BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-095D06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 110,980,011 - 111,136,860
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrm7
Upstream genenone
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-095D06.bB6Ng01-095D06.g
ACCDH906208DH906209
length1,1321,173
definitionDH906208|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095D06, 5' end.DH906209|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095D06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,980,011 - 110,981,149)(111,135,666 - 111,136,860)
sequence
gaattctattctgtgcacttaagatacagtcatcaattctgacatgcatc
aacactgcactagctatacatactatcaggtggtgatagatcacacagag
gtgggggggagcactaaagagtgcccagtaaactcattgttgacaccttg
ttagactaggttgatttaattttttgaagttggtgatctatttgaggtga
gtagatatttacttgatcatatctcccagaacaagttagcacatccttcg
tgatgcctacagctacttttccttaatataattatcctctcagattattc
ttttgcattacctcataaaatacatatacaaactcttatctgatgcatga
ttcaagcccagaatatgtgctctcatttctataaagggactggactggga
gtaaaacacttgaaacagccagcctactgttggtattttggttgttgcct
ttggttgtttagtttttctttctgccctcaaaaaagtgcttgatcaatgc
ttacttagagaccatactgagcaggaggcacaagttaggactgatcaaca
gcaattgtgttaaatgatagtttgcaaattatcagcttactgaataagag
agatccttctcatttaactaatgatcgcttcaataattcgctatcacagc
agtttttgattcatagcaatacggagcaccagcttgataaatttcccaaa
tttctccctccttattctcatacacgtactcactacctagttagcaatat
accccaccacagtggcccatttgcaacaagggataagtctacattcccac
attgcattcacctagagtctagtatttatgataagttttgatagaagtgt
gtattctacagttctagtttcagtgcccttaaaaaaaatctattcacctc
tttatccttccttcttgcccaaatgtagcaaccactggtattttgctcat
gactatagatttttcaccctccaaatatcatacacttagtaactttcaga
cggacttcttccattgcatagcatacattagaagttgctttcaagatgtt
ctccttcatcatttagattcagatggtatttttcttttcctcaatgggaa
gagaatctcggttgcttgcagtttgggcaatt
gaattcagcaggttgtatctatgtgtttacatgtcgatatgcatacatat
ataacaaaagtaattaaagaataaattatgaattgagatgaagcatggac
aaaggatgaattgaaggaagaaaaggaaagggtggaaatggatgcaaaca
taatacttatacgtgtaattattgaaaacattataatgaagaatatgaat
cacagaaaaatagttcttcaatacattttaattcaaaatgcaagacaaaa
atttgctgatttgtgagtaggcaattagtgaggatttaaaaagtctcttt
tcatagctagttaatacttttagaaatggaagtgaaataaaagacctcta
agatgccctacacatataatgctagccctcaggagcctgacataggatta
gagagttcaaggacatcctgagatacagagcaaagttgtgtgtcaaaaaa
taattaagtaataattaataagcttactaagaatgttaaggggaatttca
ttttctttaggttgacattttagtttatacggttatagctgtatttcatt
tcaacttataaatagagcatatattaaaccaaataggcagttataagaaa
ttccaaagggtaattactgataaattatccattttataccaaaatccaag
cttacccaggtctcataggaaactgtgacatacttttgactcaaaaggtt
ttttttccaagggatgaaacccctggttcaaatgaaaccatggaatcttg
agtctcattacttgtacttaatagcaagaaacaggtagaagccttgctca
ttggcacagacctcaagcctagattcacacaaatttaaagataaggtcaa
atcatttttaaattttaaatttaatattggaacaaaccttcattatattt
gctacatgcaactcatacaggatgcagaataaacgcagcagttaaaacct
atattgactctatatttctttgaaagtcatatacttacaattgaagaaga
atgaaatgtcctaaatgtacagattgtagctagtaagctagaataaaatg
agatcaaatttgattgattcaattcatgtctagaacaattactcctgtag
catgcttgttagaataaaaaagtcagaaatcacttaatcgaagaagccgg
atatgctgtaaatccgacagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_110980011_110981149
seq2: B6Ng01-095D06.b_44_1175

seq1  GAATTCTATTCTGTGCACTTAAGATACAGTCATCAATTCTGACATGCATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTCTGTGCACTTAAGATACAGTCATCAATTCTGACATGCATC  50

seq1  AACACTGCACTAGCTATACATACTATCAGGTGGTGATAGATCACACAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGCACTAGCTATACATACTATCAGGTGGTGATAGATCACACAGAG  100

seq1  GTGGGGGGGAGCACTAAAGAGTGCCCAGTAAACTCATTGTTGACACCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGGGGAGCACTAAAGAGTGCCCAGTAAACTCATTGTTGACACCTTG  150

seq1  TTAGACTAGGTTGATTTAATTTTTTGAAGTTGGTGATCTATTTGAGGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTAGGTTGATTTAATTTTTTGAAGTTGGTGATCTATTTGAGGTGA  200

seq1  GTAGATATTTACTTGATCATATCTCCCAGAACAAGTTAGCACATCCTTCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATATTTACTTGATCATATCTCCCAGAACAAGTTAGCACATCCTTCG  250

seq1  TGATGCCTACAGCTACTTTTCCTTAATATAATTATCCTCTCAGATTATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCCTACAGCTACTTTTCCTTAATATAATTATCCTCTCAGATTATTC  300

seq1  TTTTGCATTACCTCATAAAATACATATACAAACTCTTATCTGATGCATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCATTACCTCATAAAATACATATACAAACTCTTATCTGATGCATGA  350

seq1  TTCAAGCCCAGAATATGTGCTCTCATTTCTATAAAGGGACTGGACTGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCCCAGAATATGTGCTCTCATTTCTATAAAGGGACTGGACTGGGA  400

seq1  GTAAAACACTTGAAACAGCCAGCCTACTGTTGGTATTTTGGTTGTTGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAACACTTGAAACAGCCAGCCTACTGTTGGTATTTTGGTTGTTGCCT  450

seq1  TTGGTTGTTTAGTTTTTCTTTCTGCCCTCAAAAAAGTGCTTGATCAATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGTTTAGTTTTTCTTTCTGCCCTCAAAAAAGTGCTTGATCAATGC  500

seq1  TTACTTAGAGACCATACTGAGCAGGAGGCACAAGTTAGGACTGATCAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTAGAGACCATACTGAGCAGGAGGCACAAGTTAGGACTGATCAACA  550

seq1  GCAATTGTGTTAAATGATAGTTTGCAAATTATCAGCTTACTGAATAAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTGTGTTAAATGATAGTTTGCAAATTATCAGCTTACTGAATAAGAG  600

seq1  AGATCCTTCTCATTTAACTAATGATCGCTTCAATAATTCGCTATCACAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTTCTCATTTAACTAATGATCGCTTCAATAATTCGCTATCACAGC  650

seq1  AGTTTTTGATTCATAGCAATACGGAGCACCAGCTTGATAAATTTCCCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTGATTCATAGCAATACGGAGCACCAGCTTGATAAATTTCCCAAA  700

seq1  TTTCTCCCTCCTTATTCTCATACACGTACTCACTACCTAGTTAGCAATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCCTCCTTATTCTCATACACGTACTCACTACCTAGTTAGCAATAT  750

seq1  ACCCCACCACAGTGGCCCATTTGCAACAAGGGATAAGTCTACATTCCCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCACCACAGTGGCCCATTTGCAACAAGGGATAAGTCTACATTCCCAC  800

seq1  ATTGCATTCACCTAGAGTCTAGTATTTATGATAAGTTTTGATAGAAGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCATTCACCTAGAGTCTAGTATTTATGATAAGTTTTGATAGAAGTGT  850

seq1  GTATTCTACAGTTCTAGTTTCAGTGCCCTTAAAAAAAAATCTATTCACCT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTATTCTACAGTTCTAGTTTCAGTGCCCTT-AAAAAAAATCTATTCACCT  899

seq1  CTTTAATCCTTCCTTCTTGCCCAAATGTAGCAACCACTGGTATTTTGCTC  950
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTT-ATCCTTCCTTCTTGCCCAAATGTAGCAACCACTGGTATTTTGCTC  948

seq1  ATGACTATAGATTTTTCACCCTCCAAATATCATACACTTAGTAACTTTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTATAGATTTTTCACCCTCCAAATATCATACACTTAGTAACTTTCA  998

seq1  GACAGACTTCTTCCATTGCATAGCATACATTAGAAGTTGCTTTTCAAGAT  1050
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GACGGACTTCTTCCATTGCATAGCATACATTAGAAGTTGC-TTTCAAGAT  1047

seq1  GTTCTCTTTCATCATTTAGATTCAGTATGGTTTATTTTTCTTTTCCTCAA  1100
      |||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCCTTCATCATTTAGATTCAG-ATGG--TATTTTTCTTTTCCTCAA  1094

seq1  ATGGAAGAG-ATCTCAGTTGCTTGCAAGTTTGGGGCAATT  1139
        ||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||
seq2  TGGGAAGAGAATCTCGGTTGCTTGC-AGTTT-GGGCAATT  1132

seq1: chr6_111135666_111136860
seq2: B6Ng01-095D06.g_66_1238 (reverse)

seq1  TTTCTGTCTGAGATTTTACAGCATTATCGTGCTTCTTCTGATTTTAGTGA  50
      |||||||| ||   ||||||||| ||||  |||||||| || || |||||
seq2  TTTCTGTCGGA---TTTACAGCA-TATCCGGCTTCTTC-GA-TTAAGTGA  44

seq1  TTTCTGACTTTTTTTTATTCTAACAAGCATGCTTACA-GAGTAAATGGTC  99
      ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| |||||| || ||
seq2  TTTCTGAC--TTTTTTATTCTAACAAGCATGC-TACAGGAGTAATTGTTC  91

seq1  TAGACATGAATTTGAAATCATTCAAAATTATGATCCTCATTTTTATTCTA  149
      ||||||||||||   ||||| |||||  | |||| |||| ||||||||||
seq2  TAGACATGAATT--GAATCAATCAAA--TTTGAT-CTCA-TTTTATTCTA  135

seq1  GCCTTACTTAGCTACAATTCTGTTACCATTTAGGACATTTCATTCTTCCT  199
      | ||||| ||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| ||
seq2  G-CTTAC-TAGCTACAA-TCTGT--ACATTTAGGACATTTCATTCTT-CT  179

seq1  TCAATTGTAAGTATATGACTTTTCAAAGAAATATAGAGTCAATATAGGTT  249
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCAATTGTAAGTATATGAC-TTTCAAAGAAATATAGAGTCAATATAGG-T  227

seq1  TTTAACTGCTGCGTTTATTCTGCCTCCTGTATGAGTTGCATGTAGCAAAT  299
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTGCTGCGTTTATTCTGCATCCTGTATGAGTTGCATGTAGCAAAT  277

seq1  ATAATGAAGGTTTGTTCCAATATTAAATTTAAAATTTAAAAATGATTTGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGAAGGTTTGTTCCAATATTAAATTTAAAATTTAAAAATGATTTGA  327

seq1  CCTTATCTTTAAATTTGTGTGAATCTAGGCTTGAGGTCTGTGCCAATGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATCTTTAAATTTGTGTGAATCTAGGCTTGAGGTCTGTGCCAATGAG  377

seq1  CAAGGCTTCTACCTGTTTCTTGCTATTAAGTACAAGTAATGAGACTCAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTTCTACCTGTTTCTTGCTATTAAGTACAAGTAATGAGACTCAAG  427

seq1  ATTCCATGGTTTCATTTGAACCAGGGGTTTCATCCCTTGGAAAAAAAACC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCATGGTTTCATTTGAACCAGGGGTTTCATCCCTTGGAAAAAAAACC  477

seq1  TTTTGAGTCAAAAGTATGTCACAGTTTCCTATGAGACCTGGGTAAGCTTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGTCAAAAGTATGTCACAGTTTCCTATGAGACCTGGGTAAGCTTG  527

seq1  GATTTTGGTATAAAATGGATAATTTATCAGTAATTACCCTTTGGAATTTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGGTATAAAATGGATAATTTATCAGTAATTACCCTTTGGAATTTC  577

seq1  TTATAACTGCCTATTTGGTTTAATATATGCTCTATTTATAAGTTGAAATG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAACTGCCTATTTGGTTTAATATATGCTCTATTTATAAGTTGAAATG  627

seq1  AAATACAGCTATAACCGTATAAACTAAAATGTCAACCTAAAGAAAATGAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAGCTATAACCGTATAAACTAAAATGTCAACCTAAAGAAAATGAA  677

seq1  ATTCCCCTTAACATTCTTAGTAAGCTTATTAATTATTACTTAATTATTTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCCTTAACATTCTTAGTAAGCTTATTAATTATTACTTAATTATTTT  727

seq1  TTGACACACAACTTTGCTCTGTATCTCAGGATGTCCTTGAACTCTCTAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACACACAACTTTGCTCTGTATCTCAGGATGTCCTTGAACTCTCTAAT  777

seq1  CCTATGTCAGGCTCCTGAGGGCTAGCATTATATGTGTAGGGCATCTTAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGTCAGGCTCCTGAGGGCTAGCATTATATGTGTAGGGCATCTTAGA  827

seq1  GGTCTTTTATTTCACTTCCATTTCTAAAAGTATTAACTAGCTATGAAAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTTTATTTCACTTCCATTTCTAAAAGTATTAACTAGCTATGAAAAG  877

seq1  AGACTTTTTAAATCCTCACTAATTGCCTACTCACAAATCAGCAAATTTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTTTAAATCCTCACTAATTGCCTACTCACAAATCAGCAAATTTTT  927

seq1  GTCTTGCATTTTGAATTAAAATGTATTGAAGAACTATTTTTCTGTGATTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGCATTTTGAATTAAAATGTATTGAAGAACTATTTTTCTGTGATTC  977

seq1  ATATTCTTCATTATAATGTTTTCAATAATTACACGTATAAGTATTATGTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTTCATTATAATGTTTTCAATAATTACACGTATAAGTATTATGTT  1027

seq1  TGCATCCATTTCCACCCTTTCCTTTTCTTCCTTCAATTCATCCTTTGTCC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCCATTTCCACCCTTTCCTTTTCTTCCTTCAATTCATCCTTTGTCC  1077

seq1  ATGCTTCATCTCAATTCATAATTTATTCTTTAATTACTTTTGTTATATAT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCATCTCAATTCATAATTTATTCTTTAATTACTTTTGTTATATAT  1127

seq1  GTATGCATATCGACATGTAAACACATAGATACAACCTGCTGAATTC  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCATATCGACATGTAAACACATAGATACAACCTGCTGAATTC  1173