BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-130C19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 99,153,191 - 99,334,729
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGm765, LOC666019, LOC665963, LOC665979, Foxp1
Downstream geneEif4e3, Gpr27, Prok2, LOC384466, LOC626503, LOC100043703, Rybp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-130C19.bB6Ng01-130C19.g
ACCDH931557DH931558
length1,0981,078
definitionDH931557|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-130C19, 5' end.DH931558|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-130C19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,153,191 - 99,154,304)(99,333,644 - 99,334,729)
sequence
gaattcttttggactcagaaccttccactccctccgctttaccacaggca
ctggtggccgagctcgtaagatgaaaactttggcgctagcagagctcatt
ttggtatgtgtatagggattctgtgctgccgagggcttccccttgatgag
gctacagtgggcgtacactgatcgtccccagccaaaagatgtgcaagccg
agaaagattggaaaagataattctcagcccttgagttccaggctagctga
gatgttggggtgggggccggcaggcaccagagattactcttggacgggag
acatattcaaatctgcttgagaagggcgtggtcaattgtgaagcaaactg
ctcacttcactctgtctgaactaatgaataaatacagcctagcatctcac
aagccaaagaacaaaaccttctaatcacagacattttttaactgaaaact
atagcacacacaaacacaatgttaccaaacatatttattatgattaatag
cctgtaatatccctcaccgaggcttaatttgctcttgttttcaattatga
atctgcagcccccttctcaggtgggggtgaatttcttgtcctcacgactc
tctactttgcacttgcacagagcaaagtgccaggggtgacacacagcaaa
cttgctccctgctttcaacagaccacaagattagtgaggggaaaaaaaac
aaaaacaaaaacaaaaaaacctagaagaaaaagaattgatgctatcccgg
gatttaaaacaattcaaccaaaggaaaaaggaaaaagttatatgccagtt
actcaaggacatccttacattaaaatttaagaaagttaacagaaaaaaac
aaaacaaaacaaaaaaaaaaaacgatttcatgttttaaaaaaaaaaaaag
tccactaagagagttggaaaccttaactgcgctctcggtctccaaggggc
tgggcagcagctggtaatgtcatgtacacaccggagctagaccgcatgca
ctatgagaccaaagagtcgtctccctaagcttccgcgctctttagttgca
taaaatcaactccactcaaaaagccgccaaatgcgtggcgttccatcc
gaattcagggactcatgcaaggtagacatgtgctctacctcccaggcaat
tccacttccgaactcccccaccctctattttctttttttttaaaataaag
atgtttaattatggtaatgtgcacacagcataaattgtcttcttaatcat
tctccgcatataagttcagtagtgcgatgtaaattcaagcacttgagttc
agaagtttatgttctgggcaaagagtttaaaccacagttcacccttccct
gttctctccctcctgttcctgagagctcttgctgtgccctgtgtctgtga
tatggctactctagctatcacatatatagagacttgcatggtggttgtct
ttctttgatagcctatttcactcaacatgtcctggcatgtgttggactcc
cttcctgttgaagattgactgacattccctgtgagctcttgtcgatgtct
catcggccgtcagtgggccctcagtcagtctttccacttttcagttcctg
tgtgtggccagcttctcccagagagtccctacttctgttcctttaaggtt
gtgggcagagatgcttttgctagatcctgaccagttgactttgaaatgct
cttgcaccgctttctttgctggggaagtagactctcccctgcccctttga
cccacccttcccaccctttcctgaaggtttgcacatcccagctgcctgat
gctcttcccagggggcaagccaagcacttgcatctttgctctctgaatag
cagtcaggcagtcagtcacaacctccttggccacttgggctgtggcctgg
tgaagttaggtctctggtatctctcagtcatgtaggcagccccagcactg
tcagttttaaagagagaggaaagatctcctatcatgggatggcaaacact
gttctttgctgtagtcttctgagagcttggagtcttctgcctcctcctag
cttggaaaaacattgctgcctggttcttcatgctgccctgtaatctctct
accagtctgccagtgggggtgcaaaggcctgggtggcatgctcgcttgca
gtttcctgtaacacctgctttgcaccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_99153191_99154304
seq2: B6Ng01-130C19.b_47_1144

seq1  GAATTCTTTTGGACTCAGAACCTTCCACTCCCTCCGCTTTACCACAGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGGACTCAGAACCTTCCACTCCCTCCGCTTTACCACAGGCA  50

seq1  CTGGTGGCCGAGCTCGTAAGATGAAAACTTTGGCGCTAGCAGAGCTCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGGCCGAGCTCGTAAGATGAAAACTTTGGCGCTAGCAGAGCTCATT  100

seq1  TTGGTATGTGTATAGGGATTCTGTGCTGCCGAGGGCTTCCCCTTGATGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTATGTGTATAGGGATTCTGTGCTGCCGAGGGCTTCCCCTTGATGAG  150

seq1  GCTACAGTGGGCGTACACTGATCGTCCCCAGCCAAAAGATGTGCAAGCCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAGTGGGCGTACACTGATCGTCCCCAGCCAAAAGATGTGCAAGCCG  200

seq1  AGAAAGATTGGAAAAGATAATTCTCAGCCCTTGAGTTCCAGGCTAGCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGATTGGAAAAGATAATTCTCAGCCCTTGAGTTCCAGGCTAGCTGA  250

seq1  GATGTTGGGGTGGGGGCCGGCAGGCACCAGAGATTACTCTTGGACGGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTGGGGTGGGGGCCGGCAGGCACCAGAGATTACTCTTGGACGGGAG  300

seq1  ACATATTCAAATCTGCTTGAGAAGGGCGTGGTCAATTGTGAAGCAAACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTCAAATCTGCTTGAGAAGGGCGTGGTCAATTGTGAAGCAAACTG  350

seq1  CTCACTTCACTCTGTCTGAACTAATGAATAAATACAGCCTAGCATCTCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTCACTCTGTCTGAACTAATGAATAAATACAGCCTAGCATCTCAC  400

seq1  AAGCCAAAGAACAAAACCTTCTAATCACAGACATTTTTTAACTGAAAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAAAGAACAAAACCTTCTAATCACAGACATTTTTTAACTGAAAACT  450

seq1  ATAGCACACACAAACACAATGTTACCAAACATATTTATTATGATTAATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCACACACAAACACAATGTTACCAAACATATTTATTATGATTAATAG  500

seq1  CCTGTAATATCCCTCACCGAGGCTTAATTTGCTCTTGTTTTCAATTATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAATATCCCTCACCGAGGCTTAATTTGCTCTTGTTTTCAATTATGA  550

seq1  ATCTGCAGCCCCCTTCTCAGGTGGGGGTGAATTTCTTGTCCTCACGACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCAGCCCCCTTCTCAGGTGGGGGTGAATTTCTTGTCCTCACGACTC  600

seq1  TCTACTTTGCACTTGCACAGAGCAAAGTGCCAGGGGTGACACACAGCAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTTGCACTTGCACAGAGCAAAGTGCCAGGGGTGACACACAGCAAA  650

seq1  CTTGCTCCCTGCTTTCAACAGACCACAAGATTAGTGAGGGGAAAAAAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTCCCTGCTTTCAACAGACCACAAGATTAGTGAGGGGAAAAAAAAC  700

seq1  AAAAACAAAAACAAAAAAACCTAGAAGAAAAAGAATTGATGCTATCCCGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAAAAACAAAAAAACCTAGAAGAAAAAGAATTGATGCTATCCCGG  750

seq1  GATTTAAAACAATTCAACCAAAGGAAAAAGGAAAAAGTTATATGCCAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAAAACAATTCAACCAAAGGAAAAAGGAAAAAGTTATATGCCAGTT  800

seq1  ACTCAAGGACATCCTTACATTAAAATTTAAGAAAGTTAACAGAAAAAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAGGACATCCTTACATTAAAATTTAAGAAAGTTAACAGAAAAAAAC  850

seq1  AAAACAAAACAAAAAAAAAAAAACGATTTCATGTTTTAAAAAAAAAAAAA  900
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  AAAACAAAAC-AAAAAAAAAAAACGATTTCATGTTTT--AAAAAAAAAAA  897

seq1  AAGTCCACTAAGAGAGTGGGAAACCTTAACTGCGCTCTCCGGTCTCCAAG  950
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAGTCCACTAAGAGAGTTGGAAACCTTAACTGCGCTCT-CGGTCTCCAAG  946

seq1  GGGCTGGGCAGCAGCTGGTAATGTCATGTACACACCGGAGCTAGACCGGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGGCTGGGCAGCAGCTGGTAATGTCATGTACACACCGGAGCTAGACC-GC  995

seq1  ATGCACTATGAGGACCAAAAGAGTCCGTCCTCCCTAAGCTTCCGCGGCTT  1050
      ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||   |
seq2  ATGCACTATGA-GACC-AAAGAGT-CGT-CTCCCTAAGCTTCCGCG--CT  1039

seq1  CTTTAAGTTGCATAAAAATCAACTCCACTCCATAAAAGCCGCCACAGTGC  1100
      |||| |||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||| | |||
seq2  CTTT-AGTTGCAT-AAAATCAACTCCACTC--AAAAAGCCGCCA-AATGC  1084

seq1  GT-GCGTTCCCATCC  1114
      || ||||| ||||||
seq2  GTGGCGTT-CCATCC  1098

seq1: chr6_99333644_99334729
seq2: B6Ng01-130C19.g_69_1146 (reverse)

seq1  CTGGTGCAGAAGCAGCGTGTTTACAGGGAAACTGC-AGCGAGCATGCCAC  49
      |||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTGGTGCA-AAGCAG-GTG-TTACA-GGAAACTGCAAGCGAGCATGCCAC  46

seq1  CCAGGCCTCTGCACCCCCACTGGCAGACTGGTAGAGAGATTACAGGGCAG  99
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCCTTTGCACCCCCACTGGCAGACTGGTAGAGAGATTACAGGGCAG  96

seq1  CATGGAAGAACCAGGCAGCAATGTTTTTCCAAGGCTAGGAGGAGGCAGAA  149
      ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAT-GAAGAACCAGGCAGCAATGTTTTTCCAA-GCTAGGAGGAGGCAGAA  144

seq1  GACTCCAGGCTCTCAGAAGGGCTACAGCAAAGAACAGTGGTTTGCCATTC  199
      ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  GACTCCAAGCTCTCAGAA-GACTACAGCAAAGAACAGT-GTTTGCCA-TC  191

seq1  CCATGATAGGAGATCTTTCCTCTCTCTTTAAAACTGACAGTGCTGGGGCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATAGGAGATCTTTCCTCTCTCTTTAAAACTGACAGTGCTGGGGCT  241

seq1  GCCTACATGACTGAGAGATACCAGAGACCTAACTTCACCAGGCCACAGCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACATGACTGAGAGATACCAGAGACCTAACTTCACCAGGCCACAGCC  291

seq1  CAAGTGGCCAAGGAGGTTGTGACTGACTGCCTGACTGCTATTCAGAGAGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGGCCAAGGAGGTTGTGACTGACTGCCTGACTGCTATTCAGAGAGC  341

seq1  AAAGATGCAAGTGCTTGGCTTGCCCCCTGGGAAGAGCATCAGGCAGCTGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGCAAGTGCTTGGCTTGCCCCCTGGGAAGAGCATCAGGCAGCTGG  391

seq1  GATGTGCAAACCTTCAGGAAAGGGTGGGAAGGGTGGGTCAAAGGGGCAGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGCAAACCTTCAGGAAAGGGTGGGAAGGGTGGGTCAAAGGGGCAGG  441

seq1  GGAGAGTCTACTTCCCCAGCAAAGAAAGCGGTGCAAGAGCATTTCAAAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGTCTACTTCCCCAGCAAAGAAAGCGGTGCAAGAGCATTTCAAAGT  491

seq1  CAACTGGTCAGGATCTAGCAAAAGCATCTCTGCCCACAACCTTAAAGGAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGGTCAGGATCTAGCAAAAGCATCTCTGCCCACAACCTTAAAGGAA  541

seq1  CAGAAGTAGGGACTCTCTGGGAGAAGCTGGCCACACACAGGAACTGAAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTAGGGACTCTCTGGGAGAAGCTGGCCACACACAGGAACTGAAAA  591

seq1  GTGGAAAGACTGACTGAGGGCCCACTGACGGCCGATGAGACATCGACAAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAAGACTGACTGAGGGCCCACTGACGGCCGATGAGACATCGACAAG  641

seq1  AGCTCACAGGGAATGTCAGTCAATCTTCAACAGGAAGGGAGTCCAACACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCACAGGGAATGTCAGTCAATCTTCAACAGGAAGGGAGTCCAACACA  691

seq1  TGCCAGGACATGTTGAGTGAAATAGGCTATCAAAGAAAGACAACCACCAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGGACATGTTGAGTGAAATAGGCTATCAAAGAAAGACAACCACCAT  741

seq1  GCAAGTCTCTATATATGTGATAGCTAGAGTAGCCATATCACAGACACAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTCTCTATATATGTGATAGCTAGAGTAGCCATATCACAGACACAGG  791

seq1  GCACAGCAAGAGCTCTCAGGAACAGGAGGGAGAGAACAGGGAAGGGTGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGCAAGAGCTCTCAGGAACAGGAGGGAGAGAACAGGGAAGGGTGAA  841

seq1  CTGTGGTTTAAACTCTTTGCCCAGAACATAAACTTCTGAACTCAAGTGCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTTTAAACTCTTTGCCCAGAACATAAACTTCTGAACTCAAGTGCT  891

seq1  TGAATTTACATCGCACTACTGAACTTATATGCGGAGAATGATTAAGAAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTACATCGCACTACTGAACTTATATGCGGAGAATGATTAAGAAGA  941

seq1  CAATTTATGCTGTGTGCACATTACCATAATTAAACATCTTTATTTTAAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTATGCTGTGTGCACATTACCATAATTAAACATCTTTATTTTAAAA  991

seq1  AAAAAGAAAATAGAGGGTGGGGGAGTTCGGAAGTGGAATTGCCTGGGAGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAAATAGAGGGTGGGGGAGTTCGGAAGTGGAATTGCCTGGGAGG  1041

seq1  TAGAGCACATGTCTACCTTGCATGAGTCCCTGAATTC  1086
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCACATGTCTACCTTGCATGAGTCCCTGAATTC  1078