BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069J08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 57,406,235 - 57,549,266
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpm1k, Herc5
Upstream geneEG666688, Lsm5, 5830411G16Rik, LOC100042288, Kbtbd2, Fkbp9, Nt5c3, LOC100042327, V1rc21, V1rc19, V1rc20, EG434016, V1rc32, V1rc30, V1rc1, V1rc3, EG626397, V1rc4, V1rc5, V1rc7, V1rc6, LOC100041445, V1r-ps6, V1rc29, V1rc16, V1rc26, V1rc27, EG434017, LOC666822
Downstream genePigy, Lancl2, AW146242, V1rc28, LOC626582, V1rc23, V1rc24, LOC100041514, V1rc18, V1rc8, V1rc17, EG633683, LOC626649, LOC626659, LOC626672, LOC666893, LOC100041571, V1rc33, LOC626724, V1rc25, V1rc2, LOC666928, V1rc22, LOC626817, EG626828, LOC666954, Abcg2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069J08.bB6Ng01-069J08.g
ACCDH887847DH887848
length1,0951,143
definitionDH887847|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069J08, 5' end.DH887848|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069J08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,548,216 - 57,549,266)(57,406,235 - 57,407,387)
sequence
gaattcataacaatggcctgactgtcactcacagacatcgtgatctaatt
ttcagcttaacctgagcatcaagaattttaaaggcatcctatggtagaca
gatggtttacatcccaaggccagagcctgtaaatatgataggttacctgg
caaacagccaataaggaagccagtcgaattttaaaacgctgaccagttga
cattcaaatagacaggttagtctaaatgatccaggggggcccaatgttat
tcctttagctaagggagctagaggcaaaagagccagtgtgatcatagcat
gatttttaaaagacttaatctgacaacacaggctttggagaaacaggaaa
tagcctattaatgccagagtcctatatagaagctagacaagacaagaaaa
tggggactcttgttcagaaccttcaggagacaaggcaaccctgctggctg
agaccaaggaacagactcctctgagtctacatttagaaaaagcattgttt
taaattgttaatttgtgatgttattccagaagcaagaggaagctgataca
gctttccaggtcatgccagagtgagtttgggaaccacggtgatgtacact
gtggcaggccactcttccagctacaaaggaataacaacttgttagaagga
caaaactattttcttacctttaactttgttcccgctgagagccaactgcc
cagatctgttgctcccccagccaaatgatgtccccgtgagagacagagca
aaactgtgtgtgccacctgcagcaacctgagccagtgggatcccctccag
agacttcaccttctgtggaatagcttgagaacgggaattcttccccaggc
ccagttgtccttcactgttccttccccatgaaaacacgtggccatctaca
tacatgaagaacacttaagaactgtacacctactggattcccaacacagt
aaatctatcactcagttacacacacacactcacacacacacacacacaca
cacacacacacacactggttttaaagatgtacattgacaaaggagcaaca
tatttgaaaattgagtagaattctagtatacattataactgtaaa
gaattcatcacttaaaagaaaaataaaatcacacagaaggtttcattctt
attaaaagaactagagtgtatccagataattttaacccatttcctagaag
acagtgagctttctctcatcgtctgagagctcacgcatgtggacttaaag
tagctggatgatactcctcttagcccacaattgagtaccccaagaaccaa
atgtttctctcactgtttatatttcttagatttaaatttttagatttaat
tttttgtgatatttagttgttccacaaatatatctttaaatgataaaata
atcttggtcttagagaagtttcaagtgaagatattatgtcctttcatttg
atcaggccttgtccttatggctgctggcttaacctaagcccatacgttat
tccaaaactaacatttaagagatccaaggcttttaatgtcctatatattc
tcattacacagtatagtttggataaaattttaaaatctagtttttaaata
taactttaattctctttactctagttgtagataaccaaagtttgggaatt
atacaaaagatagcaatcttaaataacaacacctatgttgttttatacac
taagtattgatgtttctagctttaagtattatctaaaaagttctataatg
caattatccagccttttaaaaaaatcgttaaagaatgtttgtattttaca
aataaaaagggaagacaatactaaagtgaatggaggtgttatttccagcc
acttaaatataagtaagatagctcatacagtacaaataactataaacagg
gacatatcgtcaatctagttaaaatatgtacattttggccattttaaata
catctttccttcatttgttagctttactccattaggtcaaattgtgtctt
taattatttgattgtagatatagtcatcccacttcacgtgctatgacagt
agataagagcatagaaaatcatcagatctgcatcatgagcagatggttac
accatccagattttgtttcttagtggcctttacctgttacaggtatttga
ttattggtatgtagaacactaattattagcaaaatgtccaagcttaatag
ggttaacattattcagttgctgttagggtgttctggagagatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_57548216_57549266
seq2: B6Ng01-069J08.b_93_1136 (reverse)

seq1  TTTACAGTGTAT-ATGTATACTAGAATACTACTTCAATATTTCAAATATG  49
      |||||||| ||| |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||
seq2  TTTACAGT-TATAATGTATACTAGAATTCTAC-TCAAT-TTTCAAATATG  47

seq1  TATGCTTCCTTTGTCAATGGTACATCTATAAAACCAGTGTGTGTGTGTGT  99
      | ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  T-TGC-TCCTTTGTCAAT-GTACATCTTTAAAACCAGTGTGTGTGTGTGT  94

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTAACTGAGGTGATAGAT  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTAACTGA-GTGATAGA-  142

seq1  TTTACTGTGTTGGGAATCCAGTAGGTGTACAGTTCTTAAGTGTTCTTCAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTGTGTTGGGAATCCAGTAGGTGTACAGTTCTTAAGTGTTCTTCAT  192

seq1  GTATGTAGATGGCCACGTGTTTTCATGGGGAAGGAACAGTGAAGGACAAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTAGATGGCCACGTGTTTTCATGGGGAAGGAACAGTGAAGGACAAC  242

seq1  TGGGCCTGGGGAAGAATTCCCGTTCTCAAGCTATTCCACAGAAGGTGAAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTGGGGAAGAATTCCCGTTCTCAAGCTATTCCACAGAAGGTGAAG  292

seq1  TCTCTGGAGGGGATCCCACTGGCTCAGGTTGCTGCAGGTGGCACACACAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGAGGGGATCCCACTGGCTCAGGTTGCTGCAGGTGGCACACACAG  342

seq1  TTTTGCTCTGTCTCTCACGGGGACATCATTTGGCTGGGGGAGCAACAGAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTCTGTCTCTCACGGGGACATCATTTGGCTGGGGGAGCAACAGAT  392

seq1  CTGGGCAGTTGGCTCTCAGCGGGAACAAAGTTAAAGGTAAGAAAATAGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAGTTGGCTCTCAGCGGGAACAAAGTTAAAGGTAAGAAAATAGTT  442

seq1  TTGTCCTTCTAACAAGTTGTTATTCCTTTGTAGCTGGAAGAGTGGCCTGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCTTCTAACAAGTTGTTATTCCTTTGTAGCTGGAAGAGTGGCCTGC  492

seq1  CACAGTGTACATCACCGTGGTTCCCAAACTCACTCTGGCATGACCTGGAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGTACATCACCGTGGTTCCCAAACTCACTCTGGCATGACCTGGAA  542

seq1  AGCTGTATCAGCTTCCTCTTGCTTCTGGAATAACATCACAAATTAACAAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTATCAGCTTCCTCTTGCTTCTGGAATAACATCACAAATTAACAAT  592

seq1  TTAAAACAATGCTTTTTCTAAATGTAGACTCAGAGGAGTCTGTTCCTTGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACAATGCTTTTTCTAAATGTAGACTCAGAGGAGTCTGTTCCTTGG  642

seq1  TCTCAGCCAGCAGGGTTGCCTTGTCTCCTGAAGGTTCTGAACAAGAGTCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCCAGCAGGGTTGCCTTGTCTCCTGAAGGTTCTGAACAAGAGTCC  692

seq1  CCATTTTCTTGTCTTGTCTAGCTTCTATATAGGACTCTGGCATTAATAGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTCTTGTCTTGTCTAGCTTCTATATAGGACTCTGGCATTAATAGG  742

seq1  CTATTTCCTGTTTCTCCAAAGCCTGTGTTGTCAGATTAAGTCTTTTAAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCCTGTTTCTCCAAAGCCTGTGTTGTCAGATTAAGTCTTTTAAAA  792

seq1  ATCATGCTATGATCACACTGGCTCTTTTGCCTCTAGCTCCCTTAGCTAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGCTATGATCACACTGGCTCTTTTGCCTCTAGCTCCCTTAGCTAAA  842

seq1  GGAATAACATTGGGCCCCCCTGGATCATTTAGACTAACCTGTCTATTTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAACATTGGGCCCCCCTGGATCATTTAGACTAACCTGTCTATTTGA  892

seq1  ATGTCAACTGGTCAGCGTTTTAAAATTCGACTGGCTTCCTTATTGGCTGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAACTGGTCAGCGTTTTAAAATTCGACTGGCTTCCTTATTGGCTGT  942

seq1  TTGCCAGGTAACCTATCATATTTACAGGCTCTGGCCTTGGGATGTAAACC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAGGTAACCTATCATATTTACAGGCTCTGGCCTTGGGATGTAAACC  992

seq1  ATCTGTCTACCATAGGATGCCTTTAAAATTCTTGATGCTCAGGTTAAGCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTCTACCATAGGATGCCTTTAAAATTCTTGATGCTCAGGTTAAGCT  1042

seq1  GA  1051
      ||
seq2  GA  1044

seq1: chr6_57406235_57407387
seq2: B6Ng01-069J08.g_67_1209

seq1  GAATTCATCACTTAAAAGAAAAATAAAATCACACAGAAGGTTTCATTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCACTTAAAAGAAAAATAAAATCACACAGAAGGTTTCATTCTT  50

seq1  ATTAAAAGAACTAGAGTGTATCCAGATAATTTTAACCCATTTCCTAGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAGAACTAGAGTGTATCCAGATAATTTTAACCCATTTCCTAGAAG  100

seq1  ACAGTGAGCTTTCTCTCATCGTCTGAGAGCTCACGCATGTGGACTTAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGAGCTTTCTCTCATCGTCTGAGAGCTCACGCATGTGGACTTAAAG  150

seq1  TAGCTGGATGATACTCCTCTTAGCCCACAATTGAGTACCCCAAGAACCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGATGATACTCCTCTTAGCCCACAATTGAGTACCCCAAGAACCAA  200

seq1  ATGTTTCTCTCACTGTTTATATTTCTTAGATTTAAATTTTTAGATTTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCTCTCACTGTTTATATTTCTTAGATTTAAATTTTTAGATTTAAT  250

seq1  TTTTTGTGATATTTAGTTGTTCCACAAATATATCTTTAAATGATAAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTGATATTTAGTTGTTCCACAAATATATCTTTAAATGATAAAATA  300

seq1  ATCTTGGTCTTAGAGAAGTTTCAAGTGAAGATATTATGTCCTTTCATTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGGTCTTAGAGAAGTTTCAAGTGAAGATATTATGTCCTTTCATTTG  350

seq1  ATCAGGCCTTGTCCTTATGGCTGCTGGCTTAACCTAAGCCCATACGTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGCCTTGTCCTTATGGCTGCTGGCTTAACCTAAGCCCATACGTTAT  400

seq1  TCCAAAACTAACATTTAAGAGATCCAAGGCTTTTAATGTCCTATATATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAACTAACATTTAAGAGATCCAAGGCTTTTAATGTCCTATATATTC  450

seq1  TCATTACACAGTATAGTTTGGATAAAATTTTAAAATCTAGTTTTTAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTACACAGTATAGTTTGGATAAAATTTTAAAATCTAGTTTTTAAATA  500

seq1  TAACTTTAATTCTCTTTACTCTAGTTGTAGATAACCAAAGTTTGGGAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTAATTCTCTTTACTCTAGTTGTAGATAACCAAAGTTTGGGAATT  550

seq1  ATACAAAAGATAGCAATCTTAAATAACAACACCTATGTTGTTTTATACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAAAGATAGCAATCTTAAATAACAACACCTATGTTGTTTTATACAC  600

seq1  TAAGTATTGATGTTTCTAGCTTTAAGTATTATCTAAAAAGTTCTATAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTATTGATGTTTCTAGCTTTAAGTATTATCTAAAAAGTTCTATAATG  650

seq1  CAATTATCCAGCCTTTTAAAAAAATCGTTAAAGAATGTTTGTATTTTACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTATCCAGCCTTTTAAAAAAATCGTTAAAGAATGTTTGTATTTTACA  700

seq1  AATAAAAAGGGAAGACAATACTAAAGTGAATGGAGGTGTTATTTCCAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAAGGGAAGACAATACTAAAGTGAATGGAGGTGTTATTTCCAGCC  750

seq1  ACTTAAATATAAGTAAGATAGCTCATACAGTACAAATAACTATAAACAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAATATAAGTAAGATAGCTCATACAGTACAAATAACTATAAACAGG  800

seq1  GACATATCGTCAATCTAGTTAAAATATGTACATTTTGGCCATTTTAAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATATCGTCAATCTAGTTAAAATATGTACATTTTGGCCATTTTAAATA  850

seq1  CATCTTTCCTTCATTTGTTAGCTTTACTCCATTAGGTCAAATTGTGTCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTCCTTCATTTGTTAGCTTTACTCCATTAGGTCAAATTGTGTCTT  900

seq1  TAATTATTTGATTGTAGATATAGTCATCCCACTTCACGTGCTATGACAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATTTGATTGTAGATATAGTCATCCCACTTCACGTGCTATGACAGT  950

seq1  CAGATAAAGAGCATAAGAAAATCATTCAGATCTGCATCATGAGCAGATGG  1000
       |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  -AGAT-AAGAGCAT-AGAAAATCA-TCAGATCTGCATCATGAGCAGATGG  996

seq1  TTTAACACCATCCAGGATTTTGTTTCTTAGTGGCCTTTACCTGTTACAGG  1050
      ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TT--ACACCATCCA-GATTTTGTTTCTTAGTGGCCTTTACCTGTTACAGG  1043

seq1  ATATTTGATTATT-GTATGTAGAAACACTAATTATTAGCAAAATGTCAAA  1099
       |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  -TATTTGATTATTGGTATGTAG-AACACTAATTATTAGCAAAATGTCCAA  1091

seq1  GCTTTAATAGGTGTAACATTATTCAGTTGCTGTTAGGTGTGTTCTGAAGA  1149
      || ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  GC-TTAATAGGGTTAACATTATTCAGTTGCTGTTAGG-GTGTTCTGGAGA  1139

seq1  GATG  1153
      ||||
seq2  GATG  1143