BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117F07
Chromosome6 (Build37)
Map Location 108,382,520 - 108,383,598
singlet/doubletsinglet
Overlap geneItpr1
Upstream geneLrrn1, Setmar, Sumf1, LOC100043718
Downstream geneLOC677205, Bhlhb2, Arl8b, Edem1, EG627371, LOC639110
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117F07.bB6Ng01-117F07.g
ACCDH922098DH922099
length3031,068
definitionDH922098|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117F07, 5' end.DH922099|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117F07, 3' end.
singlet/doublet---singlet
BLAST hitno hit dataunique
sequence
ttagacatgctaaactctaaaaggcttgggtgttaagagacttcttttat
gcaaatgtttctttgctgagaactacttagtaaatttcttatttattttt
attttatgtgcagggctgttttccctggatgcatgtatatgtatcatatt
gcatgcctggtgtctgtagaggccagaagagggtatcagatcctctagaa
ctggagttacagagggctgtaaattcgatttcctagaatccatgtaaaaa
gccaagtgtggtagcctgtgctcacaacgccggtgctagggaagtaggga
tgg

gaattcttttatgtaaccttgactgtatatgagctcacaatgtattttgt
ttgtgactgatgctgaagatggtagtgtttccttagtgccatacttaaaa
tggaatttctgcatgcttagcaggagcttgaaccaagtccacccctgagg
caactggaagaccataaaagggtatgtagccttgagtctctcgggttggg
agctgatgactggatctcccccccctcagccacacaactacgatttaaag
acagcttctgtcggtgttgctattgtccaaacatgaatcggcttaggacc
gatcgtccgctgtatagaggtgaagctaactagcagttctgttatctacc
tgaacagaactctgcacaaccaagctgcaaacaataaccaagtgagcacc
ccacaccctccttccctgagatggttttctaaacaggtgatgggagagct
ttgtgcttctgtagtgactagtgatccttccagctcgctcacagtaaaca
caaaggcatagtgtcaacagagcggaattacaccacccagctaactgtga
gtgcgctaacttcctccttttcccttcagccagttttttttacctgtgca
agtgtgtgtcccaacaaacacatgcaaattctcatcattggattgttcgt
aggtgcacagccttcatagttggctattgttatttaatgttacatctcag
cctttggtgggcaaggaaagctaagtctttgaacactagcaggcacataa
agctcccccaaattagggaagggtttgtcatttttccttctttgaaaagg
aacaaaataaatgtatgtttgcatagattcttagaagaggaatatgccta
ggacaagggattgatactttcttacaatgctggctatgtattgtcaaaga
attttctagatatatatacatacatatacacacatatgcatgaacttgct
gaccagcattggtttcacattatccatttctagagagctggcatctcgat
ttatgagaacttattcagattgtggtaggacgttaataatatatatataa
tagaggaccttattcagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_108382520_108383598
seq2: B6Ng01-117F07.g_66_1133

seq1  GAATTCTTTTATGTAACCTTGACTGTATATGAGCTCACAATGTATTTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTATGTAACCTTGACTGTATATGAGCTCACAATGTATTTTGT  50

seq1  TTGTGACTGATGCTGAAGATGGTAGTGTTTCCTTAGTGCCATACTTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGACTGATGCTGAAGATGGTAGTGTTTCCTTAGTGCCATACTTAAAA  100

seq1  TGGAATTTCTGCATGCTTAGCAGGAGCTTGAACCAAGTCCACCCCTGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTTCTGCATGCTTAGCAGGAGCTTGAACCAAGTCCACCCCTGAGG  150

seq1  CAACTGGAAGACCATAAAAGGGTATGTAGCCTTGAGTCTCTCGGGTTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGGAAGACCATAAAAGGGTATGTAGCCTTGAGTCTCTCGGGTTGGG  200

seq1  AGCTGATGACTGGATCTCCCCCCCCTCAGCCACACAACTACGATTTAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGATGACTGGATCTCCCCCCCCTCAGCCACACAACTACGATTTAAAG  250

seq1  ACAGCTTCTGTCGGTGTTGCTATTGTCCAAACATGAATCGGCTTAGGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTTCTGTCGGTGTTGCTATTGTCCAAACATGAATCGGCTTAGGACC  300

seq1  GATCGTCCGCTGTATAGAGGTGAAGCTAACTAGCAGTTCTGTTATCTACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGTCCGCTGTATAGAGGTGAAGCTAACTAGCAGTTCTGTTATCTACC  350

seq1  TGAACAGAACTCTGCACAACCAAGCTGCAAACAATAACCAAGTGAGCACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGAACTCTGCACAACCAAGCTGCAAACAATAACCAAGTGAGCACC  400

seq1  CCACACCCTCCTTCCCTGAGATGGTTTTCTAAACAGGTGATGGGAGAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCCTCCTTCCCTGAGATGGTTTTCTAAACAGGTGATGGGAGAGCT  450

seq1  TTGTGCTTCTGTAGTGACTAGTGATCCTTCCAGCTCGCTCACAGTAAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTTCTGTAGTGACTAGTGATCCTTCCAGCTCGCTCACAGTAAACA  500

seq1  CAAAGGCATAGTGTCAACAGAGCGGAATTACACCACCCAGCTAACTGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCATAGTGTCAACAGAGCGGAATTACACCACCCAGCTAACTGTGA  550

seq1  GTGCGCTAACTTCCTCCTTTTCCCTTCAGCCAGTTTTTTTTACCTGTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGCTAACTTCCTCCTTTTCCCTTCAGCCAGTTTTTTTTACCTGTGCA  600

seq1  AGTGTGTGTCCCAACAAACACATGCAAATTCTCATCATTGGATTGTTCGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTGTCCCAACAAACACATGCAAATTCTCATCATTGGATTGTTCGT  650

seq1  AGGTGCACAGCCTTCATAGTTGGCTATTGTTATTTAATGTTACATCTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCACAGCCTTCATAGTTGGCTATTGTTATTTAATGTTACATCTCAG  700

seq1  CCTTTGGTGGGCAAGGAAAGCTAAGTCTTTGAACACTAGCAGGCACATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGTGGGCAAGGAAAGCTAAGTCTTTGAACACTAGCAGGCACATAA  750

seq1  AGCTCCCCCAAATTAGGGAAGGGTTTGTCATTTTTCCTTCTTTGAAAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCCCCAAATTAGGGAAGGGTTTGTCATTTTTCCTTCTTTGAAAAGG  800

seq1  AACAAAATAAATGTATGTTTGCATAGATTCTTAGAAGAGGAATATGCCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAATAAATGTATGTTTGCATAGATTCTTAGAAGAGGAATATGCCTA  850

seq1  GGACAAGGGATTGATACTTTCTTACAATGCTGGCTATGTATTGTCAAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAGGGATTGATACTTTCTTACAATGCTGGCTATGTATTGTCAAAGA  900

seq1  ATTTTCTAGAATATATATACATACATATACACACATATGCATGAACTTGC  950
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTAG-ATATATATACATACATATACACACATATGCATGAACTTGC  949

seq1  TGACCAGCATTGGTTTTCCACATTATCCATTTCTAGAGAAGCTGGGCATC  1000
      ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  TGACCAGCATTGGTTT--CACATTATCCATTTCTAGAG-AGCT-GGCATC  995

seq1  TCGGTTTTATGAGAACTTATTCAGTATTGT-GTAAGACATATATATATAT  1049
      || | ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| |  |||     
seq2  TC-GATTTATGAGAACTTATTCAG-ATTGTGGTAGGACGTTAATA-----  1038

seq1  ATATATATATATATAGA-GAACTTATTCAGT  1079
      ||||||||||| ||||| || ||||||||||
seq2  ATATATATATA-ATAGAGGACCTTATTCAGT  1068


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |