BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-120M12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 107,740,227 - 107,916,678
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCrbn, Ppia-ps6_1128.1, Lrrn1
Downstream geneSetmar, Sumf1, LOC100043718, Itpr1, LOC677205, Bhlhb2, Arl8b, Edem1, EG627371
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-120M12.bB6Ng01-120M12.g
ACCDH924633DH924634
length1,1141,135
definitionDH924633|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120M12, 5' end.DH924634|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120M12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,915,558 - 107,916,678)(107,740,227 - 107,741,386)
sequence
gaattccaaacaggagaatgggattaacatcaaatataattaggcccaga
gctatccacaatgtcagctcaggagagggtctccaaacaccctagtctat
ctgagcccttccaactaaattttctgacaatccctgaaactctattttta
ttggtattgccattttttaatatttgtatgtatgatcccatgcttcatct
tgctcttccatattggagttggttctacctgggcagggctttgtctaatt
tctgttgtttattccttgtgtctggagtttggtacctaaatctttcagtg
aagaagtgaatgaacagctgaggcaatacggagtgaaagtcaggactttt
gaggacatttgagctgtgttttgatgctgacttgaaaacataggtgcata
ctaacttcagttaatgaatgtccctcacctactttagaaagccatctgcc
tttgggagcgagattttggagcacagaatacagagcagccagagatgaag
aggttgcttcacccacaggactatttgtcttgtcggccagtttcccaggt
ttaatcttcttgaattactaccagagaccaaatatcacattgttcgatga
aaagcatattattacaaatatatattgtttagaatggttgcactatggta
ttcatgccctcattttgctcttcataataactctgtgatgaagttagagg
ttgtatcataaacaaatgaggtatttgtgtcatataggctatacaattca
cctaagtcatgtcctaaacaggtagctgtgtgagacttaatttgggcttt
ccaactttgatttaagatttatcccaccaataataagtgtatatattatt
taggaacaaaggatccatagtaggtaaatgagagacatcagtataagttg
tatataataggttgagacagaatttgagaagtgggcattatttttttctg
cattgagaaattatattacacagtgatttagaatacccttccctagttac
tgactcaattctttctcctacgtttgctgtgtagttcttaactcccaaat
ctctcttctaataagtaaatctctcctctataaaactagttcctctaata
cttcactgaattga
gaattccatgacttcaagaatatataaatactaaaagaaagaagttgttt
agacagaacaaatgcagcttgtatgggcaagatgtctgaggaaagataag
gtatctatgaatacggcttagtggtagagggcttgcttagcacgtatgag
gccctggattcaattcccagtactgaaaaaaaaaaatcaaaacaaaagaa
catgatagaaaaatcactttcaattggtaacaacagaaaagtcattattg
aaaagttggtgtgttaatcaggccttcaagatcagtaagctcagagaagg
gagggcagtctcatttcactcaacataacattagcctttcggtcaaaaat
aatgcaggtctccttttttaaaggtggttaggagctgaagagatggttca
ggaataaagatcacttgctgctcttgtagaagattcaagttcatttccca
aaacccctagtatgcatctcaacttcccctgtacttccagcgctaagaga
catgtcacaattgtcacatacacaaatgtctgatgttcacacagtaacat
acatataaaaataataaaaagaaatcttttaaaaatcaatagctcccctc
ttgtaaccctgcagtgtctccatttagacagtggaggctgcattatcatg
gcaatggcagtcagcctgcactcccagttattgtcaagggtctgctaata
acagactatctatagccagatagtagatagccaagaaggcaactgctctt
cttggtcctataatgtcatcgctttacttgctggcaccaattagcacagg
gtgaatagagaagtagcttcagagagaaacccagatataagctgtgtcca
aaccaggacatgcacttaaccactgtgctagttactttccttgcgctctg
acacatccctgataagcagcttaaggggttatccggctccagtaacaggc
atgacaccatggtgggaaaatgtagcggagcttgaatagttgtcttgttc
tgtcatactcaaaagcagaatgaaatgcagtatggcccgcattgcttttc
ctctcagttaggaccgcattcagacgggaatggtggagtccaggttaagg
tgtctctttcacctcggacctaatctgaaagctcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_107915558_107916678
seq2: B6Ng01-120M12.b_45_1158 (reverse)

seq1  TCAAATCAGTGAAAAGTAATTAGGAGAAACTAGTTTATTAGAGAGAGA-A  49
      |||| ||||||  |||| |||| ||| |||||||||  ||||| |||| |
seq2  TCAATTCAGTG--AAGT-ATTA-GAGGAACTAGTTTTATAGAG-GAGAGA  45

seq1  TTTAATTATTAGAAGAGAGATTTGGGAGTTAAGAACTACACAGCAAACGT  99
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTATTAGAAGAGAGATTTGGGAGTTAAGAACTACACAGCAAACGT  95

seq1  AGGAGAAAGAATTGGAGTCAGTAACTAGGGAAGGGTATTCTTAAATCACT  149
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGGAGAAAGAATT-GAGTCAGTAACTAGGGAAGGGTATTC-TAAATCACT  143

seq1  GTGTAATATAATTTCTCAATGCAGAAAAAAAATAATGCCCACCTTCTCAA  199
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTGTAATATAATTTCTCAATGCAG-AAAAAAATAATGCCCA-CTTCTCAA  191

seq1  ATTCTGTCTCAACCTATTATATACAACTTATACTGATGTCTCTCATTTAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTCTCAACCTATTATATACAACTTATACTGATGTCTCTCATTTAC  241

seq1  CTACTATGGATCCTTTGTTCCTAAATAATATATACACTTATTATTGGTGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTATGGATCCTTTGTTCCTAAATAATATATACACTTATTATTGGTGG  291

seq1  GATAAATCTTAAATCAAAGTTGGAAAGCCCAAATTAAGTCTCACACAGCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATCTTAAATCAAAGTTGGAAAGCCCAAATTAAGTCTCACACAGCT  341

seq1  ACCTGTTTAGGACATGACTTAGGTGAATTGTATAGCCTATATGACACAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTTTAGGACATGACTTAGGTGAATTGTATAGCCTATATGACACAAA  391

seq1  TACCTCATTTGTTTATGATACAACCTCTAACTTCATCACAGAGTTATTAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCATTTGTTTATGATACAACCTCTAACTTCATCACAGAGTTATTAT  441

seq1  GAAGAGC-AAATGAGGGCATGAATACCATAGTGCAACCATTCTAAACAAT  498
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCAAAATGAGGGCATGAATACCATAGTGCAACCATTCTAAACAAT  491

seq1  ATATATTTGTAATAATATGCTTTTCATCGAACAATGTGATATTTGGTCTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTTGTAATAATATGCTTTTCATCGAACAATGTGATATTTGGTCTC  541

seq1  TGGTAGTAATTCAAGAAGATTAAACCTGGGAAACTGGCCGACAAGACAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGTAATTCAAGAAGATTAAACCTGGGAAACTGGCCGACAAGACAAA  591

seq1  TAGTCCTGTGGGTGAAGCAACCTCTTCATCTCTGGCTGCTCTGTATTCTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCTGTGGGTGAAGCAACCTCTTCATCTCTGGCTGCTCTGTATTCTG  641

seq1  TGCTCCAAAATCTCGCTCCCAAAGGCAGATGGCTTTCTAAAGTAGGTGAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCAAAATCTCGCTCCCAAAGGCAGATGGCTTTCTAAAGTAGGTGAG  691

seq1  GGACATTCATTAACTGAAGTTAGTATGCACCTATGTTTTCAAGTCAGCAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATTCATTAACTGAAGTTAGTATGCACCTATGTTTTCAAGTCAGCAT  741

seq1  CAAAACACAGCTCAAATGTCCTCAAAAGTCCTGACTTTCACTCCGTATTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACACAGCTCAAATGTCCTCAAAAGTCCTGACTTTCACTCCGTATTG  791

seq1  CCTCAGCTGTTCATTCACTTCTTCACTGAAAGATTTAGGTACCAAACTCC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCTGTTCATTCACTTCTTCACTGAAAGATTTAGGTACCAAACTCC  841

seq1  AGACACAAGGAATAAACAACAGAAATTAGACAAAGCCCTGCCCAGGTAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACAAGGAATAAACAACAGAAATTAGACAAAGCCCTGCCCAGGTAGA  891

seq1  ACCAACTCCAATATGGAAGAGCAAGATGAAGCATGGGATCATACATACAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACTCCAATATGGAAGAGCAAGATGAAGCATGGGATCATACATACAA  941

seq1  ATATTAAAAAATGGCAATACCAATAAAAATAGAGTTTCAGGGATTGTCAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAAAAAATGGCAATACCAATAAAAATAGAGTTTCAGGGATTGTCAG  991

seq1  AAAATTTAGTTGGAAGGGCTCAGATAGACTAGGGTGTTTGGAGACCCTCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTAGTTGGAAGGGCTCAGATAGACTAGGGTGTTTGGAGACCCTCT  1041

seq1  CCTGAGCTGACATTGTGGATAGCTCTGGGCCTAATTATATTTGATGTTAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGCTGACATTGTGGATAGCTCTGGGCCTAATTATATTTGATGTTAA  1091

seq1  TCCCATTCTCCTGTTTGGAATTC  1121
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTCTCCTGTTTGGAATTC  1114

seq1: chr6_107740227_107741386
seq2: B6Ng01-120M12.g_67_1201

seq1  GAATTCCATGACTTCAAGAATATATAAATACTAAAAGAAAGAAGTTGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGACTTCAAGAATATATAAATACTAAAAGAAAGAAGTTGTTT  50

seq1  AGACAGAACAAATGCAGCTTGTATGGGCAAGATGTCTGAGGAAAGATAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAACAAATGCAGCTTGTATGGGCAAGATGTCTGAGGAAAGATAAG  100

seq1  GTATCTATGAATACGGCTTAGTGGTAGAGGGCTTGCTTAGCACGTATGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTATGAATACGGCTTAGTGGTAGAGGGCTTGCTTAGCACGTATGAG  150

seq1  GCCCTGGATTCAATTCCCAGTACTGAAAAAAAAAAATCAAAACAAAAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGATTCAATTCCCAGTACTGAAAAAAAAAAATCAAAACAAAAGAA  200

seq1  CATGATAGAAAAATCACTTTCAATTGGTAACAACAGAAAAGTCATTATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATAGAAAAATCACTTTCAATTGGTAACAACAGAAAAGTCATTATTG  250

seq1  AAAAGTTGGTGTGTTAATCAGGCCTTCAAGATCAGTAAGCTCAGAGAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTGGTGTGTTAATCAGGCCTTCAAGATCAGTAAGCTCAGAGAAGG  300

seq1  GAGGGCAGTCTCATTTCACTCAACATAACATTAGCCTTTCGGTCAAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCAGTCTCATTTCACTCAACATAACATTAGCCTTTCGGTCAAAAAT  350

seq1  AATGCAGGTCTCCTTTTTTAAAGGTGGTTAGGAGCTGAAGAGATGGTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAGGTCTCCTTTTTTAAAGGTGGTTAGGAGCTGAAGAGATGGTTCA  400

seq1  GGAATAAAGATCACTTGCTGCTCTTGTAGAAGATTCAAGTTCATTTCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAAAGATCACTTGCTGCTCTTGTAGAAGATTCAAGTTCATTTCCCA  450

seq1  AAACCCCTAGTATGCATCTCAACTTCCCCTGTACTTCCAGCGCTAAGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCCTAGTATGCATCTCAACTTCCCCTGTACTTCCAGCGCTAAGAGA  500

seq1  CATGTCACAATTGTCACATACACAAATGTCTGATGTTCACACAGTAACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCACAATTGTCACATACACAAATGTCTGATGTTCACACAGTAACAT  550

seq1  ACATATAAAAATAATAAAAAGAAATCTTTTAAAAATCAATAGCTCCCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATAAAAATAATAAAAAGAAATCTTTTAAAAATCAATAGCTCCCCTC  600

seq1  TTGTAACCCTGCAGTGTCTCCATTTAGACAGTGGAGGCTGCATTATCATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAACCCTGCAGTGTCTCCATTTAGACAGTGGAGGCTGCATTATCATG  650

seq1  GCAATGGCAGTCAGCCTGCACTCCCAGTTATTGTCAAGGGTCTGCTAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGGCAGTCAGCCTGCACTCCCAGTTATTGTCAAGGGTCTGCTAATA  700

seq1  ACAGACTATCTATAGCCAGATAGTAGATAGCCAAGAAGGCAACTGCTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTATCTATAGCCAGATAGTAGATAGCCAAGAAGGCAACTGCTCTT  750

seq1  CTTGGTCCTATAATGTCATCGCTTTACTTGCTGGCACCAATTAGCACAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTCCTATAATGTCATCGCTTTACTTGCTGGCACCAATTAGCACAGG  800

seq1  GTGAATAGAGAAGTAGCTTCAGAGAGAAACCCAGATATAAGCTGTGTCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATAGAGAAGTAGCTTCAGAGAGAAACCCAGATATAAGCTGTGTCCA  850

seq1  AACCAGGACATGCACTTAACCACTGTGCTAGTTACTTTCCTTGCCGCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AACCAGGACATGCACTTAACCACTGTGCTAGTTACTTTCCTTG-CGCTCT  899

seq1  GACAACATCCCTGATAAAGCAGCTTAAGGGGTTATTCCGGCTCCCAGTTA  950
      ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||
seq2  GAC-ACATCCCTGAT-AAGCAGCTTAAGGGGTTA-TCCGGCT-CCAG-TA  944

seq1  ACAGGGCATGGAACACCATGGTGGGAAAAATGGTAGCGGAGCTTGAATAG  1000
      ||| ||||||  |||||||||||||||||   ||||||||||||||||| 
seq2  ACA-GGCATG--ACACCATGGTGGGAAAA--TGTAGCGGAGCTTGAATA-  988

seq1  GTTGTTCTGTTCTGTCCATACTCAAAAAGCAGAAATGAAATGCAAGTAT-  1049
      |||||  |||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| ||||| 
seq2  GTTGTCTTGTTCTGT-CATACTC-AAAAGCAG-AATGAAATGC-AGTATG  1034

seq1  GCCCGCATTGCTTTTTCCTTCTCAGTCAGGACCGCATTCCAGACCGTGGA  1099
      |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||| |||||   |||
seq2  GCCCGCATTGCTTTT--CCTCTCAGTTAGGACCGCATT-CAGAC--GGGA  1079

seq1  ATGGTGGGGTCCACAGTTAGTGTGTCTCTTTCCACCTCCGTGAACCTAAT  1149
      ||||||| |||||  ||||  |||||||||| ||||||   | |||||||
seq2  ATGGTGGAGTCCA-GGTTAAGGTGTCTCTTT-CACCTC---GGACCTAAT  1124

seq1  CTTGAAACTCC  1160
      ||  || ||||
seq2  CTGAAAGCTCC  1135