BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117J21
Chromosome6 (Build37)
Map Location 53,377,212 - 53,513,853
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700094M24Rik, EG545841, Hibadh, Tax1bp1, Jazf1, LOC666259, LOC666516, D430007I03
Downstream geneCreb5, LOC384386, 1200009O22Rik, Cpvl, LOC666305, Chn2, LOC100042056, Prr15, EG640926, Wipf3, Scrn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117J21.bB6Ng01-117J21.g
ACCDH922312DH922313
length1,131455
definitionDH922312|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117J21, 5' end.DH922313|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117J21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,377,212 - 53,378,354)(53,513,393 - 53,513,853)
sequence
gaattccataacattctgtttagtaaacactcactcaggtccaagcactt
taataagcgcatgcttgtttgtactgatttgaaataattaattaaaaaaa
ataacagaagcaccagaagactagcatgattgcactctctactgcagctc
ctctctctgctatgtgcaatgtctcagaaagccttagattcagagtggac
acctgcaccctcatcttctttcccacaattactcttgtacgtggttgcta
ttaatcggaacaaccaccagcaatctggcctcctacacatgcgctatcac
ctaaagacatgttgtgtgaggtaatggtgaaacaccgtcaacccatgttt
gcacagtgtctaacagatgtcctgtcctgctgtgtgttcctcaaacgtca
actcgtgccatccctgtgagatccgtatcatctctgggagatctagacat
acagtttgaaaactgtaacctcaatattatatgagaattattagatccat
cattaaaatctatccaatttcagagaagtgggaaattctgatttcaattt
aacattgaagcttttttcgtgagagtccattttggtgttcagcatctatc
cacatgacgcctcctttctcctcttagaaaatctggcgtttaggtccaaa
cagtgttcttccccacctttggaaatacacacagcctgcctttgctccag
gaccccttgttaatgatcacattagctcagaaggctggtgaacagtgtcc
ttcactctctggcctttcagcattctgtttcatcgtttggcagctatggc
aaggctgcaccctgaggagagagacctgctacagactgcaggtacaggga
aaggccccaacacagaggttgcctaccccaccccctcacttcagtagctc
ccttcagcccttagctgtttgtgagctactgagtaggcacatcacatgaa
ctaagacccggaacacatcagccacttggctgctttcactgcctgtccct
gtgctactgtggtggtataccttggcctttggctgctttgtaagaatgct
catgacatcaccaagcttcagaccaagatatttagcctttttaatctttc
tttattttgatggtggatggagttcttgctc
actccgggctgttacatgtgaattctccagtttctgttacattaacagag
gcgtgtggtgttacccgatagctctcggcttggcaaacctcagcaaaatc
cagattcttctgtttctgtctcggtctcccatttcattacactcacctga
caccttccggttcttggctaacttcaagtcacctcacaaaaggctttagt
tggtaaaggtggttttgccctattgtacctgttatgaactcacagaaacc
caagccggatgtccacacgaaggtatttgaggcagcagggcaggaaagcc
tggtgtgagcatgtgtgtggtttttctgtttgcttgttttgctatgtgct
tgtatatgagtgtgtatgtgtgtgcacacatgtgtgatgtgtgcgtatgt
atgtatgtgtgtttgcgtgtgttttgtgaaggtatgttcatggaaggtgg
atgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_53377212_53378354
seq2: B6Ng01-117J21.b_48_1178

seq1  GAATTCCATAACATTCTGTTTAGTAAACACTCACTCAGGTCCAAGCACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAACATTCTGTTTAGTAAACACTCACTCAGGTCCAAGCACTT  50

seq1  TAATAAGCGCATGCTTGTTTGTACTGATTTGAAATAATTAATTAAAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAGCGCATGCTTGTTTGTACTGATTTGAAATAATTAATTAAAAAAA  100

seq1  ATAACAGAAGCACCAGAAGACTAGCATGATTGCACTCTCTACTGCAGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAGAAGCACCAGAAGACTAGCATGATTGCACTCTCTACTGCAGCTC  150

seq1  CTCTCTCTGCTATGTGCAATGTCTCAGAAAGCCTTAGATTCAGAGTGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTGCTATGTGCAATGTCTCAGAAAGCCTTAGATTCAGAGTGGAC  200

seq1  ACCTGCACCCTCATCTTCTTTCCCACAATTACTCTTGTACGTGGTTGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCACCCTCATCTTCTTTCCCACAATTACTCTTGTACGTGGTTGCTA  250

seq1  TTAATCGGAACAACCACCAGCAATCTGGCCTCCTACACATGCGCTATCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCGGAACAACCACCAGCAATCTGGCCTCCTACACATGCGCTATCAC  300

seq1  CTAAAGACATGTTGTGTGAGGTAATGGTGAAACACCGTCAACCCATGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGACATGTTGTGTGAGGTAATGGTGAAACACCGTCAACCCATGTTT  350

seq1  GCACAGTGTCTAACAGATGTCCTGTCCTGCTGTGTGTTCCTCAAACGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTGTCTAACAGATGTCCTGTCCTGCTGTGTGTTCCTCAAACGTCA  400

seq1  ACTCGTGCCATCCCTGTGAGATCCGTATCATCTCTGGGAGATCTAGACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGTGCCATCCCTGTGAGATCCGTATCATCTCTGGGAGATCTAGACAT  450

seq1  ACAGTTTGAAAACTGTAACCTCAATATTATATGAGAATTATTAGATCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTTGAAAACTGTAACCTCAATATTATATGAGAATTATTAGATCCAT  500

seq1  CATTAAAATCTATCCAATTTCAGAGAAGTGGGAAATTCTGATTTCAATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAATCTATCCAATTTCAGAGAAGTGGGAAATTCTGATTTCAATTT  550

seq1  AACATTGAAGCTTTTTTCGTGAGAGTCCATTTTGGTGTTCAGCATCTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTGAAGCTTTTTTCGTGAGAGTCCATTTTGGTGTTCAGCATCTATC  600

seq1  CACATGACGCCTCCTTTCTCCTCTTAGAAAATCTGGCGTTTAGGTCCAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGACGCCTCCTTTCTCCTCTTAGAAAATCTGGCGTTTAGGTCCAAA  650

seq1  CAGTGTTCTTCCCCACCTTTGGAAATACACACAGCCTGCCTTTGCTCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTCTTCCCCACCTTTGGAAATACACACAGCCTGCCTTTGCTCCAG  700

seq1  GACCCCTTGTTAATGATCACATTAGCTCAGAAGGCTGGTGAACAGTGTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCTTGTTAATGATCACATTAGCTCAGAAGGCTGGTGAACAGTGTCC  750

seq1  TTCACTCTCTGGCCTTTCAGCATTCTGTTTCATCGTTTGGCAGCTATGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTCTCTGGCCTTTCAGCATTCTGTTTCATCGTTTGGCAGCTATGGC  800

seq1  AAGGCTGCACCCTGAGGAGAGAGACCTGCTACAGACTGCAGGTACAGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTGCACCCTGAGGAGAGAGACCTGCTACAGACTGCAGGTACAGGGA  850

seq1  AAGGCCCCAACACAGAGGTTGCCTACCCCACCCCCTCACTTCAGTAGCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCCCAACACAGAGGTTGCCTACCCCACCCCCTCACTTCAGTAGCTC  900

seq1  CCTTCAGCCCTTAGCTGTTTGTGAGCTACTGAGTAGGCACATCACATGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGCCCTTAGCTGTTTGTGAGCTACTGAGTAGGCACATCACATGAA  950

seq1  CTAAGACCCCGGAACACATCAGCCACTTGGCTGCTTTCACTGCCTGTCCC  1000
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTAAGA-CCCGGAACACATCAGCCACTTGGCTGCTTTCACTGCCTGT-CC  998

seq1  CTGTTGCTACTGTGGTTGGTTAATACCTTGGCCTTTGGCTGCTTTGTTAA  1050
      ||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||  |
seq2  CTG-TGCTACTGTGG-TGGT--ATACCTTGGCCTTTGGCTGCTTTGT--A  1042

seq1  AGATGCCTCATGACATCACCAAGCTTCAGGACCAAAGATATTTTAGCCTT  1100
      |||   |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||
seq2  AGAATGCTCATGACATCACCAAGCTTCA-GACC-AAGATA-TTTAGCCTT  1089

seq1  TTTAAAATCTTTCTTTATTTTGATGGT-GATGGAGTTCTTGCTC  1143
      |||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTT--AATCTTTCTTTATTTTGATGGTGGATGGAGTTCTTGCTC  1131

seq1: chr6_53513393_53513853
seq2: B6Ng01-117J21.g_65_525 (reverse)

seq1  TACATCCACCTTCCATGAACATACCTTCACAAAACACACGCAAACACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCCACCTTCCATGAACATACCTTCACAAAACACACGCAAACACACA  50

seq1  TACATACATACGCACACATCACACATGTGTGCACACACATACACACTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACATACGCACACATCACACATGTGTGCACACACATACACACTCAT  100

seq1  ATACAAGCACATAGCAAAACAAGCAAACAGAAAAACCACACACATGCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAGCACATAGCAAAACAAGCAAACAGAAAAACCACACACATGCTCA  150

seq1  CACCAGGCTTTCCTGCCCTGCTGCCTCAAATACCTTCGTGTGGACATCCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGGCTTTCCTGCCCTGCTGCCTCAAATACCTTCGTGTGGACATCCG  200

seq1  GCTTGGGTTTCTGTGAGTTCATAACAGGTACAATAGGGCAAAACCACCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGGTTTCTGTGAGTTCATAACAGGTACAATAGGGCAAAACCACCTT  250

seq1  TACCAACTAAAGCCTTTTGTGAGGTGACTTGAAGTTAGCCAAGAACCGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAACTAAAGCCTTTTGTGAGGTGACTTGAAGTTAGCCAAGAACCGGA  300

seq1  AGGTGTCAGGTGAGTGTAATGAAATGGGAGACCGAGACAGAAACAGAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTCAGGTGAGTGTAATGAAATGGGAGACCGAGACAGAAACAGAAGA  350

seq1  ATCTGGATTTTGCTGAGGTTTGCCAAGCCGAGAGCTATCGGGTAACACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGATTTTGCTGAGGTTTGCCAAGCCGAGAGCTATCGGGTAACACCA  400

seq1  CACGCCTCTGTTAATGTAACAGAAACTGGAGAATTCACATGTAACAGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCCTCTGTTAATGTAACAGAAACTGGAGAATTCACATGTAACAGCCC  450

seq1  GGAGTGAATTC  461
      |||||||||||
seq2  GGAGTGAATTC  461