BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087G07
Chromosome6 (Build37)
Map Location 114,208,095 - 114,383,712
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc6a1, Hrh1
Upstream geneMtmr14, Cpne9, Brpf1, Ogg1, Camk1, Tada3l, Arpc4, Ttll3, Rpusd3, Cidec, Jagn1, Il17re, Il17rc, Creld1, Prrt3, Tmem111, Fancd2, 4931417G12Rik, 6720456B07Rik, Vhlh, Irak2, Tatdn2, Ghrl, Sec13, Atp2b2, Slc6a11, LOC666491
Downstream geneAtg7, Vgll4, 1500001M20Rik, LOC100043420, Syn2, Timp4, Pparg
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087G07.bB6Ng01-087G07.g
ACCDH900530DH900531
length462487
definitionDH900530|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087G07, 5' end.DH900531|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087G07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,383,245 - 114,383,712)(114,208,095 - 114,208,587)
sequence
ttcagataaggtggtttcttacagctcagagagccctgggggattcttca
gtaccctgaactgtgttgacataatacaacagttccagaaaggcaacctg
caggcacaaggtcagaacctctagacccctggatggatgtgacccatcac
catggcagtcacttggttctgataagccagggcaggggggtgctaggttg
ctgtctttgccttgggtgggctggggtagaatttctagcctgaacagggt
cggcaagtaagcagggtggctgggagaacgcatggtaggcaggcctatct
gtggcctgctttggttgtctaatttcctacatagggctcttgatgctcaa
gtcatatggaagggtgggtcttggatctgatcttcaagcagctcgggcaa
atgagactctttccagaaagaaaacccattccaaagagatggttcggggg
gtgggggtgggg
aggcaggaggtttatactgatcccaggattctgcagacccctacccccta
cttctgttgctaagcaacagctgctcattgctgagggtaccagcagaaga
tgagctgagggaggctgcagcagctggcttgtcctttactaagaatctgt
cccttaagtcagacagtgagaatcagagtccctgtgagaagcagggactt
gcccaagatcaccagagctgtgagtgaacacatcctagctctgcagtgtt
agagtgacagactcctgggaaaacttgttctgacccttaattcctaagcc
cagggagacattactacagtgacagtggagcagagcccacatggctgtgt
ggttgcaggcaagccccttcacctctttgagcatggctccatgccagtag
gaatggtttgatgtcagcatgctctccctgaagtaaagtgtgtgtgtgtg
tgtgagtgaagtgtgtttgtatgtgtgagtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_114383245_114383712
seq2: B6Ng01-087G07.b_44_511 (reverse)

seq1  CCCCACCCCCACCCCCCGAACCATCTCTTTGGAATGGGTTTTCTTTCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCCCACCCCCCGAACCATCTCTTTGGAATGGGTTTTCTTTCTGG  50

seq1  AAAGAGTCTCATTTGCCCGAGCTGCTTGAAGATCAGATCCAAGACCCACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTCTCATTTGCCCGAGCTGCTTGAAGATCAGATCCAAGACCCACC  100

seq1  CTTCCATATGACTTGAGCATCAAGAGCCCTATGTAGGAAATTAGACAACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATATGACTTGAGCATCAAGAGCCCTATGTAGGAAATTAGACAACC  150

seq1  AAAGCAGGCCACAGATAGGCCTGCCTACCATGCGTTCTCCCAGCCACCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGGCCACAGATAGGCCTGCCTACCATGCGTTCTCCCAGCCACCCT  200

seq1  GCTTACTTGCCGACCCTGTTCAGGCTAGAAATTCTACCCCAGCCCACCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACTTGCCGACCCTGTTCAGGCTAGAAATTCTACCCCAGCCCACCCA  250

seq1  AGGCAAAGACAGCAACCTAGCACCCCCCTGCCCTGGCTTATCAGAACCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAAGACAGCAACCTAGCACCCCCCTGCCCTGGCTTATCAGAACCAA  300

seq1  GTGACTGCCATGGTGATGGGTCACATCCATCCAGGGGTCTAGAGGTTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTGCCATGGTGATGGGTCACATCCATCCAGGGGTCTAGAGGTTCTG  350

seq1  ACCTTGTGCCTGCAGGTTGCCTTTCTGGAACTGTTGTATTATGTCAACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGTGCCTGCAGGTTGCCTTTCTGGAACTGTTGTATTATGTCAACAC  400

seq1  AGTTCAGGGTACTGAAGAATCCCCCAGGGCTCTCTGAGCTGTAAGAAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAGGGTACTGAAGAATCCCCCAGGGCTCTCTGAGCTGTAAGAAACC  450

seq1  ACCTTATCTGAAGAATTC  468
      ||||||||||||||||||
seq2  ACCTTATCTGAAGAATTC  468

seq1: chr6_114208095_114208587
seq2: B6Ng01-087G07.g_69_561

seq1  GAATTCAGGCAGGAGGTTTATACTGATCCCAGGATTCTGCAGACCCCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCAGGAGGTTTATACTGATCCCAGGATTCTGCAGACCCCTAC  50

seq1  CCCCTACTTCTGTTGCTAAGCAACAGCTGCTCATTGCTGAGGGTACCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTACTTCTGTTGCTAAGCAACAGCTGCTCATTGCTGAGGGTACCAGC  100

seq1  AGAAGATGAGCTGAGGGAGGCTGCAGCAGCTGGCTTGTCCTTTACTAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATGAGCTGAGGGAGGCTGCAGCAGCTGGCTTGTCCTTTACTAAGA  150

seq1  ATCTGTCCCTTAAGTCAGACAGTGAGAATCAGAGTCCCTGTGAGAAGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTCCCTTAAGTCAGACAGTGAGAATCAGAGTCCCTGTGAGAAGCAG  200

seq1  GGACTTGCCCAAGATCACCAGAGCTGTGAGTGAACACATCCTAGCTCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTGCCCAAGATCACCAGAGCTGTGAGTGAACACATCCTAGCTCTGC  250

seq1  AGTGTTAGAGTGACAGACTCCTGGGAAAACTTGTTCTGACCCTTAATTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTAGAGTGACAGACTCCTGGGAAAACTTGTTCTGACCCTTAATTCC  300

seq1  TAAGCCCAGGGAGACATTACTACAGTGACAGTGGAGCAGAGCCCACATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCCAGGGAGACATTACTACAGTGACAGTGGAGCAGAGCCCACATGG  350

seq1  CTGTGTGGTTGCAGGCAAGCCCCTTCACCTCTTTGAGCATGGCTCCATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGGTTGCAGGCAAGCCCCTTCACCTCTTTGAGCATGGCTCCATGC  400

seq1  CAGTAGGAATGGTTTGATGTCAGCATGCTCTCCCTGAAGTAAAGTGTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGGAATGGTTTGATGTCAGCATGCTCTCCCTGAAGTAAAGTGTGTG  450

seq1  TGTGTGTGTGAGTGAAGTGTGTTTGTATGTGTGAGTGTGTGTG  493
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGAGTGAAGTGTGTTTGTATGTGTGAGTGTGTGTG  493