BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-147N01
Chromosome6 (Build37)
Map Location 136,850,637 - 136,981,118
singlet/doubletdoublet
Overlap geneErp27, Arhgdib, Pde6h
Upstream geneGrin2b, EG668137, LOC545887, E330021D16Rik, EG627022, LOC100043893, Atf7ip, 1100001H23Rik, LOC100043894, Gucy2c, Hist4h4, H2afj, Wbp11, BC049715, C030030A07Rik, Art4, Mgp
Downstream geneRerg, Ptpro, Eps8, Strap, Dera, 9830102E05Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-147N01.bB6Ng01-147N01.g
ACCDH944588DH944589
length9911,019
definitionDH944588|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147N01, 5' end.DH944589|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147N01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,850,637 - 136,851,622)(136,980,100 - 136,981,118)
sequence
gaattctctgctccatggatcttcctctaaggccaagcttacttccctcc
ttcaggagtcaaccctgcttggcatcctcatagccagttaataagtattt
aaatgaatgattgagtatatgaataaatgatgctttcccatactgcctag
tatccatcctaccccttatcttcccaaaacatatgtatttatacaggtct
aatgaagacagttttcctttgagtcccaacccaatgaggcgagctcagag
aggagagctaagagaagtgtatgcatggtagagcaattcatcggatgctt
cgacttcagagacccactgtccctagaaattctgaccttcccagcaacct
gagcatcggagagaccaagagcaatgaaatataaatgttacctggttgcc
atggtctcatccaagcataggataatgtacaatatcgtttatcctaagcc
ctttatagtaacctgctggagtactcgactcttctctcaggaagtgtatg
gtggctattcgtggttgtcaacttgattacatctggaaacggaagtcatg
cttgtaagagatatcttgttagatttgaagtgggcgcacccacgtctagt
ccggacctttgaggtaggaaatcacatacctatgatctggatcttgaggt
ggaaagacacatctttaatctgggccacaccgtctgctggaagcctatat
aagagcttgcaagaaagaggttggtctttgactgcttgttcttgccttgc
tagaaagtcccttccatcactggcatgagagccttcgttttttaggattc
taatttctactgaagaccagcggagacatccaccctgtgcactgagcaat
ttctagattcttagactttctgttcatagcctgccattattggattagct
gtactgtagcctgtaatttgatttcaatggaatacccctcccccagaaga
gagcttcattctaataagttctgctactctaaagaaccctg
gaattcccgaagtggtttgaagactagaagatactaccgtccaccagtca
tttagctttatttatttgcttttgttcatttaagtgtttgttttgtatga
atgtatgtgcatcacatgcatgtccagtacacatggaggccaaagaatgg
catcagatgccctggaactggagttacacacagttgtgtgctgctgtggg
tgctgggaactgaacccaggtcctctgcaagatcagaagagctgttacct
gctgggccatatctccagcccccacatgtcatttttacttatgctggctt
caacaatacccccttatctttttatttcacctcaacttactcattagtta
aataaaaatgccagagctgaaggcaacagaggggaaccgagaaaacggaa
tttatttttcttttattactttatgtatatgttggcgtgtgccaaatctg
tgcaagaaaaaggagactttcatactttcagataatggaacactctctac
tcctagtttgtctttggcatgtaggaaagcatcaatactggctgtcaaaa
tagctggtttacttatttatctatttttacactttatgtaaatgtgtgta
tgcttgtgtgtatgcacatctgtgtgtgtgcacgtttgtgcaggcatgta
gcatgtgcatgtgtgtaggctagaggaaggccttaggatgtcttttatgt
agagcattgtccttatttttggagacaggatttctccctggctgaggctc
atagattagtgagccccagggatccacatatctatgccatcagcaatgca
ggggattacaaactcatgacaacacatctggactttttttttacatatgt
ttagggcatcaaaactgggtcctaatgtttgtggggcaagcactttagtg
actgatttacgagctgaatattcccccaacctattttttttctctgctaa
gtcttactatcatatgggaagtccagacagaaccaggcctctgagttctt
ttaaactccttaattaact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_136850637_136851622
seq2: B6Ng01-147N01.b_47_1037

seq1  GAATTCTCTGCTCCATGGATCTTCCTCTAAGGCCAAGCTTACTTCCCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGCTCCATGGATCTTCCTCTAAGGCCAAGCTTACTTCCCTCC  50

seq1  TTCAGGAGTCAACCCTGCTTGGCATCCTCATAGCCAGTTAATAAGTATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGAGTCAACCCTGCTTGGCATCCTCATAGCCAGTTAATAAGTATTT  100

seq1  AAATGAATGATTGAGTATATGAATAAATGATGCTTTCCCATACTGCCTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAATGATTGAGTATATGAATAAATGATGCTTTCCCATACTGCCTAG  150

seq1  TATCCATCCTACCCCTTATCTTCCCAAAACATATGTATTTATACAGGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCATCCTACCCCTTATCTTCCCAAAACATATGTATTTATACAGGTCT  200

seq1  AATGAAGACAGTTTTCCTTTGAGTCCCAACCCAATGAGGCGAGCTCAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGACAGTTTTCCTTTGAGTCCCAACCCAATGAGGCGAGCTCAGAG  250

seq1  AGGAGAGCTAAGAGAAGTGTATGCATGGTAGAGCAATTCATCGGATGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGCTAAGAGAAGTGTATGCATGGTAGAGCAATTCATCGGATGCTT  300

seq1  CGACTTCAGAGACCCACTGTCCCTAGAAATTCTGACCTTCCCAGCAACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTTCAGAGACCCACTGTCCCTAGAAATTCTGACCTTCCCAGCAACCT  350

seq1  GAGCATCGGAGAGACCAAGAGCAATGAAATATAAATGTTACCTGGTTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATCGGAGAGACCAAGAGCAATGAAATATAAATGTTACCTGGTTGCC  400

seq1  ATGGTCTCATCCAAGCATAGGATAATGTACAATATCGTTTATCCTAAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCTCATCCAAGCATAGGATAATGTACAATATCGTTTATCCTAAGCC  450

seq1  CTTTATAGTAACCTGCTGGAGTACTCGACTCTTCTCTCAGGAAGTGTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATAGTAACCTGCTGGAGTACTCGACTCTTCTCTCAGGAAGTGTATG  500

seq1  GTGGCTATTCGTGGTTGTCAACTTGATTACATCTGGAAACGGAAGTCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTATTCGTGGTTGTCAACTTGATTACATCTGGAAACGGAAGTCATG  550

seq1  CTTGTAAGAGATATCTTGTTAGATTTGAAGTGGGCGCACCCACGTCTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAAGAGATATCTTGTTAGATTTGAAGTGGGCGCACCCACGTCTAGT  600

seq1  CCGGACCTTTGAGGTAGGAAATCACATACCTATGATCTGGATCTTGAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGACCTTTGAGGTAGGAAATCACATACCTATGATCTGGATCTTGAGGT  650

seq1  GGAAAGACACATCTTTAATCTGGGCCACACCGTCTGCTGGAAGCCTATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGACACATCTTTAATCTGGGCCACACCGTCTGCTGGAAGCCTATAT  700

seq1  AAGAGCTTGCAAGAAAGAGGTTGGTCTTTGACTGCTTGTTCTTGCCTTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTTGCAAGAAAGAGGTTGGTCTTTGACTGCTTGTTCTTGCCTTGC  750

seq1  TAGAAAGTCCCTTCCATCACTGGCATGAGAGCCTTCG-TTTTTAGGATTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAGAAAGTCCCTTCCATCACTGGCATGAGAGCCTTCGTTTTTTAGGATTC  800

seq1  TAATTTCTACTGAAGACCAGCGGAGACATCCACCCTGTGCACTGAGCAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCTACTGAAGACCAGCGGAGACATCCACCCTGTGCACTGAGCAAT  850

seq1  TTCTAGATTCTTAGACTTTCTGTTCATAGCCTGCCATTATTGTATTAGCT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTCTAGATTCTTAGACTTTCTGTTCATAGCCTGCCATTATTGGATTAGCT  900

seq1  GTACTGTAGCCTGTAA-TTGATTCCAAT-GAATACCCCTCCCCCAG-AGA  946
      |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||
seq2  GTACTGTAGCCTGTAATTTGATTTCAATGGAATACCCCTCCCCCAGAAGA  950

seq1  GAGCTTCATTCT-ATAAGTTCTGCTACTCTAAAGAACCCTG  986
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCATTCTAATAAGTTCTGCTACTCTAAAGAACCCTG  991

seq1: chr6_136980100_136981118
seq2: B6Ng01-147N01.g_70_1088 (reverse)

seq1  AGTTAATTAA-GAGTTTAAAAAGAACTCAGA-GCCTGGTTCTGTCTGGAC  48
      |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGTTAATTAAGGAGTTT-AAAAGAACTCAGAGGCCTGGTTCTGTCTGGAC  49

seq1  TTTTCCATATGATAGTAAGACTTAGCAGAGAAAAAAAATAGGTTGGGGGA  98
       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTCCCATATGATAGTAAGACTTAGCAGAGAAAAAAAATAGGTTGGGGGA  98

seq1  TATTTCAGCTCGTAACTCAGTCACTAAAGTGCTTGCCCCACAAACATTAG  148
         |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCAGCTCGTAAATCAGTCACTAAAGTGCTTGCCCCACAAACATTAG  148

seq1  GACCCAGTTTTGATGCCCTAAACATATGTAAAAAAAAAGTCCAGATGTGT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGTTTTGATGCCCTAAACATATGTAAAAAAAAAGTCCAGATGTGT  198

seq1  TGTCATGAGTTTGTAATCCCCTGCATTGCTGATGGCATAGATATGTGGAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGAGTTTGTAATCCCCTGCATTGCTGATGGCATAGATATGTGGAT  248

seq1  CCCTGGGGCTCACTAATCTATGAGCCTCAGCCAGGGAGAAATCCTGTCTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGGGCTCACTAATCTATGAGCCTCAGCCAGGGAGAAATCCTGTCTC  298

seq1  CAAAAATAAGGACAATGCTCTACATAAAAGACATCCTAAGGCCTTCCTCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATAAGGACAATGCTCTACATAAAAGACATCCTAAGGCCTTCCTCT  348

seq1  AGCCTACACACATGCACATGCTACATGCCTGCACAAACGTGCACACACAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTACACACATGCACATGCTACATGCCTGCACAAACGTGCACACACAC  398

seq1  AGATGTGCATACACACAAGCATACACACATTTACATAAAGTGTAAAAATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGCATACACACAAGCATACACACATTTACATAAAGTGTAAAAATA  448

seq1  GATAAATAAGTAAACCAGCTATTTTGACAGCCAGTATTGATGCTTTCCTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATAAGTAAACCAGCTATTTTGACAGCCAGTATTGATGCTTTCCTA  498

seq1  CATGCCAAAGACAAACTAGGAGTAGAGAGTGTTCCATTATCTGAAAGTAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCAAAGACAAACTAGGAGTAGAGAGTGTTCCATTATCTGAAAGTAT  548

seq1  GAAAGTCTCCTTTTTCTTGCACAGATTTGGCACACGCCAACATATACATA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCTCCTTTTTCTTGCACAGATTTGGCACACGCCAACATATACATA  598

seq1  AAGTAATAAAAGAAAAATAAATTCCGTTTTCTCGGTTCCCCTCTGTTGCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATAAAAGAAAAATAAATTCCGTTTTCTCGGTTCCCCTCTGTTGCC  648

seq1  TTCAGCTCTGGCATTTTTATTTAACTAATGAGTAAGTTGAGGTGAAATAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTCTGGCATTTTTATTTAACTAATGAGTAAGTTGAGGTGAAATAA  698

seq1  AAAGATAAGGGGGTATTGTTGAAGCCAGCATAAGTAAAAATGACATGTGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATAAGGGGGTATTGTTGAAGCCAGCATAAGTAAAAATGACATGTGG  748

seq1  GGGCTGGAGATATGGCCCAGCAGGTAACAGCTCTTCTGATCTTGCAGAGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGAGATATGGCCCAGCAGGTAACAGCTCTTCTGATCTTGCAGAGG  798

seq1  ACCTGGGTTCAGTTCCCAGCACCCACAGCAGCACACAACTGTGTGTAACT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGGTTCAGTTCCCAGCACCCACAGCAGCACACAACTGTGTGTAACT  848

seq1  CCAGTTCCAGGGCATCTGATGCCATTCTTTGGCCTCCATGTGTACTGGAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTCCAGGGCATCTGATGCCATTCTTTGGCCTCCATGTGTACTGGAC  898

seq1  ATGCATGTGATGCACATACATTCATACAAAACAAACACTTAAATGAACAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGTGATGCACATACATTCATACAAAACAAACACTTAAATGAACAA  948

seq1  AAGCAAATAAATAAAGCTAAATGACTGGTGGACGGTAGTATCTTCTAGTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAATAAATAAAGCTAAATGACTGGTGGACGGTAGTATCTTCTAGTC  998

seq1  TTCAAACCACTTCGGGAATTC  1019
      |||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACCACTTCGGGAATTC  1019