BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161K24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 143,589,821 - 143,785,243
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSox5
Upstream geneAbcc9, Cmas, Gm766, EG665037, St8sia1, LOC665056, 5730419I09Rik, Etnk1, D6Ertd474e
Downstream gene4933425H06Rik, EG665149
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161K24.bB6Ng01-161K24.g
ACCDH954733DH954734
length6241,104
definitionDH954733|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161K24, 5' end.DH954734|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161K24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,589,821 - 143,590,444)(143,784,148 - 143,785,243)
sequence
gaattcttcaggaagagtctcatctccagatgtgcctgatgatctgtatt
cacttgcactgacagctggtcttgactgaattagaagttatttgaatata
aacgtgaacttgatagagttcatgaggctttaagaaaaagcctcagaatt
acgtctagaaccgttgtgtctgcggatatgtctgagatgatgacaaagac
aaccagggtgggtggaggcatggttggtgtgatggaccacttccgtgcat
gtgcgttgaagaagcaggatggatgaggagtgtgcagcatcttctgagga
tgactttactaatgtggtgtgacccgtatcacttgtggctcaagcaaaca
taagaccagttgcaggttgtggcttatcccaaatggtgggtggcagggga
cgggaagacagtgccttcagtctagcacagggagaaggggccgaggcagg
gggaggtgcatctgaaagtcttagagatcctatggaagtccatatgtttt
cttaagattttcttaagcagttgcttaagaaatggcccaccaattgtggg
caagaagttaagatcagcaggaaacagttttcttcatatatatatatata
tatatatatatatagagagagaga
gaattccaggctaaaactggatacaaggagggggccacacaccatctgca
gctgtgagcagcccctgcggttggatctgtacgtttgactcaggtggcgc
tgctttgttttcagagaagcatgcctcacctgccattagatcttaaagtc
tgggtttctggttacactaaccccacgactcagttcacacatggccacac
tgacagaatcaagaccacatctaaactgagaattagcacatgctattttt
agtgacacttcaaatttgttttttctctgtaaatacaagttagattaaac
acgaaacagtaaaaaggaaaaaaaaataaaacaggtcactaccactaaca
cagataatcatgagacaagacatctttcctcttaaaggaggaatcagtaa
aataaaagtcttgcttagtggagaggggggtcattaaaataagagtctgg
ctcagtgcatatttattatggtacatatgtatataacacacatttatgag
tcagatcttcgtgatgttgggtaggcgatttcatgtgtgtgaaaatcagt
tctctcattatgaaaacagctagaatgatgtctacctcatagcacaatag
caagatcacaaaatgtcatttttaaaaccattgtaacttatcttgtgagc
ctgggggaccccgagtggaggtagggggtgacttccaggaggtcagttct
ctccatccaccatctaagtctgggccagccaccagtgccctgcacccaat
gagctgtcccaggacccaagatgacccacgttcttagcacagctctcaca
catggaacccccccaatctatgcatcccccacttagaggggttcatttct
aaacccggtgttttcttacagacgtggtttctgaaaacacgtgatattat
gaactttttgtaagagcaattatgcccttcacatagaaaatactcaaaga
ctcagtaagtcagatttcacaacatgggacgacttcatgtggagcgttta
acgatgtaactggcgtccatatgaaattcttgagaccttcagtgcataat
aagcaaggttatttaactgtcattcaggtcaaaaataaatacactgccaa
gcgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_143589821_143590444
seq2: B6Ng01-161K24.b_48_671

seq1  GAATTCTTCAGGAAGAGTCTCATCTCCAGATGTGCCTGATGATCTGTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAGGAAGAGTCTCATCTCCAGATGTGCCTGATGATCTGTATT  50

seq1  CACTTGCACTGACAGCTGGTCTTGACTGAATTAGAAGTTATTTGAATATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGCACTGACAGCTGGTCTTGACTGAATTAGAAGTTATTTGAATATA  100

seq1  AACGTGAACTTGATAGAGTTCATGAGGCTTTAAGAAAAAGCCTCAGAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTGAACTTGATAGAGTTCATGAGGCTTTAAGAAAAAGCCTCAGAATT  150

seq1  ACGTCTAGAACCGTTGTGTCTGCGGATATGTCTGAGATGATGACAAAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCTAGAACCGTTGTGTCTGCGGATATGTCTGAGATGATGACAAAGAC  200

seq1  AACCAGGGTGGGTGGAGGCATGGTTGGTGTGATGGACCACTTCCGTGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGGGTGGGTGGAGGCATGGTTGGTGTGATGGACCACTTCCGTGCAT  250

seq1  GTGCGTTGAAGAAGCAGGATGGATGAGGAGTGTGCAGCATCTTCTGAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGTTGAAGAAGCAGGATGGATGAGGAGTGTGCAGCATCTTCTGAGGA  300

seq1  TGACTTTACTAATGTGGTGTGACCCGTATCACTTGTGGCTCAAGCAAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTACTAATGTGGTGTGACCCGTATCACTTGTGGCTCAAGCAAACA  350

seq1  TAAGACCAGTTGCAGGTTGTGGCTTATCCCAAATGGTGGGTGGCAGGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACCAGTTGCAGGTTGTGGCTTATCCCAAATGGTGGGTGGCAGGGGA  400

seq1  CGGGAAGACAGTGCCTTCAGTCTAGCACAGGGAGAAGGGGCCGAGGCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAAGACAGTGCCTTCAGTCTAGCACAGGGAGAAGGGGCCGAGGCAGG  450

seq1  GGGAGGTGCATCTGAAAGTCTTAGAGATCCTATGGAAGTCCATATGTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGTGCATCTGAAAGTCTTAGAGATCCTATGGAAGTCCATATGTTTT  500

seq1  CTTAAGATTTTCTTAAGCAGTTGCTTAAGAAATGGCCCACCAATTGTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGATTTTCTTAAGCAGTTGCTTAAGAAATGGCCCACCAATTGTGGG  550

seq1  CAAGAAGTTAAGATCAGCAGGAAACAGTTTTCTTCATATATATATATATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGTTAAGATCAGCAGGAAACAGTTTTCTTCATATATATATATATA  600

seq1  TATATATATATATAGAGAGAGAGA  624
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATAGAGAGAGAGA  624

seq1: chr6_143784148_143785243
seq2: B6Ng01-161K24.g_67_1170 (reverse)

seq1  GCGCTGGGCAGTGTA-TTATTTTTGACTTGAATGAACAGTTTAACTAAAC  49
      ||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| |||| |||| ||| |
seq2  GCGCTTGGCAGTGTATTTATTTTTGACCTGAATG-ACAG-TTAAATAACC  48

seq1  TTGCTTATTATGCACTGAAAAGCTCAAGAATTTCATA-GGACG-CAGTTA  97
      |||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  TTGCTTATTATGCACTGAAGGTCTCAAGAATTTCATATGGACGCCAGTTA  98

seq1  CATCGATAAACGCTCCACATGAAGTCGTCCCATGTTGTG-AATCTGACTT  146
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CATCGTTAAACGCTCCACATGAAGTCGTCCCATGTTGTGAAATCTGACTT  148

seq1  ACTGAGTCTTTGAGTA-TTTCTATGTG-AGGGCAT-AGTGCTCTCAC-AA  192
      |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| | |||||| || ||
seq2  ACTGAGTCTTTGAGTATTTTCTATGTGAAGGGCATAATTGCTCTTACAAA  198

seq1  AAGTTCAT-ATATCACGTGCTTTCAGAAACCACGTCTGT-AGAAAACACC  240
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAGTTCATAATATCACGTGTTTTCAGAAACCACGTCTGTAAGAAAACACC  248

seq1  GGGTTTAGAAATGAACCCCTCTAAGTGGGGGATGCATAGGATTGGGGGGG  290
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGGTTTAGAAATGAACCCCTCTAAGTGGGGGATGCATA-GATTGGGGGGG  297

seq1  TTCCATGTGTGAGAGCTGTGCTAAGAACGTGGGTCATCTTGGGTCCTGGG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGTGTGAGAGCTGTGCTAAGAACGTGGGTCATCTTGGGTCCTGGG  347

seq1  ACAGCTCATTGGGTGCA-GGCACTGGTGGCTGGCCCAGACTTAGATGGTG  389
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTCATTGGGTGCAGGGCACTGGTGGCTGGCCCAGACTTAGATGGTG  397

seq1  GATGGAGAGAACTGACCTCCTGGAAGTCACCCCCTACCTCCACTCGGGGT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGAGAACTGACCTCCTGGAAGTCACCCCCTACCTCCACTCGGGGT  447

seq1  CCCCCAGGCTCACAAGATAAGTTACAATGGTTTTAAAAATGACATTTTGT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAGGCTCACAAGATAAGTTACAATGGTTTTAAAAATGACATTTTGT  497

seq1  GATCTTGCTATTGTGCTATGAGGTAGACATCATTCTAGCTGTTTTCATAA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTGCTATTGTGCTATGAGGTAGACATCATTCTAGCTGTTTTCATAA  547

seq1  TGAGAGAACTGATTTTCACACACATGAAATCGCCTACCCAACATCACGAA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGAACTGATTTTCACACACATGAAATCGCCTACCCAACATCACGAA  597

seq1  GATCTGACTCATAAATGTGTGTTATATACATATGTACCATAATAAATATG  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGACTCATAAATGTGTGTTATATACATATGTACCATAATAAATATG  647

seq1  CACTGAGCCAGACTCTTATTTTAATGACCCCCCTCTCCACTAAGCAAGAC  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGCCAGACTCTTATTTTAATGACCCCCCTCTCCACTAAGCAAGAC  697

seq1  TTTTATTTTACTGATTCCTCCTTTAAGAGGAAAGATGTCTTGTCTCATGA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTACTGATTCCTCCTTTAAGAGGAAAGATGTCTTGTCTCATGA  747

seq1  TTATCTGTGTTAGTGGTAGTGACCTGTTTTATTTTTTTTTCCTTTTTACT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGTGTTAGTGGTAGTGACCTGTTTTATTTTTTTTTCCTTTTTACT  797

seq1  GTTTCGTGTTTAATCTAACTTGTATTTACAGAGAAAAAACAAATTTGAAG  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCGTGTTTAATCTAACTTGTATTTACAGAGAAAAAACAAATTTGAAG  847

seq1  TGTCACTAAAAATAGCATGTGCTAATTCTCAGTTTAGATGTGGTCTTGAT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTAAAAATAGCATGTGCTAATTCTCAGTTTAGATGTGGTCTTGAT  897

seq1  TCTGTCAGTGTGGCCATGTGTGAACTGAGTCGTGGGGTTAGTGTAACCAG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCAGTGTGGCCATGTGTGAACTGAGTCGTGGGGTTAGTGTAACCAG  947

seq1  AAACCCAGACTTTAAGATCTAATGGCAGGTGAGGCATGCTTCTCTGAAAA  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCAGACTTTAAGATCTAATGGCAGGTGAGGCATGCTTCTCTGAAAA  997

seq1  CAAAGCAGCGCCACCTGAGTCAAACGTACAGATCCAACCGCAGGGGCTGC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAGCGCCACCTGAGTCAAACGTACAGATCCAACCGCAGGGGCTGC  1047

seq1  TCACAGCTGCAGATGGTGTGTGGCCCCCTCCTTGTATCCAGTTTTAGCCT  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCTGCAGATGGTGTGTGGCCCCCTCCTTGTATCCAGTTTTAGCCT  1097

seq1  GGAATTC  1096
      |||||||
seq2  GGAATTC  1104