BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085N08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 112,138,354 - 112,296,483
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700054K19Rik, Lmcd1
Upstream geneGrm7
Downstream geneD630042P16Rik, LOC619975, Cav3, Oxtr, LOC434076, EG434077, Rad18, Srgap3, EG666387, EG620161, LOC666397, Thumpd3, EG434078, Setd5, Lhfpl4, Mtmr14, Cpne9, Brpf1, Ogg1, Camk1
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085N08.bB6Ng01-085N08.g
ACCDH899394DH899395
length1,1121,072
definitionDH899394|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085N08, 5' end.DH899395|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085N08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,138,354 - 112,139,469)(112,295,417 - 112,296,483)
sequence
gaattcaaagaattatttcaaagaattttaggtggtagctccatataaaa
tcatttgttgatagcatcttgctcaactgggtcttgctagcacactggct
ttcttgatcttgttcaaacatagcagcctgtacttgccccagggcctttg
cacatgctgttcccccacttgaaatgcttcttcttcaggtatctcctgac
ttcctcttgaactagcaatgatcctgaatctaccccagtctaccacatgc
tgacctctcttgacttctctttcttactaccatctggcaactatcctcac
ttatttttaatagaatcttccagatgaatgaagactcagaactatcttcc
atattccatgtgaccagaacttagtctgttagagtcacttaaatatttgt
tgaaagaataaaagaaagaagaggggacaggaaagagaaagaatataacc
aagggaaatctcatatatgggctattgttaagtatagcaggaaagaggag
aaggaaaaccccctcctgccccttgattccaaactctgcccactctaagg
gaaaatcatgtccctgcaagggtagctcagtcagaacagcagggtgggtc
tgccccccgcccccccagcaggtgacctgctactctgccttgactggact
cattccaagcatctcactgggagaggcagaccataagcatggttataata
gctagcacatcctggtaacagctccggtaccagcaatatggaggtgggtc
tctagggtaccaagtttaatgtaagcagatgaaaactgtttgctcctccc
tcatgtaagataagaagcaagaaagcagccaagctgggatgttgagaaag
agagatccaagtttggttcccagcaccactgtagggaaattcaggtctcc
tgatgctacaactccaggggttctggtacttctgaaaatagtaggcatct
atgctccatgtgcaaacagacacccacacacacaggcaacacacacacat
atgtaggcacacacatacatacacgtgtgctcaaaagtgcccatgcgcat
gcatacacacacacacacacgtggatagctgccatggtgcattcccctct
atgtcaggacag
gaattctaggagttcactacaacacccagtttatgtgatgaatatttcat
gcatgctaggcaagctgtctaccaactgaagcttctctagctctccattt
ttgtatgtttgattttaataattgttcaatcagagacatgaaagtcaaat
aaaagaggtccatttttggaatgacaaagtagtatcctaaaatgtcaatg
gtttttgagagaacaacaagtaacacactctatctcccatgaattacttt
caaaaaatacacccaagatttggtgatagtaggacttgaaagaagggact
gtggcagccaagagtctctctctgtgtgtgttgttgtttgaaggtaagat
gcagtcatggtgaaaggaacattagctaaaatcttcaataaaaacactat
cttcaaggactaatacaattactaaggagtaagggtagaaccctgaatgg
cagtgagctagagaagatgagccccatctccagccttgacagagcacaca
tggagcaccaaaaaggcagcatccatctaaggccgaacaaaatcaactgt
atttgttcatatccgttgtggacagttgaaaaatgaaattaacaaatatc
atccataaggaacacacgtaaccagaaatgtctaagatatttataatgcg
gtaagtaaagcaaaataaattacaaataaatgcatgatacactatgtttc
tggactaggaagtacagtgctgctgagatttcaattcttgctaaatttgt
ctattttacccagttcaatgtgtccaaattttccctgtactttctgtaat
aacacaccctgataaaaaaatgacttgggagagaaatttttatttggctt
acaatttcaggttacagcccatcactgcaggctctagataatccatagtg
ggattcgattttaagtgattctagattgggtcaagttgataaccactatt
aaccatcacacagccaaaattatagctaccttgcttgtagaaactgacaa
taccatgtttcatggaaaaatgacattttttataaaaagagagaagagga
aaagaggagagaggaagagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_112138354_112139469
seq2: B6Ng01-085N08.b_46_1157

seq1  GAATTCAAAGAATTATTTCAAAGAATTTTAGGTGGTAGCTCCATATAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGAATTATTTCAAAGAATTTTAGGTGGTAGCTCCATATAAAA  50

seq1  TCATTTGTTGATAGCATCTTGCTCAACTGGGTCTTGCTAGCACACTGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGTTGATAGCATCTTGCTCAACTGGGTCTTGCTAGCACACTGGCT  100

seq1  TTCTTGATCTTGTTCAAACATAGCAGCCTGTACTTGCCCCAGGGCCTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGATCTTGTTCAAACATAGCAGCCTGTACTTGCCCCAGGGCCTTTG  150

seq1  CACATGCTGTTCCCCCACTTGAAATGCTTCTTCTTCAGGTATCTCCTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCTGTTCCCCCACTTGAAATGCTTCTTCTTCAGGTATCTCCTGAC  200

seq1  TTCCTCTTGAACTAGCAATGATCCTGAATCTACCCCAGTCTACCACATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTTGAACTAGCAATGATCCTGAATCTACCCCAGTCTACCACATGC  250

seq1  TGACCTCTCTTGACTTCTCTTTCTTACTACCATCTGGCAACTATCCTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTCTCTTGACTTCTCTTTCTTACTACCATCTGGCAACTATCCTCAC  300

seq1  TTATTTTTAATAGAATCTTCCAGATGAATGAAGACTCAGAACTATCTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTAATAGAATCTTCCAGATGAATGAAGACTCAGAACTATCTTCC  350

seq1  ATATTCCATGTGACCAGAACTTAGTCTGTTAGAGTCACTTAAATATTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCATGTGACCAGAACTTAGTCTGTTAGAGTCACTTAAATATTTGT  400

seq1  TGAAAGAATAAAAGAAAGAAGAGGGGACAGGAAAGAGAAAGAATATAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGAATAAAAGAAAGAAGAGGGGACAGGAAAGAGAAAGAATATAACC  450

seq1  AAGGGAAATCTCATATATGGGCTATTGTTAAGTATAGCAGGAAAGAGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAATCTCATATATGGGCTATTGTTAAGTATAGCAGGAAAGAGGAG  500

seq1  AAGGAAAACCCCCTCCTGCCCCTTGATTCCAAACTCTGCCCACTCTAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAACCCCCTCCTGCCCCTTGATTCCAAACTCTGCCCACTCTAAGG  550

seq1  GAAAATCATGTCCCTGCAAGGGTAGCTCAGTCAGAACAGCAGGGTGGGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATCATGTCCCTGCAAGGGTAGCTCAGTCAGAACAGCAGGGTGGGTC  600

seq1  TGCCCCCCGCCCCCCCAGCAGGTGACCTGCTACTCTGCCTTGACTGGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCCCGCCCCCCCAGCAGGTGACCTGCTACTCTGCCTTGACTGGACT  650

seq1  CATTCCAAGCATCTCACTGGGAGAGGCAGACCATAAGCATGGTTATAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCAAGCATCTCACTGGGAGAGGCAGACCATAAGCATGGTTATAATA  700

seq1  GCTAGCACATCCTGGTAACAGCTCCGGTACCAGCAATATGGAGGTGGGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCACATCCTGGTAACAGCTCCGGTACCAGCAATATGGAGGTGGGTC  750

seq1  TCTAGGGTACCAAGTTTAATGTAAGCAGATGAAAACTGTTTGCTCCTCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGGTACCAAGTTTAATGTAAGCAGATGAAAACTGTTTGCTCCTCCC  800

seq1  TCATGTAAGATAAGAAGCAAGAAAGCAGCCAAGCTGGGATGTTGAGAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTAAGATAAGAAGCAAGAAAGCAGCCAAGCTGGGATGTTGAGAAAG  850

seq1  AGAGATCCAAGTTTGGTTCCCAGCACCACTGTAGGGAAATTCAGGGTCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGAGATCCAAGTTTGGTTCCCAGCACCACTGTAGGGAAATTCA-GGTCTC  899

seq1  CTGATGCTACAACTCCAGGGGTTCTGGTACTTCTGAAAATAGTAGGCATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCTACAACTCCAGGGGTTCTGGTACTTCTGAAAATAGTAGGCATC  949

seq1  TATGCTCCATGTGCAAACAGACACCCACACACACAGGCAAACACACACAC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TATGCTCCATGTGCAAACAGACACCCACACACACAGGC-AACACACACAC  998

seq1  ATATGTAGGCACACACATACATACACGTGTGCTCAAAAGTGCCCATGCGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTAGGCACACACATACATACACGTGTGCTCAAAAGTGCCCATGCGC  1048

seq1  ATGCATACACACACACACACACGTGGATAGCTGCCAT-GTGCATTCCACT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  ATGCATACACACACACACACACGTGGATAGCTGCCATGGTGCATTCCCCT  1098

seq1  CTAATGTCCAGGGACAG  1116
      || |||||   ||||||
seq2  CT-ATGTC--AGGACAG  1112

seq1: chr6_112295417_112296483
seq2: B6Ng01-085N08.g_70_1141 (reverse)

seq1  --TCTCT--CTCTCT-CTCT----CTCTTCTCTTTTTTTTATAAAAATGT  41
        |||||  |||||| ||||    ||||||||| |||||   ||||||||
seq2  TCTCTCTTCCTCTCTCCTCTTTTCCTCTTCTCTCTTTTTATAAAAAATGT  50

seq1  CATTTTTTTCCCATGGAAACATTGTATTGTCAGTTTCTACAAGCAAGGTA  91
      |||||||   |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTT---CCAT-GAAACATGGTATTGTCAGTTTCTACAAGCAAGGTA  96

seq1  GCTATAATTTTGGCTGTGTGATGGTTAATAGTTGTTATCAACTTGACCCA  141
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCTATAATTTTGGCTGTGTGATGGTTAATAGTGGTTATCAACTTGACCCA  146

seq1  ATCTAGAATCACCTGAAAATCGAATCCCACTATGGATTATCTAGAGCCTG  191
      ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGAATCA-CTTAAAATCGAATCCCACTATGGATTATCTAGAGCCTG  195

seq1  CAGTGATGGGCTGTAACCTGAAATTGTAAGCCAAATAAAAATTTCTCTCC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGATGGGCTGTAACCTGAAATTGTAAGCCAAATAAAAATTTCTCTCC  245

seq1  CAAGTCATTTTTTTATCAGGGTGTGTTATTACAG-AAGTACAGGGAAAAT  290
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAAGTCATTTTTTTATCAGGGTGTGTTATTACAGAAAGTACAGGGAAAAT  295

seq1  TTGGACACATTGAACTGGGTAAAATAGACAAATTTAGCAAGAATTGAAAT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACACATTGAACTGGGTAAAATAGACAAATTTAGCAAGAATTGAAAT  345

seq1  CTCAGCAGCACTGTACTTCCTAGTCCAGAAACATAGTGTATCATGCATTT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCAGCACTGTACTTCCTAGTCCAGAAACATAGTGTATCATGCATTT  395

seq1  ATTTGTAATTTATTTTGCTTTACTTACCGCATTATAAATATCTTAGACAT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTAATTTATTTTGCTTTACTTACCGCATTATAAATATCTTAGACAT  445

seq1  TTCTGGTTACGTGTGTTCCTTATGGATGATATTTGTTAATTTCATTTTTC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTTACGTGTGTTCCTTATGGATGATATTTGTTAATTTCATTTTTC  495

seq1  AACTGTCCACAACGGATATGAACAAATACAGTTGATTTTGTTCGGCCTTA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCCACAACGGATATGAACAAATACAGTTGATTTTGTTCGGCCTTA  545

seq1  GATGGATGCTGCCTTTTTGGTGCTCCATGTGTGCTCTGTCAAGGCTGGAG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATGCTGCCTTTTTGGTGCTCCATGTGTGCTCTGTCAAGGCTGGAG  595

seq1  ATGGGGCTCATCTTCTCTAGCTCACTGCCATTCAGGGTTCTACCCTTACT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGCTCATCTTCTCTAGCTCACTGCCATTCAGGGTTCTACCCTTACT  645

seq1  CCTTAGTAATTGTATTAGTCCTTGAAGATAGTGTTTTTATTGAAGATTTT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGTAATTGTATTAGTCCTTGAAGATAGTGTTTTTATTGAAGATTTT  695

seq1  AGCTAATGTTCCTTTCACCATGACTGCATCTTACCTTCAAACAACAACAC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAATGTTCCTTTCACCATGACTGCATCTTACCTTCAAACAACAACAC  745

seq1  ACACAGAGAGAGACTCTTGGCTGCCACAGTCCCTTCTTTCAAGTCCTACT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAGAGAGACTCTTGGCTGCCACAGTCCCTTCTTTCAAGTCCTACT  795

seq1  ATCACCAAATCTTGGGTGTATTTTTTGAAAGTAATTCATGGGAGATAGAG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCAAATCTTGGGTGTATTTTTTGAAAGTAATTCATGGGAGATAGAG  845

seq1  TGTGTTACTTGTTGTTCTCTCAAAAACCATTGACATTTTAGGATACTACT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTACTTGTTGTTCTCTCAAAAACCATTGACATTTTAGGATACTACT  895

seq1  TTGTCATTCCAAAAATGGACCTCTTTTATTTGACTTTCATGTCTCTGATT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCATTCCAAAAATGGACCTCTTTTATTTGACTTTCATGTCTCTGATT  945

seq1  GAACAATTATTAAAATCAAACATACAAAAATGGAGAGCTAGAGAAGCTTC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATTATTAAAATCAAACATACAAAAATGGAGAGCTAGAGAAGCTTC  995

seq1  AGTTGGTAGACAGCTTGCCTAGCATGCATGAAATATTCATCACATAAACT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGTAGACAGCTTGCCTAGCATGCATGAAATATTCATCACATAAACT  1045

seq1  GGGTGTTGTAGTGAACTCCTAGAATTC  1067
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTTGTAGTGAACTCCTAGAATTC  1072