BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162E19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 111,982,810 - 112,064,285
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGrm7
Downstream gene1700054K19Rik, Lmcd1, D630042P16Rik, LOC619975, Cav3, Oxtr, LOC434076, EG434077, Rad18, Srgap3, EG666387, EG620161, LOC666397, Thumpd3, EG434078, Setd5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162E19.bB6Ng01-162E19.g
ACCDH955173DH955174
length9511,097
definitionDH955173|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162E19, 5' end.DH955174|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162E19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,982,810 - 111,983,762)(112,063,176 - 112,064,285)
sequence
gaattccagaggtgtggagtacctggagactctcagaaatcatgaatgga
tagagagttctcacattcaggccactccccatgaatcaaaccttttagag
taaagtacgtttcagagacaagagactcagtctacacatagactttctcc
aaaaacccatagaatatggaaatgaagttagagtcgatagaatttataag
aggtagtagaatagaaatagacacttctggaccattattaagtgtttcta
taaaagggggcagaaaaataatgtgatagaatctaatgaggagcctgaga
ttaagaattgtggagaaattgagatatagagatcagtaaaagtgtaccga
tagagctaaagatgataaagataatagagagataaagatgacagatgtgt
tagagatgaaggtgacagaaatattagacataaagaggaggtggcagaga
taacagagaatgatatgacaatgataacagatagagatgacttgatggag
ctgataaatatgatagagtgcagatgacagagataacagaatagagattt
ttagaatggggacttatagtaatgagagagactgagatgatcaatataat
ggagagagacagagattacagtaagagtaatgacatggagatgttggagg
tgatatggggatgaaaataacaattgacagagatggcaatgatactgatg
aagatgatatgacaaagatggagatgacagaaatggcagagatgggtgag
ggtaatgctggaggatgtgaaatcctgagcacactggaaaatggatggaa
gcaagctgttaattccaatgcaacataaacagctaagacagtacttctgg
agtagcagaccaacccagtccaaaatttttcatttgcacatcgaaacttc
actcacctatatggggagtaccagatttgctcttcaagagagaagaaagg
a
gaattcatcattgttcagacatttagctttgctctcttagaggtatagaa
gtattttattttattttctttagcaaggttcaatgtgcttgccaaaatac
aatagcgattgttagctaatcattactgtgtgtgaagcagacaaaacctc
tttaaaatgaatgtaggtttgttctgcagcgacagcaattctgactcact
gtttcctatcattttatggcagtggctgaagctaaagcttgacttaagcc
tttgttaagagctaagagaaaaccatccatatcacgagaacctctttcct
agctggcatgagtgtgagatctacaaagcttgtatgtcttgtctatgcca
tggttagttctaatccttccctaccacaagcatctagatgcaatgttgga
aagagctggctgagatcagtgtgggtttttattttgtatgttttaaagcc
aagttatcatatagaatatgctggtcttaaactcagtagctagctgaaga
caattttgaactttccatcttcctgtttcctccccccagagcgatggggt
tacagggcatgtcatcacacagtttgtgatgctagggattgaacccaggg
cttgatgcaagctaggcaagcactcttccaacttagccacacttgcagcc
atggtgtggacatttcttacgttccatgaccataaagaattttctgaaat
gtctttcattatgaagaaacttttgaagaattgttgcatagtccttaatc
caaggtagaagccacgtgatatttttttcagcttcccttgttattgagta
aagtcatgtgactcagaatatactaataagatatagatacaggagaaagg
aataggacaaagaagacaggagggtacagaatttcagagtggtggtagag
gcattggcttttgggaagacctttgggaagggatttcttggtgatcagag
tttgactggcatctaagcttctgtgttgtgaccaggagcagtaagactcc
cactacggttggtggcaaaatgtagttggttcactcttggtaccggccct
cagcacattggagaacatcagtgaccaattctgttatgtaatttgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_111982810_111983762
seq2: B6Ng01-162E19.b_44_994

seq1  GAATTCCAGAGGTGTGGAGTACCTGGAGACTCTCAGAAATCATGAATGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAGGTGTGGAGTACCTGGAGACTCTCAGAAATCATGAATGGA  50

seq1  TAGAGAGTTCTCACATTCAGGCCACTCCCCATGAATCAAACCTTTTAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGTTCTCACATTCAGGCCACTCCCCATGAATCAAACCTTTTAGAG  100

seq1  TAAAGTACGTTTCAGAGACAAGAGACTCAGTCTACACATAGACTTTCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTACGTTTCAGAGACAAGAGACTCAGTCTACACATAGACTTTCTCC  150

seq1  AAAAACCCATAGAATATGGAAATGAAGTTAGAGTCGATAGAATTTATAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCCATAGAATATGGAAATGAAGTTAGAGTCGATAGAATTTATAAG  200

seq1  AGGTAGTAGAATAGAAATAGACACTTCTGGACCATTATTAAGTGTTTCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGTAGAATAGAAATAGACACTTCTGGACCATTATTAAGTGTTTCTA  250

seq1  TAAAAGGGGGCAGAAAAATAATGTGATAGAATCTAATGAGGAGCCTGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGGGGGCAGAAAAATAATGTGATAGAATCTAATGAGGAGCCTGAGA  300

seq1  TTAAGAATTGTGGAGAAATTGAGATATAGAGATCAGTAAAAGTGTACCGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAATTGTGGAGAAATTGAGATATAGAGATCAGTAAAAGTGTACCGA  350

seq1  TAGAGCTAAAGATGATAAAGATAATAGAGAGATAAAGATGACAGATGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCTAAAGATGATAAAGATAATAGAGAGATAAAGATGACAGATGTGT  400

seq1  TAGAGATGAAGGTGACAGAAATATTAGACATAAAGAGGAGGTGGCAGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGATGAAGGTGACAGAAATATTAGACATAAAGAGGAGGTGGCAGAGA  450

seq1  TAACAGAGAATGATATGACAATGATAACAGATAGAGATGACTTGATGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGAGAATGATATGACAATGATAACAGATAGAGATGACTTGATGGAG  500

seq1  CTGATAAATATGATAGAGTGCAGATGACAGAGATAACAGAATAGAGATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAAATATGATAGAGTGCAGATGACAGAGATAACAGAATAGAGATTT  550

seq1  TTAGAATGGGGACTTATAGTAATGAGAGAGACTGAGATGATCAATATAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATGGGGACTTATAGTAATGAGAGAGACTGAGATGATCAATATAAT  600

seq1  GGAGAGAGACAGAGATTACAGTAAGAGTAATGACATGGAGATGTTGGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGAGACAGAGATTACAGTAAGAGTAATGACATGGAGATGTTGGAGG  650

seq1  TGATATGGGGATGAAAATAACAATTGACAGAGATGGCAATGATACTGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGGGGATGAAAATAACAATTGACAGAGATGGCAATGATACTGATG  700

seq1  AAGATGATATGACAAAGATGGAGATGACAGAAATGGCAGAGATGGGTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGATATGACAAAGATGGAGATGACAGAAATGGCAGAGATGGGTGAG  750

seq1  GGTAATGCTGGAGGATGTGAAATCCTGAGCACACTGGAAAATGGATGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATGCTGGAGGATGTGAAATCCTGAGCACACTGGAAAATGGATGGAA  800

seq1  GCAAGCTGTTAATTCCAATGCAACATAAACAGCTAAGACAGTACTTCTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCTGTTAATTCCAATGCAACATAAACAGCTAAGACAGTACTTCTGG  850

seq1  AGTAGCAGACCAACCCAGTCCAAAACTTTTCATTTGTCACATCGAAACTT  900
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  AGTAGCAGACCAACCCAGTCCAAAATTTTTCATTTG-CACATCGAAACTT  899

seq1  CACTCACCTATATGGGGAGTACCAGAGTTGCTCTTCAAGAAGAGAAGAAA  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  CACTCACCTATATGGGGAGTACCAGATTTGCTCTTCAAG-AGAGAAGAAA  948

seq1  GGA  953
      |||
seq2  GGA  951

seq1: chr6_112063176_112064285
seq2: B6Ng01-162E19.g_67_1163 (reverse)

seq1  AACAAAATACATAACAAAGGATTTGGGTCACCTTGATG-TCTCCAATGTG  49
      |||||| |||||||||   || || ||||||  ||||| |||||||||| 
seq2  AACAAATTACATAACA---GAATT-GGTCAC--TGATGTTCTCCAATGT-  43

seq1  GCTGAAGGACTGTGTACCAAAGAGTGACCCAAAACTACATTTTGCCACC-  98
      ||||| || |   ||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||| 
seq2  GCTGAGGGCC--GGTACC-AAGAGTGAACC--AACTACATTTTGCCACCA  88

seq1  ACCGTAGTGGGAGTCCTACTGCTCCTGGTCACAAACACAGAAGCTTAGAT  148
      ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACCGTAGTGGGAGTCTTACTGCTCCTGGTCAC-AACACAGAAGCTTAGAT  137

seq1  GCCAGTCAAACTCTGATCACC-AGAAATCCCCTTCCCAAAGGTTCTTCCC  197
      ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  GCCAGTCAAACTCTGATCACCAAGAAAT-CCCTTCCCAAAGG-TCTTCCC  185

seq1  AAAAGCCCAATGCCTCTACCACCACTCCTGAAATTCTGTACCCTCCTGTC  247
      ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAG-CCAATGCCTCTACCACCACT-CTGAAATTCTGTACCCTCCTGTC  233

seq1  TTCTTTGTCCTATTCC-TTCTCCTGTATCTATATCTTATTAGTATATTCT  296
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGTCCTATTCCTTTCTCCTGTATCTATATCTTATTAGTATATTCT  283

seq1  GAGTCACATGACTTTACTCAATAACAAGGGAAGCTGAAAAAAATATCACG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCACATGACTTTACTCAATAACAAGGGAAGCTGAAAAAAATATCACG  333

seq1  TGGCTTCTACCTTGGATTAAGGACTATGCAACAATTCTTCAAAAGTTTCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCTACCTTGGATTAAGGACTATGCAACAATTCTTCAAAAGTTTCT  383

seq1  TCATAATGAAAGACATTTCAGAAAATTCTTTATGGTCATGGAACGTAAGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAATGAAAGACATTTCAGAAAATTCTTTATGGTCATGGAACGTAAGA  433

seq1  AATGTCCACACCATGGCTGCAAGTGTGGCTAAGTTGGAAGAGTGCTTGCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCCACACCATGGCTGCAAGTGTGGCTAAGTTGGAAGAGTGCTTGCC  483

seq1  TAGCTTGCATCAAGCCCTGGGTTCAATCCCTAGCATCACAAACTGTGTGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTGCATCAAGCCCTGGGTTCAATCCCTAGCATCACAAACTGTGTGA  533

seq1  TGACATGCCCTGTAACCCCATCGCTCTGGGGGGAGGAAACAGGAAGATGG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGCCCTGTAACCCCATCGCTCTGGGGGGAGGAAACAGGAAGATGG  583

seq1  AAAGTTCAAAATTGTCTTCAGCTAGCTACTGAGTTTAAGACCAGCATATT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTCAAAATTGTCTTCAGCTAGCTACTGAGTTTAAGACCAGCATATT  633

seq1  CTATATGATAACTTGGCTTTAAAACATACAAAATAAAAACCCACACTGAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATGATAACTTGGCTTTAAAACATACAAAATAAAAACCCACACTGAT  683

seq1  CTCAGCCAGCTCTTTCCAACATTGCATCTAGATGCTTGTGGTAGGGAAGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCAGCTCTTTCCAACATTGCATCTAGATGCTTGTGGTAGGGAAGG  733

seq1  ATTAGAACTAACCATGGCATAGACAAGACATACAAGCTTTGTAGATCTCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAACTAACCATGGCATAGACAAGACATACAAGCTTTGTAGATCTCA  783

seq1  CACTCATGCCAGCTAGGAAAGAGGTTCTCGTGATATGGATGGTTTTCTCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCATGCCAGCTAGGAAAGAGGTTCTCGTGATATGGATGGTTTTCTCT  833

seq1  TAGCTCTTAACAAAGGCTTAAGTCAAGCTTTAGCTTCAGCCACTGCCATA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCTTAACAAAGGCTTAAGTCAAGCTTTAGCTTCAGCCACTGCCATA  883

seq1  AAATGATAGGAAACAGTGAGTCAGAATTGCTGTCGCTGCAGAACAAACCT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATAGGAAACAGTGAGTCAGAATTGCTGTCGCTGCAGAACAAACCT  933

seq1  ACATTCATTTTAAAGAGGTTTTGTCTGCTTCACACACAGTAATGATTAGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCATTTTAAAGAGGTTTTGTCTGCTTCACACACAGTAATGATTAGC  983

seq1  TAACAATCGCTATTGTATTTTGGCAAGCACATTGAACCTTGCTAAAGAAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATCGCTATTGTATTTTGGCAAGCACATTGAACCTTGCTAAAGAAA  1033

seq1  ATAAAATAAAATACTTCTATACCTCTAAGAGAGCAAAGCTAAATGTCTGA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAAAATACTTCTATACCTCTAAGAGAGCAAAGCTAAATGTCTGA  1083

seq1  ACAATGATGAATTC  1110
      ||||||||||||||
seq2  ACAATGATGAATTC  1097