BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-168M20
Chromosome6 (Build37)
Map Location 52,820,894 - 52,970,118
singlet/doubletdoublet
Overlap geneJazf1
Upstream geneSkap2, LOC666391, Hoxa1, Hoxa2, Hoxa3, Hoxa4, Hoxa5, Hoxa6, Hoxa7, Hoxa9, Hoxa10, Hoxa11, Hoxa13, Evx1, EG666487, 1700094M24Rik, EG545841, Hibadh, Tax1bp1
Downstream geneLOC666259, LOC666516, D430007I03, Creb5, LOC384386, 1200009O22Rik, Cpvl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-168M20.bB6Ng01-168M20.g
ACCDH959947DH959948
length1,1301,137
definitionDH959947|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168M20, 5' end.DH959948|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168M20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,820,894 - 52,822,042)(52,968,973 - 52,970,118)
sequence
gaattcagtgcttttagaaaagaaagagtaatttacattatttaatttct
agctgtgctaggttaatgctcttggcagctctttactggggctttgcgat
ctggctgcagaggttggtttctatggcgcactttctgtactcagctaatt
agctttctggtgagtgttttcccaacagacatcatctccctaaagccttg
aacacgtcctggcttctaaaaacgaaattactagtggttttttttttttt
ttttatctgtttgtttgtttgtttttgagtttcaggcttctggagggttg
agaccaaatctgagatttgtcgcacaaatgccattggttcttagagcctc
caggagtcagcccagtccccaaactcaagacgcaatttgactacattttt
atcattgattgtaaggtcaataaaggatttgtttttgtgagcctggggtg
ctcagactatgcagggccacagtaaagcatgaacttgacttagaagttca
ggcttgggaggctgaaacaaagggggagggcccagcccagcaaggttaga
gattcttctgagggagaaaagaaagactccaggaggtccatttgcatttc
gaaccttttacatcagcatcatgcttgctgccttttagttactctaggtc
ccagacttacttaagcaatgagtccctctgctggttctcaggcagatgac
cttgttcaccagcactgctctgatggtgggggtgacgtcctggcatgaag
ggacagtgaaaaggggtccaggaagccttggggaaggtgctgaggacctt
aaaggcttttctcaaggatcagactttgattctgccctgagagacaccac
agtgaataatgtataataaagggcagcaggggcttggataccctttagcc
ctctatgcttctgtgaaaaaacagtggtcatataaaacaggcggtccctc
caccaccactgctctgattgcatgtagccaagagcccactgatggcatgt
tccttggagctgtgaccagaaattaaaaacagtgtgtggtgtgtgttggg
aagtaatgtaggaactttggtgtccaggagacctcactgtttaaagatga
gaagttgaacatgttatatgaagtagagat
gaattccaaggaagaaatgttttagccatgaagccactgatcacaggggc
agtatgatcaaaggtgttttatcaatgttttatgtgtcagtgtctgtccc
aaatgtcccaggtttgagaggttagtgctgtgaataagaagatctgtgcg
ttgacatttttaatgtcaaaagtcacatctagtttagggaccaaatatct
gcctgtcttccttgttgtctccagggaaaaaggaaagaaatgatatgtat
aattttaaaggaacttcttaaagattttaatgattatatactccagtttt
acttacatacagagagaaggtgaagtgtttggggaagagattgggagtca
tttatttctctaatcttgggtagtctcggagagctcattgtgtatattca
ggtggatgcatttagaagggttccaaccaaagcagagggtgagcttttta
agagccctgtctttgtgagtgtatacattactggcatgcagcactgtcgt
gctgtgctgaatgttcccagccttactgtaactgatagcttttataccct
gaacaattggacctcgagactaccatgatatgataggttctgacattttt
gtatggatttgaatgaaaaacttaaccactgtttgatttgaggactagga
gtctttatttctgaagagctcaccaggtaagggtcatgctgtgccctcta
tgggaccatgccctgtcactctcaaaggacaaatttcctagcatacctag
cttcactattcccaacagtgagaggtctcaggtgtatatctctgttcttt
ggctaacatccatgaatttgatattctttgtgatctcttgtgtttatgag
cacaggggtactgtggaagacaaaaagacagaggaagggtgagtgagcct
cattttcagaaatcactctaccaggctgacttctgttgacttctgagtcc
tgctttagagatgcatagacttcattcatgtcctgttgcacttggcccta
acgaacccttaatactacgcacagttggtcctcagcatctgtgtccagca
acagctaggtggtggagccatacagccttggaatatggatgtaggtgggc
agaactaactccataacttataaggcctcacctataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_52820894_52822042
seq2: B6Ng01-168M20.b_47_1176

seq1  GAATTCAGTGCTTTTAGAAAAGAAAGAGTAATTTACATTATTTAATTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGCTTTTAGAAAAGAAAGAGTAATTTACATTATTTAATTTCT  50

seq1  AGCTGTGCTAGGTTAATGCTCTTGGCAGCTCTTTACTGGGGCTTTGCGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGCTAGGTTAATGCTCTTGGCAGCTCTTTACTGGGGCTTTGCGAT  100

seq1  CTGGCTGCAGAGGTTGGTTTCTATGGCGCACTTTCTGTACTCAGCTAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGCAGAGGTTGGTTTCTATGGCGCACTTTCTGTACTCAGCTAATT  150

seq1  AGCTTTCTGGTGAGTGTTTTCCCAACAGACATCATCTCCCTAAAGCCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCTGGTGAGTGTTTTCCCAACAGACATCATCTCCCTAAAGCCTTG  200

seq1  AACACGTCCTGGCTTCTAAAAACGAAATTACTAGTGGTTTTTTTTTTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACGTCCTGGCTTCTAAAAACGAAATTACTAGTGGTTTTTTTTTTTTT  250

seq1  TTTTATCTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGAGTTTCAGGCTTCTGGAGGGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGAGTTTCAGGCTTCTGGAGGGTTG  300

seq1  AGACCAAATCTGAGATTTGTCGCACAAATGCCATTGGTTCTTAGAGCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAAATCTGAGATTTGTCGCACAAATGCCATTGGTTCTTAGAGCCTC  350

seq1  CAGGAGTCAGCCCAGTCCCCAAACTCAAGACGCAATTTGACTACATTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTCAGCCCAGTCCCCAAACTCAAGACGCAATTTGACTACATTTTT  400

seq1  ATCATTGATTGTAAGGTCAATAAAGGATTTGTTTTTGTGAGCCTGGGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTGATTGTAAGGTCAATAAAGGATTTGTTTTTGTGAGCCTGGGGTG  450

seq1  CTCAGACTATGCAGGGCCACAGTAAAGCATGAACTTGACTTAGAAGTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGACTATGCAGGGCCACAGTAAAGCATGAACTTGACTTAGAAGTTCA  500

seq1  GGCTTGGGAGGCTGAAACAAAGGGGGAGGGCCCAGCCCAGCAAGGTTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGGGAGGCTGAAACAAAGGGGGAGGGCCCAGCCCAGCAAGGTTAGA  550

seq1  GATTCTTCTGAGGGAGAAAAGAAAGACTCCAGGAGGTCCATTTGCATTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTCTGAGGGAGAAAAGAAAGACTCCAGGAGGTCCATTTGCATTTC  600

seq1  GAACCTTTTACATCAGCATCATGCTTGCTGCCTTTTAGTTACTCTAGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTTTTACATCAGCATCATGCTTGCTGCCTTTTAGTTACTCTAGGTC  650

seq1  CCAGACTTACTTAAGCAATGAGTCCCTCTGCTGGTTCTCAGGCAGATGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACTTACTTAAGCAATGAGTCCCTCTGCTGGTTCTCAGGCAGATGAC  700

seq1  CTTGTTCACCAGCACTGCTCTGATGGTGGGGGTGACGTCCTGGCATGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTCACCAGCACTGCTCTGATGGTGGGGGTGACGTCCTGGCATGAAG  750

seq1  GGACAGTGAAAAGGGGTCCAGGAAGCCTTGGGGAAGGTGCTGAGGACCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTGAAAAGGGGTCCAGGAAGCCTTGGGGAAGGTGCTGAGGACCTT  800

seq1  AAAGGCTTTTCTCAAGGATCAGACTTTGATTCTGCCCTGAGAGACACCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTTTTCTCAAGGATCAGACTTTGATTCTGCCCTGAGAGACACCAC  850

seq1  AGTGAATAATGTATAAT-AAGGGCAGCAGGGGCTTGGATACCCTTTAGCC  899
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATAATGTATAATAAAGGGCAGCAGGGGCTTGGATACCCTTTAGCC  900

seq1  CTCTATGCTTCTGTGAAAAAACAAGTGGTCATATAAAACAGGGCGGTCCC  949
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTCTATGCTTCTGTGAAAAAAC-AGTGGTCATATAAAACA-GGCGGTCCC  948

seq1  TCCACCACCACTGCTCTGATTTTGCCATGTAGCCAAAGAGCCCCACTGAT  999
      |||||||||||||||||||||    ||||||||| ||||| |||||||||
seq2  TCCACCACCACTGCTCTGATT---GCATGTAGCC-AAGAG-CCCACTGAT  993

seq1  GGCATGTTCCTTGGAGCTGTGACCCAGATATTAAAAACCAGTTGTGT-GT  1048
      |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||| ||
seq2  GGCATGTTCCTTGGAGCTGTGA-CCAGAAATTAAAAA-CAG-TGTGTGGT  1040

seq1  GTGTGTTGGGGATGTAATGTAGGACCTTT-GTGTCCCAGGTAGACTTCAC  1097
      ||||||| |||| ||||||||||| |||| |||| ||||| |||| ||||
seq2  GTGTGTT-GGGAAGTAATGTAGGAACTTTGGTGT-CCAGG-AGACCTCAC  1087

seq1  TTGGTTTTTAAAGAGTGAGATG-TGAACATGGTTTTATGTATGAAGTAGA  1146
          | |||||||| ||||| | ||||||||   |||  |||||||||||
seq2  ----TGTTTAAAGA-TGAGAAGTTGAACATG---TTA--TATGAAGTAGA  1127

seq1  GAT  1149
      |||
seq2  GAT  1130

seq1: chr6_52968973_52970118
seq2: B6Ng01-168M20.g_66_1202 (reverse)

seq1  TTATAAGTGAGGCACTATAAG-TATGTGAGTTTAGTTACTGCCCACCTAC  49
      ||||| |||||||  |||||| |||| ||| |||||| ||||||||||||
seq2  TTATAGGTGAGGCCTTATAAGTTATG-GAG-TTAGTT-CTGCCCACCTAC  47

seq1  ATCCATATTCCAAAGCTTGTAATGGCTTCAACACTTAGCTGTTGCTGGAA  99
      ||||||||||||| || ||| |||||| || ||| ||||||||||||| |
seq2  ATCCATATTCCAAGGC-TGT-ATGGCTCCACCACCTAGCTGTTGCTGG-A  94

seq1  CACAAGATGCTGAGGAACAAACTGTGCGTAGTATTAAGGGTTTGGTTAGG  149
      ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| || ||||||
seq2  CAC-AGATGCTGAGG-ACCAACTGTGCGTAGTATTAAGGG-TTCGTTAGG  141

seq1  GCCAAGTGCAACAGGACATGAATGAAGTCTATGCATTCTCTAAAGCAGGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCCAAGTGCAACAGGACATGAATGAAGTCTATGCA-TCTCTAAAGCAGGA  190

seq1  CTCAGGAGTCAACAGAAGTCAGCCTGGTAGAGTGATTTCTGAAAATGAGG  249
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAAGTCAACAGAAGTCAGCCTGGTAGAGTGATTTCTGAAAATGAGG  240

seq1  CTCACTCACCCTTCCTCTGTCTTTTTGTCTTCCACAGTACCCCTGTGCTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCACCCTTCCTCTGTCTTTTTGTCTTCCACAGTACCCCTGTGCTC  290

seq1  ATAAACACAAGAGATCACAAAGAATATCAAATTCATGGATGTTAGCCAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACACAAGAGATCACAAAGAATATCAAATTCATGGATGTTAGCCAAA  340

seq1  GAACAGAGATATACACCTGAGACCTCTCACTGTTGGGAATAGTGAAGCTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGAGATATACACCTGAGACCTCTCACTGTTGGGAATAGTGAAGCTA  390

seq1  GGTATGCTAGGAAATTTGTCCTTTGAGAGTGACAGGGCATGGTCCCATAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGCTAGGAAATTTGTCCTTTGAGAGTGACAGGGCATGGTCCCATAG  440

seq1  AGGGCACAGCATGACCCTTACCTGGTGAGCTCTTCAGAAATAAAGACTCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCACAGCATGACCCTTACCTGGTGAGCTCTTCAGAAATAAAGACTCC  490

seq1  TAGTCCTCAAATCAAACAGTGGTTAAGTTTTTCATTCAAATCCATACAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCTCAAATCAAACAGTGGTTAAGTTTTTCATTCAAATCCATACAAA  540

seq1  AATGTCAGAACCTATCATATCATGGTAGTCTCGAGGTCCAATTGTTCAGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCAGAACCTATCATATCATGGTAGTCTCGAGGTCCAATTGTTCAGG  590

seq1  GTATAAAAGCTATCAGTTACAGTAAGGCTGGGAACATTCAGCACAGCACG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAAAGCTATCAGTTACAGTAAGGCTGGGAACATTCAGCACAGCACG  640

seq1  ACAGTGCTGCATGCCAGTAATGTATACACTCACAAAGACAGGGCTCTTAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCTGCATGCCAGTAATGTATACACTCACAAAGACAGGGCTCTTAA  690

seq1  AAAGCTCACCCTCTGCTTTGGTTGGAACCCTTCTAAATGCATCCACCTGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCACCCTCTGCTTTGGTTGGAACCCTTCTAAATGCATCCACCTGA  740

seq1  ATATACACAATGAGCTCTCCGAGACTACCCAAGATTAGAGAAATAAATGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACACAATGAGCTCTCCGAGACTACCCAAGATTAGAGAAATAAATGA  790

seq1  CTCCCAATCTCTTCCCCAAACACTTCACCTTCTCTCTGTATGTAAGTAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAATCTCTTCCCCAAACACTTCACCTTCTCTCTGTATGTAAGTAAA  840

seq1  ACTGGAGTATATAATCATTAAAATCTTTAAGAAGTTCCTTTAAAATTATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAGTATATAATCATTAAAATCTTTAAGAAGTTCCTTTAAAATTATA  890

seq1  CATATCATTTCTTTCCTTTTTCCCTGGAGACAACAAGGAAGACAGGCAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCATTTCTTTCCTTTTTCCCTGGAGACAACAAGGAAGACAGGCAGA  940

seq1  TATTTGGTCCCTAAACTAGATGTGACTTTTGACATTAAAAATGTCAACGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGGTCCCTAAACTAGATGTGACTTTTGACATTAAAAATGTCAACGC  990

seq1  ACAGATCTTCTTATTCACAGCACTAACCTCTCAAACCTGGGACATTTGGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATCTTCTTATTCACAGCACTAACCTCTCAAACCTGGGACATTTGGG  1040

seq1  ACAGACACTGACACATAAAACATTGATAAAACACCTTTGATCATACTGCC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACACTGACACATAAAACATTGATAAAACACCTTTGATCATACTGCC  1090

seq1  CCTGTGATCAGTGGCTTCATGGCTAAAACATTTCTTCCTTGGAATTC  1146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGATCAGTGGCTTCATGGCTAAAACATTTCTTCCTTGGAATTC  1137