BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087D18
Chromosome6 (Build37)
Map Location 112,381,263 - 112,531,878
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCav3, Oxtr, LOC434076
Upstream geneGrm7, 1700054K19Rik, Lmcd1, D630042P16Rik, LOC619975
Downstream geneEG434077, Rad18, Srgap3, EG666387, EG620161, LOC666397, Thumpd3, EG434078, Setd5, Lhfpl4, Mtmr14, Cpne9, Brpf1, Ogg1, Camk1, Tada3l, Arpc4, Ttll3, Rpusd3, Cidec, Jagn1, Il17re, Il17rc, Creld1, Prrt3, Tmem111, Fancd2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087D18.bB6Ng01-087D18.g
ACCDH900419DH900420
length9721,009
definitionDH900419|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087D18, 5' end.DH900420|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087D18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,531,321 - 112,531,878)(112,381,263 - 112,382,272)
sequence
gaattcacctcatgatttgtaaaaaaattcttgccacttatattttacag
gtgtggaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
ttgtgggaccatgaaaggtagcctggttcctggttgaactaaggctaaaa
gctgcagagaccctgaagggatggtaggagctttgcctattcgtgggtat
caagcctctgtcacaagctgcagccaccccccacccccatagatttgtgg
ccatcagtcacataaaggcaatgccccaagcccttccacatgtagaagtt
gtgacctgtggtcacttaggctaaagacagatctccattttaatgaggta
cctaaaggcctagaggtttagccaataaactttccttcccagacacccct
ccctgaataaggtatttaacctcaggcctgccctgagaagtggagtatgg
ttttacacatccactttccaccatgacaataaatgccttaaaaccatgga
cttcccctttttcatgaggatctgccgtgggcagcagccatgcagaaggc
ctttgcctatagagcatccatctaatctcctgtagaaggcctctctgaac
tcccagccatgaccacaaccaaactcaagcctgcaactgtcaagctaagg
actcccctgagggaccagccagagctcctcccacccctggccctcagcaa
gatccagtctatggcccccactcccttctcagctcttctgaagcttccag
tggcacttgggtatctgagagccccatagacccagactctctgcaggtcc
cgggggtccccaagtcagctcccactgttctgtacctcagactgcacttt
cccatccctggtgtcctggggcttccctacagcccaacacccaccctgtg
acagcctggggtaagtggggtcaacttcccacatcctgcttccctgagtg
accgagcctgtggtagagcaga
gaattccttgcaggccaagaaacttcctaaattctctgctcctgtagaat
ctgataaggaggcagaatttgtctgctgcatgttcctggttgccggcctt
aagcacacactaccggagtcctcgtctcccctgtctcatctctctcccac
ccaccctgccaatacatacacccttccaccttagactggactcttatgac
aggattctgactttccagagtctctgagcccaaaggagacttgggcatga
gacagcactgctctgggtgacccaagtccctattaccaagaccaacacca
gtttgctatcaagtaacatgaaaatcccagttctacagactggcaatcca
gctctgtgtcttgactccatgtacagactcagtgctcaggtccttctatc
tagggctacatttatggccaaagtcactgtagaactattttaaaaaacac
acacacacaaactgtagcagtgcttagtgtatggagctcaggctagacca
gtccggctgctgctgctccatctctgtctcacttgccagaaagaatattg
tttcctctctgtggtggtttatatgttcttggaccagggagtggcaccat
ttggaggtgtggccttgttggaataggtgtgacctggttagagtaggtgt
gtcactgtgggtgtgggcttaatactctcaccctagttgcctggaagtca
gtcttccactagcagcctttggatgaagacatagaattctcaactctcac
tcggcttgcgccatgcctgcctggatgctgctattgctctcaccttgatg
ataatggactgagcctctgaaccttgtagctagccccaattaaatgttgg
ggtttttttttttgtttttgttttgttttttgttttttataagacttgcc
ttggtcatgtgtctgttcacagaagtaaacccttagacactcccctattc
ttggtaagaccatgaggttattccctccatcgggaaagtcagatgcatga
gttcttggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_112531321_112531878
seq2: B6Ng01-087D18.b_43_600 (reverse)

seq1  AGGCAAAGGCCTTCTGCATGGCTGCTGCCCACGGCAGATCCTCATGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAAGGCCTTCTGCATGGCTGCTGCCCACGGCAGATCCTCATGAAAA  50

seq1  AGGGGAAGTCCATGGTTTTAAGGCATTTATTGTCATGGTGGAAAGTGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAAGTCCATGGTTTTAAGGCATTTATTGTCATGGTGGAAAGTGGAT  100

seq1  GTGTAAAACCATACTCCACTTCTCAGGGCAGGCCTGAGGTTAAATACCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAAACCATACTCCACTTCTCAGGGCAGGCCTGAGGTTAAATACCTT  150

seq1  ATTCAGGGAGGGGTGTCTGGGAAGGAAAGTTTATTGGCTAAACCTCTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGGAGGGGTGTCTGGGAAGGAAAGTTTATTGGCTAAACCTCTAGG  200

seq1  CCTTTAGGTACCTCATTAAAATGGAGATCTGTCTTTAGCCTAAGTGACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAGGTACCTCATTAAAATGGAGATCTGTCTTTAGCCTAAGTGACCA  250

seq1  CAGGTCACAACTTCTACATGTGGAAGGGCTTGGGGCATTGCCTTTATGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCACAACTTCTACATGTGGAAGGGCTTGGGGCATTGCCTTTATGTG  300

seq1  ACTGATGGCCACAAATCTATGGGGGTGGGGGGTGGCTGCAGCTTGTGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATGGCCACAAATCTATGGGGGTGGGGGGTGGCTGCAGCTTGTGACA  350

seq1  GAGGCTTGATACCCACGAATAGGCAAAGCTCCTACCATCCCTTCAGGGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTGATACCCACGAATAGGCAAAGCTCCTACCATCCCTTCAGGGTC  400

seq1  TCTGCAGCTTTTAGCCTTAGTTCAACCAGGAACCAGGCTACCTTTCATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGCTTTTAGCCTTAGTTCAACCAGGAACCAGGCTACCTTTCATGG  450

seq1  TCCCACAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  500

seq1  TTCCACACCTGTAAAATATAAGTGGCAAGAATTTTTTTACAAATCATGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACACCTGTAAAATATAAGTGGCAAGAATTTTTTTACAAATCATGAG  550

seq1  GTGAATTC  558
      ||||||||
seq2  GTGAATTC  558

seq1: chr6_112381263_112382272
seq2: B6Ng01-087D18.g_67_1075

seq1  GAATTCCTTGCAGGCCAAGAAACTTCCTAAATTCTCTGCTCCTGTAGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGCAGGCCAAGAAACTTCCTAAATTCTCTGCTCCTGTAGAAT  50

seq1  CTGATAAGGAGGCAGAATTTGTCTGCTGCATGTTCCTGGTTGCCGGCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAAGGAGGCAGAATTTGTCTGCTGCATGTTCCTGGTTGCCGGCCTT  100

seq1  AAGCACACACTACCGGAGTCCTCGTCTCCCCTGTCTCATCTCTCTCCCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACACACTACCGGAGTCCTCGTCTCCCCTGTCTCATCTCTCTCCCAC  150

seq1  CCACCCTGCCAATACATACACCCTTCCACCTTAGACTGGACTCTTATGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCTGCCAATACATACACCCTTCCACCTTAGACTGGACTCTTATGAC  200

seq1  AGGATTCTGACTTTCCAGAGTCTCTGAGCCCAAAGGAGACTTGGGCATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTCTGACTTTCCAGAGTCTCTGAGCCCAAAGGAGACTTGGGCATGA  250

seq1  GACAGCACTGCTCTGGGTGACCCAAGTCCCTATTACCAAGACCAACACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCACTGCTCTGGGTGACCCAAGTCCCTATTACCAAGACCAACACCA  300

seq1  GTTTGCTATCAAGTAACATGAAAATCCCAGTTCTACAGACTGGCAATCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTATCAAGTAACATGAAAATCCCAGTTCTACAGACTGGCAATCCA  350

seq1  GCTCTGTGTCTTGACTCCATGTACAGACTCAGTGCTCAGGTCCTTCTATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTGTCTTGACTCCATGTACAGACTCAGTGCTCAGGTCCTTCTATC  400

seq1  TAGGGCTACATTTATGGCCAAAGTCACTGTAGAACTATTTTAAAAAACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCTACATTTATGGCCAAAGTCACTGTAGAACTATTTTAAAAAACAC  450

seq1  ACACACACAAACTGTAGCAGTGCTTAGTGTATGGAGCTCAGGCTAGACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACAAACTGTAGCAGTGCTTAGTGTATGGAGCTCAGGCTAGACCA  500

seq1  GTCCGGCTGCTGCTGCTCCATCTCTGTCTCACTTGCCAGAAAGAATATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCGGCTGCTGCTGCTCCATCTCTGTCTCACTTGCCAGAAAGAATATTG  550

seq1  TTTCCTCTCTGTGGTGGTTTATATGTTCTTGGACCAGGGAGTGGCACCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCTCTGTGGTGGTTTATATGTTCTTGGACCAGGGAGTGGCACCAT  600

seq1  TTGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAATAGGTGTGACCTGGTTAGAGTAGGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAATAGGTGTGACCTGGTTAGAGTAGGTGT  650

seq1  GTCACTGTGGGTGTGGGCTTAATACTCTCACCCTAGTTGCCTGGAAGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGTGGGTGTGGGCTTAATACTCTCACCCTAGTTGCCTGGAAGTCA  700

seq1  GTCTTCCACTAGCAGCCTTTGGATGAAGACATAGAATTCTCAACTCTCAA  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTCTTCCACTAGCAGCCTTTGGATGAAGACATAGAATTCTCAACTCTC-A  749

seq1  CTCGGCTTGCGCCATGCCTGCCTGGATGCTGCTA-TGCTCTCACCTTGAT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTCGGCTTGCGCCATGCCTGCCTGGATGCTGCTATTGCTCTCACCTTGAT  799

seq1  GATAATGGACTGAGCCTCTGAACCTGTAAGCTAGCCCCAATTAAATGTT-  848
      |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| 
seq2  GATAATGGACTGAGCCTCTGAACCTTGTAGCTAGCCCCAATTAAATGTTG  849

seq1  GGGTTTTTTTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTATAAGACTTG  898
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTTTTTTTTGTTTTTG-TTTTGTTTTTTGTTTTTTATAAGACTTG  898

seq1  CCTTGGTCATCGTGTCTGTTCACAGAAGTAAAACCCTAAGACACT-CCCT  947
      |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||
seq2  CCTTGGTCAT-GTGTCTGTTCACAGAAGT-AAACCCTTAGACACTCCCCT  946

seq1  ATACTTTGTAAGACCATGAGGTT-TATCCTCCAGTCTGGAAAGTCAGATG  996
      || ||| |||||||||||||||| |  |||||| || |||||||||||||
seq2  ATTCTTGGTAAGACCATGAGGTTATTCCCTCCA-TCGGGAAAGTCAGATG  995

seq1  CTTGAGTCCTTGGG  1010
      | ||||| ||||||
seq2  CATGAGTTCTTGGG  1009