BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109D02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 148,770,404 - 148,923,035
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIpo8, Caprin2, EG665395, Tera
Upstream geneMlstd1, Ergic2, Tmtc1, 1110033J19Rik, EG622319, LOC100042984, LOC665372
Downstream geneLOC667138, D030011O10Rik, 4833442J19Rik, C730024G19Rik, 2810474O19Rik, LOC665426, LOC622481, LOC665441, Bicd1, LOC667182, LOC100039850
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109D02.bB6Ng01-109D02.g
ACCDH916165DH916166
length1,1651,061
definitionDH916165|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109D02, 5' end.DH916166|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109D02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(148,770,404 - 148,771,583)(148,921,961 - 148,923,035)
sequence
gaattcaagaattttatttgggagtcccacaggaatagcccaccaagctg
gaggacatccttgagtgacatagacatgaccttggaatcatgtccaagtt
ttcagactgagtacaaatacagtgtcatcaggaaatttcccttttctcaa
acgtaacagtaaacctgctgtctgctgctgatcctgtcccccgtcaccct
atacattcaggagtatttgtgcccttatagcactggtaatttcatttaat
tctttgatatattatttataattcataaatagacatccactctcagatat
atttggaaaatctcaagaaatctgtatccctagctatcaaaatctataaa
tcattgtttctactttttcaacattggacaaaaagacatttggaagaaat
tagctgaattactgctgtgaggctgctttattttgtttggtgtatgtttg
tggtaacccaacattgcctttgggtgataggattacaggaggccaccagg
tatggctggatgtcatgcaggttctgggaatcagaacatggatcctcact
cgtgcaggtaaagcatttcatccactgagctagctccccagtgtaataag
agatgtggctagacatggtgatgcactgccttaaccccagcacatgggga
agttgagacagaagactgcttcaagtctaaagccaatctgagctatataa
tcaactcaaagttgagatcttgtctcaaagagagaaaagagaaaagaaag
aatatgaagtttaaccattccagtttatacttagtataaacacatactct
caaacgtgtataaagacagacatgtttctgaagagcgccccagctttctc
tttcctttctgctcccagcaaagtttcttctacttcaattttactatgaa
ttaaacatggataataaagcatttcaccattgaaaatatacatgttctgt
attggttaaatgtgacaaatttaactaaattatgaacttgatattctata
agccctctttcatacatttgatgcacctaggatttcaatgtgtttaagta
aaaaaaaaaaaaaaaaccttaacagcatgtaagcatgcatatattctaat
gtgttctgtgtgtgcttttaacaagcatctccctttactcgtatatattt
ctattctatatgtga
gaattcagaaatccgcctgcctctgcctcccgagtgccaggattaaaggc
atgcaccaccaccgcccggctgcactttaaacttttgaacctggtttttc
ctataaaaagccaaccctgagagcagattgggaccacagtcctttttgct
atcctggatgcccagtattattggtgtgcattcaattaactattcttgct
tagctgagatcagtgtttgattggtttgagtgatgattcctgaactccaa
catccaccacatacttgcccattgtagtagttcctgatgcaggttggcca
agcagctggtgggaccctgggtgacatcctcccataaatgggtatcaatg
gcccatctttgctgtgcactggagggcaggtcttgtgggtgacctggtgc
ttctcagctctctgtcttcctcctcccatgctgctctttgtggtagtaga
aggggctctgtgtctatgaccacccttgaatatttgtatatcgctcacaa
tcagcatctggatgcttctgatgctctagtctgcatttatccccattcct
ctgaggagctctccagacctctatccctcttcattcgcctatcaacacac
atgacttttgaccacgtccattttctggacttcatctcagagaatgactt
ttcttagttactcaagccagaaagccagaaagtgctttcatctgggcatg
atgctgtatttataatcccagcacttaaaaatcagaggaaggaggatttc
gtgagtgtaggagcaaccagcttatccaacatagcaaatctcgaggctga
gctggagagttggtagagtgcttgctgagcatacatgaaaccctgagttt
gatccctttccatagtggtttttttttttttttttttttttttgggtttt
cgagagcaggtttttctgtatagtcttggctgtcctggaactcactttgt
agaccaggctggcctggactcagaatctgcctgttctctgcctcccagtg
ctgggattaaaggcatgcaccacccacccaccggcctagtttttttcgtt
ttttaatgact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_148770404_148771583
seq2: B6Ng01-109D02.b_47_1211

seq1  GAATTCAAGAATTTTATTTGGGAGTCCCACAGGAATAGCCCACCAAGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAATTTTATTTGGGAGTCCCACAGGAATAGCCCACCAAGCTG  50

seq1  GAGGACATCCTTGAGTGACATAGACATGACCTTGGAATCATGTCCAAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACATCCTTGAGTGACATAGACATGACCTTGGAATCATGTCCAAGTT  100

seq1  TTCAGACTGAGTACAAATACAGTGTCATCAGGAAATTTCCCTTTTCTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACTGAGTACAAATACAGTGTCATCAGGAAATTTCCCTTTTCTCAA  150

seq1  ACGTAACAGTAAACCTGCTGTCTGCTGCTGATCCTGTCCCCCGTCACCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAACAGTAAACCTGCTGTCTGCTGCTGATCCTGTCCCCCGTCACCCT  200

seq1  ATACATTCAGGAGTATTTGTGCCCTTATAGCACTGGTAATTTCATTTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTCAGGAGTATTTGTGCCCTTATAGCACTGGTAATTTCATTTAAT  250

seq1  TCTTTGATATATTATTTATAATTCATAAATAGACATCCACTCTCAGATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGATATATTATTTATAATTCATAAATAGACATCCACTCTCAGATAT  300

seq1  ATTTGGAAAATCTCAAGAAATCTGTATCCCTAGCTATCAAAATCTATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGAAAATCTCAAGAAATCTGTATCCCTAGCTATCAAAATCTATAAA  350

seq1  TCATTGTTTCTACTTTTTCAACATTGGACAAAAAGACATTTGGAAGAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTTTCTACTTTTTCAACATTGGACAAAAAGACATTTGGAAGAAAT  400

seq1  TAGCTGAATTACTGCTGTGAGGCTGCTTTATTTTGTTTGGTGTATGTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGAATTACTGCTGTGAGGCTGCTTTATTTTGTTTGGTGTATGTTTG  450

seq1  TGGTAACCCAACATTGCCTTTGGGTGATAGGATTACAGGAGGCCACCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAACCCAACATTGCCTTTGGGTGATAGGATTACAGGAGGCCACCAGG  500

seq1  TATGGCTGGATGTCATGCAGGTTCTGGGAATCAGAACATGGATCCTCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCTGGATGTCATGCAGGTTCTGGGAATCAGAACATGGATCCTCACT  550

seq1  CGTGCAGGTAAAGCATTTCATCCACTGAGCTAGCTCCCCAGTGTAATAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCAGGTAAAGCATTTCATCCACTGAGCTAGCTCCCCAGTGTAATAAG  600

seq1  AGATGTGGCTAGACATGGTGATGCACTGCCTTAACCCCAGCACATGGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGGCTAGACATGGTGATGCACTGCCTTAACCCCAGCACATGGGGA  650

seq1  AGTTGAGACAGAAGACTGCTTCAAGTCTAAAGCCAATCTGAGCTATATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGACAGAAGACTGCTTCAAGTCTAAAGCCAATCTGAGCTATATAA  700

seq1  TCAACTCAAAGTTGAGATCTTGTCTCAAAGAGAGAAAAGAGAAAAGAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTCAAAGTTGAGATCTTGTCTCAAAGAGAGAAAAGAGAAAAGAAAG  750

seq1  AATATGAAGTTTAACCATTCCAGTTTAATACTTAGTATAAACACATACTC  800
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGAAGTTTAACCATTCCAGTTT-ATACTTAGTATAAACACATACTC  799

seq1  TCAAACGTGTATAAAGACAGACATGTTTCTGAAGAGCGCCCCAGCTTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACGTGTATAAAGACAGACATGTTTCTGAAGAGCGCCCCAGCTTTCT  849

seq1  CTTTCCTTTCTGCTCCCAGCAAAGTTTCTTCTACTTCAATTTTACTATGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTTTCTGCTCCCAGCAAAGTTTCTTCTACTTCAATTTTACTATGA  899

seq1  ATTAAACATGGATAATAAAAGCATTTCACCATTGAAAAATATAACATGTT  950
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  ATTAAACATGGATAAT-AAAGCATTTCACCATTG-AAAATAT-ACATGTT  946

seq1  CTGTATTGGTTAAAATGTGACCAAAATTTAACTAAATTATGAACTTGATA  1000
      ||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATTGGTT-AAATGTGAC--AAATTTAACTAAATTATGAACTTGATA  993

seq1  TCCTATAAGCCCTCTTTCATACATTTTGATGCACCTAGGATTTCAATGTG  1050
      | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATAAGCCCTCTTTCATACA-TTTGATGCACCTAGGATTTCAATGTG  1042

seq1  TTTAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTTAACAGCATGGTAAGCATGCAT  1100
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTTAAGT-AAAAAAAAAAAAAAAAACCTTAACAGCAT-GTAAGCATGCAT  1090

seq1  ATATGTGGAAATGTG-TATGTGTGTGTTTTAAACCAAGCATCTCATTTAC  1149
      |||  |   |||||| | |||||||| ||| || ||||||||||  ||  
seq2  ATA--TTCTAATGTGTTCTGTGTGTGCTTTTAA-CAAGCATCTCCCTTTA  1137

seq1  CTCAGTATAATTATTCTATTCTATAATGTGA  1180
      ||| |||| ||  ||||||||||| ||||||
seq2  CTC-GTAT-ATATTTCTATTCTAT-ATGTGA  1165

seq1: chr6_148921961_148923035
seq2: B6Ng01-109D02.g_68_1128 (reverse)

seq1  AGTCATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAGGGCCGGGTGGT-GGTGG  49
      |||||||       ||||||  |||||||||| ||||||  ||| |||||
seq2  AGTCATT-------AAAAAACGAAAAAAACTA-GGCCGGTGGGTGGGTGG  42

seq1  TGCATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAG-ACAGGCAGATTTCT  98
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  TGCATGCCTTTAATCCCAGCAC-TGGGAGGCAGAGAACAGGCAGA-TTCT  90

seq1  GAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGAC  148
      ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAG-TCCAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGAC  139

seq1  TATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  198
      |||||||| |||||   ||||||||| ||    |||||||||||||||||
seq2  TATACAGAAAAACCTGCTCTCGAAAACCC----AAAAAAAAAAAAAAAAA  185

seq1  AAAAAAAACCACTATGGAAAAGGGATCAAACTCAGGGTTTCATGTATGCT  248
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAACCACTATGG-AAAGGGATCAAACTCAGGGTTTCATGTATGCT  234

seq1  CAGCAAGCACTCTACCAACTCTCCAGCTCAGCCTCGAGATTTGCTATGTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGCACTCTACCAACTCTCCAGCTCAGCCTCGAGATTTGCTATGTT  284

seq1  GGATAAGCTGGTTGCTCCTACACTCACGAAATCCTCCTTCCTCTGATTTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAGCTGGTTGCTCCTACACTCACGAAATCCTCCTTCCTCTGATTTT  334

seq1  TAAGTGCTGGGATTATAAATACAGCATCATGCCCAGATGAAAGCACTTTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGCTGGGATTATAAATACAGCATCATGCCCAGATGAAAGCACTTTC  384

seq1  TGGCTTTCTGGCTTGAGTAACTAAGAAAAGTCATTCTCTGAGATGAAGTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTCTGGCTTGAGTAACTAAGAAAAGTCATTCTCTGAGATGAAGTC  434

seq1  CAGAAAATGGACGTGGTCAAAAGTCATGTGTGTTGATAGGCGAATGAAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAATGGACGTGGTCAAAAGTCATGTGTGTTGATAGGCGAATGAAGA  484

seq1  GGGATAGAGGTCTGGAGAGCTCCTCAGAGGAATGGGGATAAATGCAGACT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAGAGGTCTGGAGAGCTCCTCAGAGGAATGGGGATAAATGCAGACT  534

seq1  AGAGCATCAGAAGCATCCAGATGCTGATTGTGAGCGATATACAAATATTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATCAGAAGCATCCAGATGCTGATTGTGAGCGATATACAAATATTC  584

seq1  AAGGGTGGTCATAGACACAGAGCCCCTTCTACTACCACAAAGAGCAGCAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTGGTCATAGACACAGAGCCCCTTCTACTACCACAAAGAGCAGCAT  634

seq1  GGGAGGAGGAAGACAGAGAGCTGAGAAGCACCAGGTCACCCACAAGACCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGAGGAAGACAGAGAGCTGAGAAGCACCAGGTCACCCACAAGACCT  684

seq1  GCCCTCCAGTGCACAGCAAAGATGGGCCATTGATACCCATTTATGGGAGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCCAGTGCACAGCAAAGATGGGCCATTGATACCCATTTATGGGAGG  734

seq1  ATGTCACCCAGGGTCCCACCAGCTGCTTGGCCAACCTGCATCAGGAACTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCACCCAGGGTCCCACCAGCTGCTTGGCCAACCTGCATCAGGAACTA  784

seq1  CTACAATGGGCAAGTATGTGGTGGATGTTGGAGTTCAGGAATCATCACTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAATGGGCAAGTATGTGGTGGATGTTGGAGTTCAGGAATCATCACTC  834

seq1  AAACCAATCAAACACTGATCTCAGCTAAGCAAGAATAGTTAATTGAATGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAATCAAACACTGATCTCAGCTAAGCAAGAATAGTTAATTGAATGC  884

seq1  ACACCAATAATACTGGGCATCCAGGATAGCAAAAAGGACTGTGGTCCCAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAATAATACTGGGCATCCAGGATAGCAAAAAGGACTGTGGTCCCAA  934

seq1  TCTGCTCTCAGGGTTGGCTTTTTATAGGAAAAACCAGGTTCAAAAGTTTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCTCAGGGTTGGCTTTTTATAGGAAAAACCAGGTTCAAAAGTTTA  984

seq1  AAGTGCAGCCGGGCGGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCTGGCACTCGGGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCAGCCGGGCGGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCTGGCACTCGGGA  1034

seq1  GGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAATTC  1075
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAATTC  1061