BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-073M18
Chromosome6 (Build37)
Map Location 112,707,449 - 112,848,610
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSrgap3
Upstream gene1700054K19Rik, Lmcd1, D630042P16Rik, LOC619975, Cav3, Oxtr, LOC434076, EG434077, Rad18
Downstream geneEG666387, EG620161, LOC666397, Thumpd3, EG434078, Setd5, Lhfpl4, Mtmr14, Cpne9, Brpf1, Ogg1, Camk1, Tada3l, Arpc4, Ttll3, Rpusd3, Cidec, Jagn1, Il17re, Il17rc, Creld1, Prrt3, Tmem111, Fancd2, 4931417G12Rik, 6720456B07Rik, Vhlh, Irak2, Tatdn2, Ghrl, Sec13, Atp2b2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-073M18.bB6Ng01-073M18.g
ACCDH890820DH890821
length1,194729
definitionDH890820|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073M18, 5' end.DH890821|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073M18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,847,425 - 112,848,610)(112,707,449 - 112,708,177)
sequence
gaattccttcaggacagggtccagtggaccaggaaacaacaagtatgtgt
tttcataatccataaggaactttctgccttctgtgctgtgagctggagaa
tacggttgcttctccttaaggtctcacaagtcagtaagacacaaagccaa
gatttgaaccccaggctctcaaaagcgataattaatgcctgaaaatctaa
aaccggttctttgtccagcagggtaactatattgaatgataacataccat
acatttcagaaacactagatggaaagatttagatgttctcaccacaaaga
aatgacaaatgtttgagacaagacaagcttatcctaaagtgaatattaca
ttgtacctaggtatcaagatatcacgtggttgcccataaacatatactgc
ttaaaaatgtattctcaaggaaactaaatttttgatgtatggaaaaatca
gtgccacccaggaccaaggagtcacccgatcaggtgacaggtcagccagt
gtctgaggaaggagccgcaaggtgacagatcccagagttaggtaactcta
gagacactgctgagaagctggggtcccacactagtactgcaggtgagaaa
gaacacacaataaagtccataactgtatgggtagggaacgctagactcca
ggaggagagcttccttaaaactcttttgcctcatgagtgacttttaagcc
tttcggcttgtccagttgactcgaccggagagcgtaacagggtccaggcc
agatccatgcagtaagcggttactgccaaacggcagctgtgttgacctac
taaggctcatccccgcatagctgtccagctgttatgggccagcacgtgcg
agggactcatttactgtgtgcagtggcaggtaaaggcacagatgcagggc
cagcatcccgagcagcagccacagccaagctgtgccacataggcataggc
gtacgactctaggaaaactttcctgagttccagggccatcccagccgata
agcatttgcatggtgaaggccacgtagggcactggaggtctcgcctgttg
aggcaaaggcataatcacaaccacactttccaagttctgaaggagttcag
gggtgacttgggtagccccagcctcggtgggctattgaccgtggtaacag
tgaaacatggctggagttattccagatgcaaactgggtgccact
gaattcccccaaacaacccaacagatgtgggtgtcagtatccaaaatggt
gtcaacactgatgttcaagggcttgtggattcttggaagctgactgaagt
tggatataaactgagctgcatctgataggtcgtgacatctcccttcacat
aaggactcgggcctcttgtcaacctgcttaaggaagctgatctcctttca
aatcataatgatcaagaactggtgtttgcatctcactttgccgtttttaa
tcaattcttcaaagtccattagcacatctggtctgcctataggaactgct
gaacagctttgagaacagcggggctacggtgaattgaggccgttcacaaa
tctggctttaagtgtgagaaagaggccaactagacaagggcaagagcaag
ttggctgagggaacctgcacggacgagggtcccagatgcctctgactgtg
agaatctactgtcgacacagccgaggtgcagagacagatcatccggggcc
tctgggactcattttaaaaccactttcaggttgacagtgaggtccacaag
ctcaataatgagccagaaaatatctggctaggtctgaaatttgggacagg
atgcctaagtgggaggtctagtcatccaaacttcgacttcccaatcccta
ggccaaagcaattgtagaagacagtatttcagacggtttaaaaaaatatg
tatatataggggtttgggtttttttggtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_112847425_112848610
seq2: B6Ng01-073M18.b_44_1237 (reverse)

seq1  AGTGGCA-TCAGTTTGCATCTGTGAATAAACTCAAGCATTGTTTCACTGT  49
      |||||||  ||||||||||||| |||| ||||| |||  |||||||||||
seq2  AGTGGCACCCAGTTTGCATCTG-GAAT-AACTCCAGCCATGTTTCACTGT  48

seq1  GTACACGGTC-ATAG-CCAACGA-GCTGGGGCTACC--AGTCACCCCTGA  94
         ||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||
seq2  TACCACGGTCAATAGCCCACCGAGGCTGGGGCTACCCAAGTCACCCCTGA  98

seq1  ACT-CATCAGAACTTGG-AAGTGTGGTTGTGA-TATGCCTTTGCCTC-AC  140
      ||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  ACTCCTTCAGAACTTGGAAAGTGTGGTTGTGATTATGCCTTTGCCTCAAC  148

seq1  A-GCGAGACCT-CAGTGCCCTACGTGGCCTTCACCATGCAAATGC-TATC  187
      | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGGCGAGACCTCCAGTGCCCTACGTGGCCTTCACCATGCAAATGCTTATC  198

seq1  GGCTGGGATGGCACTGGGAACTCAGGAAAGGTTTTCCTAGAGGTCGTACG  237
      |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  GGCTGGGATGGCCCT-GGAACTCAGGAAA-GTTTTCCTAGA-GTCGTACG  245

seq1  CCTATGCCTATGTGGCACAGCTTGGCTGTGGCTGCTGCTCGGGATGCTGG  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGCCTATGTGGCACAGCTTGGCTGTGGCTGCTGCTCGGGATGCTGG  295

seq1  CCCTGCATCTGTGCCTTTACCTGCCACTGCACACAGTAAATGAGTCCCTC  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCATCTGTGCCTTTACCTGCCACTGCACACAGTAAATGAGTCCCTC  345

seq1  GCACGTGCTGGCCCATAACAGCTGGACAGCTATGCGGGGATGAGCCTTAG  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGTGCTGGCCCATAACAGCTGGACAGCTATGCGGGGATGAGCCTTAG  395

seq1  TAGGTCAACACAGCTGCCGTTTGGCAGTAACCGCTTACTGCATGGATCTG  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCAACACAGCTGCCGTTTGGCAGTAACCGCTTACTGCATGGATCTG  445

seq1  GCCTGGACCCTGTTACGCTCTCCGGTCGAGTCAACTGGACAAGCCGAAAG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGACCCTGTTACGCTCTCCGGTCGAGTCAACTGGACAAGCCGAAAG  495

seq1  GCTTAAAAGTCACTCATGAGGCAAAAGAGTTTTAAGGAAGCTCTCCTCCT  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAAAGTCACTCATGAGGCAAAAGAGTTTTAAGGAAGCTCTCCTCCT  545

seq1  GGAGTCTAGCGTTCCCTACCCATACAGTTATGGACTTTATTGTGTGTTCT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTAGCGTTCCCTACCCATACAGTTATGGACTTTATTGTGTGTTCT  595

seq1  TTCTCACCTGCAGTACTAGTGTGGGACCCCAGCTTCTCAGCAGTGTCTCT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCACCTGCAGTACTAGTGTGGGACCCCAGCTTCTCAGCAGTGTCTCT  645

seq1  AGAGTTACCTAACTCTGGGATCTGTCACCTTGCGGCTCCTTCCTCAGACA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTACCTAACTCTGGGATCTGTCACCTTGCGGCTCCTTCCTCAGACA  695

seq1  CTGGCTGACCTGTCACCTGATCGGGTGACTCCTTGGTCCTGGGTGGCACT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGACCTGTCACCTGATCGGGTGACTCCTTGGTCCTGGGTGGCACT  745

seq1  GATTTTTCCATACATCAAAAATTTAGTTTCCTTGAGAATACATTTTTAAG  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTCCATACATCAAAAATTTAGTTTCCTTGAGAATACATTTTTAAG  795

seq1  CAGTATATGTTTATGGGCAACCACGTGATATCTTGATACCTAGGTACAAT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATATGTTTATGGGCAACCACGTGATATCTTGATACCTAGGTACAAT  845

seq1  GTAATATTCACTTTAGGATAAGCTTGTCTTGTCTCAAACATTTGTCATTT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATATTCACTTTAGGATAAGCTTGTCTTGTCTCAAACATTTGTCATTT  895

seq1  CTTTGTGGTGAGAACATCTAAATCTTTCCATCTAGTGTTTCTGAAATGTA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGGTGAGAACATCTAAATCTTTCCATCTAGTGTTTCTGAAATGTA  945

seq1  TGGTATGTTATCATTCAATATAGTTACCCTGCTGGACAAAGAACCGGTTT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATGTTATCATTCAATATAGTTACCCTGCTGGACAAAGAACCGGTTT  995

seq1  TAGATTTTCAGGCATTAATTATCGCTTTTGAGAGCCTGGGGTTCAAATCT  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTTCAGGCATTAATTATCGCTTTTGAGAGCCTGGGGTTCAAATCT  1045

seq1  TGGCTTTGTGTCTTACTGACTTGTGAGACCTTAAGGAGAAGCAACCGTAT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTGTGTCTTACTGACTTGTGAGACCTTAAGGAGAAGCAACCGTAT  1095

seq1  TCTCCAGCTCACAGCACAGAAGGCAGAAAGTTCCTTATGGATTATGAAAA  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGCTCACAGCACAGAAGGCAGAAAGTTCCTTATGGATTATGAAAA  1145

seq1  CACATACTTGTTGTTTCCTGGTCCACTGGACCCTGTCCTGAAGGAATTC  1186
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACTTGTTGTTTCCTGGTCCACTGGACCCTGTCCTGAAGGAATTC  1194

seq1: chr6_112707449_112708177
seq2: B6Ng01-073M18.g_70_798

seq1  GAATTCCCCCAAACAACCCAACAGATGTGGGTGTCAGTATCCAAAATGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCCAAACAACCCAACAGATGTGGGTGTCAGTATCCAAAATGGT  50

seq1  GTCAACACTGATGTTCAAGGGCTTGTGGATTCTTGGAAGCTGACTGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACACTGATGTTCAAGGGCTTGTGGATTCTTGGAAGCTGACTGAAGT  100

seq1  TGGATATAAACTGAGCTGCATCTGATAGGTCGTGACATCTCCCTTCACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATAAACTGAGCTGCATCTGATAGGTCGTGACATCTCCCTTCACAT  150

seq1  AAGGACTCGGGCCTCTTGTCAACCTGCTTAAGGAAGCTGATCTCCTTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACTCGGGCCTCTTGTCAACCTGCTTAAGGAAGCTGATCTCCTTTCA  200

seq1  AATCATAATGATCAAGAACTGGTGTTTGCATCTCACTTTGCCGTTTTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATAATGATCAAGAACTGGTGTTTGCATCTCACTTTGCCGTTTTTAA  250

seq1  TCAATTCTTCAAAGTCCATTAGCACATCTGGTCTGCCTATAGGAACTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTCTTCAAAGTCCATTAGCACATCTGGTCTGCCTATAGGAACTGCT  300

seq1  GAACAGCTTTGAGAACAGCGGGGCTACGGTGAATTGAGGCCGTTCACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGCTTTGAGAACAGCGGGGCTACGGTGAATTGAGGCCGTTCACAAA  350

seq1  TCTGGCTTTAAGTGTGAGAAAGAGGCCAACTAGACAAGGGCAAGAGCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTTTAAGTGTGAGAAAGAGGCCAACTAGACAAGGGCAAGAGCAAG  400

seq1  TTGGCTGAGGGAACCTGCACGGACGAGGGTCCCAGATGCCTCTGACTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGAGGGAACCTGCACGGACGAGGGTCCCAGATGCCTCTGACTGTG  450

seq1  AGAATCTACTGTCGACACAGCCGAGGTGCAGAGACAGATCATCCGGGGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTACTGTCGACACAGCCGAGGTGCAGAGACAGATCATCCGGGGCC  500

seq1  TCTGGGACTCATTTTAAAACCACTTTCAGGTTGACAGTGAGGTCCACAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGACTCATTTTAAAACCACTTTCAGGTTGACAGTGAGGTCCACAAG  550

seq1  CTCAATAATGAGCCAGAAAATATCTGGCTAGGTCTGAAATTTGGGACAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATAATGAGCCAGAAAATATCTGGCTAGGTCTGAAATTTGGGACAGG  600

seq1  ATGCCTAAGTGGGAGGTCTAGTCATCCAAACTTCGACTTCCCAATCCCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTAAGTGGGAGGTCTAGTCATCCAAACTTCGACTTCCCAATCCCTA  650

seq1  GGCCAAAGCAATTGTAGAAGACAGTATTTCAGACGGTTTAAAAAAATATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAAGCAATTGTAGAAGACAGTATTTCAGACGGTTTAAAAAAATATG  700

seq1  TATATATAGGGGTTTGGGTTTTTTTGGTT  729
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATAGGGGTTTGGGTTTTTTTGGTT  729