatgaggaga
caagggagatgatggccccggtgggtgctggacttcccccacccactaca
gaattagttcaatacaacacaccatgctacaaagtcaccccattaaaaca
tccttccaaagtcaagacattcctttacaaatgagctccaagattataga
aatgacaacaacacaaaaaaaatctggttcaaatatacagtatttgtcct
tgtagaaagtcagggtatacatatttgacatggctgaacagtagacacaa
aagcagggggagagacatgagtctgggacatctccttagtccacaaaaca
aaccaaagctattcagagatgcagcagctcgggatgctcccctctgaagt
agggtaatgacctgactttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_52336082_52337312
seq2: B6Ng01-068C23.b_47_1265 (reverse)

seq1  TAATGACCAGCT-AAATCTGCTTACAATCAGACGA-TCTAATCCAGACCT  48
      |||||||||| | | ||||   | ||  ||| ||| ||| |||||| |||
seq2  TAATGACCAGGTCATATCTCGCTCCATCCAG-CGATTCTTATCCAGGCCT  49

seq1  TAAT-AAAAGCCCCAAATTAACGTCAAATTACCCAACTAACTGTAATTCC  97
      |||| |||||||||||||  | ||| |||||||| ||||   ||||||||
seq2  TAATAAAAAGCCCCAAAT--AGGTCCAATTACCC-ACTA--CGTAATTCC  94

seq1  TGAAGCTTATTGAACTGAAAATATGCA-GTTTTTCTCATTGTTTAAATTC  146
      ||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| 
seq2  TGAGGCTTA-TGAAC-GAAAATATGCAGGTTTTCCTCATTGTTTAAATT-  141

seq1  TCCAAATTCTCATTGATTGAGGCTTGA-GGGGTTTGTTGTTATTATTGTT  195
      |||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| || |
seq2  TCCAA--TCTCA-TGA-TGAGGCTTGAGGGGGTTTGTTGTTATTA-TGGT  186

seq1  GTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTAAGTTGACTTGGTCATTTGCCTAATGTTG  245
      | ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGTGTTTTG-TTTGGTTTTTTAAGTTGACTTGGTCATTTGCCTAATG-TG  234

seq1  ATGCAAACATTAAAGCAACTCCATTGTTTGGGAGTCTAAAGTAAACCACT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATGCAAACATTAAAGCAACTCCATTGTTTGGGAGTCTAAAGTAAACCAC-  283

seq1  TTCCTCCTTCCTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGTTATTACTGCTACTGCTGC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCTTCCTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGTTATTACTGCTACTGCTGC  333

seq1  TGTTGCTGCTATTGCTGCTTCTACTACTGCTGCTGCTGCTGTTGTTATTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTGCTATTGCTGCTTCTACTACTGCTGCTGCTGCTGTTGTTATTG  383

seq1  CTGCTGCTGCTGCTGCTACTGCTACTGCTGCTGCTGCTGCTTCTATTACT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCTGCTGCTGCTACTGCTACTGCTGCTGCTGCTGCTTCTATTACT  433

seq1  GCTACTGCTGCTGTTGCTGTTATTGCTGCTGCTTCTACTACTGTTGCTGC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTGCTGCTGTTGCTGTTATTGCTGCTGCTTCTACTACTGTTGCTGC  483

seq1  TGCTGCTACTACTACTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTACTACTACTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG  533

seq1  CTGCAGCTACTGCCACTGCTACTACTATTATTATTTATCTCTACTTCAAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGCTACTGCCACTGCTACTACTATTATTATTTATCTCTACTTCAAT  583

seq1  CCTCCTGCCTTTTTCTTTTCTTTTGAAATAGAGTCTTCTTATTTAGCCCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGCCTTTTTCTTTTCTTTTGAAATAGAGTCTTCTTATTTAGCCCT  633

seq1  GGATGGTCTGAAACTTGCTGTATAGACCAAACAGGCCTGAAACTTAGAGA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGTCTGAAACTTGCTGTATAGACCAAACAGGCCTGAAACTTAGAGA  683

seq1  GATTTCCTGCCTCTGCCTTTTAAGGTCATCCCTGATTCCTTTACATTTTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCCTGCCTCTGCCTTTTAAGGTCATCCCTGATTCCTTTACATTTTT  733

seq1  ATTAACTTGTTAACTGTATGTGGCTGTGCCACAGTGCACATATGGAGATC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTTGTTAACTGTATGTGGCTGTGCCACAGTGCACATATGGAGATC  783

seq1  AGAGAACTATCCATGGGAGTCAGCCATGCGGGTCTTAGGGATTAAATTCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACTATCCATGGGAGTCAGCCATGCGGGTCTTAGGGATTAAATTCA  833

seq1  GATCATCAGGCTTGTAGGTAAGAGCCTTTACCCACTGTGCCACCTTGCTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATCAGGCTTGTAGGTAAGAGCCTTTACCCACTGTGCCACCTTGCTG  883

seq1  GCATCTTACCTCAATTTCAATGTGACTTTTTCTAAATACCTTTGTGGAAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTTACCTCAATTTCAATGTGACTTTTTCTAAATACCTTTGTGGAAT  933

seq1  TTTGTCAGAATAGAGGATAGAGGAACGTTTAGCTAATCTGGAAGGAGGAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCAGAATAGAGGATAGAGGAACGTTTAGCTAATCTGGAAGGAGGAA  983

seq1  GAAGAGGAGGAAGATGAAGAGGAAGAGGATAAGGAGTTATATGTGGACAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGAGGAAGATGAAGAGGAAGAGGATAAGGAGTTATATGTGGACAT  1033

seq1  CAATACCTGCTTTAAGTGCTGGGACATTATACACTTAAACGTAGCCCAGT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACCTGCTTTAAGTGCTGGGACATTATACACTTAAACGTAGCCCAGT  1083

seq1  CTTCTCAGTCACCTGCCATCTAGTTGAGTTACTCTGGGTCCCAGTTTGTC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCAGTCACCTGCCATCTAGTTGAGTTACTCTGGGTCCCAGTTTGTC  1133

seq1  ATGGCTGATCTCCCTATCCTCCCTATTAGGTTAAGATCCAGCTGTGAGAG  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGATCTCCCTATCCTCCCTATTAGGTTAAGATCCAGCTGTGAGAG  1183

seq1  CCTCACCCTATTCACCTTGTCAAAAAGGATGAATTC  1231
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACCCTATTCACCTTGTCAAAAAGGATGAATTC  1219

seq1: chr6_52163899_52164988
seq2: B6Ng01-068C23.g_69_1139

seq1  GAATTCCATGTCTTTCCTACCCCTGGACTGTACTCAGGACGCATGTGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGTCTTTCCTACCCCTGGACTGTACTCAGGACGCATGTGGAA  50

seq1  TCCGGGATCAATTGGAGGGTAGGTAATACCCTTTTAGAGCTCAGTCTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGGATCAATTGGAGGGTAGGTAATACCCTTTTAGAGCTCAGTCTACA  100

seq1  CCTTTAGAGGAAAGTTGAATTTGGAATTCGTTCATGGAATTTATGAAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAGAGGAAAGTTGAATTTGGAATTCGTTCATGGAATTTATGAAAGT  150

seq1  TTGAGAGGCCGTAGATAGAATATGTAGCATTAACAAATAGTCTTTTTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAGGCCGTAGATAGAATATGTAGCATTAACAAATAGTCTTTTTTCA  200

seq1  ATGGATCTAAATAGATATTGGTGCACATACAATAGCCAGACAAAAACCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATCTAAATAGATATTGGTGCACATACAATAGCCAGACAAAAACCAT  250

seq1  CTACAAAGAGGAAGGCATATATACAATTATAGTCACAGAAAAACACAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAGAGGAAGGCATATATACAATTATAGTCACAGAAAAACACAGAA  300

seq1  ACCCACACACACAATTATAGACATGAGAAATGTTGATGCACACGCATGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACACACACAATTATAGACATGAGAAATGTTGATGCACACGCATGTG  350

seq1  TGTGGGAATGCATACAATTATAACTATAAGCAAGCACACAGAGAAATAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGAATGCATACAATTATAACTATAAGCAAGCACACAGAGAAATAGA  400

seq1  AATGTGCTTAAGTACACATAAAAACATGTGAAAAGAGACATGATACATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGCTTAAGTACACATAAAAACATGTGAAAAGAGACATGATACATTT  450

seq1  GTCCATGAATAGCTAAAATTTGGACTCAGGGACAGTGGCTCTGCATTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATGAATAGCTAAAATTTGGACTCAGGGACAGTGGCTCTGCATTTGT  500

seq1  TTCCCGTGTCTCTTTGGCCTACAGCCAGGGCTGGTCCTTCAGCTATGGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGTGTCTCTTTGGCCTACAGCCAGGGCTGGTCCTTCAGCTATGGCC  550

seq1  ACTTCCCCTTGCACAAGACCCTCTGGATAAAGCAGTCCGTGTTTCTTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCCTTGCACAAGACCCTCTGGATAAAGCAGTCCGTGTTTCTTTGT  600

seq1  CACCAAGCATCTTTATTGTTACATAAAACACAGGTAGCTGGGCTGGGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAGCATCTTTATTGTTACATAAAACACAGGTAGCTGGGCTGGGAAG  650

seq1  CGTGCCTTCTCTGAACCCCAGGCTGGGGGGTGGGACGGGACATGAGGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCCTTCTCTGAACCCCAGGCTGGGGGGTGGGACGGGACATGAGGAGA  700

seq1  CAAGGGAGATGATGGCCCCGGTGGGTGCTGGACTTCCCCCACCCACTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGAGATGATGGCCCCGGTGGGTGCTGGACTTCCCCCACCCACTACA  750

seq1  GAATTAGTTCAATACAACACACCATGCTACAAAGTCACCCCATTAAAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAGTTCAATACAACACACCATGCTACAAAGTCACCCCATTAAAACA  800

seq1  TCCTTCCAAAGTCAAGACATTCCTTTACAAATGAGCTCCAAGATTATAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCAAAGTCAAGACATTCCTTTACAAATGAGCTCCAAGATTATAGA  850

seq1  AATGACAACAACACAAAAAAAATCTGGTTCAAATATACAGTATTTGTCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACAACAACACAAAAAAAATCTGGTTCAAATATACAGTATTTGTCCT  900

seq1  TGTAGGAAAAGTCAGGGTATACATATTTGACATGGCTGAACAGTAGGACA  950
      |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGTAG--AAAGTCAGGGTATACATATTTGACATGGCTGAACAGTA-GACA  947

seq1  CAAAAGCAAGGGGGAGAGGACAGTGAGTCTGGGAACATCTCCTTAGTCCC  1000
      ||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  CAAAAGC-AGGGGGAGA-GACA-TGAGTCTGGG-ACATCTCCTTAGT-CC  992

seq1  ACAAAAACAAAACCCAGAGCTATTCCAGAGGATGGCAGCCAGCTCGGGAA  1050
      || ||||||||  ||| ||||||| |||| ||| |||| ||||||||| |
seq2  AC-AAAACAAA--CCAAAGCTATT-CAGA-GAT-GCAG-CAGCTCGGG-A  1034

seq1  TGCTCCCCTCCTGAAGTAGGGTTAATGGCCCTGACCTTGT  1090
      ||||||||| ||||||||||| |||| | |||||| ||||
seq2  TGCTCCCCT-CTGAAGTAGGG-TAAT-GACCTGACTTTGT  1071