BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-136G22
Chromosome6 (Build37)
Map Location 67,111,582 - 67,243,494
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG667310, LOC667318, Serbp1, Il12rb2
Upstream geneLOC100041916, Tpm3-rs3, LOC627751, Mad2l1, V1rc15, LOC100041941, Aurkb-ps, V1rc14, LOC546901, V1rc12, LOC627833, V1rc11, V1rc10, LOC100042816, LOC546902, V1rc13, EG546903, LOC100042008, 4930597O21Rik, Gng12, LOC100042837, Gadd45a, E230016M11Rik
Downstream geneLOC667324, EG667326, LOC672137, EG209589, LOC100042890, Il23r, Tacstd2, Igk, Igkv2-137, 4930515G16Rik, Igkv1-136, Igkv1-135, LOC723992, EG628006, Igkv14-134-1, Igkv17-134, EG628027, LOC384401, EG628042, EG243423, EG628056, EG628072, Igkv9-129, Igkv9-128, EG243433, Igkv14-126-1, LOC723993, EG628127, ENSMUSG00000050218, EG243431, EG628144, Igkv1-122, EG667435, EG434025, Igkv9-119, Igkv14-118-2, Igkv14-118-1, EG384405, Igkv11-118, Igkv1-117, EG434026, EG628206, Igkv11-114, Igkv2-113, LOC232047, EG381776, Igkv14-111, Igkv1-110
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-136G22.bB6Ng01-136G22.g
ACCDH936206DH936207
length6271,092
definitionDH936206|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136G22, 5' end.DH936207|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136G22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,242,870 - 67,243,494)(67,111,582 - 67,112,671)
sequence
gaattcactctgtagaccaggctgtagaaatctgcctgcctctctctgcc
tcccaagtgctgggattaaaaggcgtgcgccaccatacctggctttcaag
tgatctttcctaattgccaaatctgacatgtttccttacctgaaaccatg
gaagtccaaagtccaagccccttagcatatccccaaagtacgatgaagat
gttatgatgcctttaatcacatttttaatcctagtacacaggaggtagag
atccaagctagccagggctacatagcggtctttaataaaagtgcttcgtg
agtagcctttcccatttctaaatccttttttcttttctagtactaacagg
gctaggggtgtgatccagtgagtgtaaagcatatgccttatcctacacaa
actgagtttgattctcaacaaaagggtaatgggcaacaaactagaaggct
tagttcaccaatttccctcgacctccaatactccatccttctctccagac
tgccctaagttttttctttctgcctttcctactaggagggggggggggaa
gcaagtggcctgaggctgagcaatgaatctctcctttgctggagaatggc
tttttatagggtaggagggtggatgag
gaattcaaggatacataggctacatgaagttccttctcaaaaaacaaaca
ggaagagagatgcacagaggagctaagacgcttatctgagacacacagta
agtggtgcctctggaatcagaacgtgcactggcctgtcctgcttactcag
taacattctgttccaggtttgattgggtaaggcacttgagccctacttat
ccctgagtaacagcgtgactctcaacatcaccttgcagcacccactgtct
gtggaaacacttgtatcagagcctggagtcagcaggacctgcataatctt
tttgcccacatgttcgtggcgtgccgactctgagtcctctgttactatga
atatgaaagcaacatcaagcagtacagtgcagctctcagtggcgttggga
gagctttaattaaatgaccatacaggcggcgttgcttaggcagcagaacc
agacagggccactttgttgacctacgccaaacacacatgcaatagctcaa
ctttacaattgaaagtcctcaagagaggaataattattcctagcagcata
tttaaaagaaagggcctgacaaatagacattgaaataccagtcgaacaat
aagtttaggcatctgcgtactcatggatagtactgatccaaggtcctttt
ctactctaccccaggacacctcaagcaccatccacatatacatacaaaac
aatacttgcataaaatgcatattcacagacatacatgcacatgaccacac
aagtgtgtgcttggtatacttacaaacagacgcacagacacatatgaaca
tgtgtaaacaaaacatacctactcgtgcatatacacacatgaccacactt
gaattcataagtaacacttgtgaacatacatacttcccccccacacatgt
acacacacacatgcacacaggcatacacacacgtgcacccaccaaagcaa
attaacacacagtcatgcatatcttcacatatggtgcatgcacatgccca
caacagcacatatatacataaatataaggtgtggtgtgtgtacattccac
ttgctatatacctgcccttcataccataccttcaaacacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_67242870_67243494
seq2: B6Ng01-136G22.b_46_672 (reverse)

seq1  CTCATCCA-CCTCCTACCCTAT-CACTGCCATTCTCCAGCCAAGGAGAGA  48
      |||||||| |||||||||||||  |  ||||||||||||| |||||||||
seq2  CTCATCCACCCTCCTACCCTATAAAAAGCCATTCTCCAGCAAAGGAGAGA  50

seq1  TTCATTGCTCAGCCTCAGGCCACTTGCTTCCCCCCCCCCCTCCTAGTAGG  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTGCTCAGCCTCAGGCCACTTGCTTCCCCCCCCCCCTCCTAGTAGG  100

seq1  AAAGGCAGAAAGAAAAAACTTAGGGCAGTCTGGAGAGAAGGATGGAGTAT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCAGAAAGAAAAAACTTAGGGCAGTCTGGAGAGAAGGATGGAGTAT  150

seq1  TGGAGGTCGAGGGAAATTGGTGAACTAAGCCTTCTAGTTTGTTGCCCATT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGTCGAGGGAAATTGGTGAACTAAGCCTTCTAGTTTGTTGCCCATT  200

seq1  ACCCTTTTGTTGAGAATCAAACTCAGTTTGTGTAGGATAAGGCATATGCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTTGTTGAGAATCAAACTCAGTTTGTGTAGGATAAGGCATATGCT  250

seq1  TTACACTCACTGGATCACACCCCTAGCCCTGTTAGTACTAGAAAAGAAAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACTCACTGGATCACACCCCTAGCCCTGTTAGTACTAGAAAAGAAAA  300

seq1  AAGGATTTAGAAATGGGAAAGGCTACTCACGAAGCACTTTTATTAAAGAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTTAGAAATGGGAAAGGCTACTCACGAAGCACTTTTATTAAAGAC  350

seq1  CGCTATGTAGCCCTGGCTAGCTTGGATCTCTACCTCCTGTGTACTAGGAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTATGTAGCCCTGGCTAGCTTGGATCTCTACCTCCTGTGTACTAGGAT  400

seq1  TAAAAATGTGATTAAAGGCATCATAACATCTTCATCGTACTTTGGGGATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATGTGATTAAAGGCATCATAACATCTTCATCGTACTTTGGGGATA  450

seq1  TGCTAAGGGGCTTGGACTTTGGACTTCCATGGTTTCAGGTAAGGAAACAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAGGGGCTTGGACTTTGGACTTCCATGGTTTCAGGTAAGGAAACAT  500

seq1  GTCAGATTTGGCAATTAGGAAAGATCACTTGAAAGCCAGGTATGGTGGCG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGATTTGGCAATTAGGAAAGATCACTTGAAAGCCAGGTATGGTGGCG  550

seq1  CACGCCTTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGAGAGGCAGGCAGATTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCCTTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGAGAGGCAGGCAGATTT  600

seq1  CTACAGCCTGGTCTACAGAGTGAATTC  625
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGCCTGGTCTACAGAGTGAATTC  627

seq1: chr6_67111582_67112671
seq2: B6Ng01-136G22.g_70_1161

seq1  GAATTCAAGGATACATAGGCTACATGAAGTTCCTTCTCAAAAAACAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGATACATAGGCTACATGAAGTTCCTTCTCAAAAAACAAACA  50

seq1  GGAAGAGAGATGCACAGAGGAGCTAAGACGCTTATCTGAGACACACAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGAGATGCACAGAGGAGCTAAGACGCTTATCTGAGACACACAGTA  100

seq1  AGTGGTGCCTCTGGAATCAGAACGTGCACTGGCCTGTCCTGCTTACTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTGCCTCTGGAATCAGAACGTGCACTGGCCTGTCCTGCTTACTCAG  150

seq1  TAACATTCTGTTCCAGGTTTGATTGGGTAAGGCACTTGAGCCCTACTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTCTGTTCCAGGTTTGATTGGGTAAGGCACTTGAGCCCTACTTAT  200

seq1  CCCTGAGTAACAGCGTGACTCTCAACATCACCTTGCAGCACCCACTGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGTAACAGCGTGACTCTCAACATCACCTTGCAGCACCCACTGTCT  250

seq1  GTGGAAACACTTGTATCAGAGCCTGGAGTCAGCAGGACCTGCATAATCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAACACTTGTATCAGAGCCTGGAGTCAGCAGGACCTGCATAATCTT  300

seq1  TTTGCCCACATGTTCGTGGCGTGCCGACTCTGAGTCCTCTGTTACTATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCCACATGTTCGTGGCGTGCCGACTCTGAGTCCTCTGTTACTATGA  350

seq1  ATATGAAAGCAACATCAAGCAGTACAGTGCAGCTCTCAGTGGCGTTGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAAAGCAACATCAAGCAGTACAGTGCAGCTCTCAGTGGCGTTGGGA  400

seq1  GAGCTTTAATTAAATGACCATACAGGCGGCGTTGCTTAGGCAGCAGAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTTAATTAAATGACCATACAGGCGGCGTTGCTTAGGCAGCAGAACC  450

seq1  AGACAGGGCCACTTTGTTGACCTACGCCAAACACACATGCAATAGCTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGGCCACTTTGTTGACCTACGCCAAACACACATGCAATAGCTCAA  500

seq1  CTTTACAATTGAAAGTCCTCAAGAGAGGAATAATTATTCCTAGCAGCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACAATTGAAAGTCCTCAAGAGAGGAATAATTATTCCTAGCAGCATA  550

seq1  TTTAAAAGAAAGGGCCTGACAAATAGACATTGAAATACCAGTCGAACAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGAAAGGGCCTGACAAATAGACATTGAAATACCAGTCGAACAAT  600

seq1  AAGTTTAGGCATCTGCGTACTCATGGATAGTACTGATCCAAGGTCCTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTAGGCATCTGCGTACTCATGGATAGTACTGATCCAAGGTCCTTTT  650

seq1  CTACTCTACCCCAGGACACCTCAAGCACCATCCACATATACATACAAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCTACCCCAGGACACCTCAAGCACCATCCACATATACATACAAAAC  700

seq1  AATACTTGCATAAAATGCATATTCACAGACATACATGCACATGACCACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTTGCATAAAATGCATATTCACAGACATACATGCACATGACCACAC  750

seq1  AAGTGTGTGCTTGGTATACTTACAAACAGACGCACAGACACATATGAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGTGCTTGGTATACTTACAAACAGACGCACAGACACATATGAACA  800

seq1  TGTGTAAACAAAACATACCTACTCGTGCATATACACACATGACCACACTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAAACAAAACATACCTACTCGTGCATATACACACATGACCACACTT  850

seq1  GAATTCATTAGTAAACACTTGTGAACATACATACTTCCCCCCCACACATG  900
      |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAAGT-AACACTTGTGAACATACATACTTCCCCCCCACACATG  899

seq1  TACACACACACATGCACACAGGCATACACACACGTGCACCCACCAAAGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACACATGCACACAGGCATACACACACGTGCACCCACCAAAGCA  949

seq1  AATTAACACACAGTCATGCATATCTTCACATAT-GTGCATGCACATGCCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AATTAACACACAGTCATGCATATCTTCACATATGGTGCATGCACATGCCC  999

seq1  ACAACAGCACATATATACATACATAT-ATGTGT-GTGTGTGTACA-TCCA  1046
      ||||||||||||||||||||| |||| | |||| ||||||||||| ||||
seq2  ACAACAGCACATATATACATAAATATAAGGTGTGGTGTGTGTACATTCCA  1049

seq1  CTTGCTTATATAACTGCAC-TCATACCCATACCTTCAAACACACA  1090
      ||||| |||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTTGC-TATATACCTGCCCTTCATA-CCATACCTTCAAACACACA  1092