BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087N14
Chromosome6 (Build37)
Map Location 38,334,580 - 38,471,648
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTtc26, D130059P03Rik
Upstream geneCreb3l2, Akr1d1, LOC665046, Ybx1-ps2, LOC100039636, LOC665102, Trim24, Svopl, Atp6v0a4, LOC100039657, D630002J15Rik, D630045J12Rik, LOC665125, Zc3hav1l, Zc3hav1, Rpl30-ps1
Downstream gene3110054G05Rik, 1110001J03Rik, LOC621228, Luc7l2, Klrg2, LOC665180, Hipk2, Tbxas1, 1700025N23Rik, Parp12, 4930599N23Rik, A630082K20Rik, Slc37a3, Rab19, Mkrn1, ENSMUSG00000068601, Dennd2a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087N14.bB6Ng01-087N14.g
ACCDH900860DH900861
length1,1841,009
definitionDH900860|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087N14, 5' end.DH900861|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087N14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,470,431 - 38,471,648)(38,334,580 - 38,335,592)
sequence
gaattcttaattcttaatcactccaacacattaaaattcattctatgttg
tcccaacatcctgagctaaaaccttagtttggagtggtcttgggttagta
atgtccctagagtctggaaaatacaaactcagatactctttttaaaaaca
atacacttttagccaggcatggtgatatacacttttaatcccagcagagg
catgagaacctctatgagttcaaggccagtttggtctacatagtgagttc
cagaacagccagggctccatagagagacttgtctcaaaataattataaca
acacacgttagggttgaagagatggctcagcagttaagagcactgcctgt
tcttccaaaggaccggtgttcaattcccagcacccacatggtggctcaga
aacatctgtaattccagttccccagaattgacacactcttctggcctctg
aagggtaaaaacatgcaagtggtgcacaaacatccatgcaaataaaacca
aaacagcagcctaggactcaggaatcatagctaacatttcaatgcataga
gatctctatagcatgacccaggagcatgggtgtgcacactgtaaagttac
acataaacagaaaaatcaggttgattagggaccaaggtaatgccagggct
ttgcactgggacaggtctgatgctcccaactgacttgctggtcttaggac
cttggtctcatctcttactagatatcaccagctaagaaagctgataagcc
cagggaaaaacataaacacaggttaaaacaaacagttacgtcaagagtat
attcacaacaagaaaacagacttagcagagtgctagataaatccaaaagg
accaagacagaacaggaatgggcacacaggctgggttacagctgggctgg
aagagtgtctgcctagcacacacaggacctctgctttgtttgatcttcaa
gtgtctaaatctgtgtgtgtgcacactgtgacctctgtaatccagtgcta
gatgtgagatggggctagagagatcaaagctagtctcagctacatctcaa
gtcaagcaggctgctatggtgaaccctatctaaaactaaagacaaaccgg
agaaaagaatatgcaggtttgggaaaacccaaccaatacaaggttccgca
aagaaaacgatgtctttaagataataaatctaaa
gaattcctaagattgttttgttttgttttcaagatttatttattttatgt
gagtacactgtcactgtcttcagacataccccagaagagggtgtcagatc
ccattacagatggttgtgagccaccatgtggttgctgggaattgaactca
ggacctctggaagagcagtcagtgctcttaaccactgagccatctctcca
gccccctaagtttttataatggacataataggctgtcttctggacatctt
tagctcttctagtctataagctagcctgactaggctaacagaatgctttc
atggcctgtcttcagagaaggtttatgaattgttaatactgtgttgtgtg
cacatgtgaacagaataagatggaagtgtgggattggatgcagcagagcc
cagtggtgggagcctgggctttggaggcagacatgaatttaagtcccatt
agcacaggaagcagccatgggatcttagaatcattgctaggcctctaact
gttggttatttggttatttatatagcttttgagcatcatccagaattatt
agataattcacatactttctggagaaaggtgctaacaaacacagaaaaac
aaatctggaatgtctggggggcagtggggtatggagttgtatgccaatta
gaacattactgtgctgattcctgtcagtgctggcttaactgagctgcgag
tattgtccagcctctattagcattctgtgtgtttatcagtaactcagcat
acctttacaaaaccaaaccaaacccagcatcccaaagcctttattaaata
aaattgcttttgtttttttgttttttttcatgaaattttaattgtgaatg
tgaagttcaagcgctacgttggggagcaagaagacgacactaacttatgg
attggatactgtgcttttcacctgggtgactacaagagagctttggaggt
tagtgggaaatccaaccgtgttacagtacattaaatggtatatactcatg
gtacagcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_38470431_38471648
seq2: B6Ng01-087N14.b_49_1232 (reverse)

seq1  TTTAGGATTTATTATCTTAATGACATCTGTTTTCTTTTTTGCTGAGACTT  50
      |||| ||||||||||||||| |||||| ||||||   ||||| ||  |  
seq2  TTTA-GATTTATTATCTTAAAGACATC-GTTTTC---TTTGCGGAACC--  43

seq1  TTGTATTGTGTTGGGTTTTTTCCCCCATACTTTCCATATCTTTTTCTTCT  100
      |||||||| ||||||||||    |||| ||  | |||||  |||||| | 
seq2  TTGTATTG-GTTGGGTTTT----CCCAAAC-CTGCATATTCTTTTCTCCG  87

seq1  GTTTTTGTCTTTTAGTTTTTTAAGATAGGGTTTCACATAGCCAGGCTGGC  150
      |  |||||| |||||||||   ||||||||||   ||||| ||| |||  
seq2  G--TTTGTC-TTTAGTTTT---AGATAGGGTTCACCATAG-CAGCCTG--  128

seq1  CTTGAACTTGAGATGTAGCTGAGACTAGCTTTGATCTTCTCTTAGCCCCA  200
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  CTTG-ACTTGAGATGTAGCTGAGACTAGCTTTGATC-TCTC-TAGCCCCA  175

seq1  TCTCCACCATCTTAGCACTTGGATTACAGAGGTCACAGGTGTGCACCACC  250
      ||||   |||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||    |
seq2  TCTC--ACATC-TAGCAC-TGGATTACAGAGGTCACA-GTGTGCA----C  216

seq1  ACAC-CAGATTTAGACACCTTGAAGATCAAACAAAGCAGAGGTCCTGTGT  299
      |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGATTTAGACA-CTTGAAGATCAAACAAAGCAGAGGTCCTGTGT  265

seq1  GTGCTAGGCAGACACTCTTCCAGCCCAGCTGTAACCCAGCCTGTGTGCCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAGGCAGACACTCTTCCAGCCCAGCTGTAACCCAGCCTGTGTGCCC  315

seq1  ATTCCTGTTCTGTCTTGGTCCTTTTGGATTTATCTAGCACTCTGCTAAGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTGTTCTGTCTTGGTCCTTTTGGATTTATCTAGCACTCTGCTAAGT  365

seq1  CTGTTTTCTTGTTGTGAATATACTCTTGACGTAACTGTTTGTTTTAACCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTCTTGTTGTGAATATACTCTTGACGTAACTGTTTGTTTTAACCT  415

seq1  GTGTTTATGTTTTTCCCTGGGCTTATCAGCTTTCTTAGCTGGTGATATCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTATGTTTTTCCCTGGGCTTATCAGCTTTCTTAGCTGGTGATATCT  465

seq1  AGTAAGAGATGAGACCAAGGTCCTAAGACCAGCAAGTCAGTTGGGAGCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGAGATGAGACCAAGGTCCTAAGACCAGCAAGTCAGTTGGGAGCAT  515

seq1  CAGACCTGTCCCAGTGCAAAGCCCTGGCATTACCTTGGTCCCTAATCAAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCTGTCCCAGTGCAAAGCCCTGGCATTACCTTGGTCCCTAATCAAC  565

seq1  CTGATTTTTCTGTTTATGTGTAACTTTACAGTGTGCACACCCATGCTCCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTTTCTGTTTATGTGTAACTTTACAGTGTGCACACCCATGCTCCT  615

seq1  GGGTCATGCTATAGAGATCTCTATGCATTGAAATGTTAGCTATGATTCCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCATGCTATAGAGATCTCTATGCATTGAAATGTTAGCTATGATTCCT  665

seq1  GAGTCCTAGGCTGCTGTTTTGGTTTTATTTGCATGGATGTTTGTGCACCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCTAGGCTGCTGTTTTGGTTTTATTTGCATGGATGTTTGTGCACCA  715

seq1  CTTGCATGTTTTTACCCTTCAGAGGCCAGAAGAGTGTGTCAATTCTGGGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATGTTTTTACCCTTCAGAGGCCAGAAGAGTGTGTCAATTCTGGGG  765

seq1  AACTGGAATTACAGATGTTTCTGAGCCACCATGTGGGTGCTGGGAATTGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGAATTACAGATGTTTCTGAGCCACCATGTGGGTGCTGGGAATTGA  815

seq1  ACACCGGTCCTTTGGAAGAACAGGCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCGGTCCTTTGGAAGAACAGGCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATCT  865

seq1  CTTCAACCCTAACGTGTGTTGTTATAATTATTTTGAGACAAGTCTCTCTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAACCCTAACGTGTGTTGTTATAATTATTTTGAGACAAGTCTCTCTA  915

seq1  TGGAGCCCTGGCTGTTCTGGAACTCACTATGTAGACCAAACTGGCCTTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCCCTGGCTGTTCTGGAACTCACTATGTAGACCAAACTGGCCTTGA  965

seq1  ACTCATAGAGGTTCTCATGCCTCTGCTGGGATTAAAAGTGTATATCACCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATAGAGGTTCTCATGCCTCTGCTGGGATTAAAAGTGTATATCACCA  1015

seq1  TGCCTGGCTAAAAGTGTATTGTTTTTAAAAAGAGTATCTGAGTTTGTATT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGGCTAAAAGTGTATTGTTTTTAAAAAGAGTATCTGAGTTTGTATT  1065

seq1  TTCCAGACTCTAGGGACATTACTAACCCAAGACCACTCCAAACTAAGGTT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGACTCTAGGGACATTACTAACCCAAGACCACTCCAAACTAAGGTT  1115

seq1  TTAGCTCAGGATGTTGGGACAACATAGAATGAATTTTAATGTGTTGGAGT  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTCAGGATGTTGGGACAACATAGAATGAATTTTAATGTGTTGGAGT  1165

seq1  GATTAAGAATTAAGAATTC  1218
      |||||||||||||||||||
seq2  GATTAAGAATTAAGAATTC  1184

seq1: chr6_38334580_38335592
seq2: B6Ng01-087N14.g_69_1077

seq1  GAATTCCTAAGATTGTTTTGTTTTGTTTTCAAGATTTATTTATTTTATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAGATTGTTTTGTTTTGTTTTCAAGATTTATTTATTTTATGT  50

seq1  GAGTACACTGTCACTGTCTTCAGACATACCCCAGAAGAGGGTGTCAGATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACACTGTCACTGTCTTCAGACATACCCCAGAAGAGGGTGTCAGATC  100

seq1  CCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCA  150

seq1  GGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCA  200

seq1  GCCCCCTAAGTTTTTATAATGGACATAATAGGCTGTCTTCTGGACATCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCTAAGTTTTTATAATGGACATAATAGGCTGTCTTCTGGACATCTT  250

seq1  TAGCTCTTCTAGTCTATAAGCTAGCCTGACTAGGCTAACAGAATGCTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCTTCTAGTCTATAAGCTAGCCTGACTAGGCTAACAGAATGCTTTC  300

seq1  ATGGCCTGTCTTCAGAGAAGGTTTATGAATTGTTAATACTGTGTTGTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTGTCTTCAGAGAAGGTTTATGAATTGTTAATACTGTGTTGTGTG  350

seq1  CACATGTGAACAGAATAAGATGGAAGTGTGGGATTGGATGCAGCAGAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTGAACAGAATAAGATGGAAGTGTGGGATTGGATGCAGCAGAGCC  400

seq1  CAGTGGTGGGAGCCTGGGCTTTGGAGGCAGACATGAATTTAAGTCCCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTGGGAGCCTGGGCTTTGGAGGCAGACATGAATTTAAGTCCCATT  450

seq1  AGCACAGGAAGCAGCCATGGGATCTTAGAATCATTGCTAGGCCTCTAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGGAAGCAGCCATGGGATCTTAGAATCATTGCTAGGCCTCTAACT  500

seq1  GTTGGTTATTTGGTTATTTATATAGCTTTTGAGCATCATCCAGAATTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTTATTTGGTTATTTATATAGCTTTTGAGCATCATCCAGAATTATT  550

seq1  AGATAATTCACATACTTTCTGGAGAAAGGTGCTAACAAACACAGAAAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATTCACATACTTTCTGGAGAAAGGTGCTAACAAACACAGAAAAAC  600

seq1  AAATCTGGAATGTCTGGGGGGCAGTGGGGTATGGAGTTGTATGCCAATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGGAATGTCTGGGGGGCAGTGGGGTATGGAGTTGTATGCCAATTA  650

seq1  GAACATTACTGTGCTGATTCCTGTCAGTGCTGGCTTAACTGAGCTGCGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATTACTGTGCTGATTCCTGTCAGTGCTGGCTTAACTGAGCTGCGAG  700

seq1  TATTGTCCAGCCTCTATTAGCATTCTGTGTGTTTATCAGTAACTCAGCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTCCAGCCTCTATTAGCATTCTGTGTGTTTATCAGTAACTCAGCAT  750

seq1  ACCTTTACAAAACCAAACCAAACCCAGCATCCCAAAGCCTTTATT-AATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCTTTACAAAACCAAACCAAACCCAGCATCCCAAAGCCTTTATTAAATA  800

seq1  AAATTGCTTTTGTTTTTTTGTTTTTTTTCATGAAATTTTAA-TGTGAATG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAATTGCTTTTGTTTTTTTGTTTTTTTTCATGAAATTTTAATTGTGAATG  850

seq1  TGAAGTTCAAGCGCCACGTTGGGGAGCAAGAAGACGACACTAACTTATGG  898
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTCAAGCGCTACGTTGGGGAGCAAGAAGACGACACTAACTTATGG  900

seq1  ATTGGATACTGTGCTTTTCACCTGGGTGACTACAAGAGAGCTTTGGAGGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGATACTGTGCTTTTCACCTGGGTGACTACAAGAGAGCTTTGGAGGT  950

seq1  TAGTGGGGAAAATCCAACCGGTGTTTACAGTGACATTATATGGTATATAC  998
      |||||||  |||||||||| ||| ||||||| |||||| |||||||||||
seq2  TAGTGGG--AAATCCAACC-GTG-TTACAGT-ACATTAAATGGTATATAC  995

seq1  TCATGGTAGCAGCCA  1013
      |||||||| ||||||
seq2  TCATGGTA-CAGCCA  1009