BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114J02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 45,465,651 - 45,599,219
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntnap2
Upstream geneLOC100040210
Downstream geneRbpsuh-rs3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114J02.bB6Ng01-114J02.g
ACCDH920057DH920058
length1,2041,128
definitionDH920057|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114J02, 5' end.DH920058|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114J02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,597,974 - 45,599,219)(45,465,651 - 45,466,786)
sequence
gaattcttactgtctgaccagactcatacgtattccatattcaaaagatg
aatgattagtgagcacttacattgtacagaatgaataaggtctatagaat
tgagaacctgtagaaaggtggaaagaagagtagaaagattccagaaagag
gaaacaacttaagcatcattagaggccacaatgggtatggaatcctctgt
tgattgctacagttgcaccccaggtctgaatatagtgtatataatgccat
actgcctgttatgattagttgtgtgtttttattctgactacaataatgat
taagacgcatggcaacatctaattgtctctcttgcctgttagactacagc
aagaatgtttttggatatagcagctatgagacactaggacatcaaggaaa
ttcctgaagaaggtgagcatcttattatagtaataaataaaggcagaggg
agatctaagttatctagtatttcagttttctgtgtcggaatgcactctca
ctctacaggcaatcaaccattgcaaatatttcaattccaggctgctttcc
ttcctgaaaatcttggatgaaaactggatgagcagatgggccttgagttt
tattttcatacaatttcagtcaattaggaagagagactaactgtgagaat
gcagtactaactggatctgaaatagaggaaaggcctatcagatagacaga
aagtagcagttgccctttacctaagagagcatggctgagcacggtctctg
ctatcaagaattccaggacaaagttagcaaagtccagccatatcagaaca
cttttaggaatgaggaatgggacactagaaccaagcagggctttgtggtg
agcgagcatctcatttttacataaggaggaaatacaccagggaaagagta
ttatattggaaagcatctttcagagcttccatgtgtctgcatgtatcatt
ctctgataggtctgagagtgaaactactgcagctcagcatctacactgtc
tttacatgggtcttgtggctcttcacttgcccatagacgaagacatgaaa
attcttgctgtaactgatgatagctccatagtctactgacatcaccagca
tacagtgtgatccttatcctccgtctgtgcttgctgaacatatgtggacc
ttacacaggacgtgaaatgcagaccatgagtccattgactctggatagac
aatt
gaattctcctacaaagacataatttattccctgagctctaacaaaagctc
aaatgctcctgggaacttctggttgcaaaagaaccctatcttattagctg
cagagccacacttacaatgaatactcatgagctacatatttaataatgaa
aggttgtttatctatcgtatactagataggaaatggatgaatcattccgt
atttcttctgaacaatatcattatattttcttcaaatttgagccctggct
ttagtgcttcaaactcttgctgctttatctaattgaagcagtgtctttca
catttgcatatacacaaatcagaaacaaatgaactgccatcatcaaaaac
aataggtactaacattgaacatgttggcaatcatgaattttcactttggt
aaataattaacatttattcacacagtattttgcatgatgtttctaagcaa
attccttcattgttggatgcacaaaatgtaaattaataatattaaattta
aaatataaaatggttggtgtgcaaataacttacttatatctgaattattc
ttctatttacagacagctcaagtatgagaacctataaatattttttttaa
agtttaaaaataaaaacaatggtgtactgcatatactcaaattcgtgtca
tgatcaaatatatatttaaaattgtgattttttacattaaaacttaaaga
actcagtaaatcttatttttgtagtaagaaatatgggaaattatgcataa
aattaatattatgtctttatattcactgtcatcttaagatgctgatagga
atgcaatacttaaattttattattcatattagtaatgtcattcttactgc
ttttcaaacgtttgattatcagtgacatttatgaaaaatcaaggatagcc
ctagaagtaagcatctatcaatttttaagatttgtgagaattacagaaac
atttttgactcacaaccccaaccattgtagataaacccatatgacattta
agtatctaggtataacggatttgagaacctttgtaatatgcatatatgat
taccgaaggctatgcatagtttttattatgcttaacatgtcaccatacaa
caagatatatttgccctttgaagtaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_45597974_45599219
seq2: B6Ng01-114J02.b_47_1250 (reverse)

seq1  AATTGTCTAT-CAGAGTCAATGAGACTTCAATTGTCCCTGGCATTTTCTA  49
      |||||||||| ||||||||||| ||||   || |||    ||||||   |
seq2  AATTGTCTATCCAGAGTCAATG-GACT--CATGGTC---TGCATTT--CA  42

seq1  CTGTCTTTGTAGTAATGAGTCTACATTATTGTATCAGCCAAAAGCACAGA  99
      | |||  ||| ||||   ||| ||||   ||| |||||   |||||||| 
seq2  C-GTC-CTGT-GTAA--GGTCCACAT--ATGT-TCAGC---AAGCACAG-  80

seq1  ACAGAAAGAATAAGAAACAAACAAAATGTAATGCTGGTGATGTCAGGTAG  149
      || |  || ||||| | || ||    ||| ||||||||||||||| ||||
seq2  ACGG--AGGATAAGGATCACAC----TGT-ATGCTGGTGATGTCA-GTAG  122

seq1  ACTAT-GAGCTATCATCAGGTACAGCCAAGAATTTTTTCAATGTCTTCTG  198
      ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||    |||||||| |
seq2  ACTATGGAGCTATCATCAGTTACAG-CAAGAATTTT---CATGTCTTC-G  167

seq1  TCTATGGGCAAGTGAAGAGCCACAAAGACCCCATGTAAAGGAACAGTGTA  248
      ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||
seq2  TCTATGGGCAAGTGAAGAGCCAC-AAGA-CCCATGTAAAG--ACAGTGTA  213

seq1  GATGCTGAGGCTGCAGTAGTTTCACTCTCAGAACTTATTCAGAGAATGAA  298
      |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||| |
seq2  GATGCTGA-GCTGCAGTAGTTTCACTCTCAGACCT--ATCAGAGAATG-A  259

seq1  TACATGCAGGACACATGGAAGCTTCTGAAAGATGCTTTCCAATATTAATA  348
      |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TACATGCA-GACACATGGAAGC-TCTGAAAGATGCTTTCCAATA-TAATA  306

seq1  CTCTTTTCCTGGTGTATTTCTTCCTTATGTAAAAATGAGATGCTCGCTCA  398
      |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCCCTGGTGTATTTCCTCCTTATGTAAAAATGAGATGCTCGCTCA  356

seq1  CCACAAAGCCCTGCTTGGTTCTAGTGTCCCATTCCTCATTCCTAAAAGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAAGCCCTGCTTGGTTCTAGTGTCCCATTCCTCATTCCTAAAAGTG  406

seq1  TTCTGATATGGCTGGACTTTGCTAACTTTGTCCTGGAATTCTTGATAGCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATATGGCTGGACTTTGCTAACTTTGTCCTGGAATTCTTGATAGCA  456

seq1  GAGACCGTGCTCAGCCATGCTCTCTTAGGTAAAGGGCAACTGCTACTTTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCGTGCTCAGCCATGCTCTCTTAGGTAAAGGGCAACTGCTACTTTC  506

seq1  TGTCTATCTGATAGGCCTTTCCTCTATTTCAGATCCAGTTAGTACTGCAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTATCTGATAGGCCTTTCCTCTATTTCAGATCCAGTTAGTACTGCAT  556

seq1  TCTCACAGTTAGTCTCTCTTCCTAATTGACTGAAATTGTATGAAAATAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACAGTTAGTCTCTCTTCCTAATTGACTGAAATTGTATGAAAATAAA  606

seq1  ACTCAAGGCCCATCTGCTCATCCAGTTTTCATCCAAGATTTTCAGGAAGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAGGCCCATCTGCTCATCCAGTTTTCATCCAAGATTTTCAGGAAGG  656

seq1  AAAGCAGCCTGGAATTGAAATATTTGCAATGGTTGATTGCCTGTAGAGTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGCCTGGAATTGAAATATTTGCAATGGTTGATTGCCTGTAGAGTG  706

seq1  AGAGTGCATTCCGACACAGAAAACTGAAATACTAGATAACTTAGATCTCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGCATTCCGACACAGAAAACTGAAATACTAGATAACTTAGATCTCC  756

seq1  CTCTGCCTTTATTTATTACTATAATAAGATGCTCACCTTCTTCAGGAATT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTTTATTTATTACTATAATAAGATGCTCACCTTCTTCAGGAATT  806

seq1  TCCTTGATGTCCTAGTGTCTCATAGCTGCTATATCCAAAAACATTCTTGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGATGTCCTAGTGTCTCATAGCTGCTATATCCAAAAACATTCTTGC  856

seq1  TGTAGTCTAACAGGCAAGAGAGACAATTAGATGTTGCCATGCGTCTTAAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTCTAACAGGCAAGAGAGACAATTAGATGTTGCCATGCGTCTTAAT  906

seq1  CATTATTGTAGTCAGAATAAAAACACACAACTAATCATAACAGGCAGTAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTGTAGTCAGAATAAAAACACACAACTAATCATAACAGGCAGTAT  956

seq1  GGCATTATATACACTATATTCAGACCTGGGGTGCAACTGTAGCAATCAAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTATATACACTATATTCAGACCTGGGGTGCAACTGTAGCAATCAAC  1006

seq1  AGAGGATTCCATACCCATTGTGGCCTCTAATGATGCTTAAGTTGTTTCCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATTCCATACCCATTGTGGCCTCTAATGATGCTTAAGTTGTTTCCT  1056

seq1  CTTTCTGGAATCTTTCTACTCTTCTTTCCACCTTTCTACAGGTTCTCAAT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGGAATCTTTCTACTCTTCTTTCCACCTTTCTACAGGTTCTCAAT  1106

seq1  TCTATAGACCTTATTCATTCTGTACAATGTAAGTGCTCACTAATCATTCA  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAGACCTTATTCATTCTGTACAATGTAAGTGCTCACTAATCATTCA  1156

seq1  TCTTTTGAATATGGAATACGTATGAGTCTGGTCAGACAGTAAGAATTC  1246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGAATATGGAATACGTATGAGTCTGGTCAGACAGTAAGAATTC  1204

seq1: chr6_45465651_45466786
seq2: B6Ng01-114J02.g_68_1195

seq1  GAATTCTCCTACAAAGACATAATTTATTCCCTGAGCTCTAACAAAAGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTACAAAGACATAATTTATTCCCTGAGCTCTAACAAAAGCTC  50

seq1  AAATGCTCCTGGGAACTTCTGGTTGCAAAAGAACCCTATCTTATTAGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTCCTGGGAACTTCTGGTTGCAAAAGAACCCTATCTTATTAGCTG  100

seq1  CAGAGCCACACTTACAATGAATACTCATGAGCTACATATTTAATAATGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCACACTTACAATGAATACTCATGAGCTACATATTTAATAATGAA  150

seq1  AGGTTGTTTATCTATCGTATACTAGATAGGAAATGGATGAATCATTCCGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGTTTATCTATCGTATACTAGATAGGAAATGGATGAATCATTCCGT  200

seq1  ATTTCTTCTGAACAATATCATTATATTTTCTTCAAATTTGAGCCCTGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTCTGAACAATATCATTATATTTTCTTCAAATTTGAGCCCTGGCT  250

seq1  TTAGTGCTTCAAACTCTTGCTGCTTTATCTAATTGAAGCAGTGTCTTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGCTTCAAACTCTTGCTGCTTTATCTAATTGAAGCAGTGTCTTTCA  300

seq1  CATTTGCATATACACAAATCAGAAACAAATGAACTGCCATCATCAAAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCATATACACAAATCAGAAACAAATGAACTGCCATCATCAAAAAC  350

seq1  AATAGGTACTAACATTGAACATGTTGGCAATCATGAATTTTCACTTTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGTACTAACATTGAACATGTTGGCAATCATGAATTTTCACTTTGGT  400

seq1  AAATAATTAACATTTATTCACACAGTATTTTGCATGATGTTTCTAAGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTAACATTTATTCACACAGTATTTTGCATGATGTTTCTAAGCAA  450

seq1  ATTCCTTCATTGTTGGATGCACAAAATGTAAATTAATAATATTAAATTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTCATTGTTGGATGCACAAAATGTAAATTAATAATATTAAATTTA  500

seq1  AAATATAAAATGGTTGGTGTGCAAATAACTTACTTATATCTGAATTATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAAAATGGTTGGTGTGCAAATAACTTACTTATATCTGAATTATTC  550

seq1  TTCTATTTACAGACAGCTCAAGTATGAGAACCTATAAATATTTTTTTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTTACAGACAGCTCAAGTATGAGAACCTATAAATATTTTTTTTAA  600

seq1  AGTTTAAAAATAAAAACAATGGTGTACTGCATATACTCAAATTCGTGTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAAAAATAAAAACAATGGTGTACTGCATATACTCAAATTCGTGTCA  650

seq1  TGATCAAATATATATTTAAAATTGTGATTTTTTACATTAAAACTTAAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAAATATATATTTAAAATTGTGATTTTTTACATTAAAACTTAAAGA  700

seq1  ACTCAGTAAATCTTATTTTTGTAGTAAGAAATATGGGAAATTATGCATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTAAATCTTATTTTTGTAGTAAGAAATATGGGAAATTATGCATAA  750

seq1  AATTAATATTATGTCTTTATATTCACTGTCATCTTAAGATGCTGATAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATATTATGTCTTTATATTCACTGTCATCTTAAGATGCTGATAGGA  800

seq1  ATGCAATACTTAAATTTTATTATTCATATTAGTAATGTCATTCTTACTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAATACTTAAATTTTATTATTCATATTAGTAATGTCATTCTTACTGC  850

seq1  TTTTCAAACGTTTGATTATCAGTGACATTTATGAAAAATCAAGGATAGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAACGTTTGATTATCAGTGACATTTATGAAAAATCAAGGATAGCC  900

seq1  CTAGAAGTAAGCATCTATCAATTTTTAAGATTTGTGAGAATTACAGAAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGTAAGCATCTATCAATTTTTAAGATTTGTGAGAATTACAGAAAC  950

seq1  ATTTTTTGACTCACAACCCCAACCATTGTAGATAAACCCATATGACATTT  1000
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TTTTTGACTCACAACCCCAACCATTGTAGATAAACCCATATGACATTT  999

seq1  AAGTATCTAGGTAATAAGGGATTTTGAGAACCTTTGTAATATGCATATAT  1050
      |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATCTAGGT-ATAACGGA-TTTGAGAACCTTTGTAATATGCATATAT  1047

seq1  TGTATTAACGAAGGCTATGCATAAGTGTATAATTATGCTT-ACATGTCAC  1099
         |||| |||||||||||||| ||| | | ||||||||| |||||||||
seq2  --GATTACCGAAGGCTATGCAT-AGT-TTTTATTATGCTTAACATGTCAC  1093

seq1  CAATTACAAACAAGATATATATG-CCTTAGAAGTAAAA  1136
      ||  ||| |||||||||||| || |||| |||||||||
seq2  CA--TAC-AACAAGATATATTTGCCCTTTGAAGTAAAA  1128