BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-078D04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 96,372,296 - 96,512,109
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC630007B19Rik
Upstream geneSuclg2, LOC665886, LOC545867, LOC100043685, 1700123L14Rik
Downstream geneC130034I18Rik, A130022J15Rik, Tmf1, Ube1c, Arl6ip5, Lmod3, Frmd4b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-078D04.bB6Ng01-078D04.g
ACCDH893967DH893968
length8551,179
definitionDH893967|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078D04, 5' end.DH893968|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078D04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,372,296 - 96,373,112)(96,510,907 - 96,512,109)
sequence
gaattccagtgctgtgaatttgggcttgggcatctcctcagtcactgtgt
tcaccagtggtacctgcttgcctttacacataagctggtttgttaataat
ctcaaatttatgaaaggtttggcttagtcaagttttaactttccttgaaa
ttcacctctgcttttccctaaaactatttgaactttatgtctgctataca
tttgcttaatgtcataggctaaaggatttgaaaggaccaaaaacctgaag
tgtagtccacacttttttcccaatttagcatatctatctcatctggaaac
tttaagcatttatgagagaggagtgtccagtgactgaacccctcacagtg
atggaagaaccctagtataaagcaaagtgttatgtgtatgtaaacaatga
taacaaaaaccaaagacagtcagtgcagtggggactcatagttccctctg
tcactttattgattttaagatactgttttttccataagtattccaaaaat
aattatacatttaaagtcattatgatgaaatagtccaccaccaagaacac
tgcatagttgcactgagtgggttacaagtgctaagaaggctttgtttcta
aaaatgattgtgttctgcacagggtgtaatatccaggatctgaccttatt
ttgccttcagccttcattaatatgttatcacccctacagggttcaaagag
taaatgtttttagtttagttttatcaaatggaatgcatatatatgtatgt
atgtatgcatatatatatatgtatatatatatatatatatatatatatat
atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
atata
gaattcatttcaaatgatgtagctattgatgagttggcagtttttaaagt
catgcaggcagcaaacatacgtctttcttgaaaaagaagattttttaaag
ataattggaaagtgctgatcatgtgggccccagcttggatgcagttaacc
agggaggaaggcttataaatctcaacagtgttgccgaaccagctatggac
gttaataggggtccaagagagcacaaatactgtaattgaaatccatggat
aatcttaaaacttcattttacccaattgtttcagtgccctcatgggcaag
ccttgatagaaatggataacgagcagtcacatgactgactggtaggtcct
tcctttgctctttcttgtcccaagagagcccaggtacagggatgctaagc
ttggttgggaggggaagaaataggggaagcaaaccctcttaccaaggggc
tggggaggaaggcaactcccctctctctcatacacaaatactggctgttc
agctttttgacatctccaagtcaaatgtgtagcacacagtctcagagtca
caatgtgagtctgaaagaaaaagctgttctttatataccttttagccagt
atgccattgctgtcacctcccttttagtttacaggccacggatcactatt
ttattgtgtatcatcatggcataaataacacatttatctgttttcctctc
agttggaattaagagctcggaatgactgtaaatttgaagtaaagtgaaat
cttagaatcttatgtgtttgtctgtgagtgcatttgtgttgctgtgcagg
aatagtgcagacaaaacaactataaggatctcaagtttactctcttatag
ttccagagcctagcgggtacctcacaagggtcttcctgagatgtcctgtg
ggagagagaaatacaatggtctctagcccagaaaaacaagaaaggaacgt
gacccaaacagttacatggcattaatgtgttgcaggtggggaaacgtcac
taaactcaccaggttttacttgagaatttgcttgcacacaatagattggg
gagaaagatttattgggggactcatgaaaaccacggcctccttcactttg
ttttagctttatgtagatcagaccttaaactggaagtgccttgcatctgg
agaattagcatgactgccaataatcttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_96372296_96373112
seq2: B6Ng01-078D04.b_43_859

seq1  GAATTCCAGTGCTGTGAATTTGGGCTTGGGCATCTCCTCAGTCACTGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTGCTGTGAATTTGGGCTTGGGCATCTCCTCAGTCACTGTGT  50

seq1  TCACCAGTGGTACCTGCTTGCCTTTACACATAAGCTGGTTTGTTAATAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAGTGGTACCTGCTTGCCTTTACACATAAGCTGGTTTGTTAATAAT  100

seq1  CTCAAATTTATGAAAGGTTTGGCTTAGTCAAGTTTTAACTTTCCTTGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAATTTATGAAAGGTTTGGCTTAGTCAAGTTTTAACTTTCCTTGAAA  150

seq1  TTCACCTCTGCTTTTCCCTAAAACTATTTGAACTTTATGTCTGCTATACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCTCTGCTTTTCCCTAAAACTATTTGAACTTTATGTCTGCTATACA  200

seq1  TTTGCTTAATGTCATAGGCTAAAGGATTTGAAAGGACCAAAAACCTGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTAATGTCATAGGCTAAAGGATTTGAAAGGACCAAAAACCTGAAG  250

seq1  TGTAGTCCACACTTTTTTCCCAATTTAGCATATCTATCTCATCTGGAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTCCACACTTTTTTCCCAATTTAGCATATCTATCTCATCTGGAAAC  300

seq1  TTTAAGCATTTATGAGAGAGGAGTGTCCAGTGACTGAACCCCTCACAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGCATTTATGAGAGAGGAGTGTCCAGTGACTGAACCCCTCACAGTG  350

seq1  ATGGAAGAACCCTAGTATAAAGCAAAGTGTTATGTGTATGTAAACAATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGAACCCTAGTATAAAGCAAAGTGTTATGTGTATGTAAACAATGA  400

seq1  TAACAAAAACCAAAGACAGTCAGTGCAGTGGGGACTCATAGTTCCCTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAAAACCAAAGACAGTCAGTGCAGTGGGGACTCATAGTTCCCTCTG  450

seq1  TCACTTTATTGATTTTAAGATACTGTTTTTTCCATAAGTATTCCAAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTATTGATTTTAAGATACTGTTTTTTCCATAAGTATTCCAAAAAT  500

seq1  AATTATACATTTAAAGTCATTATGATGAAATAGTCCACCACCAAGAACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATACATTTAAAGTCATTATGATGAAATAGTCCACCACCAAGAACAC  550

seq1  TGCATAGTTGCACTGAGTGGGTTACAAGTGCTAAGAAGGCTTTGTTTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAGTTGCACTGAGTGGGTTACAAGTGCTAAGAAGGCTTTGTTTCTA  600

seq1  AAAATGATTGTGTTCTGCACAGGGTGTAATATCCAGGATCTGACCTTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGATTGTGTTCTGCACAGGGTGTAATATCCAGGATCTGACCTTATT  650

seq1  TTGCCTTCAGCCTTCATTAATATGTTATCACCCCTACAGGGTTCAAAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTCAGCCTTCATTAATATGTTATCACCCCTACAGGGTTCAAAGAG  700

seq1  TAAATGTTTTTAGTTTAGTTTTATCAAATGGAATGCATATATATGTATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTTTTTAGTTTAGTTTTATCAAATGGAATGCATATATATGTATGT  750

seq1  ATGTATGCATATATATATATGTATATATATATATATATATATATATATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGCATATATATATATGTATATATATATATATATATATATATATAT  800

seq1  ATATATATATATATATA  817
      |||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATA  817

seq1: chr6_96510907_96512109
seq2: B6Ng01-078D04.g_67_1245 (reverse)

seq1  TCAAGATATTATTGTGCAGTCATGCTTAAATTTTCCTCCAACGCTGCAAG  50
      |||||  ||||||| |||||||||||  ||||   |||||  | ||||||
seq2  TCAAG--ATTATTG-GCAGTCATGCT--AATT---CTCCA--GATGCAAG  40

seq1  CCACTTCCAGTTTTTGAGGTCTTGATACTACATTATAGCTAAAACAAGCT  100
       |||||||||  ||| ||||| |||| ||||| || |||||||||||  |
seq2  GCACTTCCAG--TTTAAGGTC-TGAT-CTACA-TAAAGCTAAAACAAAGT  85

seq1  GAAAGGAGGCGCTGGGTTTTCTATGAGTCCCCCCAAATAATCTATCTCCC  150
      | |||||||| |  ||||||| |||||| |||||||  ||||| ||||||
seq2  G-AAGGAGGC-CGTGGTTTTC-ATGAGT-CCCCCAATAAATCTTTCTCCC  131

seq1  CAAATCTATGTGTTGGCAAGCAAATTCTC-AGTAAAACCTGGTGAGTTTA  199
      | ||||||| |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  C-AATCTAT-TGTGTGCAAGCAAATTCTCAAGTAAAACCTGGTGAGTTTA  179

seq1  GGTGACGTGTCCCCACCTTGCACACATTAATGCCATTGTAACTGTTTGGG  249
       ||||||| |||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  -GTGACGTTTCCCCACCTGCAACACATTAATGCCA-TGTAACTGTTTGGG  227

seq1  TCACGTTCCCTTTCTTGTTTTTTCTGGGCTAGAGACCATTGTATTTCTCT  299
      ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGTT-CCTTTCTTG-TTTTTCTGGGCTAGAGACCATTGTATTTCTCT  275

seq1  CTCCCACAGGACATCTCAGGAAGACCCTTGTGAGGTACCCGCTAGGCTCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACAGGACATCTCAGGAAGACCCTTGTGAGGTACCCGCTAGGCTCT  325

seq1  GGAACTATAAGAGAGTAAACTTGAGATCCTTATAGTTGTTTTGTCTGCAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTATAAGAGAGTAAACTTGAGATCCTTATAGTTGTTTTGTCTGCAC  375

seq1  TATTCCTGCACAGCAACACAAATGCACTCACAGACAAACACATAAGATTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTGCACAGCAACACAAATGCACTCACAGACAAACACATAAGATTC  425

seq1  TAAGATTTCACTTTACTTCAAATTTACAGTCATTCCGAGCTCTTAATTCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATTTCACTTTACTTCAAATTTACAGTCATTCCGAGCTCTTAATTCC  475

seq1  AACTGAGAGGAAAACAGATAAATGTGTTATTTATGCCATGATGATACACA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGAGGAAAACAGATAAATGTGTTATTTATGCCATGATGATACACA  525

seq1  ATAAAATAGTGATCCGTGGCCTGTAAACTAAAAGGGAGGTGACAGCAATG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAGTGATCCGTGGCCTGTAAACTAAAAGGGAGGTGACAGCAATG  575

seq1  GCATACTGGCTAAAAGGTATATAAAGAACAGCTTTTTCTTTCAGACTCAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACTGGCTAAAAGGTATATAAAGAACAGCTTTTTCTTTCAGACTCAC  625

seq1  ATTGTGACTCTGAGACTGTGTGCTACACATTTGACTTGGAGATGTCAAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGACTCTGAGACTGTGTGCTACACATTTGACTTGGAGATGTCAAAA  675

seq1  AGCTGAACAGCCAGTATTTGTGTATGAGAGAGAGGGGAGTTGCCTTCCTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAACAGCCAGTATTTGTGTATGAGAGAGAGGGGAGTTGCCTTCCTC  725

seq1  CCCAGCCCCTTGGTAAGAGGGTTTGCTTCCCCTATTTCTTCCCCTCCCAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCCCCTTGGTAAGAGGGTTTGCTTCCCCTATTTCTTCCCCTCCCAA  775

seq1  CCAAGCTTAGCATCCCTGTACCTGGGCTCTCTTGGGACAAGAAAGAGCAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCTTAGCATCCCTGTACCTGGGCTCTCTTGGGACAAGAAAGAGCAA  825

seq1  AGGAAGGACCTACCAGTCAGTCATGTGACTGCTCGTTATCCATTTCTATC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGACCTACCAGTCAGTCATGTGACTGCTCGTTATCCATTTCTATC  875

seq1  AAGGCTTGCCCATGAGGGCACTGAAACAATTGGGTAAAATGAAGTTTTAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTTGCCCATGAGGGCACTGAAACAATTGGGTAAAATGAAGTTTTAA  925

seq1  GATTATCCATGGATTTCAATTACAGTATTTGTGCTCTCTTGGACCCCTAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATCCATGGATTTCAATTACAGTATTTGTGCTCTCTTGGACCCCTAT  975

seq1  TAACGTCCATAGCTGGTTCGGCAACACTGTTGAGATTTATAAGCCTTCCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGTCCATAGCTGGTTCGGCAACACTGTTGAGATTTATAAGCCTTCCT  1025

seq1  CCCTGGTTAACTGCATCCAAGCTGGGGCCCACATGATCAGCACTTTCCAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGTTAACTGCATCCAAGCTGGGGCCCACATGATCAGCACTTTCCAA  1075

seq1  TTATCTTTAAAAAATCTTCTTTTTCAAGAAAGACGTATGTTTGCTGCCTG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTTAAAAAATCTTCTTTTTCAAGAAAGACGTATGTTTGCTGCCTG  1125

seq1  CATGACTTTAAAAACTGCCAACTCATCAATAGCTACATCATTTGAAATGA  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACTTTAAAAACTGCCAACTCATCAATAGCTACATCATTTGAAATGA  1175

seq1  ATTC  1203
      ||||
seq2  ATTC  1179