BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-150O20
Chromosome6 (Build37)
Map Location 33,896,559 - 34,016,176
singlet/doubletdoublet
Overlap geneExoc4, Lrguk
Upstream geneChchd3, LOC100039118, Gm1401
Downstream geneSlc35b4, Akr1b3, Akr1b8, LOC664942, 2310005E10Rik, Akr1b7, Bpgm, LOC100039184, Cald1, Agbl3, Tmem140, 3110062M04Rik, 9530020G05Rik, Stra8, 2010107G12Rik, Cnot4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-150O20.bB6Ng01-150O20.g
ACCDH946878DH946879
length1,1501,067
definitionDH946878|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150O20, 5' end.DH946879|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150O20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,015,011 - 34,016,176)(33,896,559 - 33,897,640)
sequence
gaattctttttgctcatacacatgaacaaaagtatgaagccaggctccag
gggaagatcctttcactgcttgcctgagccattgaaaagagcatattgct
caacagtggcaagcatgaaatccttcgcatctgaccatgccccatctaaa
gcgttacagaagcaatgcttagctgttgccacctccgtccatatcacagg
agagtgtccagggcttacttaggactgaaattctttctttgcacctgtca
ttttacaagcattatattgctactccttacaatcactggcaagaagtact
gataatacattctgaggtatgagccagacagagtggtgcacgcctttaat
cccagaggcagggatctatgagtctgaggccagcttggtctacaaagtaa
attccagaatagtcagggctacatagacaaaccctgtctcgaaaaacaac
agcacctacccctagccccaccaccaagcaccaagattcagagtaacccc
tgacaagaatagtgcttctgggaggaagtagggaggttggagaactgaga
gtctgggtcagtttttaagtgctagccacggtctgggatgtcacagggac
ctcagagaggaagctggcagaggcctccctaatcagcagacaggagacgc
tggtaagggcagtcaggcacatgcatatgcacaggtgtaccacggatgaa
actgctaccaagaacacagtatttctaacatcaaatttaatcatggagga
agcagcatacctatgttgtgttccctgtacaaatacattttccatccctg
aatcaaagaattatcagctatcccggagaaaccccttagggctcttcaga
tggtccaaatgacatttcaaaggactgttgcactccctagcatgccggtg
ggggaccgttaccatcaatgactgatttgccagaggagtcctctgaaagg
catgtggccacttttacaaatagagtcactaacatttgtgaactcttcat
ttgacatatcttcccccctccccccactttttcatgtagtttagaaggtg
acttaaagcagaaagtggtaaccctgtgttctgctaaatgagggagatgc
cctcaactataacatgtttgacctcatgtcaagcagttcaaaacaatggg

gaattcctttgtttcctgtttgcaatgctttgtgttgtacgttttcatct
gttgctgaatctctcagctatctatggtcattttaacaagtgagtttata
ggcatggcataaaatgctctgtgcgtgatcccccagtgaccacagcattc
tgggaatatggtctaggactctttatcgccaccgacaacaacaaagaaca
tatcctgctacagacactgactttcctagaaaaaagttaactctctgaaa
ggtaaggctggggattggcaatacagagatagaaacaaaggcttcctagg
tcttttgcctttgaaatcagaaaacggctccttgacagagagcatatttg
aacttgctgaagtctttctttataaccacatcacctcgaaagcaatatct
tatgtatagaaagcaattttgctctattacattaaggcattaggcatgtg
tggcctgtgtctgtcagcactttctcctgtggctacagctgctgtcactg
cccagtgactgtctcagtgtctgaggctcccagcccagtctcactgtttg
tggctgtcatcaccatcacatacaagctgttgcccctgccaccgccttcc
tgctgctaatggggctgactggcacctctccatgccacatcaaggtgcag
atgttgtcaccctgccaggctcagagccatctaacaccctctcctggcag
aattcattatcactttcccagaaaggataggatgccagctaagaccagcc
tagcctgagctcaccagccttttggtggggggactatggtagtcaccttg
ctacctgtgcaatctggtagctgtcaatgagacagcacctagggacttac
agaatcctgcatgtttaagagtttaccatagactaccacagtgggcccac
agtctctttagtttctggaatgaaagctattctgtgtagcttcatagcct
cttctctcccagtgtggcactagtcccacaggtaagtagtatctttctct
ttagcactatttggagtactgctatttgactcttagcagagctatgcagt
gagacacccgtcttggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_34015011_34016176
seq2: B6Ng01-150O20.b_48_1197 (reverse)

seq1  CCCATTGTTTTGTACTGGCCTTTTGACATGA-GTCAAACATGTTATAGTT  49
      |||||||||||| ||||     ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCCATTGTTTTGAACTG----CTTGACATGAGGTCAAACATGTTATAGTT  46

seq1  TGGAGTGCATCTCCCTTCATTTAGCCAGAACACAGGGTTTACCACTTTCT  99
        ||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| 
seq2  --GAGGGCATCTCCC-TCATTTAG-CAGAACACAGGG-TTACCACTTTC-  90

seq1  TGCTTTTAAGTCACCTTCTAAACTACATTGGAAAAGTTGGGGGGAGGGGG  149
      ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||
seq2  TGC-TTTAAGTCACCTTCTAAACTACAT--GAAAAAGTGGGGGGAGGGGG  137

seq1  GAAGATATGTTCAAATGAAGGAGTTCACAAATGTTAGTGACTCTATTTTG  199
      ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAAGATATG-TCAAATGAA-GAGTTCACAAATGTTAGTGACTCTA-TTTG  184

seq1  TAAAAAGTGGCCACATGCCTTTCAGAGGACTCCTCTGGCAAATCAGTCAT  249
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-AAAAGTGGCCACATGCCTTTCAGAGGACTCCTCTGGCAAATCAGTCAT  233

seq1  TGATGGTAACGGTCCCCCACCGGCATGCTAGGGAGTGCAACAGTCCTTTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTAACGGTCCCCCACCGGCATGCTAGGGAGTGCAACAGTCCTTTG  283

seq1  AAATGTCATTTGGACCATCTGAAGAGCCCTAAGGGGTTTCTCCGGGATAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCATTTGGACCATCTGAAGAGCCCTAAGGGGTTTCTCCGGGATAG  333

seq1  CTGATAATTCTTTGATTCAGGGATGGAAAATGTATTTGTACAGGGAACAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAATTCTTTGATTCAGGGATGGAAAATGTATTTGTACAGGGAACAC  383

seq1  AACATAGGTATGCTGCTTCCTCCATGATTAAATTTGATGTTAGAAATACT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGGTATGCTGCTTCCTCCATGATTAAATTTGATGTTAGAAATACT  433

seq1  GTGTTCTTGGTAGCAGTTTCATCCGTGGTACACCTGTGCATATGCATGTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTTGGTAGCAGTTTCATCCGTGGTACACCTGTGCATATGCATGTG  483

seq1  CCTGACTGCCCTTACCAGCGTCTCCTGTCTGCTGATTAGGGAGGCCTCTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTGCCCTTACCAGCGTCTCCTGTCTGCTGATTAGGGAGGCCTCTG  533

seq1  CCAGCTTCCTCTCTGAGGTCCCTGTGACATCCCAGACCGTGGCTAGCACT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTCCTCTCTGAGGTCCCTGTGACATCCCAGACCGTGGCTAGCACT  583

seq1  TAAAAACTGACCCAGACTCTCAGTTCTCCAACCTCCCTACTTCCTCCCAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACTGACCCAGACTCTCAGTTCTCCAACCTCCCTACTTCCTCCCAG  633

seq1  AAGCACTATTCTTGTCAGGGGTTACTCTGAATCTTGGTGCTTGGTGGTGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTATTCTTGTCAGGGGTTACTCTGAATCTTGGTGCTTGGTGGTGG  683

seq1  GGCTAGGGGTAGGTGCTGTTGTTTTTCGAGACAGGGTTTGTCTATGTAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGGGGTAGGTGCTGTTGTTTTTCGAGACAGGGTTTGTCTATGTAGC  733

seq1  CCTGACTATTCTGGAATTTACTTTGTAGACCAAGCTGGCCTCAGACTCAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTATTCTGGAATTTACTTTGTAGACCAAGCTGGCCTCAGACTCAT  783

seq1  AGATCCCTGCCTCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACTCTGTCTGGCTCATA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCCTGCCTCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACTCTGTCTGGCTCATA  833

seq1  CCTCAGAATGTATTATCAGTACTTCTTGCCAGTGATTGTAAGGAGTAGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGAATGTATTATCAGTACTTCTTGCCAGTGATTGTAAGGAGTAGCA  883

seq1  ATATAATGCTTGTAAAATGACAGGTGCAAAGAAAGAATTTCAGTCCTAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATGCTTGTAAAATGACAGGTGCAAAGAAAGAATTTCAGTCCTAAG  933

seq1  TAAGCCCTGGACACTCTCCTGTGATATGGACGGAGGTGGCAACAGCTAAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCCTGGACACTCTCCTGTGATATGGACGGAGGTGGCAACAGCTAAG  983

seq1  CATTGCTTCTGTAACGCTTTAGATGGGGCATGGTCAGATGCGAAGGATTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTTCTGTAACGCTTTAGATGGGGCATGGTCAGATGCGAAGGATTT  1033

seq1  CATGCTTGCCACTGTTGAGCAATATGCTCTTTTCAATGGCTCAGGCAAGC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTGCCACTGTTGAGCAATATGCTCTTTTCAATGGCTCAGGCAAGC  1083

seq1  AGTGAAAGGATCTTCCCCTGGAGCCTGGCTTCATACTTTTGTTCATGTGT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAAGGATCTTCCCCTGGAGCCTGGCTTCATACTTTTGTTCATGTGT  1133

seq1  ATGAGCAAAAAGAATTC  1166
      |||||||||||||||||
seq2  ATGAGCAAAAAGAATTC  1150

seq1: chr6_33896559_33897640
seq2: B6Ng01-150O20.g_68_1134

seq1  GAATTCCTTTGTTTCCTGTTTGCAATGCTTTGTGTTGTACGTTTTCATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTGTTTCCTGTTTGCAATGCTTTGTGTTGTACGTTTTCATCT  50

seq1  GTTGCTGAATCTCTCAGCTATCTATGGTCATTTTAACAAGTGAGTTTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTGAATCTCTCAGCTATCTATGGTCATTTTAACAAGTGAGTTTATA  100

seq1  GGCATGGCATAAAATGCTCTGTGCGTGATCCCCCAGTGACCACAGCATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGGCATAAAATGCTCTGTGCGTGATCCCCCAGTGACCACAGCATTC  150

seq1  TGGGAATATGGTCTAGGACTCTTTATCGCCACCGACAACAACAAAGAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATATGGTCTAGGACTCTTTATCGCCACCGACAACAACAAAGAACA  200

seq1  TATCCTGCTACAGACACTGACTTTCCTAGAAAAAAGTTAACTCTCTGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGCTACAGACACTGACTTTCCTAGAAAAAAGTTAACTCTCTGAAA  250

seq1  GGTAAGGCTGGGGATTGGCAATACAGAGATAGAAACAAAGGCTTCCTAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGGCTGGGGATTGGCAATACAGAGATAGAAACAAAGGCTTCCTAGG  300

seq1  TCTTTTGCCTTTGAAATCAGAAAACGGCTCCTTGACAGAGAGCATATTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGCCTTTGAAATCAGAAAACGGCTCCTTGACAGAGAGCATATTTG  350

seq1  AACTTGCTGAAGTCTTTCTTTATAACCACATCACCTCGAAAGCAATATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGCTGAAGTCTTTCTTTATAACCACATCACCTCGAAAGCAATATCT  400

seq1  TATGTATAGAAAGCAATTTTGCTCTATTACATTAAGGCATTAGGCATGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATAGAAAGCAATTTTGCTCTATTACATTAAGGCATTAGGCATGTG  450

seq1  TGGCCTGTGTCTGTCAGCACTTTCTCCTGTGGCTACAGCTGCTGTCACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGTGTCTGTCAGCACTTTCTCCTGTGGCTACAGCTGCTGTCACTG  500

seq1  CCCAGTGACTGTCTCAGTGTCTGAGGCTCCCAGCCCAGTCTCACTGTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGACTGTCTCAGTGTCTGAGGCTCCCAGCCCAGTCTCACTGTTTG  550

seq1  TGGCTGTCATCACCATCACATACAAGCTGTTGCCCCTGCCACCGCCTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTCATCACCATCACATACAAGCTGTTGCCCCTGCCACCGCCTTCC  600

seq1  TGCTGCTAATGGGGCTGACTGGCACCTCTCCATGCCACATCAAGGTGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTAATGGGGCTGACTGGCACCTCTCCATGCCACATCAAGGTGCAG  650

seq1  ATGTTGTCACCCTGCCAGGCTCAGAGCCATCTAACACCCTCTCCTGGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTCACCCTGCCAGGCTCAGAGCCATCTAACACCCTCTCCTGGCAG  700

seq1  AATTCATTATCACTTTCCCAGAAAGGATAGGATGCCAGCTAAGACCAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATTATCACTTTCCCAGAAAGGATAGGATGCCAGCTAAGACCAGCC  750

seq1  TAGCCTGAGCTCACCAGCCTTTTGGTGGGGGGACTATGGTAGTCACCTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTGAGCTCACCAGCCTTTTGGTGGGGGGACTATGGTAGTCACCTTG  800

seq1  CTACCTGTGCAATCTGGTAGCTGTCAATGAGACAGCACCTAGGGACTTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTGTGCAATCTGGTAGCTGTCAATGAGACAGCACCTAGGGACTTAC  850

seq1  AGAATCCTGCATGTTTAAGAGTTTACCATAGACTACCACAGTGGGCCCAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGAATCCTGCATGTTTAAGAGTTTACCATAGACTACCACAGTGGGCCC-A  899

seq1  CAGTCTCTTTAGTTTCTGGAATGAAAAGCTATTCTGTGTAGCTTCAATAG  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAGTCTCTTTAGTTTCTGGAATG-AAAGCTATTCTGTGTAGCTTC-ATAG  947

seq1  CCTCTTCCTCCTCCCAGTGTGGCCACTTAGGTCCCACAGGTAAGTAGTAT  1000
      |||||||   |||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTC--TCTCCCAGTGTGG-CACT--AGTCCCACAGGTAAGTAGTAT  992

seq1  CTTTCCTCCTTTAGCACTATTTGGGAAGTTACTGCCAATTTGGAACTCTA  1050
      |||||   ||||||||||||||||  || ||||| | |||||  ||||| 
seq2  CTTTC--TCTTTAGCACTATTTGG--AG-TACTG-CTATTTG--ACTCTT  1034

seq1  GCCAGAGCTATGCAGTGAGACA-CCGTCTTGGG  1082
        |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGCAGAGCTATGCAGTGAGACACCCGTCTTGGG  1067