BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-133G04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 66,888,152 - 67,022,625
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGng12, LOC100042837, Gadd45a
Upstream gene4930544G11Rik, Ppia-ps6_651.1, LOC100041916, Tpm3-rs3, LOC627751, Mad2l1, V1rc15, LOC100041941, Aurkb-ps, V1rc14, LOC546901, V1rc12, LOC627833, V1rc11, V1rc10, LOC100042816, LOC546902, V1rc13, EG546903, LOC100042008, 4930597O21Rik
Downstream geneE230016M11Rik, EG667310, LOC667318, Serbp1, Il12rb2, LOC667324, EG667326, LOC672137, EG209589, LOC100042890, Il23r, Tacstd2, Igk, Igkv2-137, 4930515G16Rik, Igkv1-136, Igkv1-135, LOC723992, EG628006, Igkv14-134-1, Igkv17-134, EG628027, LOC384401, EG628042, EG243423, EG628056, EG628072, Igkv9-129, Igkv9-128, EG243433, Igkv14-126-1, LOC723993, EG628127, ENSMUSG00000050218, EG243431, EG628144, Igkv1-122, EG667435, EG434025, Igkv9-119, Igkv14-118-2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-133G04.bB6Ng01-133G04.g
ACCDH933945DH933946
length1,1681,157
definitionDH933945|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133G04, 5' end.DH933946|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133G04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,021,443 - 67,022,625)(66,888,152 - 66,889,343)
sequence
gaattctcctagtgcttttggcctagccacactgtgctctgggttgtttt
agttttttaaagatatgaaagtgcagtttctccagtgattggtgggcact
gtatacatcctcgtctttgcattcctgtagacagatacaaatgatgtgga
cagtaggtaggcacccagacattccttggatgagttacacgggaaagact
actaggctaattgcaagagcatgccaagctgagtgagctgggggcaagga
gctcatctcagtgctagctccagcacacactggcttggtgaccaggacaa
gtcactgaggagtactgtcgaccttcactggttggtacttacaaaaaaaa
ctccactataattcaatacccactctgatgctattgggggtacttatggc
cacagacttagtacccattctgaagtaggcttgttggatgtgactacccc
agtgacaagcttatcatgaagaacaccaaaaagctttggatatgacacaa
tgaatacactcaaaggttctgtgagaatgtccattatgattgttcttcgt
gtttatgtgtatgtggtgtataaatatatgtatgtttacatgtgtgtcag
cacggttatgtggggggtccaaaggtgatgtcatgtgtcttccttcatcc
ttctttacctcattaattgagacagggtctctcacttgaacccagagctc
acccatttgtctagtctagctagccagctttcttctgggatcttatctgt
ttcctaagcactgggattataagagagccaccacgcccagcagacattgg
catcagtgctgaacattctttactctagtcctcaaacttgtacaaaagtg
tttcacctactgagtcatcccttagtcagcctctctctctctctctctct
ctctctctttctctctctctctcatcatatatatacaaacactctctgtt
acacagtttcaatcttgatttcctcagttcaggcaggtatatcagattct
tgataactatagcaacagcatgttggagtatttagttcttacatatatct
aggcagcttcatcttaatttatttcctgtggagcatgtacctgaccgggt
aattaggcctagggtttagagaactgtctcatgcttcttcctgcacacat
gctttgggagggttatcc
gaattcaaggaaactagagaagtgagctagaagaattacaaagctaaatc
ataaagacatccaaagttagttgtacttataaaggtagaagccattaatc
actttaaaaattccagcatgataggaatgatttaataaattaaggctttc
aaaatgaacaactttaaatgcatatagaaaacatgcacaatagttaaggc
ttaaaattttaaaaataatgcctatcacttaacaaatttttccctttaaa
atttttattgtatatgtatgagtgtttggcatgtatatatgtgtgtgtac
catgtgtgcatggtatctgcagaagtcagaagagggcatcagatctcctg
ggactggagatgtagatggtcataaaccaccatagggtacgggaatctaa
ccctggtcctccggaatgctcttaaccactgagccttccctctgaccccc
tactgaatgtttctgagcggcactgtgctaatagttctcatccttttaac
agctacatgcaaacagtattgttagttcccattttatactagagaaaact
gaggctcagagataattatccaggaacttactccttactaattaagaatc
cagctctccctttcctctgtccttacctagttgtgttgttgatgacataa
actgaagtcaacatcatataaaaatacatacatccatcaaaaattccagc
actgggacagtggaacacactaatattttaaaaaagattttctaatctaa
tgagtatgagccaatatgaatttatgggcaccacgttgcacgtggagtct
ggaagagggcattaggtctcctcgcactaagagttaaaggcagttataag
cctttgggtgcaggaaaccaaaatttcatcttttcaagaacgataggtgc
tcttaactgctgagtatctctccatcccttagtctataatagtatgtatg
ttcatagtatacaaacagaggactaatgtaggcccatgatatattcagcc
cataagccttgttgcagactatgacctgatttgacccaggacccatgatg
aaagaatgctgttcagcatgttctctggtttcattcatgagaacaggtat
ttaatgttttcgggtatggattgtgctactcacttaccatgcattggttg
aaacata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_67021443_67022625
seq2: B6Ng01-133G04.b_49_1216 (reverse)

seq1  GGATAACCCATTCCCAAAGCATGGGGTGACGAGAGTATGCATAGAGACAG  50
      |||||||||  ||||||||||| | ||| |  ||  | |||| |||||||
seq2  GGATAACCC--TCCCAAAGCAT-GTGTG-CAGGAAGAAGCAT-GAGACAG  45

seq1  TCTTCCTTACAACACTAGGCCTATTTAACCGTGTCAGGTACATGCCTCAC  100
        |||  || ||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||  |||
seq2  --TTCTCTA-AACCCTAGGCCTAATTACCCG-GTCAGGTACATGCTCCAC  91

seq1  AGGGAAATAATATAAGATGAAGCTGCCTTAGATATATGTAAGAACTAAAT  150
      | ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  A-GGAAATAAATTAAGATGAAGCTGCC-TAGATATATGTAAGAACTAAAT  139

seq1  ACTCCAACATGCTGTTGCTTATAAGTTTATCAAG-ATCTGATATACCTGC  199
      |||||||||||||||||| ||||   |||||||| |||||||||||||||
seq2  ACTCCAACATGCTGTTGC-TATA--GTTATCAAGAATCTGATATACCTGC  186

seq1  CTGGAACTGAGGAAATCAAGATTTGAAACTGTGTTACAGAGAGTGTTTGT  249
      || |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CT-GAACTGAGGAAATCAAGA-TTGAAACTGTGTAACAGAGAGTGTTTGT  234

seq1  ATATATATGAATGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  299
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATG-ATGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  283

seq1  GAGAGGCTGACTAAGGGATGACTCAGTAGGTGAAACACTTTTGTACAAGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCTGACTAAGGGATGACTCAGTAGGTGAAACACTTTTGTACAAGT  333

seq1  TTGAGGACTAGAGT-AAGAATGTTCAGCACTGATGCCAATGTCTGCTGGG  398
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGACTAGAGTAAAGAATGTTCAGCACTGATGCCAATGTCTGCTGGG  383

seq1  CGTGGTGGCTCTCTTATAATCCCAGTGCTTAGGAAACAGATAAGATCCCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGTGGCTCTCTTATAATCCCAGTGCTTAGGAAACAGATAAGATCCCA  433

seq1  GAAGAAAGCTGGCTAGCTAGACTAGACAAATGGGTGAGCTCTGGGTTCAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAGCTGGCTAGCTAGACTAGACAAATGGGTGAGCTCTGGGTTCAA  483

seq1  GTGAGAGACCCTGTCTCAATTAATGAGGTAAAGAAGGATGAAGGAAGACA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAGACCCTGTCTCAATTAATGAGGTAAAGAAGGATGAAGGAAGACA  533

seq1  CATGACATCACCTTTGGACCCCCCACATAACCGTGCTGACACACATGTAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACATCACCTTTGGACCCCCCACATAACCGTGCTGACACACATGTAA  583

seq1  ACATACATATATTTATACACCACATACACATAAACACGAAGAACAATCAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATATATTTATACACCACATACACATAAACACGAAGAACAATCAT  633

seq1  AATGGACATTCTCACAGAACCTTTGAGTGTATTCATTGTGTCATATCCAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGACATTCTCACAGAACCTTTGAGTGTATTCATTGTGTCATATCCAA  683

seq1  AGCTTTTTGGTGTTCTTCATGATAAGCTTGTCACTGGGGTAGTCACATCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTTGGTGTTCTTCATGATAAGCTTGTCACTGGGGTAGTCACATCC  733

seq1  AACAAGCCTACTTCAGAATGGGTACTAAGTCTGTGGCCATAAGTACCCCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGCCTACTTCAGAATGGGTACTAAGTCTGTGGCCATAAGTACCCCC  783

seq1  AATAGCATCAGAGTGGGTATTGAATTATAGTGGAGTTTTTTTTGTAAGTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCATCAGAGTGGGTATTGAATTATAGTGGAGTTTTTTTTGTAAGTA  833

seq1  CCAACCAGTGAAGGTCGACAGTACTCCTCAGTGACTTGTCCTGGTCACCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCAGTGAAGGTCGACAGTACTCCTCAGTGACTTGTCCTGGTCACCA  883

seq1  AGCCAGTGTGTGCTGGAGCTAGCACTGAGATGAGCTCCTTGCCCCCAGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTGTGTGCTGGAGCTAGCACTGAGATGAGCTCCTTGCCCCCAGCT  933

seq1  CACTCAGCTTGGCATGCTCTTGCAATTAGCCTAGTAGTCTTTCCCGTGTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGCTTGGCATGCTCTTGCAATTAGCCTAGTAGTCTTTCCCGTGTA  983

seq1  ACTCATCCAAGGAATGTCTGGGTGCCTACCTACTGTCCACATCATTTGTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATCCAAGGAATGTCTGGGTGCCTACCTACTGTCCACATCATTTGTA  1033

seq1  TCTGTCTACAGGAATGCAAAGACGAGGATGTATACAGTGCCCACCAATCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTACAGGAATGCAAAGACGAGGATGTATACAGTGCCCACCAATCA  1083

seq1  CTGGAGAAACTGCACTTTCATATCTTTAAAAAACTAAAACAACCCAGAGC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGAAACTGCACTTTCATATCTTTAAAAAACTAAAACAACCCAGAGC  1133

seq1  ACAGTGTGGCTAGGCCAAAAGCACTAGGAGAATTC  1183
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTGGCTAGGCCAAAAGCACTAGGAGAATTC  1168

seq1: chr6_66888152_66889343
seq2: B6Ng01-133G04.g_67_1223

seq1  GAATTCAAGGAAACTAGAGAAGTGAGCTAGAAGAATTACAAAGCTAAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGAAACTAGAGAAGTGAGCTAGAAGAATTACAAAGCTAAATC  50

seq1  ATAAAGACATCCAAAGTTAGTTGTACTTATAAAGGTAGAAGCCATTAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGACATCCAAAGTTAGTTGTACTTATAAAGGTAGAAGCCATTAATC  100

seq1  ACTTTAAAAATTCCAGCATGATAGGAATGATTTAATAAATTAAGGCTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAAAAATTCCAGCATGATAGGAATGATTTAATAAATTAAGGCTTTC  150

seq1  AAAATGAACAACTTTAAATGCATATAGAAAACATGCACAATAGTTAAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAACAACTTTAAATGCATATAGAAAACATGCACAATAGTTAAGGC  200

seq1  TTAAAATTTTAAAAATAATGCCTATCACTTAACAAATTTTTCCCTTTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATTTTAAAAATAATGCCTATCACTTAACAAATTTTTCCCTTTAAA  250

seq1  ATTTTTATTGTATATGTATGAGTGTTTGGCATGTATATATGTGTGTGTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTATTGTATATGTATGAGTGTTTGGCATGTATATATGTGTGTGTAC  300

seq1  CATGTGTGCATGGTATCTGCAGAAGTCAGAAGAGGGCATCAGATCTCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGCATGGTATCTGCAGAAGTCAGAAGAGGGCATCAGATCTCCTG  350

seq1  GGACTGGAGATGTAGATGGTCATAAACCACCATAGGGTACGGGAATCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGGAGATGTAGATGGTCATAAACCACCATAGGGTACGGGAATCTAA  400

seq1  CCCTGGTCCTCCGGAATGCTCTTAACCACTGAGCCTTCCCTCTGACCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGTCCTCCGGAATGCTCTTAACCACTGAGCCTTCCCTCTGACCCCC  450

seq1  TACTGAATGTTTCTGAGCGGCACTGTGCTAATAGTTCTCATCCTTTTAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAATGTTTCTGAGCGGCACTGTGCTAATAGTTCTCATCCTTTTAAC  500

seq1  AGCTACATGCAAACAGTATTGTTAGTTCCCATTTTATACTAGAGAAAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACATGCAAACAGTATTGTTAGTTCCCATTTTATACTAGAGAAAACT  550

seq1  GAGGCTCAGAGATAATTATCCAGGAACTTACTCCTTACTAATTAAGAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCAGAGATAATTATCCAGGAACTTACTCCTTACTAATTAAGAATC  600

seq1  CAGCTCTCCCTTTCCTCTGTCCTTACCTAGTTGTGTTGTTGATGACATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTCCCTTTCCTCTGTCCTTACCTAGTTGTGTTGTTGATGACATAA  650

seq1  ACTGAAGTCAACATCATATAAAAATACATACATCCATCAAAAATTCCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGTCAACATCATATAAAAATACATACATCCATCAAAAATTCCAGC  700

seq1  ACTGGGACAGTGGAACACACTAATATTTTAAAAAAGATTTTCTAATCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGACAGTGGAACACACTAATATTTTAAAAAAGATTTTCTAATCTAA  750

seq1  TGAGTATGAGCCAATATGAATTTATGGGCACCACGTTGCACGTGGAGTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATGAGCCAATATGAATTTATGGGCACCACGTTGCACGTGGAGTCT  800

seq1  GGAAGAGGGCATTAGGTCTCCTCGCACTAAGAGTTAAAGGCAGTTATAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGGGCATTAGGTCTCCTCGCACTAAGAGTTAAAGGCAGTTATAAG  850

seq1  CCTTTGGGTGCAGGAAACCAAAATTTCATCTTCTCCAAGAACGATAGGTG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
seq2  CCTTTGGGTGCAGGAAACCAAAATTTCATCTT-TTCAAGAACGATAGGTG  899

seq1  CTCTTAACTGCTGAGTATCTCTCCATCCCTTAGTCTATAATAGTATGTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAACTGCTGAGTATCTCTCCATCCCTTAGTCTATAATAGTATGTAT  949

seq1  GTTCATAGTATAACAAAACAGAAGAACTAATGTAGGCCCATGATATAATT  1000
      ||||||||||||   |||||| || ||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTTCATAGTATA--CAAACAG-AGGACTAATGTAGGCCCATGATAT-ATT  995

seq1  CAGCCCATAAGGCCCTTGTTGCCAGACCTAATGACCTGAATTTGAACCCA  1050
      |||||||||||  |||||||| |||||   |||||||| ||||| |||||
seq2  CAGCCCATAAG--CCTTGTTG-CAGAC--TATGACCTG-ATTTG-ACCCA  1038

seq1  GGAACCCATGATGAAAAAGAATGCTTGTTCTAGCAATGTTTCCTCTGGTT  1100
      || ||||||||||  ||||||||| ||||| ||| |||||  ||||||||
seq2  GG-ACCCATGATG--AAAGAATGC-TGTTC-AGC-ATGTT--CTCTGGTT  1080

seq1  TCTATACATGGAAGAACAGGTATATTAATGTTTTTCTGTGTTAGTGGTAT  1150
      || || ||||  ||||||||||| ||||||||||   || |     | ||
seq2  TC-ATTCATG--AGAACAGGTAT-TTAATGTTTTCGGGTAT-----GGAT  1121

seq1  TGTTAGACTACTCAACTTACCCATGCATTGGTTGAAAACATA  1192
      |||    |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  TGT---GCTACTC-ACTTA-CCATGCATTGGTTG-AAACATA  1157