BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-166N10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 138,419,113 - 138,568,371
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLmo3
Upstream geneEps8, Strap, Dera, 9830102E05Rik, Mgst1
Downstream geneIgbp1b, EG668196, EG632971, LOC100043898
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-166N10.bB6Ng01-166N10.g
ACCDH958500DH958501
length1,0881,041
definitionDH958500|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166N10, 5' end.DH958501|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166N10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(138,567,281 - 138,568,371)(138,419,113 - 138,420,163)
sequence
gaattctttacctcacaattatactaatggttcagaataaatgattctca
gtgtctagatcactaccttactactttgcctgttgccctatcttgcaaca
tcttctttgtcagtctgagttgtaagtaaaaacagaaccaatataatatg
catgtagacatatgaggatatgaatccatatgtatgtgtatacatagtat
atgcaaaacatataaagtatattcaataccctttgtttaattagtgctta
aacttgtgctaataatatactaataatttcaatattttattgtagtgttc
ttttaaccgctttatttgtattctcttgctattgtgtttttctctgtatt
tggtggttagtagtttatttcaaaaaaccataaatattgctgcttattat
ataaaatgtaaaaaactaatatgcatgacacatatgtataaaataattaa
gttgagatataatagtcaatacctaatttattaagattgtagatttcaga
aaattagatatcctgaatttcaatacaaaatattactggccttgctcata
ttactgtgtgagaaaggaatatatccctgaagttaaggttagggactttt
gatttgtcttataatgttctttaatttaacatctattaggaaaacagtta
ttagtgaatgtggtggaattttttttctaacaaattgccttgatccatca
gcatggtcacagctgtaggtgaggcatacaggcaccaatccgggtttgcc
acattcaaacataccagatatattttcctttattccttattttctccctg
atttctttattcctggggacttttataggggaaaaagaagcaataaaccc
atttgatggattctgtgtcacatttgtcttttctctccttgtctctctag
taactcacttgctttaaattagagaaggacacaggtctcgggctctacag
ttcccacatcctgccaattgccagaggctctgtaatatcttcggcttgta
gcactcactctaaacacagatctgtagagagggtcttgtctggcattcca
gaacatggatacccatgaaaaacaagtcttcaatattc
gaattctttgaaaagcaaacctaagtaaaaacataagtagagcttttaaa
caaagaaagataagtaacaaacaaatccaacagacacaaagacctaatga
ttgattcaatgaagccaaacaggagtgaaaaagaaataagaataattcta
gccaccaatgatatgatcagtcctcgaaacttaagagatgtttaaatcag
tgtttctcaacctgtgggttgaaagagatcacctactaagatcatcctgc
atatcagatatttgcatcatgattcataaccgtagtaaaatgacagttat
gagatagcaacaaaaatgttatgattggaggttaccacaaaaggaactgc
attaaagggtccaagcattagggagattgagatccactggtttaaacaaa
tgaatgtccacctaggattgaaggaacctttgagtgtggggatgccattc
ataaagcctggcatccagctgtggggcaaacactctgaggtctactgcag
ataaactgtgagagagtccatatcagatggcagttgggggaagagtgagt
ttatggaaatgactcccaactacaggccttccacagtctttgcacctttt
ggaagtgtgaaggcgccctgaggtgcttgctatgaggacctggtggatag
aggccaaggatgaagtgaatggccattcactgctctcacatgatccaatg
caacaatcgcctcagaccaggatgccactggtgaggagacattgctgtag
accatggaacatttcaatgacatattgccagactctcatttgtgggtttc
tatgtaaaaacgtgtgcaaaacaaaaaccactaccactgacagaaaacgt
taggaggaatttgaacgctgattagttggtgggaagtattagaattatta
tcataagtagatgtgatatgatcaagttagtaaaccatcatcagaaccta
tatagaataataagaataaagctaaccaggttttagtttataacagaatg
gtgtgtgaaaaaagaggagtaggctgcatccactgtttacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_138567281_138568371
seq2: B6Ng01-166N10.b_45_1132 (reverse)

seq1  GAATATTGTAGACCTGTTTTTCATGGGTATCATTGTTCTGGAATGGCAGA  50
      |||||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||
seq2  GAATATTGAAGACTTGTTTTTCATGGGTATCCATGTTCTGGAATGCCAGA  50

seq1  CAGGACACTCTCTACAGATCTGTGTTTAGAGTGAGTGCTACAAGGCCGAA  100
      || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAAGACCCTCTCTACAGATCTGTGTTTAGAGTGAGTGCTACAA-GCCGAA  99

seq1  GATATTACAGAGCCTCTTGGCAATTGGCAGGATGTGGGAACTGTAGAGCC  150
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTACAGAGCCTC-TGGCAATTGGCAGGATGTGGGAACTGTAGAGCC  148

seq1  CGAGACCTGTGTTCCTTCTCTAATTTAAAGCAAGTGAGTTACTAGAGAGA  200
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGACCTGTG-TCCTTCTCTAATTTAAAGCAAGTGAGTTACTAGAGAGA  197

seq1  CAAGGAGAGAAAAGACAAATGTGACACAGAATCCATCAAATGGGTTTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGAGAAAAGACAAATGTGACACAGAATCCATCAAATGGGTTTATT  247

seq1  GCTTCTTTTTCCCCTATAAAAGTCCCCAGGAATAAAGAAATCAGGGAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTTTTCCCCTATAAAAGTCCCCAGGAATAAAGAAATCAGGGAGAA  297

seq1  AATAAGGAATAAAGGAAAATATATCTGGTATGTTTGAATGTGGCAAACCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGGAATAAAGGAAAATATATCTGGTATGTTTGAATGTGGCAAACCC  347

seq1  GGATTGGTGCCTGTATGCCTCACCTACAGCTGTGACCATGCTGATGGATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGGTGCCTGTATGCCTCACCTACAGCTGTGACCATGCTGATGGATC  397

seq1  AAGGCAATTTGTTAGAAAAAAAATTCCACCACATTCACTAATAACTGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAATTTGTTAGAAAAAAAATTCCACCACATTCACTAATAACTGTTT  447

seq1  TCCTAATAGATGTTAAATTAAAGAACATTATAAGACAAATCAAAAGTCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAATAGATGTTAAATTAAAGAACATTATAAGACAAATCAAAAGTCCC  497

seq1  TAACCTTAACTTCAGGGATATATTCCTTTCTCACACAGTAATATGAGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTTAACTTCAGGGATATATTCCTTTCTCACACAGTAATATGAGCAA  547

seq1  GGCCAGTAATATTTTGTATTGAAATTCAGGATATCTAATTTTCTGAAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGTAATATTTTGTATTGAAATTCAGGATATCTAATTTTCTGAAATC  597

seq1  TACAATCTTAATAAATTAGGTATTGACTATTATATCTCAACTTAATTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATCTTAATAAATTAGGTATTGACTATTATATCTCAACTTAATTATT  647

seq1  TTATACATATGTGTCATGCATATTAGTTTTTTACATTTTATATAATAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACATATGTGTCATGCATATTAGTTTTTTACATTTTATATAATAAGC  697

seq1  AGCAATATTTATGGTTTTTTGAAATAAACTACTAACCACCAAATACAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATATTTATGGTTTTTTGAAATAAACTACTAACCACCAAATACAGAG  747

seq1  AAAAACACAATAGCAAGAGAATACAAATAAAGCGGTTAAAAGAACACTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACACAATAGCAAGAGAATACAAATAAAGCGGTTAAAAGAACACTAC  797

seq1  AATAAAATATTGAAATTATTAGTATATTATTAGCACAAGTTTAAGCACTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATATTGAAATTATTAGTATATTATTAGCACAAGTTTAAGCACTA  847

seq1  ATTAAACAAAGGGTATTGAATATACTTTATATGTTTTGCATATACTATGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACAAAGGGTATTGAATATACTTTATATGTTTTGCATATACTATGT  897

seq1  ATACACATACATATGGATTCATATCCTCATATGTCTACATGCATATTATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACATACATATGGATTCATATCCTCATATGTCTACATGCATATTATA  947

seq1  TTGGTTCTGTTTTTACTTACAACTCAGACTGACAAAGAAGATGTTGCAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTCTGTTTTTACTTACAACTCAGACTGACAAAGAAGATGTTGCAAG  997

seq1  ATAGGGCAACAGGCAAAGTAGTAAGGTAGTGATCTAGACACTGAGAATCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGCAACAGGCAAAGTAGTAAGGTAGTGATCTAGACACTGAGAATCA  1047

seq1  TTTATTCTGAACCATTAGTATAATTGTGAGGTAAAGAATTC  1091
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCTGAACCATTAGTATAATTGTGAGGTAAAGAATTC  1088

seq1: chr6_138419113_138420163
seq2: B6Ng01-166N10.g_69_1109

seq1  GAATTCTTTGAAAAGCAAACCTAAGTAAAAACATAAGTAGAGCTTTTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGAAAAGCAAACCTAAGTAAAAACATAAGTAGAGCTTTTAAA  50

seq1  CAAAGAAAGATAAGTAACAAACAAATCCAACAGACACAAAGACCTAATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAAGATAAGTAACAAACAAATCCAACAGACACAAAGACCTAATGA  100

seq1  TTGATTCAATGAAGCCAAACAGGAGTGAAAAAGAAATAAGAATAATTCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTCAATGAAGCCAAACAGGAGTGAAAAAGAAATAAGAATAATTCTA  150

seq1  GCCACCAATGATATGATCAGTCCTCGAAACTTAAGAGATGTTTAAATCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCAATGATATGATCAGTCCTCGAAACTTAAGAGATGTTTAAATCAG  200

seq1  TGTTTCTCAACCTGTGGGTTGAAAGAGATCACCTACTAAGATCATCCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTCAACCTGTGGGTTGAAAGAGATCACCTACTAAGATCATCCTGC  250

seq1  ATATCAGATATTTGCATCATGATTCATAACCGTAGTAAAATGACAGTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGATATTTGCATCATGATTCATAACCGTAGTAAAATGACAGTTAT  300

seq1  GAGATAGCAACAAAAATGTTATGATTGGAGGTTACCACAAAAGGAACTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGCAACAAAAATGTTATGATTGGAGGTTACCACAAAAGGAACTGC  350

seq1  ATTAAAGGGTCCAAGCATTAGGGAGATTGAGATCCACTGGTTTAAACAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGGGTCCAAGCATTAGGGAGATTGAGATCCACTGGTTTAAACAAA  400

seq1  TGAATGTCCACCTAGGATTGAAGGAACCTTTGAGTGTGGGGATGCCATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTCCACCTAGGATTGAAGGAACCTTTGAGTGTGGGGATGCCATTC  450

seq1  ATAAAGCCTGGCATCCAGCTGTGGGGCAAACACTCTGAGGTCTACTGCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCCTGGCATCCAGCTGTGGGGCAAACACTCTGAGGTCTACTGCAG  500

seq1  ATAAACTGTGAGAGAGTCCATATCAGATGGCAGTTGGGGGAAGAGTGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACTGTGAGAGAGTCCATATCAGATGGCAGTTGGGGGAAGAGTGAGT  550

seq1  TTATGGAAATGACTCCCAACTACAGGCCTTCCACAGTCTTTGCACCTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGAAATGACTCCCAACTACAGGCCTTCCACAGTCTTTGCACCTTTT  600

seq1  GGAAGTGTGAAGGCGCCCTGAGGTGCTTGCTATGAGGACCTGGTGGATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGTGAAGGCGCCCTGAGGTGCTTGCTATGAGGACCTGGTGGATAG  650

seq1  AGGCCAAGGATGAAGTGAATGGCCATTCACTGCTCTCACATGATCCAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAAGGATGAAGTGAATGGCCATTCACTGCTCTCACATGATCCAATG  700

seq1  CAACAATCGCCTCAGACCAGGATGCCACTGGTGAGGAGACATTGCTGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATCGCCTCAGACCAGGATGCCACTGGTGAGGAGACATTGCTGTAG  750

seq1  ACCATGGAACATTTCAATGACATATTGCCAGACTCTCATTTGTGGGTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGGAACATTTCAATGACATATTGCCAGACTCTCATTTGTGGGTTTC  800

seq1  TATGTAAAAACGTGTGCAAAACAAAAACCACTACCACTGACAGAAAACGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAAAAACGTGTGCAAAACAAAAACCACTACCACTGACAGAAAACGT  850

seq1  TAGGAGGAATTTGAACGCTGACTAGTTGGTGGGAAGTATTAAGAATTATT  900
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TAGGAGGAATTTGAACGCTGATTAGTTGGTGGGAAGTATT-AGAATTATT  899

seq1  ATCATAAGGTAGATGTGAATATGAATCAAGTTAGTAAAACCATCATCAGA  950
      ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATCATAA-GTAGATGTG-ATATG-ATCAAGTTAGT-AAACCATCATCAGA  945

seq1  ACCTATATTAGAATAATTAAGAATAAAGCTAAACAAGGTCTAAGATTTAT  1000
      ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||| | || |||||
seq2  ACCTATA-TAGAATAA-TAAGAATAAAGCT-AACCAGGTTTTAG-TTTAT  991

seq1  AACAGAATGGTGTGTGAGAAAAGAGGAAGTAGCCTGCATCCACTGTATAC  1050
      ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||
seq2  AACAGAATGGTGTGTGAAAAAAGAGG-AGTAGGCTGCATCCACTGTTTAC  1040

seq1  C  1051
      |
seq2  C  1041