BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084H04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 111,229,684 - 111,323,682
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrm7
Upstream genenone
Downstream gene1700054K19Rik, Lmcd1, D630042P16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084H04.bB6Ng01-084H04.g
ACCDH898402DH898403
length1,1691,230
definitionDH898402|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084H04, 5' end.DH898403|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084H04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,229,684 - 111,230,857)(111,322,432 - 111,323,682)
sequence
gaattctatgatacttagaattcacttcaaccctggactttgtggaattc
caccaatgagatatattcccaggacctaaatggtatatagttttattatt
tgttgtattagtgtttgtgcactatgaatatgtgtggtaacatatataaa
agcacatgtagaagttagagaacacatttaaggtgtccattctctccttc
tgcattttcatggagtctggtgatcaaacagacatcattggacttaagca
gcaagcccctttacctgctgaaccatattgtacaatctttgaaccatatt
gtatactcttaaatggttttgatggctccaaatgttcttatttcagatag
cagcaaggctttgatattctaataataagtttttgatccatgattaccta
tgtgtcattattaacaaagcttgtctaatatcctagttaatacatccaaa
aaccttagaaatttcttagtgtatgcaaagttaccaccttaagtatacca
aatgataatgctaataattattaaaaatatcttacatggctaaagaaaca
cactcacacgctcactggcttgtttttttataattttggatgggtgaatt
attttgtgtgttttttaattctttctgttttccatttactttggggaaat
gtcaaagaaaatgacttgataggctatctaagaatgggatggacttctct
ctttaacatttcgaattccttatcatttctgagagacatttgctggttct
ctataccattgatgcaggatcccaggaaggaaggcataggaattcccagc
ctgtgattgatagttgggtatgctggtcttctttaactctgcattctgtg
agaaggatctatgaatcctggtcactatgagaagtgatgaacattagaga
taggtttaggatggaattagataccacctagatgatgaataggtatatga
tcttgaacaagtcatcttttctctattggtttctttacttgaaagtaaag
atgatagtgaagagaagtactattcattatagaaatcctatgtggtatta
gaacatgctaagactgttgcaaattccagaatgacagcacattttcttcc
tgagatttctaaaaatttctttctgatttcttaggaaagatgtgagtggg
cacaaaaaaatgaatagta
gaattcttttcatgaatatacgaaggactgaagggagtccagagaccaat
cctggagatggcatcatgatgtggaataattttaattgcttggtttcacc
caaccctaaacttccttgaaatgataaccttgacaatattgttctctctc
ctcacaacttggacagggctgaacataactttgttcatattgattgataa
caggaatggatgcagactaatttctgatgaatgtggtagatactggaggg
cacaggatgagaaaacttgaaccacattacacacacacacacacacacac
acacacacacgcacacacacacacatgtacagaaaggaaggtaagagagg
agagcaagggtgcctctctccttcgttgcacaaggatggtgatatgacac
ttttaaccctgccagtgctcaggcacctggccatctgctggttccttctg
taccatcgatctggcctcactctcactgagagaacagtgagcacggagaa
gggcagcagatgcttctgaggaggcccagatggtactctgggatgcatct
agaatctcaaatcaggcctggctgcagcgtttctgttacctgctttgatc
tcaaacacatctaatagatttccagaactcagactgctgcaggctgctcc
atgaaacaggtggagactttttttttttcctgtgtttggcaaggcactct
gctgttgcttggctacttttgtatttacataaaggatgttgataaacaaa
tgagtgctttagaaagtcagggcaagggtaatcagactacccgtctgcct
gttaagctgaaaatatcacatgctgatcacctctcttcccagcgcctagt
acagcgggcaggtctgcagggtaccactgtgcagatcgcacaacttcact
gaacagctttctcacactcggtgtgagcagcagcccttgaaattacagga
agcactgctagcatggttccacattttggttaggattcatatcagctggg
cacatcaggaacactctaaatctgcgaagaaagagagagaagagctcaga
agcctgttggtgttacaggaagacaactcagaaggccactggcctgctga
cagaggcttaaatagccaccctctttccaagaaaggacaagattgagttg
gtacctgggactgcctaaagattgcctcctttggtatgggaggagccctg
cctcactaattgatttgaataaaataactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_111229684_111230857
seq2: B6Ng01-084H04.b_48_1216

seq1  GAATTCTATGATACTTAGAATTCACTTCAACCCTGGACTTTGTGGAATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGATACTTAGAATTCACTTCAACCCTGGACTTTGTGGAATTC  50

seq1  CACCAATGAGATATATTCCCAGGACCTAAATGGTATATAGTTTTATTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAATGAGATATATTCCCAGGACCTAAATGGTATATAGTTTTATTATT  100

seq1  TGTTGTATTAGTGTTTGTGCACTATGAATATGTGTGGTAACATATATAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTATTAGTGTTTGTGCACTATGAATATGTGTGGTAACATATATAAA  150

seq1  AGCACATGTAGAAGTTAGAGAACACATTTAAGGTGTCCATTCTCTCCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATGTAGAAGTTAGAGAACACATTTAAGGTGTCCATTCTCTCCTTC  200

seq1  TGCATTTTCATGGAGTCTGGTGATCAAACAGACATCATTGGACTTAAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTTCATGGAGTCTGGTGATCAAACAGACATCATTGGACTTAAGCA  250

seq1  GCAAGCCCCTTTACCTGCTGAACCATATTGTACAATCTTTGAACCATATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCCCCTTTACCTGCTGAACCATATTGTACAATCTTTGAACCATATT  300

seq1  GTATACTCTTAAATGGTTTTGATGGCTCCAAATGTTCTTATTTCAGATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACTCTTAAATGGTTTTGATGGCTCCAAATGTTCTTATTTCAGATAG  350

seq1  CAGCAAGGCTTTGATATTCTAATAATAAGTTTTTGATCCATGATTACCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGGCTTTGATATTCTAATAATAAGTTTTTGATCCATGATTACCTA  400

seq1  TGTGTCATTATTAACAAAGCTTGTCTAATATCCTAGTTAATACATCCAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCATTATTAACAAAGCTTGTCTAATATCCTAGTTAATACATCCAAA  450

seq1  AACCTTAGAAATTTCTTAGTGTATGCAAAGTTACCACCTTAAGTATACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTAGAAATTTCTTAGTGTATGCAAAGTTACCACCTTAAGTATACCA  500

seq1  AATGATAATGCTAATAATTATTAAAAATATCTTACATGGCTAAAGAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATAATGCTAATAATTATTAAAAATATCTTACATGGCTAAAGAAACA  550

seq1  CACTCACACGCTCACTGGCTTGTTTTTTTATAATTTTGGATGGGTGAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACACGCTCACTGGCTTGTTTTTTTATAATTTTGGATGGGTGAATT  600

seq1  ATTTTGTGTGTTTTTTAATTCTTTCTGTTTTCCATTTACTTTGGGGAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTGTGTTTTTTAATTCTTTCTGTTTTCCATTTACTTTGGGGAAAT  650

seq1  GTCAAAGAAAATGACTTGATAGGCTATCTAAGAATGGGATGGACTTCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGAAAATGACTTGATAGGCTATCTAAGAATGGGATGGACTTCTCT  700

seq1  CTTTAACATTTCGAATTCCTTATCATTTCTGAGAGACATTTGCTGGTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACATTTCGAATTCCTTATCATTTCTGAGAGACATTTGCTGGTTCT  750

seq1  CTATACCATTGATGCAGGATCCCAGGAAGGAAGGCATAGGAATTCCCAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACCATTGATGCAGGATCCCAGGAAGGAAGGCATAGGAATTCCCAGC  800

seq1  CTGTGATTGATAGTTGGGTATGCTGGTCTTCTTTAACTCTGCATTCTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATTGATAGTTGGGTATGCTGGTCTTCTTTAACTCTGCATTCTGTG  850

seq1  AGAAGGATCTATGAATCCTGGTCACTATGAGAAGTGATGAACATTAGAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGATCTATGAATCCTGGTCACTATGAGAAGTGATGAACATTAGAGA  900

seq1  TAGGTTTAGGATGGAATTAGATACCACCTAGATGATGAATAGGTATATGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTTAGGATGGAATTAGATACCACCTAGATGATGAATAGGTATATGA  950

seq1  TCTTGAACAAGTCATCTTTTCTCTATTGGTTTCTTTACTTGAAAAGTAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTTGAACAAGTCATCTTTTCTCTATTGGTTTCTTTACTTG-AAAGTAAA  999

seq1  GATGATAGTGAAGAGAAAGTACTATTCATTATAGAAATCCTATGTGGTAT  1050
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GATGATAGTGAAGAG-AAGTACTATTCATTATAGAAATCCTATGTGGTA-  1047

seq1  TTAGAACATGCTAAGACTGTTGCAAATTCCAGAATGACAAGCACATTTTC  1100
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTAGAACATGCTAAGACTGTTGCAAATTCCAGAATGAC-AGCACATTTTC  1096

seq1  TCACTGAGATTTCTAAAAATATC-TTCTGATTTTTCTTAGGAAAGATGTG  1149
      |  ||||||||||||||||| || ||||||  ||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGAGATTTCTAAAAATTTCTTTCTGA--TTTCTTAGGAAAGATGTG  1144

seq1  AGTGGGCACCAAAACAATG-ATAGTA  1174
      |||||||| ||||| |||| ||||||
seq2  AGTGGGCA-CAAAAAAATGAATAGTA  1169

seq1: chr6_111322432_111323682
seq2: B6Ng01-084H04.g_67_1296 (reverse)

seq1  AAGTTATTTTA-TCAAATCAATTATGTAGGCAAGGCTCTCTCCCATGCAG  49
      ||||||||||| ||||||||||||   ||||| ||||| ||||||| |  
seq2  AAGTTATTTTATTCAAATCAATTAGTGAGGCAGGGCTC-CTCCCATAC-C  48

seq1  AAAGGAGGCCAATCTTATGAGCAATGTCCCAGGGCTACCAACTCCAATTC  99
      |||||||| ||||||| |  |||  ||||||||  ||||||||| |    
seq2  AAAGGAGG-CAATCTT-TAGGCA--GTCCCAGG--TACCAACTCAA----  88

seq1  TCTGCTCCTTTCTTCTGAAAAGA-GGTGGCTATTTTAAGCCTCCTGTCAG  148
      |||  ||||||||  || ||||| |||||||| ||||||||| |||||||
seq2  TCTTGTCCTTTCT--TGGAAAGAGGGTGGCTA-TTTAAGCCT-CTGTCAG  134

seq1  CAGCCCAGTGGCCTTCTGAGTTGTCTCCTTGTAACACCAACAAGCCTTCT  198
      ||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||
seq2  CAGGCCAGTGGCCTTCTGAGTTGTCTTCCTGTAACACCAAC-AGGCTTCT  183

seq1  GGGCTTCTTCCTTCTCTCTTTCTTCCGCAGATTTTAGAGTGTTCCTTGAT  248
      | || |||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||
seq2  GAGC-TCTTC--TCTCTCTTTCTT-CGCAGA-TTTAGAGTGTTCC-TGAT  227

seq1  GTGCCCAGCTGATATGAATCCTAACCAAAATGTGGAACCATGCTAGCAGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCAGCTGATATGAATCCTAACCAAAATGTGGAACCATGCTAGCAGT  277

seq1  GCTTCCTGTAATTTCAAGGGCTGCTGCTCACACCGAGTGTGAGAAAGCTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTGTAATTTCAAGGGCTGCTGCTCACACCGAGTGTGAGAAAGCTG  327

seq1  TTCAGTGAAGTTGTGCGATCTGCACAGTGGTACCCTGCAGACCTGCCCGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGAAGTTGTGCGATCTGCACAGTGGTACCCTGCAGACCTGCCCGC  377

seq1  TGTACTAGGCGCTGGGAAGAGAGGTGATCAGCATGTGATATTTTCAGCTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTAGGCGCTGGGAAGAGAGGTGATCAGCATGTGATATTTTCAGCTT  427

seq1  AACAGGCAGACGGGTAGTCTGATTACCCTTGCCCTGACTTTCTAAAGCAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGCAGACGGGTAGTCTGATTACCCTTGCCCTGACTTTCTAAAGCAC  477

seq1  TCATTTGTTTATCAACATCCTTTATGTAAATACAAAAGTAGCCAAGCAAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGTTTATCAACATCCTTTATGTAAATACAAAAGTAGCCAAGCAAC  527

seq1  AGCAGAGTGCCTTGCCAAACACAGGAAAAAAAAAAAGTCTCCACCTGTTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGTGCCTTGCCAAACACAGGAAAAAAAAAAAGTCTCCACCTGTTT  577

seq1  CATGGAGCAGCCTGCAGCAGTCTGAGTTCTGGAAATCTATTAGATGTGTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGCAGCCTGCAGCAGTCTGAGTTCTGGAAATCTATTAGATGTGTT  627

seq1  TGAGATCAAAGCAGGTAACAGAAACGCTGCAGCCAGGCCTGATTTGAGAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATCAAAGCAGGTAACAGAAACGCTGCAGCCAGGCCTGATTTGAGAT  677

seq1  TCTAGATGCATCCCAGAGTACCATCTGGGCCTCCTCAGAAGCATCTGCTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATGCATCCCAGAGTACCATCTGGGCCTCCTCAGAAGCATCTGCTG  727

seq1  CCCTTCTCCGTGCTCACTGTTCTCTCAGTGAGAGTGAGGCCAGATCGATG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTCCGTGCTCACTGTTCTCTCAGTGAGAGTGAGGCCAGATCGATG  777

seq1  GTACAGAAGGAACCAGCAGATGGCCAGGTGCCTGAGCACTGGCAGGGTTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGAAGGAACCAGCAGATGGCCAGGTGCCTGAGCACTGGCAGGGTTA  827

seq1  AAAGTGTCATATCACCATCCTTGTGCAACGAAGGAGAGAGGCACCCTTGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTCATATCACCATCCTTGTGCAACGAAGGAGAGAGGCACCCTTGC  877

seq1  TCTCCTCTCTTACCTTCCTTTCTGTACATGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCTCTTACCTTCCTTTCTGTACATGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTG  927

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAATGTGGTTCAAGTTTTCTCATCCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAATGTGGTTCAAGTTTTCTCATCCT  977

seq1  GTGCCCTCCAGTATCTACCACATTCATCAGAAATTAGTCTGCATCCATTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTCCAGTATCTACCACATTCATCAGAAATTAGTCTGCATCCATTC  1027

seq1  CTGTTATCAATCAATATGAACAAAGTTATGTTCAGCCCTGTCCAAGTTGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTATCAATCAATATGAACAAAGTTATGTTCAGCCCTGTCCAAGTTGT  1077

seq1  GAGGAGAGAGAACAATATTGTCAAGGTTATCATTTCAAGGAAGTTTAGGG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAGAGAACAATATTGTCAAGGTTATCATTTCAAGGAAGTTTAGGG  1127

seq1  TTGGGTGAAACCAAGCAATTAAAATTATTCCACATCATGATGCCATCTCC  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGAAACCAAGCAATTAAAATTATTCCACATCATGATGCCATCTCC  1177

seq1  AGGATTGGTCTCTGGACTCCCTTCAGTCCTTCGTATATTCATGAAAAGAA  1248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTGGTCTCTGGACTCCCTTCAGTCCTTCGTATATTCATGAAAAGAA  1227

seq1  TTC  1251
      |||
seq2  TTC  1230