BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-154P05
Chromosome6 (Build37)
Map Location 80,146,853 - 80,286,362
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC621815, LOC100043392, Lrrtm4
Downstream geneLOC100043390, LOC100042991
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-154P05.bB6Ng01-154P05.g
ACCDH949860DH949861
length9591,163
definitionDH949860|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154P05, 5' end.DH949861|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154P05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,146,853 - 80,147,691)(80,285,189 - 80,286,362)
sequence
gaattcatgtttatgtattgtatctgggagataatgaatgccaaatccct
gtgaacacttttgctattttgaagttgcatatgaatctgctatttttaaa
gtaaatgggaagaaagattgtgatagtattctaatattcctctaaatgca
gcacccacattgtaaaagagtaactttatcacctcactgtggaagtcaac
agtgacttaaagcattttcttttctaatttttttcccaaatgacttttat
tacagacgaaagttctggctttctgtcatgcattaaaattgcataatttg
tccatacttctcttataattgctttattatagcacttttaaaaattaatt
attttatttattacattccaaatgttgccccctccagtctcctctgcaag
agttctttacttcctccccctccactttgcctctgaaaggatgctcccct
ccccttcccatcacacttctggctgttccccttccctggggcatcatgtc
tcaacagaattagacacattctcacccactgaagccaaacaaggcagtcc
tctgcctcatatgcatcaggggccatggaccagcctgtgaatgctctttg
gttggtggctcagtctctgggagcttccaagtgtctaggttagttgacac
tgttggtcttcctgtggggtcgtcatcctcttcagtcccttcagtccctt
cagttcttcctctcattcttccatggggatccccgaccttagtccaatgg
ttggctgtaagtagatgcacctgtctcagtcagctgctggtagagcctca
cacaggacagccatgcaaggctcctgcttgcaagcacaacataggcataa
gtaatagtgtcagagtttgatgcctgcccctgggatagatcccaaagttg
agctggtcactggatggcttgtacttcagaatcttctcctattttgtttc
taattttct
gaattcactcatacccaaagacatacggaaggaacaagagaggatgttac
ctcttagctcattctctcattccaagatttagttatctttcttataaggc
ccagacatacttacctagtgatgatgccacgcacagtgggttgaaacact
cccacatcaattaaataatcaacacaatcctccactgccatgctcatagg
tcaaagtaatttaggtaatttgagctaagtagaacaccatcttgtttcac
agtacagtacgcatggcagagaatgcttggtgacagccgcagagagcagc
tggcaacaacacctccacagtaagctagcatagaatgaagaattctggca
ctaagcttgctttctccatttccttcagttcaggaccctagtccatggaa
tgggaccactcacaactagagtgggtcgaacaactgcaactaatgtcatc
tagaaatgtcctcactgacaagcccagagattgtctcccaggggattctg
catctcacaagttgacaatgaaacgaaaggtaaagtaaaaacatgtgagc
gaaacctccaaattgatgaggtcttatgtttctggatttaaaatcactta
tacagaaactaagttttgggtgggatggtaaaaaaaaattacagtttttt
actttgtcataaattgaagaaaaatatcttactgtaaatgtaacctttat
ttgcctgaggaagctgtcatctcataagcttactgctgaataagctcacc
ctttctagttcttcctgaactttctcttgacctgtgtctaacctgtaagt
ttttatcataaatatgctacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacatattccagtattcatataaagtagtttcctccaggaaaa
ctaactcttatgttatgaaagcagagattaatatttatatcaagtgttgt
ttgtggccatatatactgcaagaaatggaaagactgagatagacttctca
accagtattcaaatcaaatttcacatgactatttgctctggggtgactca
tgaagctggaatcacatctggactatgcaaaatgttgttgatgatcttct
ggataactcattcttgctaattcctaggaattaggcagttcaaccacaaa
gcagatgagccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_80146853_80147691
seq2: B6Ng01-154P05.b_49_887

seq1  GAATTCATGTTTATGTATTGTATCTGGGAGATAATGAATGCCAAATCCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTTTATGTATTGTATCTGGGAGATAATGAATGCCAAATCCCT  50

seq1  GTGAACACTTTTGCTATTTTGAAGTTGCATATGAATCTGCTATTTTTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACACTTTTGCTATTTTGAAGTTGCATATGAATCTGCTATTTTTAAA  100

seq1  GTAAATGGGAAGAAAGATTGTGATAGTATTCTAATATTCCTCTAAATGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATGGGAAGAAAGATTGTGATAGTATTCTAATATTCCTCTAAATGCA  150

seq1  GCACCCACATTGTAAAAGAGTAACTTTATCACCTCACTGTGGAAGTCAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCACATTGTAAAAGAGTAACTTTATCACCTCACTGTGGAAGTCAAC  200

seq1  AGTGACTTAAAGCATTTTCTTTTCTAATTTTTTTCCCAAATGACTTTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTTAAAGCATTTTCTTTTCTAATTTTTTTCCCAAATGACTTTTAT  250

seq1  TACAGACGAAAGTTCTGGCTTTCTGTCATGCATTAAAATTGCATAATTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGACGAAAGTTCTGGCTTTCTGTCATGCATTAAAATTGCATAATTTG  300

seq1  TCCATACTTCTCTTATAATTGCTTTATTATAGCACTTTTAAAAATTAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATACTTCTCTTATAATTGCTTTATTATAGCACTTTTAAAAATTAATT  350

seq1  ATTTTATTTATTACATTCCAAATGTTGCCCCCTCCAGTCTCCTCTGCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTTATTACATTCCAAATGTTGCCCCCTCCAGTCTCCTCTGCAAG  400

seq1  AGTTCTTTACTTCCTCCCCCTCCACTTTGCCTCTGAAAGGATGCTCCCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTTACTTCCTCCCCCTCCACTTTGCCTCTGAAAGGATGCTCCCCT  450

seq1  CCCCTTCCCATCACACTTCTGGCTGTTCCCCTTCCCTGGGGCATCATGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTCCCATCACACTTCTGGCTGTTCCCCTTCCCTGGGGCATCATGTC  500

seq1  TCAACAGAATTAGACACATTCTCACCCACTGAAGCCAAACAAGGCAGTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAGAATTAGACACATTCTCACCCACTGAAGCCAAACAAGGCAGTCC  550

seq1  TCTGCCTCATATGCATCAGGGGCCATGGACCAGCCTGTGAATGCTCTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCATATGCATCAGGGGCCATGGACCAGCCTGTGAATGCTCTTTG  600

seq1  GTTGGTGGCTCAGTCTCTGGGAGCTTCCAAGTGTCTAGGTTAGTTGACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTGGCTCAGTCTCTGGGAGCTTCCAAGTGTCTAGGTTAGTTGACAC  650

seq1  TGTTGGTCTTCCTGTGGGGTCGTCATCCTCTTCAGTCCCTTCAGTCCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGTCTTCCTGTGGGGTCGTCATCCTCTTCAGTCCCTTCAGTCCCTT  700

seq1  CAGTTCTTCCTCTCATTCTTCCATGGGGATCCCCGACCTTAGTCCAATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTTCCTCTCATTCTTCCATGGGGATCCCCGACCTTAGTCCAATGG  750

seq1  TTGGCTGTAAGTAGATGCACCTGTCTCAGTCAGCTGCTGGTAGAGCCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGTAAGTAGATGCACCTGTCTCAGTCAGCTGCTGGTAGAGCCTCA  800

seq1  CACAGGACAGCCATGCAAGGCTCCTGCTTGCAAGCACAA  839
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGACAGCCATGCAAGGCTCCTGCTTGCAAGCACAA  839

seq1: chr6_80285189_80286362
seq2: B6Ng01-154P05.g_69_1231 (reverse)

seq1  CTGGCTCATCTTGCTTTGTGGTTGAACATGCTAGATTCCTAGGAATTAGC  50
      |||||||||| |||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCATC-TGCTTTGTGGTTGAAC-TGCCTAATTCCTAGGAATTAGC  48

seq1  AAGGATTGAGTTTTATCCCAGAAGATCATCAACATACATTTTGCATAGTC  100
      || || |||||| |   ||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AA-GAATGAGTTAT---CCAGAAGATCATCAACA-ACATTTTGCATAGTC  93

seq1  CAGATGTTGATTTCCAGCCTCATGAGTCACTCAAGAGCAAATAGTCATGT  150
      |||||| ||| ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||
seq2  CAGATG-TGA-TTCCAGCTTCATGAGTCACCCCAGAGCAAATAGTCATGT  141

seq1  GAAATTTGATTTTGAATACTGGTTGAGAAGTCTATCTCAGTCTTTCCATT  200
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTGA-TTTGAATACTGGTTGAGAAGTCTATCTCAGTCTTTCCATT  190

seq1  TCTTTGCAGTATATATGGCCACAAACAACACTTGATATAAATATTAATCT  250
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TC-TTGCAGTATATATGGCCACAAACAACACTTGATATAAATATTAATCT  239

seq1  CTGCTTTCATAACATAAGAGTTAGTTTTCCTGGAGGAAACTACTTTATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTCATAACATAAGAGTTAGTTTTCCTGGAGGAAACTACTTTATAT  289

seq1  GAATACTGGAATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACTGGAATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  339

seq1  GTGTGTAGCATATTTATGATAAAAACTTACAGGTTAGACACAGGTCAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTAGCATATTTATGATAAAAACTTACAGGTTAGACACAGGTCAAGA  389

seq1  GAAAGTTCAGGAAGAACTAGAAAGGGTGAGCTTATTCAGCAGTAAGCTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTTCAGGAAGAACTAGAAAGGGTGAGCTTATTCAGCAGTAAGCTTA  439

seq1  TGAGATGACAGCTTCCTCAGGCAAATAAAGGTTACATTTACAGTAAGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGACAGCTTCCTCAGGCAAATAAAGGTTACATTTACAGTAAGATA  489

seq1  TTTTTCTTCAATTTATGACAAAGTAAAAAACTGTAATTTTTTTTTACCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTCAATTTATGACAAAGTAAAAAACTGTAATTTTTTTTTACCAT  539

seq1  CCCACCCAAAACTTAGTTTCTGTATAAGTGATTTTAAATCCAGAAACATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCAAAACTTAGTTTCTGTATAAGTGATTTTAAATCCAGAAACATA  589

seq1  AGACCTCATCAATTTGGAGGTTTCGCTCACATGTTTTTACTTTACCTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTCATCAATTTGGAGGTTTCGCTCACATGTTTTTACTTTACCTTTC  639

seq1  GTTTCATTGTCAACTTGTGAGATGCAGAATCCCCTGGGAGACAATCTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATTGTCAACTTGTGAGATGCAGAATCCCCTGGGAGACAATCTCTG  689

seq1  GGCTTGTCAGTGAGGACATTTCTAGATGACATTAGTTGCAGTTGTTCGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGTCAGTGAGGACATTTCTAGATGACATTAGTTGCAGTTGTTCGAC  739

seq1  CCACTCTAGTTGTGAGTGGTCCCATTCCATGGACTAGGGTCCTGAACTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTAGTTGTGAGTGGTCCCATTCCATGGACTAGGGTCCTGAACTGA  789

seq1  AGGAAATGGAGAAAGCAAGCTTAGTGCCAGAATTCTTCATTCTATGCTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATGGAGAAAGCAAGCTTAGTGCCAGAATTCTTCATTCTATGCTAG  839

seq1  CTTACTGTGGAGGTGTTGTTGCCAGCTGCTCTCTGCGGCTGTCACCAAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTGTGGAGGTGTTGTTGCCAGCTGCTCTCTGCGGCTGTCACCAAGC  889

seq1  ATTCTCTGCCATGCGTACTGTACTGTGAAACAAGATGGTGTTCTACTTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTGCCATGCGTACTGTACTGTGAAACAAGATGGTGTTCTACTTAG  939

seq1  CTCAAATTACCTAAATTACTTTGACCTATGAGCATGGCAGTGGAGGATTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAATTACCTAAATTACTTTGACCTATGAGCATGGCAGTGGAGGATTG  989

seq1  TGTTGATTATTTAATTGATGTGGGAGTGTTTCAACCCACTGTGCGTGGCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGATTATTTAATTGATGTGGGAGTGTTTCAACCCACTGTGCGTGGCA  1039

seq1  TCATCACTAGGTAAGTATGTCTGGGCCTTATAAGAAAGATAACTAAATCT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCACTAGGTAAGTATGTCTGGGCCTTATAAGAAAGATAACTAAATCT  1089

seq1  TGGAATGAGAGAATGAGCTAAGAGGTAACATCCTCTCTTGTTCCTTCCGT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGAGAGAATGAGCTAAGAGGTAACATCCTCTCTTGTTCCTTCCGT  1139

seq1  ATGTCTTTGGGTATGAGTGAATTC  1174
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTTGGGTATGAGTGAATTC  1163