BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138B06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 90,617,473 - 90,641,921
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIqsec1
Upstream geneTxnrd3, V1r-ps1, V1rb7, V1rb9, V1r-ps2, V1r-ps3, V1ra6, V1ra5, V1rb4, V1r-ps4, V1ra2, V1rb8, V1ra4, V1ra3, V1rb2, V1rb1, V1ra1, LOC625050, V1ra7, V1ra8, V1rb3, LOC100043191, V1r-ps5, V1ra9, BC048671, Chst13, Uroc1, Zxdc, Ccdc37, Klf15, Aldh1l1, Slc41a3
Downstream geneLOC100043646, EG665685, Nup210, Hdac11, Fbln2, LOC665716, Wnt7a, LOC100043659, LOC625420, Chchd4, Tmem43, Xpc, Lsm3, Slc6a6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138B06.bB6Ng01-138B06.g
ACCDH937432DH937433
length1,140999
definitionDH937432|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138B06, 5' end.DH937433|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138B06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,640,771 - 90,641,921)(90,617,473 - 90,618,482)
sequence
gaattctctagttcagcttcctggaggccctgagatgggttgcagagagt
cctctcccagatgtggaccacagccctgggtttgctttatgtctctagtg
catctgtctaattcacacattctctgcctctccaaggcagggaccttgta
tgttgcccttttgcattgcatgatgaggtgattgcccacagtgccagaca
ggtggaatcagggtttcacctcctcctggggacctgaatcctctccccat
ccccgaataaataaagccatgccccaacagctagagactgcagctagatt
gctgattcctacagacaggctgtagctgaaggagtgtgtttcctgttcac
ccaggatcaggactcaggattagctcttaggctgggacttcaggaggctg
tgggttactcttgagagatgctgagctgaggtgcctgagagcttgcccaa
catccctcccacttcacgagctgtgcacccatctgcactcagggctgtag
ggcaaaggagagccagacctgtcttccccctatcaatcagccatctatgt
agcaaggatagagacctcacaactacaacctaggaatggggctgaggtct
ttagccagatgcccatggcctgtgccaagcacttggctcatcactgtgaa
cttaccaaagcactagaaagggtcctactgctgccctgcatcacagataa
ggaaatggggagcttcatggttccaagactcatccagagctgatgggaga
cagagccagggtcaagccaagaccctggcaaggttctaactgctcatact
tcaggctctacaggtgacatctgtagatgcatcttgacctccagggccca
cagcttctatgaccagaagtgttgggatgttcagcatctgtgcaccgcca
cctttacccaatcttgtcttatcctggcacttatcccatttgacactgaa
aatcctcagcagccccaagctgctgtttaaaccacttggaatatggtaag
aacatcccagttatatccctatgagcatagaagagcatagctgtctatct
tgtgtcatcacacaggctcacattctctcttctacctcactaggtgaaat
gcaagaacgcaagtatggggacgcctctgactcgccatgc
gaattctcaggaatggagctctataggaagcaaaaccaagacagtgagtg
gcaaagggctgggcaaaaggcccagcggctcagtaggcttcgatccattt
cattcattagcaaagaacacacagcagcagagagcacttgggatgcacca
gcctgacgctcttagccttagagcagttggtacaggggaaagcagtaagg
accctgggagaagtagggaagtggggtgccatccctggctgtcttgcaca
gactgtcccgtggacacttctgtgttccgctaccgtcctggagtactcgt
ggacttcagagagcattgtgtctactcccgagcagccctttccagcacca
tgactgcctgtttgccaggcctcagtcctgcattcaccagctgggagggt
gcgtcttagcccagctcttacccgcttctgagaggtctctcagtgagctg
ctgagggcgctgcgcttgaggccctcgccactggcatagctgtcatccag
gcaagccctgctcagtgtcccgttgcctgactcctttttgaggctggagc
actgtgacatgctgggccgcacgacacctttctgcttctcgagctccgct
gcaacagagcaggaggaacagtgagaggcagtggccactgttctgggccc
tagctcctggaaagagggaaggagattcctgggaaagccggggcatgatg
gcattctggacagtgcctgaggaccaggctgtctgtgataatgaagacta
gcatttagggtttaggaaggctgcagttaggcctggatggggaagaagag
tgggccacccacatctacagaggaagaggtggggacagtgtagagaccta
gtgccaggatcctagcagtgaggacaaggataaggattgaatggcataag
ccaactccacagtgacagaaacaagggccaggctaagatagagtgtgcta
agggaagatggctccctagcacatgtagggcagggtgggatgggagaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_90640771_90641921
seq2: B6Ng01-138B06.b_46_1185 (reverse)

seq1  GCATGGCGGGTCACGAGGCGTCCCCCATACTTGCGTTCTAGCATTTCCAC  50
      |||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  GCATGGCGAGTCA-GAGGCGT-CCCCATACTTGCGTTCTTGCATTT-CAC  47

seq1  CTAGTGAGGTAAGAAGAGGAGAATGTGAGCCCTGTGTGATGACACAAAGA  100
      |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  CTAGTGAGGT-AGAAGA-GAGAATGTGAG-CCTGTGTGATGACAC-AAGA  93

seq1  TAGACAGCTATGCTCTTCTATGCTCCATAGGGATATAACCTGGGATGTTC  150
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  TAGACAGCTATGCTCTTCTATGCT-CATAGGGATATAA-CTGGGATGTTC  141

seq1  TTACCATATTCCCAAGTGGTTTAAAACAGCAGCTTGGGGCTGCTGAGGAT  200
      |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCATATT-CCAAGTGGTTT-AAACAGCAGCTTGGGGCTGCTGAGGAT  189

seq1  TTTCAGTGTCAAATGGGATAAGTGCCAGGATAAGACAAGATTGGGTAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTGTCAAATGGGATAAGTGCCAGGATAAGACAAGATTGGGTAAAG  239

seq1  GTGGCGGTGCACAGATGCTGAACATCCCAACACTTCTGGTCATAGAAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCGGTGCACAGATGCTGAACATCCCAACACTTCTGGTCATAGAAGCT  289

seq1  GTGGGCCCTGGAGGTCAAGATGCATCTACAGATGTCACCTGTAGAGCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCCCTGGAGGTCAAGATGCATCTACAGATGTCACCTGTAGAGCCTG  339

seq1  AAGTATGAGCAGTTAGAACCTTGCCAGGGTCTTGGCTTGACCCTGGCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATGAGCAGTTAGAACCTTGCCAGGGTCTTGGCTTGACCCTGGCTCT  389

seq1  GTCTCCCATCAGCTCTGGATGAGTCTTGGAACCATGAAGCTCCCCATTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCCATCAGCTCTGGATGAGTCTTGGAACCATGAAGCTCCCCATTTC  439

seq1  CTTATCTGTGATGCAGGGCAGCAGTAGGACCCTTTCTAGTGCTTTGGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCTGTGATGCAGGGCAGCAGTAGGACCCTTTCTAGTGCTTTGGTAA  489

seq1  GTTCACAGTGATGAGCCAAGTGCTTGGCACAGGCCATGGGCATCTGGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACAGTGATGAGCCAAGTGCTTGGCACAGGCCATGGGCATCTGGCTA  539

seq1  AAGACCTCAGCCCCATTCCTAGGTTGTAGTTGTGAGGTCTCTATCCTTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTCAGCCCCATTCCTAGGTTGTAGTTGTGAGGTCTCTATCCTTGC  589

seq1  TACATAGATGGCTGATTGATAGGGGGAAGACAGGTCTGGCTCTCCTTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAGATGGCTGATTGATAGGGGGAAGACAGGTCTGGCTCTCCTTTGC  639

seq1  CCTACAGCCCTGAGTGCAGATGGGTGCACAGCTCGTGAAGTGGGAGGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAGCCCTGAGTGCAGATGGGTGCACAGCTCGTGAAGTGGGAGGGAT  689

seq1  GTTGGGCAAGCTCTCAGGCACCTCAGCTCAGCATCTCTCAAGAGTAACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGCAAGCTCTCAGGCACCTCAGCTCAGCATCTCTCAAGAGTAACCC  739

seq1  ACAGCCTCCTGAAGTCCCAGCCTAAGAGCTAATCCTGAGTCCTGATCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTCCTGAAGTCCCAGCCTAAGAGCTAATCCTGAGTCCTGATCCTG  789

seq1  GGTGAACAGGAAACACACTCCTTCAGCTACAGCCTGTCTGTAGGAATCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAACAGGAAACACACTCCTTCAGCTACAGCCTGTCTGTAGGAATCAG  839

seq1  CAATCTAGCTGCAGTCTCTAGCTGTTGGGGCATGGCTTTATTTATTCGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTAGCTGCAGTCTCTAGCTGTTGGGGCATGGCTTTATTTATTCGGG  889

seq1  GATGGGGAGAGGATTCAGGTCCCCAGGAGGAGGTGAAACCCTGATTCCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGGAGAGGATTCAGGTCCCCAGGAGGAGGTGAAACCCTGATTCCAC  939

seq1  CTGTCTGGCACTGTGGGCAATCACCTCATCATGCAATGCAAAAGGGCAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGGCACTGTGGGCAATCACCTCATCATGCAATGCAAAAGGGCAAC  989

seq1  ATACAAGGTCCCTGCCTTGGAGAGGCAGAGAATGTGTGAATTAGACAGAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAGGTCCCTGCCTTGGAGAGGCAGAGAATGTGTGAATTAGACAGAT  1039

seq1  GCACTAGAGACATAAAGCAAACCCAGGGCTGTGGTCCACATCTGGGAGAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTAGAGACATAAAGCAAACCCAGGGCTGTGGTCCACATCTGGGAGAG  1089

seq1  GACTCTCTGCAACCCATCTCAGGGCCTCCAGGAAGCTGAACTAGAGAATT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTCTGCAACCCATCTCAGGGCCTCCAGGAAGCTGAACTAGAGAATT  1139

seq1  C  1151
      |
seq2  C  1140

seq1: chr6_90617473_90618482
seq2: B6Ng01-138B06.g_66_1064

seq1  GAATTCTCAGGAATGGAGCTCTATAGGAAGCAAAACCAAGACAGTGAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGGAATGGAGCTCTATAGGAAGCAAAACCAAGACAGTGAGTG  50

seq1  GCAAAGGGCTGGGCAAAAGGCCCAGCGGCTCAGTAGGCTTCGATCCATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGGGCTGGGCAAAAGGCCCAGCGGCTCAGTAGGCTTCGATCCATTT  100

seq1  CATTCATTAGCAAAGAACACACAGCAGCAGAGAGCACTTGGGATGCACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATTAGCAAAGAACACACAGCAGCAGAGAGCACTTGGGATGCACCA  150

seq1  GCCTGACGCTCTTAGCCTTAGAGCAGTTGGTACAGGGGAAAGCAGTAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGACGCTCTTAGCCTTAGAGCAGTTGGTACAGGGGAAAGCAGTAAGG  200

seq1  ACCCTGGGAGAAGTAGGGAAGTGGGGTGCCATCCCTGGCTGTCTTGCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGGGAGAAGTAGGGAAGTGGGGTGCCATCCCTGGCTGTCTTGCACA  250

seq1  GACTGTCCCGTGGACACTTCTGTGTTCCGCTACCGTCCTGGAGTACTCGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTCCCGTGGACACTTCTGTGTTCCGCTACCGTCCTGGAGTACTCGT  300

seq1  GGACTTCAGAGAGCATTGTGTCTACTCCCGAGCAGCCCTTTCCAGCACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTCAGAGAGCATTGTGTCTACTCCCGAGCAGCCCTTTCCAGCACCA  350

seq1  TGACTGCCTGTTTGCCAGGCCTCAGTCCTGCATTCACCAGCTGGGAGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGCCTGTTTGCCAGGCCTCAGTCCTGCATTCACCAGCTGGGAGGGT  400

seq1  GCGTCTTAGCCCAGCTCTTACCCGCTTCTGAGAGGTCTCTCAGTGAGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTCTTAGCCCAGCTCTTACCCGCTTCTGAGAGGTCTCTCAGTGAGCTG  450

seq1  CTGAGGGCGCTGCGCTTGAGGCCCTCGCCACTGGCATAGCTGTCATCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGGCGCTGCGCTTGAGGCCCTCGCCACTGGCATAGCTGTCATCCAG  500

seq1  GCAAGCCCTGCTCAGTGTCCCGTTGCCTGACTCCTTTTTGAGGCTGGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCCCTGCTCAGTGTCCCGTTGCCTGACTCCTTTTTGAGGCTGGAGC  550

seq1  ACTGTGACATGCTGGGCCGCACGACACCTTTCTGCTTCTCGAGCTCCGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGACATGCTGGGCCGCACGACACCTTTCTGCTTCTCGAGCTCCGCT  600

seq1  GCAACAGAGCAGGAGGAACAGTGAGAGGCAGTGGCCACTGTTCTGGGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAGAGCAGGAGGAACAGTGAGAGGCAGTGGCCACTGTTCTGGGCCC  650

seq1  TAGCTCCTGGAAAGAGGGAAGGAGATTCCTGGGAAAGCCGGGGCATGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCCTGGAAAGAGGGAAGGAGATTCCTGGGAAAGCCGGGGCATGATG  700

seq1  GCATTCTGGACAGTGCCTGAGGACCAGGCTGTCTGTGATAATGAAGACTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTGGACAGTGCCTGAGGACCAGGCTGTCTGTGATAATGAAGACTA  750

seq1  GCATTTAGGGTTTAGGAAGGCTGCAGGTTAGGCCTGGATGGGGAAGAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTAGGGTTTAGGAAGGCTGCA-GTTAGGCCTGGATGGGGAAGAAGA  799

seq1  GTGGGCCACCCACATCTACAGAGGAAGAGGTGGGGACAGTGTAGAGACCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCCACCCACATCTACAGAGGAAGAGGTGGGGACAGTGTAGAGACCT  849

seq1  AGTGCCAGGATCCTAGCAGTGAGGACAAGGATAAGGATTGAATGGCATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCAGGATCCTAGCAGTGAGGACAAGGATAAGGATTGAATGGCATAA  899

seq1  GCCAACTCCACAGTGACAGAAACAAGGGCCAGGCTAAGATAAGAAGTGTG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||
seq2  GCCAACTCCACAGTGACAGAAACAAGGGCCAGGCTAAGATA--GAGTGTG  947

seq1  CTAAGGGGAAGGATGGCTCCCCAAGCACATGGTAGGGGCAGGGGTGGGAT  1000
      |||||||  | ||||||| ||| ||||||| ||| ||||| |||||||||
seq2  CTAAGGG--AAGATGGCT-CCCTAGCACAT-GTA-GGGCA-GGGTGGGAT  991

seq1  GGGGGAGACA  1010
        ||||||||
seq2  --GGGAGACA  999