BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-097B24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 17,730,128 - 17,953,069
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSt7, Wnt2
Upstream geneTcfec, EG435881, Tes, EG232599, Cav2, Cav1, Met, Capza2
Downstream geneAsz1, LOC386426, LOC636450, LOC100040751, Cftr, Cttnbp2, EG545829, Lsm8, Ankrd7, LOC626180
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-097B24.bB6Ng01-097B24.g
ACCDH907579DH907580
length1,0611,116
definitionDH907579|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097B24, 5' end.DH907580|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097B24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,730,128 - 17,731,182)(17,951,951 - 17,953,069)
sequence
gaattctaaatccagtttcatattcatttttagcatttttatgagaaatc
agaatgtagaaaaatttcattccattttcaaatcaatagattctccaggt
tcacttaacaacttatgtgtgatgcaatactataatttctaccttcaaat
gggttggtatttaaaaggaaaaggaagctcaataataaatgtatttctac
ccatctcacacatgctagaatgaacacaagtcatagcaacattgtagtca
tccagtcctgtgggtatgaatgtgagtgcacagtgtataagtaatatgtg
tcaatttctggcacatgtatgtgtaatatagaatctcttttatactgata
cagaattcccagagcttggactaagagacttctcaggcacttttcatcta
agttgtgtcgccactcacaactactgtgacttttgatattaaatcaaatt
tttacacaccaactgatttcccaatgtacaatttgacattgaatcttagg
tttctatcaatctctagaatttgcttaagaattaaaattttatttggaaa
tttcactcccatttgattatcatagtcacttgacatgactgtaatgggaa
tctacgctactgtgtaggtggggcttgtgcacaggagagatgggagaatc
agttgaagcaggagatgcagagaaggtgagcagcatgtcacatagtctca
aaaccactgcatcagggaaaggcctctaattctgacatggcagctgataa
ccctctaccacattttgtaatccagcagtgtgggaaaaccttgcttcctt
ctatgtctttaggtagctaaacctggtgagagacctttaatatgttctta
ttgacataaaggctgagcataaaaataaaattacaggttgttatatacaa
cactcttacaaaatgggtatatatatatgaggctggctaccttaaaagga
agtgaaaagtattagaaagcagaagcatttcctttaagtatgtttcagtt
tttttattttaaaattatataattttaataatgtaataagttgatttacc
tgcatggatgc
gaattccttgaagtctgtggcaacccagctcctaaaatcattagataagt
cttgtgttgtggcctggcttatagacacttatgaatactgtctatatcct
gggtgttattaaaaacaaggaaataagattttttgaatattccaaaatac
acattcttttttattgcaattctttttttttctttttttaagtaggtatt
ttcttcatttacatttccaatgctttcccaaaagtcctccatgccctccc
ccctccactttcctcctatcccccactcccacttcttggccctggcgttc
cccccggtacttagacatataaagtttgcaagaccaatgggcctctcttt
ccactgatggccaactaggccatcttctgatacatatgcagctagagaca
cgagctccggggcactggttagttcatattgttgctccacctatagggtt
gcagatccatttagctccttgcgtactttctctagcgcctacattggggg
ccctgtgttccatccaatagctgactgtgagcatccacttctgtgtttgc
taggaaataagattttagccaatgggtgaactctatctatactgctaatg
tgcagcccataccaagacattttaactccttcatttctttactgaaaaaa
aatattaattgagattgtgctatgtgcacataaaccgtgtcagtgcacag
gcaaagaaggtggagttgcttggtccttgtcctcaaggcttcgtccacca
tgtgatcgtaataggtagtccaggctgcagccaggcagcgttacacaatc
taggtgacagggaacactcagtctcagatgggtgagaaataatgtgtctt
aggccctgatccttgctccattgctatgtacaaggacttcttaccgtagt
ccttactttgacaagataaagaagtcattcattggtttttgcttctgaca
cttacagaaattaatgaatgactgtctaaccgggtacaagagaagccaaa
atgagactgtaattgatatgttctaggtgagcttctaaaccaccatttca
agaaaatgttaattacaccctagtaagtatcttttaaaattggtacttac
agcgttccaaattctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_17730128_17731182
seq2: B6Ng01-097B24.b_47_1107

seq1  GAATTCTAAATCCAGTTTCATATTCATTTTTAGCATTTTTATGAGAAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAATCCAGTTTCATATTCATTTTTAGCATTTTTATGAGAAATC  50

seq1  AGAATGTAGAAAAATTTCATTCCATTTTCAAATCAATAGATTCTCCAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTAGAAAAATTTCATTCCATTTTCAAATCAATAGATTCTCCAGGT  100

seq1  TCACTTAACAACTTATGTGTGATGCAATACTATAATTTCTACCTTCAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTAACAACTTATGTGTGATGCAATACTATAATTTCTACCTTCAAAT  150

seq1  GGGTTGGTATTTAAAAGGAAAAGGAAGCTCAATAATAAATGTATTTCTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGGTATTTAAAAGGAAAAGGAAGCTCAATAATAAATGTATTTCTAC  200

seq1  CCATCTCACACATGCTAGAATGAACACAAGTCATAGCAACATTGTAGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCACACATGCTAGAATGAACACAAGTCATAGCAACATTGTAGTCA  250

seq1  TCCAGTCCTGTGGGTATGAATGTGAGTGCACAGTGTATAAGTAATATGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTCCTGTGGGTATGAATGTGAGTGCACAGTGTATAAGTAATATGTG  300

seq1  TCAATTTCTGGCACATGTATGTGTAATATAGAATCTCTTTTATACTGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTTCTGGCACATGTATGTGTAATATAGAATCTCTTTTATACTGATA  350

seq1  CAGAATTCCCAGAGCTTGGACTAAGAGACTTCTCAGGCACTTTTCATCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTCCCAGAGCTTGGACTAAGAGACTTCTCAGGCACTTTTCATCTA  400

seq1  AGTTGTGTCGCCACTCACAACTACTGTGACTTTTGATATTAAATCAAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTGTCGCCACTCACAACTACTGTGACTTTTGATATTAAATCAAATT  450

seq1  TTTACACACCAACTGATTTCCCAATGTACAATTTGACATTGAATCTTAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACACCAACTGATTTCCCAATGTACAATTTGACATTGAATCTTAGG  500

seq1  TTTCTATCAATCTCTAGAATTTGCTTAAGAATTAAAATTTTATTTGGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATCAATCTCTAGAATTTGCTTAAGAATTAAAATTTTATTTGGAAA  550

seq1  TTTCACTCCCATTTGATTATCATAGTCACTTGACATGACTGTAATGGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTCCCATTTGATTATCATAGTCACTTGACATGACTGTAATGGGAA  600

seq1  TCTACGCTACTGTGTAGGTGGGGCTTGTGCACAGGAGAGATGGGAGAATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACGCTACTGTGTAGGTGGGGCTTGTGCACAGGAGAGATGGGAGAATC  650

seq1  AGTTGAAGCAGGAGATGCAGAGAAGGTGAGCAGCATGTCACATAGTCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAAGCAGGAGATGCAGAGAAGGTGAGCAGCATGTCACATAGTCTCA  700

seq1  AAACCACTGCATCAGGGAAAGGCCTCTAATTCTGACATGGCAGCTGATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACTGCATCAGGGAAAGGCCTCTAATTCTGACATGGCAGCTGATAA  750

seq1  CCCTCTACCACA-TTTGTAATCCAGCAGTGTGGGAAAACCTTGCTTCCTT  799
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTACCACATTTTGTAATCCAGCAGTGTGGGAAAACCTTGCTTCCTT  800

seq1  CTATGTCTTTAGGTAGCTAAACCTGGTGAGAGACCTTTAATATGTTCTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTCTTTAGGTAGCTAAACCTGGTGAGAGACCTTTAATATGTTCTTA  850

seq1  TTGACATAAAGGCTGAGCATAAAAATAAAATTACAGGTTGTTATATACAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACATAAAGGCTGAGCATAAAAATAAAATTACAGGTTGTTATATACAA  900

seq1  CACTCTTACAAAATGGGTATATATATATGAGGCTGGCTACCTTAAAAGGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTTACAAAATGGGTATATATATATGAGGCTGGCTACCTTAAAAGGA  950

seq1  AGTGAAAAGTATTAGAAAGCAGAAGCATTTCCTTTTAAGTATG-TTCAG-  997
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| 
seq2  AGTGAAAAGTATTAGAAAGCAGAAGCATTTCC-TTTAAGTATGTTTCAGT  999

seq1  TGTTTTATTTAAAAATTATATTATTTTA--TATGT-ATAAG-TGATTTAC  1043
      | |||||||| |||||||||| ||||||   |||| ||||| ||||||||
seq2  TTTTTTATTTTAAAATTATATAATTTTAATAATGTAATAAGTTGATTTAC  1049

seq1  CTGCATGGATGC  1055
      ||||||||||||
seq2  CTGCATGGATGC  1061

seq1: chr6_17951951_17953069
seq2: B6Ng01-097B24.g_68_1183 (reverse)

seq1  AAGATATTTGGAAAGCTGTAAGATTACAAATTTTAAAAGATTACTTACTA  50
      |||| |||||||| ||||||||  ||| |||||||||||| |||||||||
seq2  AAGA-ATTTGGAACGCTGTAAG--TACCAATTTTAAAAGA-TACTTACTA  46

seq1  GAGTGTAATTAACAATTTTCTGTGAAAATGGTGGTTTAGAAGCTTCACTA  100
      | ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||   |||
seq2  GGGTGTAATTAAC-ATTTTCT-TG-AAATGGTGGTTTAGAAGCTCACCTA  93

seq1  GAACATATCAA-TACAGTCTCATTTT-GCTCTCCTTGTACCC-GTTAGAC  147
      ||||||||||| |||||||||||||| |||   ||||||||| |||||||
seq2  GAACATATCAATTACAGTCTCATTTTGGCTTCTCTTGTACCCGGTTAGAC  143

seq1  AGTCATTCATTAATTTCTGTAAGTGTCAG-AGCATAAACCAATGAATGAC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
seq2  AGTCATTCATTAATTTCTGTAAGTGTCAGAAGCAAAAACCAATGAATGAC  193

seq1  TTCTTTATCTTGTCAAAGTAAGGACTACGGTAAGAAGTCCTTGTACATAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTATCTTGTCAAAGTAAGGACTACGGTAAGAAGTCCTTGTACATAG  243

seq1  CAATGGAGCAAGGATCAGGGCCTAAGACACATTATTTCTCACCCATCTGA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGAGCAAGGATCAGGGCCTAAGACACATTATTTCTCACCCATCTGA  293

seq1  GACTGAGTGTTCCCTGTCACCTAGATTGTGTAACGCTGCCTGGCTGCAGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGTGTTCCCTGTCACCTAGATTGTGTAACGCTGCCTGGCTGCAGC  343

seq1  CTGGACTACCTATTACGATCACATGGTGGACGAAGCCTTGAGGACAAGGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACTACCTATTACGATCACATGGTGGACGAAGCCTTGAGGACAAGGA  393

seq1  CCAAGCAACTCCACCTTCTTTGCCTGTGCACTGACACGGTTTATGTGCAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCAACTCCACCTTCTTTGCCTGTGCACTGACACGGTTTATGTGCAC  443

seq1  ATAGCACAATCTCAATTAATATTTTTTTTCAGTAAAGAAATGAAGGAGTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCACAATCTCAATTAATATTTTTTTTCAGTAAAGAAATGAAGGAGTT  493

seq1  AAAATGTCTTGGTATGGGCTGCACATTAGCAGTATAGATAGAGTTCACCC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTCTTGGTATGGGCTGCACATTAGCAGTATAGATAGAGTTCACCC  543

seq1  ATTGGCTAAAATCTTATTTCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCTAAAATCTTATTTCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGT  593

seq1  CAGCTATTGGATGGAACACAGGGCCCCCAATGTAGGCGCTAGAGAAAGTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTATTGGATGGAACACAGGGCCCCCAATGTAGGCGCTAGAGAAAGTA  643

seq1  CGCAAGGAGCTAAATGGATCTGCAACCCTATAGGTGGAGCAACAATATGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAAGGAGCTAAATGGATCTGCAACCCTATAGGTGGAGCAACAATATGA  693

seq1  ACTAACCAGTGCCCCGGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAGAAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACCAGTGCCCCGGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAGAAG  743

seq1  ATGGCCTAGTTGGCCATCAGTGGAAAGAGAGGCCCATTGGTCTTGCAAAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTAGTTGGCCATCAGTGGAAAGAGAGGCCCATTGGTCTTGCAAAC  793

seq1  TTTATATGTCTAAGTACCGGGGGGAACGCCAGGGCCAAGAAGTGGGAGTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATGTCTAAGTACCGGGGGGAACGCCAGGGCCAAGAAGTGGGAGTG  843

seq1  GGGGATAGGAGGAAAGTGGAGGGGGGAGGGCATGGAGGACTTTTGGGAAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATAGGAGGAAAGTGGAGGGGGGAGGGCATGGAGGACTTTTGGGAAA  893

seq1  GCATTGGAAATGTAAATGAAGAAAATACCTACTTAAAAAAAGAAAAAAAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGGAAATGTAAATGAAGAAAATACCTACTTAAAAAAAGAAAAAAAA  943

seq1  AGAATTGCAATAAAAAAGAATGTGTATTTTGGAATATTCAAAAAATCTTA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTGCAATAAAAAAGAATGTGTATTTTGGAATATTCAAAAAATCTTA  993

seq1  TTTCCTTGTTTTTAATAACACCCAGGATATAGACAGTATTCATAAGTGTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTGTTTTTAATAACACCCAGGATATAGACAGTATTCATAAGTGTC  1043

seq1  TATAAGCCAGGCCACAACACAAGACTTATCTAATGATTTTAGGAGCTGGG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGCCAGGCCACAACACAAGACTTATCTAATGATTTTAGGAGCTGGG  1093

seq1  TTGCCACAGACTTCAAGGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCACAGACTTCAAGGAATTC  1116