BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-100I24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 51,492,027 - 51,619,450
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSnx10, LOC100041820
Upstream geneCycs, 4921507P07Rik, LOC213320, EG666302, EG666308, EG666310, Npvf, LOC100040877, EG625167, Nfe2l3, Hnrpa2b1, Cbx3
Downstream geneSkap2, LOC666391, Hoxa1, Hoxa2, Hoxa3, Hoxa4, Hoxa5, Hoxa6, Hoxa7, Hoxa9, Hoxa10, Hoxa11, Hoxa13, Evx1, EG666487, 1700094M24Rik, EG545841, Hibadh
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-100I24.bB6Ng01-100I24.g
ACCDH910026DH910027
length1,186668
definitionDH910026|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100I24, 5' end.DH910027|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100I24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,618,260 - 51,619,450)(51,492,027 - 51,492,690)
sequence
gaattcagttgcacacagctctcccataacagtcacctgggctctcaatg
tgagaagcattactcgctggctgcatggaccctggcattctctgcagttt
ggtttctttggggtggcagaataaaatctgtcagtgctgcagggaggaga
cgttacaagcctcaagggaactttgaggtgggagggatgaagataaccaa
ccggcacgggaacatccctggcaggtgcacagcagatgacttgtcataga
ccctacctcctctcttaccccagtgtatgtttgcattgggaccaggtgaa
ccagacaggccccagtgactcacttgctcactcaataacagcatccaggc
tgaacaataagccacataacccaaagaccaccaaggagagtggctgggac
ttgcatggattcgttctgtgctcatgtaacacttaaaggcacataggatt
gggggaagttagtccatatgcaaacatccatccgtgctgtaccatctcca
gagcacatgatatcttcatctatacagttgggttgatcacgggtaacact
gtgctcttggtaccagccaaggagagagaattgtgggggtcctttctgag
caaacagtgcagaattaggcatatctattcttttcatactccataggtga
tgacttcatcactcagaaatatagccttaaaggaagctgagaagtggggt
ctgtctggacacctgacagtgtcaaccatacaagatgagagcctgccatc
ctgctgggctctggcccctgtgatgcttgcatgtgcagttttcagtctgg
taagaaataaaacaaacagttaagtcaggaagcaataaccaatgcaaagg
ctcagggaagagggaagatagtgctgtaataaagacaaagacaaaggata
agaagacagctctggcttgtggatcagagagacaggcacctagacgataa
tcaagctgagactagaggggaataagtccagctcagaaaagaaaattgaa
gtgtgctagacagagaatctagtgctcagagccactaaagagaaagttct
ggtgtttggagttcatctcatgaacagccaattctcaaccctgggtcctg
agaactttcttgggaatcaaatgaacatttcaaagggagatattcaggta
tcccgcatggcctgattttggagataatgacgattc
gaattcctccttgagcctggagttaaaggcagttatgagttgctctgcat
gggtgctgggactgaagtggggctttcagctagagcaatgtgggcttcta
gccactgagccatctcaccatcccctaaatgtggtaaatcaggaaactgt
gaaaaacatcgcaaagcatgttgggatggagatggaccgtgagaaccact
gttggattgtctcccaaggtccagcatgtctcctgtgggacagctttcac
tgctgaggggggaccaaggctcaacataatcagaggctacaggtgggtca
tgtgatcacccatgcaggggctgtgggcaggtcatgtgatcagcctggcc
gctgagggtatcagttccacacctgtcaggggagcactctattcagattt
agctttctcgttgctttgttggagcagcctggcctggaacctactctttg
gtaaggacaatgagtttctgatccccccacctcttttgtcagtgctgcag
tgacaggcttgacccccttgtctaggtctgtcttcacacagcgccactct
ggcctctggggagcaggggtgggagttgggagggtggcgagagggatatt
ttttttccagtgttgtggttatttgtaagttgcccaggctcctgtaagta
aaccttgtcacttatgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_51618260_51619450
seq2: B6Ng01-100I24.b_47_1232 (reverse)

seq1  GAATTGTCATTATCTTCAAATATC-TGCTATACAGGATACCTGATATACT  49
      |||| |||||||||| |||| |||  || || | |||||||||| |||  
seq2  GAATCGTCATTATCTCCAAA-ATCAGGCCATGCGGGATACCTGA-ATATC  48

seq1  ACCCTGTGAAATGGTCATTTGATT-CCAAGGAAG-TCTCGGGGCACA-GG  96
       |||| ||||||| |||||||||| ||||| ||| |||| || | || ||
seq2  TCCCTTTGAAATGTTCATTTGATTCCCAAGAAAGTTCTCAGGACCCAGGG  98

seq1  TTGAGAATT-GCTGTTC--TAGATTGACTTCCAAAACACCAG-ACTGTCT  142
      ||||||||| |||||||   ||||  |||  | ||||||||| ||| |||
seq2  TTGAGAATTGGCTGTTCATGAGATGAACT--CCAAACACCAGAACTTTCT  146

seq1  CTTTAGTGGCTCTGAGCACTAGGTTTCTCTGTCTAGCACACTTCAATTTT  192
      ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTGGCTCTGAGCACTA-GATTCTCTGTCTAGCACACTTCAATTTT  195

seq1  TCTTTCTGGAGCTGGACTTATTTCCCCTCTAGGTCTCAGCTTGATTATCG  242
        ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCT-GAGCTGGACTTA-TTCCCCTCTA-GTCTCAGCTTGATTATCG  242

seq1  TCTAGGTGCCCTGTCTTCTCTGGTTCCCACAAGCCAGGGCTGTCTTCTTA  292
      |||||||| |||||| |||||| |  ||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCTAGGTG-CCTGTC-TCTCTGAT--CCACAAGCCAGAGCTGTCTTCTTA  288

seq1  TCCTTTGTCTTTGTCTTTATTACAGCACTATCTTCCCTCTTCCCTGGGCC  342
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCCTTTGTCTTTGTCTTTATTACAGCACTATCTTCCCTCTTCCCTGAGCC  338

seq1  TTTGCATTTGGTTATTGCTTCCTGACTTAACTGTTTGTTTTATTTCTTAC  392
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCA-TTGGTTATTGCTTCCTGACTTAACTGTTTGTTTTATTTCTTAC  387

seq1  CAGACTGAAAACTGCACATGCAAGCATCACAGGGGCCAGAGCCCAGCAGG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGAAAACTGCACATGCAAGCATCACAGGGGCCAGAGCCCAGCAGG  437

seq1  ATGGCAGGCTCTCATCTTGTATGGTTGACACTGTCAGGTGTCCAGACAGA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGGCTCTCATCTTGTATGGTTGACACTGTCAGGTGTCCAGACAGA  487

seq1  CCCCACTTCTCAGCTTCCTTTAAGGCTATATTTCTGAGTGATGAAGTCAT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACTTCTCAGCTTCCTTTAAGGCTATATTTCTGAGTGATGAAGTCAT  537

seq1  CACCTATGGAGTATGAAAAGAATAGATATGCCTAATTCTGCACTGTTTGC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTATGGAGTATGAAAAGAATAGATATGCCTAATTCTGCACTGTTTGC  587

seq1  TCAGAAAGGACCCCCACAATTCTCTCTCCTTGGCTGGTACCAAGAGCACA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAGGACCCCCACAATTCTCTCTCCTTGGCTGGTACCAAGAGCACA  637

seq1  GTGTTACCCGTGATCAACCCAACTGTATAGATGAAGATATCATGTGCTCT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTACCCGTGATCAACCCAACTGTATAGATGAAGATATCATGTGCTCT  687

seq1  GGAGATGGTACAGCACGGATGGATGTTTGCATATGGACTAACTTCCCCCA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGGTACAGCACGGATGGATGTTTGCATATGGACTAACTTCCCCCA  737

seq1  ATCCTATGTGCCTTTAAGTGTTACATGAGCACAGAACGAATCCATGCAAG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTATGTGCCTTTAAGTGTTACATGAGCACAGAACGAATCCATGCAAG  787

seq1  TCCCAGCCACTCTCCTTGGTGGTCTTTGGGTTATGTGGCTTATTGTTCAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCCACTCTCCTTGGTGGTCTTTGGGTTATGTGGCTTATTGTTCAG  837

seq1  CCTGGATGCTGTTATTGAGTGAGCAAGTGAGTCACTGGGGCCTGTCTGGT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGATGCTGTTATTGAGTGAGCAAGTGAGTCACTGGGGCCTGTCTGGT  887

seq1  TCACCTGGTCCCAATGCAAACATACACTGGGGTAAGAGAGGAGGTAGGGT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGGTCCCAATGCAAACATACACTGGGGTAAGAGAGGAGGTAGGGT  937

seq1  CTATGACAAGTCATCTGCTGTGCACCTGCCAGGGATGTTCCCGTGCCGGT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGACAAGTCATCTGCTGTGCACCTGCCAGGGATGTTCCCGTGCCGGT  987

seq1  TGGTTATCTTCATCCCTCCCACCTCAAAGTTCCCTTGAGGCTTGTAACGT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTATCTTCATCCCTCCCACCTCAAAGTTCCCTTGAGGCTTGTAACGT  1037

seq1  CTCCTCCCTGCAGCACTGACAGATTTTATTCTGCCACCCCAAAGAAACCA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCCTGCAGCACTGACAGATTTTATTCTGCCACCCCAAAGAAACCA  1087

seq1  AACTGCAGAGAATGCCAGGGTCCATGCAGCCAGCGAGTAATGCTTCTCAC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCAGAGAATGCCAGGGTCCATGCAGCCAGCGAGTAATGCTTCTCAC  1137

seq1  ATTGAGAGCCCAGGTGACTGTTATGGGAGAGCTGTGTGCAACTGAATTC  1191
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGAGCCCAGGTGACTGTTATGGGAGAGCTGTGTGCAACTGAATTC  1186

seq1: chr6_51492027_51492690
seq2: B6Ng01-100I24.g_68_735

seq1  GAATTCCTCCTTGAGCCTGGAGTTAAAGGCAGTTATGAGTTGCTCTGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCTTGAGCCTGGAGTTAAAGGCAGTTATGAGTTGCTCTGCAT  50

seq1  GGGTGCTGGGACTGAAGTGGGGCTTTCAGCTAGAGCAATGTGGGCTTCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCTGGGACTGAAGTGGGGCTTTCAGCTAGAGCAATGTGGGCTTCTA  100

seq1  GCCACTGAGCCATCTCACCATCCCCTAAATGTGGTAAATCAGGAAACTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGAGCCATCTCACCATCCCCTAAATGTGGTAAATCAGGAAACTGT  150

seq1  GAAAAACATCGCAAAGCATGTTGGGATGGAGATGGACCGTGAGAACCACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACATCGCAAAGCATGTTGGGATGGAGATGGACCGTGAGAACCACT  200

seq1  GTTGGATTGTCTCCCAAGGTCCAGCATGTCTCCTGTGGGACAGCTTTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGATTGTCTCCCAAGGTCCAGCATGTCTCCTGTGGGACAGCTTTCAC  250

seq1  TGCTGAGGGGGGACCAAGGCTCAACATAATCAGAGGCTACAGGTGGGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGGGGGGACCAAGGCTCAACATAATCAGAGGCTACAGGTGGGTCA  300

seq1  TGTGATCACCCATGCAGGGGCTGTGGGCAGGTCATGTGATCAGCCTGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCACCCATGCAGGGGCTGTGGGCAGGTCATGTGATCAGCCTGGCC  350

seq1  GCTGAGGGTATCAGTTCCACACCTGTCAGGGGAGCACTCTATTCAGATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGGTATCAGTTCCACACCTGTCAGGGGAGCACTCTATTCAGATTT  400

seq1  AGCTTTCTCGTTGCTTTGTTGGAGCAGCCTGGCCTGGAACCTACTCTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCTCGTTGCTTTGTTGGAGCAGCCTGGCCTGGAACCTACTCTTTG  450

seq1  GTAAGGACAATGAGTTTCTGATCCCCCCACCTCTTTTGTCAGTGCTGCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGACAATGAGTTTCTGATCCCCCCACCTCTTTTGTCAGTGCTGCAG  500

seq1  TGACAGGCTTGACCCCCTTGTCTAGGTCTGTCTTCACACAGCGCCACTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGGCTTGACCCCCTTGTCTAGGTCTGTCTTCACACAGCGCCACTCT  550

seq1  GGCCTCTGGGGAGCAGGGGTGGGAGTTGGGAGGGTGGCGAGAGGGATA--  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  GGCCTCTGGGGAGCAGGGGTGGGAGTTGGGAGGGTGGCGAGAGGGATATT  600

seq1  TTTTTTCCAGTGTTGTGGTTACTTGTAAGTTGCCCAGGCTCCTGTAAGTA  648
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCCAGTGTTGTGGTTATTTGTAAGTTGCCCAGGCTCCTGTAAGTA  650

seq1  A--CCTGTCACTTATGTT  664
      |  | |||||||||||||
seq2  AACCTTGTCACTTATGTT  668