BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-100D11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 108,602,021 - 108,668,750
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBhlhb2
Upstream geneSetmar, Sumf1, LOC100043718, Itpr1, LOC677205
Downstream geneArl8b, Edem1, EG627371, LOC639110, LOC100043720
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-100D11.bB6Ng01-100D11.g
ACCDH909778DH909779
length5211,018
definitionDH909778|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100D11, 5' end.DH909779|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100D11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,668,224 - 108,668,750)(108,602,021 - 108,602,975)
sequence
tagcccccatccagcataagtggccagccagccagctgggctgcatcctc
acctgggatggatagacagatgctgagagccatacactctctttccagtg
gctggggatgctggttgccaagttccagaaggcaacgtacagaaactcat
ggcaaagccaaagctgagagtcagaagtccagagaggctggactgcagag
gaactgagtcctggcttgcttagaggtaggttgacacttctaaccaaacg
aagagttctgagaactgagcaaggtctcagagataattctgagtcacctg
cttagaggccagacgtccaaaaagatctccaaagatgatctagaatctag
gagtgtcactcaaagatagagctctactcagggtgcacagaagctaggtt
ggcttccatctccagtagtgcagaagaggtcatgtaatcccggagcctaa
taaacctcccccaacacacacacttaaaaagtagactatggatctccagg
aacccaggaaggaaggaggga
gaattcagtaggtgattatggggataaaactaaaaagaacatgaagaaag
attctgggatgaacatggaagaagaaagctgtcccttgggttgatggcat
gtcagccagcttttcttcattgtgacaaaatatctgagattaaaaaaata
aaaaccacttaggctaacaagatggctcactgggcaacttacctgatgct
ctgagttcagtccctgggatccactgagaaggaggagagatctgacttct
atacgtgtgctgcacataggcatggctatatacctacacacatgtgaatg
aacacacactaaataaatgtaacttaaaaacaacataaagccaggtatgg
ctttcatgccagcactcaggcagcaagagcaggcagatctctggatgatg
ggtaatatagtgaaaccctgcattcaaagaaaggaaggaagaaaagaaag
aaaagattttctaaaatctatgcataaataaaagatatttaaatggggtt
gccctataatggtgggggcacagtgtaccaactagacactatatgctagc
aaataaaatctccagtgccaacaggttacctctttttgagttgttgacca
gtggctcatagaccccccaaacatttcaggttactgccacggctcttggt
tactctccagaatgtatggtagggccctataaatgaaagatattgaatac
ttgggcacagaacatggaaaaactcaggctggtactcactggaggcttca
tccttactgtctttgctttcatggtgctagaaagggcagcacacgctcct
gaagaagcataatcattaatcacatgatctatgctgtaaacactatgagt
tataattatggtcgatctggccaggtcatacacattggtataatggtggc
aaaaatgttatgggagtaccaacaactttctggattagatttctaagtcc
ttttccatacctggcagagccaagaacctatatctagccagatcataggc
ccaaggagagactactac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_108668224_108668750
seq2: B6Ng01-100D11.b_44_570 (reverse)

seq1  TCCCTCCTTCCTTCCTGGGTTCCTGGAGATCCATAGTCTACTTTTTAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCTTCCTTCCTGGGTTCCTGGAGATCCATAGTCTACTTTTTAAGT  50

seq1  GTGTGTGTTGGGGGAGGTTTATTAGGCTCCGGGATTACATGACCTCTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTTGGGGGAGGTTTATTAGGCTCCGGGATTACATGACCTCTTCT  100

seq1  GCACTACTGGAGATGGAAGCCAACCTAGCTTCTGTGCACCCTGAGTAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTACTGGAGATGGAAGCCAACCTAGCTTCTGTGCACCCTGAGTAGAG  150

seq1  CTCTATCTTTGAGTGACACTCCTAGATTCTAGATCATCTTTGGAGATCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATCTTTGAGTGACACTCCTAGATTCTAGATCATCTTTGGAGATCTT  200

seq1  TTTGGACGTCTGGCCTCTAAGCAGGTGACTCAGAATTATCTCTGAGACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGACGTCTGGCCTCTAAGCAGGTGACTCAGAATTATCTCTGAGACCT  250

seq1  TGCTCAGTTCTCAGAACTCTTCGTTTGGTTAGAAGTGTCAACCTACCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGTTCTCAGAACTCTTCGTTTGGTTAGAAGTGTCAACCTACCTCT  300

seq1  AAGCAAGCCAGGACTCAGTTCCTCTGCAGTCCAGCCTCTCTGGACTTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGCCAGGACTCAGTTCCTCTGCAGTCCAGCCTCTCTGGACTTCTG  350

seq1  ACTCTCAGCTTTGGCTTTGCCATGAGTTTCTGTACGTTGCCTTCTGGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCAGCTTTGGCTTTGCCATGAGTTTCTGTACGTTGCCTTCTGGAAC  400

seq1  TTGGCAACCAGCATCCCCAGCCACTGGAAAGAGAGTGTATGGCTCTCAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAACCAGCATCCCCAGCCACTGGAAAGAGAGTGTATGGCTCTCAGC  450

seq1  ATCTGTCTATCCATCCCAGGTGAGGATGCAGCCCAGCTGGCTGGCTGGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTCTATCCATCCCAGGTGAGGATGCAGCCCAGCTGGCTGGCTGGCC  500

seq1  ACTTATGCTGGATGGGGGCTAGAATTC  527
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATGCTGGATGGGGGCTAGAATTC  527

seq1: chr6_108602021_108602975
seq2: B6Ng01-100D11.g_68_1023

seq1  GAATTCAGTAGGTGATTATGGGGATAAAACTAAAAAGAACATGAAGAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAGGTGATTATGGGGATAAAACTAAAAAGAACATGAAGAAAG  50

seq1  ATTCTGGGATGAACATGGAAGAAGAAAGCTGTCCCTTGGGTTGATGGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGGATGAACATGGAAGAAGAAAGCTGTCCCTTGGGTTGATGGCAT  100

seq1  GTCAGCCAGCTTTTCTTCATTGTGACAAAATATCTGAGATTAAAAAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCCAGCTTTTCTTCATTGTGACAAAATATCTGAGATTAAAAAAATA  150

seq1  AAAACCACTTAGGCTAACAAGATGGCTCACTGGGCAACTTACCTGATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCACTTAGGCTAACAAGATGGCTCACTGGGCAACTTACCTGATGCT  200

seq1  CTGAGTTCAGTCCCTGGGATCCACTGAGAAGGAGGAGAGATCTGACTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTCAGTCCCTGGGATCCACTGAGAAGGAGGAGAGATCTGACTTCT  250

seq1  ATACGTGTGCTGCACATAGGCATGGCTATATACCTACACACATGTGAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGTGTGCTGCACATAGGCATGGCTATATACCTACACACATGTGAATG  300

seq1  AACACACACTAAATAAATGTAACTTAAAAACAACATAAAGCCAGGTATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACACTAAATAAATGTAACTTAAAAACAACATAAAGCCAGGTATGG  350

seq1  CTTTCATGCCAGCACTCAGGCAGCAAGAGCAGGCAGATCTCTGGATGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATGCCAGCACTCAGGCAGCAAGAGCAGGCAGATCTCTGGATGATG  400

seq1  GGTAATATAGTGAAACCCTGCATTCAAAGAAAGGAAGGAAGAAAAGAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATATAGTGAAACCCTGCATTCAAAGAAAGGAAGGAAGAAAAGAAAG  450

seq1  AAAAGATTTTCTAAAATCTATGCATAAATAAAAGATATTTAAATGGGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATTTTCTAAAATCTATGCATAAATAAAAGATATTTAAATGGGGTT  500

seq1  GCCCTATAATGGTGGGGGCACAGTGTACCAACTAGACACTATATGCTAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTATAATGGTGGGGGCACAGTGTACCAACTAGACACTATATGCTAGC  550

seq1  AAATAAAATCTCCAGTGCCAACAGGTTACCTCTTTTTGAGTTGTTGACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAATCTCCAGTGCCAACAGGTTACCTCTTTTTGAGTTGTTGACCA  600

seq1  GTGGCTCATAGACCCCCCAAACATTTCAGGTTACTGCCACGGCTCTTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTCATAGACCCCCCAAACATTTCAGGTTACTGCCACGGCTCTTGGT  650

seq1  TACTCTCCAGAATGTATGGTAGGGCCCTATAAATGAAAGATATTGAATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTCCAGAATGTATGGTAGGGCCCTATAAATGAAAGATATTGAATAC  700

seq1  TTGGGCACAGAACATGGAAAAACTCAGGCTGGTACTCACTGGAGGCTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCACAGAACATGGAAAAACTCAGGCTGGTACTCACTGGAGGCTTCA  750

seq1  TCCTTACTGTC-TTGCTTTCATGGTGCTAGAAAGGGCAGCACACGCTCCT  799
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTACTGTCTTTGCTTTCATGGTGCTAGAAAGGGCAGCACACGCTCCT  800

seq1  GAAGAAGCATAATCATTAATCACATGATCTATGCTGTAAACACTATGAGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGCATAATCATTAATCACATGATCTATGCTGTAAACACTATGAGT  850

seq1  TATAATTATGGTCGATCTGGCCAGGTCATACACATTGGTATAATGGTGGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTATGGTCGATCTGGCCAGGTCATACACATTGGTATAATGGTGGC  900

seq1  AAAAATGTTATGGGAGTAACCAACAACTTTCT-GATTAGATTTCTAAGTC  948
      ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTTATGGGAGT-ACCAACAACTTTCTGGATTAGATTTCTAAGTC  949

seq1  CCTTTCC  955
      | |||||
seq2  CTTTTCC  956