BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-091N18
Chromosome6 (Build37)
Map Location 102,105,981 - 102,271,481
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntn3, EG666123
Upstream genePdzrn3, EG666084
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-091N18.bB6Ng01-091N18.g
ACCDH903776DH903777
length1,1281,150
definitionDH903776|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-091N18, 5' end.DH903777|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-091N18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,270,350 - 102,271,481)(102,105,981 - 102,106,904)
sequence
gaattcatgaataagtggcattcaaacctggaagaagtacagagaactct
acccgaattggcattgtgaaaaaccaacttttccaggttaactatgaacc
tgaatttgaaatgtcacatgactggtcacggtgatatgttgctcttattt
tgctatcattagatgaagaatttccatcatgtgactatgatccaatgaga
aatttttagttacatgatcaatcagctgacttgttatttgtgattggcta
aagctaatggttccatgttaagttccagcttgtatacatctgaccctggt
tacagagcagcctcaggctaatggcttcctcttaccaaagtttctgggac
tgagatgaattcccataaggaaggtcacagcacatgtcccttgggtataa
gcaatcatcttgtacagattttcctcaaggaaaacttgacaaggtttctt
ttgagcttgatacagtgtgttgacaaaagatgtagagaagttttggagta
tgatagaaacacacctatgtattgtgtatttagtagtcagaggtcttact
caagtgttctctgccttatgttttcaagacaaaattatctcacggggacc
tgaagctcatccattaagctcaactggctagccagtgatccccagggatc
cagctgcctctgactccagagcaatgagatgaaatttgcatgctaccaca
cccaactttcttacatggatcctggggaatgtacaggaactaagttaggt
tctcaggtttgtatggcaagcattttactgatagctatcctgacagccca
aactagagaaacattaatttttaaatctgataagtctaatagaattgaga
attgcatgggcaattatgctctctttgaaagggctaataagattaggaga
aacaaacttcaaattggattcatagacagaatgatagataagctatagag
acattttttagaatcagaactttcagtttatataactgcaggggatagtt
ctttatgataaaagtgtcctttacaaagcttacatatgtatcatctacaa
acttctagggtatgtgctaaatgatgctaaatctaatttcaaagatcaat
acagagtctgctccatgagaatgactgc
gaattctttgcattgcaacagtcaggaagcagaatgaatgtttgtgttag
caggctgtcaactttctccttgttattccatctggggccagcagagcaca
ctgctgatggttaaggtggtattttcttccctagtactggcccgttcata
cctgggaataccctcatcgtcacacctggagatgtacttaactaatgatt
caggcatctcccactccaatcaagttcacaagattaaccattacacagag
cacagaagtaaacccagggatctacatacactgattaaccacaaaagtgc
taagaacatggattggagagaggacaggcttctccatacgcagttctgtg
aaaattgtatatgcatctgttgaagaatgaaatcaagttggccctttcct
ctaattacaagcatcaactcaaaacggcttattgccataactataagatt
ggaaactatgaaacttctagaagaaagtatagcagaaatactttaggata
ctggaatgataggttcttttttgaagaataccccctgccattgcaagcac
aaaagaaaaaaaagaaaaaagaaaaaagagagatataaataaataaataa
ataaatcgggaagcttgactccagcaagaaaaacaacaaaataaggagaa
gaactataattgtcaagtgcacatctgataaggatttacatctattgtgt
gtagggagctcaaaagactttattgcaaacaataataacctgatatgaac
taggtaatatgctgaatgaaaagggccctcacaggctcgtctatttgaat
gttattttttttttccatagttggtgtaaatgtttgggaagtattaggag
ccattaccttgctggaagagttgtgtcactgggggtgggcgctgaaggtc
ttaaatgctctgccattcccaattagctttctctctctaccttgatacca
tctcagcatataggtcttagctactgctcagcatcatgcatgcctgccac
ccttcttgcatgccctgcacgtcctgtcatgatgtcatggactttatcct
ctgacaagagcccataaaactttcttttcttagattctagtcatgatgtg
tcttatagcaataaagggcttaagaacatacatcttgtcctcgtttctca

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_102270350_102271481
seq2: B6Ng01-091N18.b_49_1176 (reverse)

seq1  GCAGTCATTCTCATGGGAGCAGACTCTGTATTGATCTTTTGAAATTAGAT  50
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCAGTCATTCTCAT-GGAGCAGACTCTGTATTGATC-TTTGAAATTAGAT  48

seq1  TTAGCATCATTTAGCACATACCCTAG-AGTTTGTAGATGATACATATGTT  99
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  TTAGCATCATTTAGCACATACCCTAGAAGTTTGTAGATGATACATATGTA  98

seq1  AGCTTTGTAAGGGACACTTTTTAATTCATAAAG-ACTATCCCCTGCAGTT  148
      |||||||||| ||||||||||    |||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGTAAAGGACACTTTT---ATCATAAAGAACTATCCCCTGCAGTT  145

seq1  ATATAAACTTGAAAGTTCTGATTCTAAAATATGTCTCTATAGCTTATCTA  198
      |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAC-TGAAAGTTCTGATTCTAAAAAATGTCTCTATAGCTTATCTA  194

seq1  TCATTCTGTCTATGAATCCAATTTGAAGTTTGTTTCTCCTAATCTTATTA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTGTCTATGAATCCAATTTGAAGTTTGTTTCTCCTAATCTTATTA  244

seq1  GCCCTTTTCAAGAGAGCATAATTGCCCATGCAATTCTCAATTCTATTAGA  298
      |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTCAAAGAGAGCATAATTGCCCATGCAATTCTCAATTCTATTAGA  294

seq1  CTTATCAGATTTAAAAATTAATGTTTCTCTAGTTTGGGCTGTCAGGATAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCAGATTTAAAAATTAATGTTTCTCTAGTTTGGGCTGTCAGGATAG  344

seq1  CTATCAGTAAAATGCTTGCCATACAAACCTGAGAACCTAACTTAGTTCCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAGTAAAATGCTTGCCATACAAACCTGAGAACCTAACTTAGTTCCT  394

seq1  GTACATTCCCCAGGATCCATGTAAGAAAGTTGGGTGTGGTAGCATGCAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATTCCCCAGGATCCATGTAAGAAAGTTGGGTGTGGTAGCATGCAAA  444

seq1  TTTCATCTCATTGCTCTGGAGTCAGAGGCAGCTGGATCCCTGGGGATCAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCTCATTGCTCTGGAGTCAGAGGCAGCTGGATCCCTGGGGATCAC  494

seq1  TGGCTAGCCAGTTGAGCTTAATGGATGAGCTTCAGGTCCCCGTGAGATAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAGCCAGTTGAGCTTAATGGATGAGCTTCAGGTCCCCGTGAGATAA  544

seq1  TTTTGTCTTGAAAACATAAGGCAGAGAACACTTGAGTAAGACCTCTGACT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCTTGAAAACATAAGGCAGAGAACACTTGAGTAAGACCTCTGACT  594

seq1  ACTAAATACACAATACATAGGTGTGTTTCTATCATACTCCAAAACTTCTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAATACACAATACATAGGTGTGTTTCTATCATACTCCAAAACTTCTC  644

seq1  TACATCTTTTGTCAACACACTGTATCAAGCTCAAAAGAAACCTTGTCAAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTTTTGTCAACACACTGTATCAAGCTCAAAAGAAACCTTGTCAAG  694

seq1  TTTTCCTTGAGGAAAATCTGTACAAGATGATTGCTTATACCCAAGGGACA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTTGAGGAAAATCTGTACAAGATGATTGCTTATACCCAAGGGACA  744

seq1  TGTGCTGTGACCTTCCTTATGGGAATTCATCTCAGTCCCAGAAACTTTGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGTGACCTTCCTTATGGGAATTCATCTCAGTCCCAGAAACTTTGG  794

seq1  TAAGAGGAAGCCATTAGCCTGAGGCTGCTCTGTAACCAGGGTCAGATGTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGGAAGCCATTAGCCTGAGGCTGCTCTGTAACCAGGGTCAGATGTA  844

seq1  TACAAGCTGGAACTTAACATGGAACCATTAGCTTTAGCCAATCACAAATA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGCTGGAACTTAACATGGAACCATTAGCTTTAGCCAATCACAAATA  894

seq1  ACAAGTCAGCTGATTGATCATGTAACTAAAAATTTCTCATTGGATCATAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTCAGCTGATTGATCATGTAACTAAAAATTTCTCATTGGATCATAG  944

seq1  TCACATGATGGAAATTCTTCATCTAATGATAGCAAAATAAGAGCAACATA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGATGGAAATTCTTCATCTAATGATAGCAAAATAAGAGCAACATA  994

seq1  TCACCGTGACCAGTCATGTGACATTTCAAATTCAGGTTCATAGTTAACCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCGTGACCAGTCATGTGACATTTCAAATTCAGGTTCATAGTTAACCT  1044

seq1  GGAAAAGTTGGTTTTTCACAATGCCAATTCGGGTAGAGTTCTCTGTACTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGTTGGTTTTTCACAATGCCAATTCGGGTAGAGTTCTCTGTACTT  1094

seq1  CTTCCAGGTTTGAATGCCACTTATTCATGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGGTTTGAATGCCACTTATTCATGAATTC  1128

seq1: chr6_102105981_102106904
seq2: B6Ng01-091N18.g_313_1218

seq1  ACAGAGCACAGAAGTAAACCCAGGGATCTACATACACTGATTAACCACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCACAGAAGTAAACCCAGGGATCTACATACACTGATTAACCACAA  50

seq1  AAGTGCTAAGAACATGGATTGGAGAGAGGACAGGCTTCTCCATACGCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTAAGAACATGGATTGGAGAGAGGACAGGCTTCTCCATACGCAGT  100

seq1  TCTGTGAAAATTGTATATGCATCTGTTGAAGAATGAAATCAAGTTGGCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGAAAATTGTATATGCATCTGTTGAAGAATGAAATCAAGTTGGCCC  150

seq1  TTTCCTCTAATTACAAGCATCAACTCAAAACGGCTTATTGCCATAACTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCTAATTACAAGCATCAACTCAAAACGGCTTATTGCCATAACTAT  200

seq1  AAGATTGGAAACTATGAAACTTCTAGAAGAAAGTATAGCAGAAATACTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTGGAAACTATGAAACTTCTAGAAGAAAGTATAGCAGAAATACTTT  250

seq1  AGGATACTGGAATGATAGGTTCTTTTTTGAAGAATACCCCCTGCCATTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATACTGGAATGATAGGTTCTTTTTTGAAGAATACCCCCTGCCATTGC  300

seq1  AAGCACAAAAGAAAAAAAAGAAAAAAGAAAAAAGAGAGATATAAATAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACAAAAGAAAAAAAAGAAAAAAGAAAAAAGAGAGATATAAATAAAT  350

seq1  AAATAAATAAATCGGGAAGCTTGACTCCAGCAAGAAAAACAACAAAATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATAAATCGGGAAGCTTGACTCCAGCAAGAAAAACAACAAAATAA  400

seq1  GGAGAAGAACTATAATTGTCAAGTGCACATCTGATAAGGATTTACATCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGAACTATAATTGTCAAGTGCACATCTGATAAGGATTTACATCTA  450

seq1  TTGTGTGTAGGGAGCTCAAAAGACTTTATTGCAAACAATAATAACCTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGTAGGGAGCTCAAAAGACTTTATTGCAAACAATAATAACCTGAT  500

seq1  ATGAACTAGGTAATATGCTGAATGAAAAGGGCCCTCACAGGCTCGTCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTAGGTAATATGCTGAATGAAAAGGGCCCTCACAGGCTCGTCTAT  550

seq1  TTGAATGTTATTTTTTTTTTCCATAGTTGGTGTAAATGTTTGGGAAGTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGTTATTTTTTTTTTCCATAGTTGGTGTAAATGTTTGGGAAGTAT  600

seq1  TAGGAGCCATTACCTTGCTGGAAGAGTTGTGTCACT-GGGGTGGGCGCTG  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TAGGAGCCATTACCTTGCTGGAAGAGTTGTGTCACTGGGGGTGGGCGCTG  650

seq1  -AGGTCTTAAATGCTCTGCCATTCCCAATTAGCTTTCTCTCTCTACCTTG  698
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTTAAATGCTCTGCCATTCCCAATTAGCTTTCTCTCTCTACCTTG  700

seq1  ATACCATCTCAGCATATAAGGTCTTAGCTACTGCTCCAGCATCATGCATG  748
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATACCATCTCAGCATAT-AGGTCTTAGCTACTGCT-CAGCATCATGCATG  748

seq1  CCTGCCACCCTCCTGCCATGCCCCTGCCACGTCCCTGTCATGATGGTCAT  798
      ||||||||||| ||  |||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||
seq2  CCTGCCACCCTTCTTGCATG-CCCTG-CACGT-CCTGTCATGAT-GTCAT  794

seq1  GGACTTTATCCCTCTGGAACCAAGAGCCCCAATAAATACTTTCTTTCCTA  848
      ||||||||| ||||||    |||||||||  ||||| ||||||||| || 
seq2  GGACTTTAT-CCTCTG---ACAAGAGCCC--ATAAA-ACTTTCTTTTCTT  837

seq1  AGATTTCCTAGTCATGATGTGTCTTCATAGCAATAAAAAGTGGCTAAGAG  898
      |||||  |||||||||||||||||| ||||||||  |||| |  ||||| 
seq2  AGATT--CTAGTCATGATGTGTCTT-ATAGCAAT--AAAGGGCTTAAGA-  881

seq1  ACATACATCTTGCTACATGTTTCTCA  924
      |||||||||||| | |  ||||||||
seq2  ACATACATCTTG-TCCTCGTTTCTCA  906