BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-145B17
Chromosome6 (Build37)
Map Location 111,147,312 - 111,230,957
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrm7
Upstream genenone
Downstream gene1700054K19Rik, Lmcd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-145B17.bB6Ng01-145B17.g
ACCDH942606DH942607
length1,2211,119
definitionDH942606|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-145B17, 5' end.DH942607|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-145B17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,229,720 - 111,230,957)(111,147,312 - 111,148,592)
sequence
gaattcaaccatatacacccaactgtattttagggaaggatggttcagca
ttaaaaaccaaccaatgtaatccaacatactacaaaccatcttatgaccc
tactatcattgttttggtgcccactcacatctttcctaagaaaaatcaga
agatatttttagaaatctcagtgagaaaatgtgcttgtcattctggaatt
tgcaacagtcttagcatgttctaaataccacataggatttctataatgaa
tagtactttctcttcactatcatctttacttttcaagtaaagaaaccaat
agagaaaagatgacttgttcaagatcatatacctattcatcatctaggtg
gtatctaattccatcctaaacctatctctaatgttcatcacttctcatag
tgaccaggattcatagatccttctcacagaatgcagagttaaagaagacc
agcatacccaactatcaatcacaggctgggaattcctatgccttccttcc
tgggatcctgcatcaatggtatagagaaccagcaaatgtctctcagaaat
gataaggaattcgaaatgttaaagagagaagtccatcccattcttagata
gcctatcaagtcattttctttgacatttccccaaagtaaatggaaaacag
aaagaattaaaaaacacacaaaataattcacccatccaaaattataaaaa
aacaagccagtgagcgtgtgagtgtgtttctttagccatgtaagatattt
ttaataattattagcattatcatttggtatacttaaggtggtaactttgc
atacactaagaaatttctaaggtttttggatgtattaactaggatattag
acaagctttgttaataatgacacataggtaatcatggatcaaaaacttat
tattagaatattcaaagccttgctgctatctgaaataagaacatttggag
ccatcaaaccatttaagagtatacaatatggttcaaagattgtacaatat
ggttcagcagtaaagggctgctgctaagtccaatgatgtctgtttgatca
ctagactccatgaaatgcagaggagaagatgacaccttaaatgtgttctc
taacttctaacatgtgcttttattaatgttaaccacacatattcaaggtg
ccaaaacctaatcaacaagatataactataacatttaggtcctggtaata
ttcatgtggaattccaaaagt
gaattctttgttcagttctgagccccattttttaatggggttatttgatt
ttctgaagtccaccttcttgagttctctacatatgttggatattagtccc
ctatctgatttaggataggtaaagatcctttcccaatcttttggtggtct
ttttaatacatgtatatgtataaaggatcatatgttcagattagaagact
ttgtcttctggatttctcgaagagtttgtgtagatcttccaagactatgt
acaaaagatgcctgtgtggcttacgttgtgtaatttagaagactgtgtca
agtccacttatgtaccaataacacctggaaagtgaaaggctggtgccttg
aaccaccagtagttactccattttagtttatgtggcttatcgtcaaagca
taggtgaataattttctacacaggcgacatattgcttagggtatgtccag
gcacatgaacagctgttctagacaaatgttctgcatgtagattagggcat
ttagtcctcaaaagaaggactctagacaagttgtgctttataggttgttg
aaaggatgtcctaagagaggcatacagagacattgggtcttcataaacat
ttctctaaatatctaaaggccactcttattggaagtcaagatcttatttc
agaggtaccctgtgagacttttggtaattgccactgataataaatatcac
ctagctcattttttgagcaaagttctagtctggaactttactttcagatt
tttttctttctggatattggaaaagtaatagcatctaacatgacatattc
aagttccagtcatagaaaatataaatagtggtatatgcctgattctttat
tattaatattttaattatgcatgtgtgatgggagttttctgtataggttt
gtgcacacaaggcaggaatccatggatgaaagatattgagacatccctgg
agttgggggtttaggcagttgtgtaccacccattgtatgtgttgagattt
tagcatacagagcatatgtgctcttaaacattgactatctcctcactaca
atacctggaattatagactgctgttcatctcctttctatgaagaaagttt
actttagccttttaataca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_111229720_111230957
seq2: B6Ng01-145B17.b_49_1269 (reverse)

seq1  ACTTTGTGGAATTCCACCAATGAGATATATTCCCAGGACCTAAATGGTAT  50
      ||||| |||||||||||  ||||   ||||| ||||||||||||||   |
seq2  ACTTT-TGGAATTCCAC--ATGA---ATATTACCAGGACCTAAATG--TT  42

seq1  ATAGTTTTATTATTTGTTGTATTAGTGTTTGTGCACTATGAATATGTGTG  100
      |||||| |||   |||||| ||||| ||||  ||||  ||||||||||||
seq2  ATAGTTATAT--CTTGTTG-ATTAG-GTTTTGGCACCTTGAATATGTGTG  88

seq1  G-TAACATATATAAAAGCACATG-TAGAAGTTAGAGAACACATTTAAGGT  148
      | ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACATTAATAAAAGCACATGTTAGAAGTTAGAGAACACATTTAAGGT  138

seq1  GTCCATTCTCTCCTTCTGCATTTTCATGGAGTCTGGTGATCAAACAGACA  198
      || |||  ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GT-CATCTTCTCC-TCTGCA-TTTCATGGAGTCTAGTGATCAAACAGACA  185

seq1  TCATTGGACTTAAGCAGCAAGCCCCTTTACCTGCTGAACCATATTGTACA  248
      ||||||||||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGGACTT-AGCAGCA--GCCCTTTA-CTGCTGAACCATATTGTACA  231

seq1  ATCTTTGAACCATATTGTATACTCTTAAATGGTTTTGATGGCTCCAAATG  298
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGAACCATATTGTATACTCTTAAATGG-TTTGATGGCTCCAAATG  280

seq1  TTCTTATTTCAGATAGCAGCAAGGCTTTG-ATATTCTAATAATAAGTTTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATTTCAGATAGCAGCAAGGCTTTGAATATTCTAATAATAAGTTTT  330

seq1  TGATCCATGATTACCTATGTGTCATTATTAACAAAGCTTGTCTAATATCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCATGATTACCTATGTGTCATTATTAACAAAGCTTGTCTAATATCC  380

seq1  TAGTTAATACATCCAAAAACCTTAGAAATTTCTTAGTGTATGCAAAGTTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAATACATCCAAAAACCTTAGAAATTTCTTAGTGTATGCAAAGTTA  430

seq1  CCACCTTAAGTATACCAAATGATAATGCTAATAATTATTAAAAATATCTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTAAGTATACCAAATGATAATGCTAATAATTATTAAAAATATCTT  480

seq1  ACATGGCTAAAGAAACACACTCACACGCTCACTGGCTTGTTTTTTTATAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCTAAAGAAACACACTCACACGCTCACTGGCTTGTTTTTTTATAA  530

seq1  TTTTGGATGGGTGAATTATTTTGTGTGTTTTTTAATTCTTTCTGTTTTCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGATGGGTGAATTATTTTGTGTGTTTTTTAATTCTTTCTGTTTTCC  580

seq1  ATTTACTTTGGGGAAATGTCAAAGAAAATGACTTGATAGGCTATCTAAGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTTTGGGGAAATGTCAAAGAAAATGACTTGATAGGCTATCTAAGA  630

seq1  ATGGGATGGACTTCTCTCTTTAACATTTCGAATTCCTTATCATTTCTGAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGATGGACTTCTCTCTTTAACATTTCGAATTCCTTATCATTTCTGAG  680

seq1  AGACATTTGCTGGTTCTCTATACCATTGATGCAGGATCCCAGGAAGGAAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTTGCTGGTTCTCTATACCATTGATGCAGGATCCCAGGAAGGAAG  730

seq1  GCATAGGAATTCCCAGCCTGTGATTGATAGTTGGGTATGCTGGTCTTCTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGGAATTCCCAGCCTGTGATTGATAGTTGGGTATGCTGGTCTTCTT  780

seq1  TAACTCTGCATTCTGTGAGAAGGATCTATGAATCCTGGTCACTATGAGAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCTGCATTCTGTGAGAAGGATCTATGAATCCTGGTCACTATGAGAA  830

seq1  GTGATGAACATTAGAGATAGGTTTAGGATGGAATTAGATACCACCTAGAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGAACATTAGAGATAGGTTTAGGATGGAATTAGATACCACCTAGAT  880

seq1  GATGAATAGGTATATGATCTTGAACAAGTCATCTTTTCTCTATTGGTTTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAATAGGTATATGATCTTGAACAAGTCATCTTTTCTCTATTGGTTTC  930

seq1  TTTACTTGAAAAGTAAAGATGATAGTGAAGAGAAAGTACTATTCATTATA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTGAAAAGTAAAGATGATAGTGAAGAGAAAGTACTATTCATTATA  980

seq1  GAAATCCTATGTGGTATTTAGAACATGCTAAGACTGTTGCAAATTCCAGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCCTATGTGGTATTTAGAACATGCTAAGACTGTTGCAAATTCCAGA  1030

seq1  ATGACAAGCACATTTTCTCACTGAGATTTCTAAAAATATCTTCTGATTTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAAGCACATTTTCTCACTGAGATTTCTAAAAATATCTTCTGATTTT  1080

seq1  TCTTAGGAAAGATGTGAGTGGGCACCAAAACAATGATAGTAGGGTCATAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGGAAAGATGTGAGTGGGCACCAAAACAATGATAGTAGGGTCATAA  1130

seq1  GATGGTTTGTAGTATGTTGGATTACATTGGTTGGTTTTTAATGCTGAACC  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTTGTAGTATGTTGGATTACATTGGTTGGTTTTTAATGCTGAACC  1180

seq1  ATCCTTCCCTAAAATACAGTTGGGTGTATATGGTTGAATTC  1238
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCCCTAAAATACAGTTGGGTGTATATGGTTGAATTC  1221

seq1: chr6_111147312_111148592
seq2: B6Ng01-145B17.g_67_1185

seq1  GAATTCTTTGTTCAGTTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTCAGTTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGATT  50

seq1  TTCTGAAGTCCACCTTCTTGAGTTCTCTACATATGTTGGATATTAGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAGTCCACCTTCTTGAGTTCTCTACATATGTTGGATATTAGTCCC  100

seq1  CTATCTGATTTAGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTTTTGGTGGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGATTTAGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTTTTGGTGGTCT  150

seq1  TTTTAATACATGTATATGTATAAAGGATCATATGTTCAGATTAGAAGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATACATGTATATGTATAAAGGATCATATGTTCAGATTAGAAGACT  200

seq1  TTGTCTTCTGGATTTCTCGAAGAGTTTGTGTAGATCTTCCAAGACTATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTCTGGATTTCTCGAAGAGTTTGTGTAGATCTTCCAAGACTATGT  250

seq1  ACAAAAGATGCCTGTGTGGCTTACGTTGTGTAATTTAGAAGACTGTGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGATGCCTGTGTGGCTTACGTTGTGTAATTTAGAAGACTGTGTCA  300

seq1  AGTCCACTTATGTACCAATAACACCTGGAAAGTGAAAGGCTGGTGCCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCACTTATGTACCAATAACACCTGGAAAGTGAAAGGCTGGTGCCTTG  350

seq1  AACCACCAGTAGTTACTCCATTTTAGTTTATGTGGCTTATCGTCAAAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACCAGTAGTTACTCCATTTTAGTTTATGTGGCTTATCGTCAAAGCA  400

seq1  TAGGTGAATAATTTTCTACACAGGCGACATATTGCTTAGGGTATGTCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGAATAATTTTCTACACAGGCGACATATTGCTTAGGGTATGTCCAG  450

seq1  GCACATGAACAGCTGTTCTAGACAAATGTTCTGCATGTAGATTAGGGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGAACAGCTGTTCTAGACAAATGTTCTGCATGTAGATTAGGGCAT  500

seq1  TTAGTCCTCAAAAGAAGGACTCTAGACAAGTTGTGCTTTATAGGTTGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCCTCAAAAGAAGGACTCTAGACAAGTTGTGCTTTATAGGTTGTTG  550

seq1  AAAGGATGTCCTAAGAGAGGCATACAGAGACATTGGGTCTTCATAAACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATGTCCTAAGAGAGGCATACAGAGACATTGGGTCTTCATAAACAT  600

seq1  TTCTCTAAATATCTAAAGGCCACTCTTATTGGAAGTCAAGATCTTATTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTAAATATCTAAAGGCCACTCTTATTGGAAGTCAAGATCTTATTTC  650

seq1  AGAGGTACCCTGTGAGACTTTTGGTAATTGCCACTGATAATAAATATCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTACCCTGTGAGACTTTTGGTAATTGCCACTGATAATAAATATCAC  700

seq1  CTAGCTCATTTTTTGAGCAAAGTTCTAGTCTGGAACTTTACTTTCAGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTCATTTTTTGAGCAAAGTTCTAGTCTGGAACTTTACTTTCAGATT  750

seq1  TTTTTCTTTCTGGATATTGGAAAAGTAATAGCATCTAACATGACATATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTTCTGGATATTGGAAAAGTAATAGCATCTAACATGACATATTC  800

seq1  AAGTTCCAGTCATAGAAAAATATAAATAGTGGTATATGCCTGATTCTTTA  850
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCCAGTCATAG-AAAATATAAATAGTGGTATATGCCTGATTCTTTA  849

seq1  TTATTAATATTTTAATTATGCATGTGTGATGGGAGTTCTCTGTATAGGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTATTAATATTTTAATTATGCATGTGTGATGGGAGTTTTCTGTATAGGTT  899

seq1  TGTGCACACAAGGGCAGGAATCCATGGATGAAAGAATATTGAGACATCCC  950
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGTGCACACAA-GGCAGGAATCCATGGATGAAAG-ATATTGAGACATCCC  947

seq1  TGGAGTTGGGGGTTTTAGGCAGTTGTGTACCACCCATTGTATGTGTTGAG  1000
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTTGGGGG-TTTAGGCAGTTGTGTACCACCCATTGTATGTGTTGAG  996

seq1  ATTTTAGCATACAAGAGCAATATGTGCTCTTAACCATTGAACTATCTCTC  1050
      |||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |
seq2  ATTTTAGCATAC-AGAGC-ATATGTGCTCTTAAACATTG-ACTATCTC-C  1042

seq1  CAACTACAAATACCTGGATATTATAGACTGCCTGTTCATCT-CTTTCTAT  1099
        ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  TCACTAC-AATACCTGGA-ATTATAGACTG-CTGTTCATCTCCTTTCTAT  1089

seq1  GAAAAAAGGTTTTACTTTAGTCCTTTTAAATCAATCTTGTTATTGTCAGA  1149
      ||| ||||  |||||||||| ||||||||  ||                 
seq2  GAAGAAAG--TTTACTTTAG-CCTTTTAATACA-----------------  1119

seq1  AATAATGACACATGGCATTCACTAATACAAATTTGCATAAACAAGTGTAG  1199
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1119

seq1  CTTTGAGTTGCATGTGTACCAGTAGAAATCTCCATCTTATTTCCCAGAAA  1249
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1119

seq1  TCCTGTAGGAAATAAAATGTGTTTTTAATACA  1281
                                      
seq2  --------------------------------  1119