BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-170I13
Chromosome6 (Build37)
Map Location 135,264,388 - 135,428,235
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043890, Emp1
Upstream geneLOC100043660, Bcl2l14, Lrp6, Mansc1, Loh12cr1, LOC100043884, Dusp16, Crebl2, Gpr19, Cdkn1b, 1190002F15Rik, Apold1, Ddx47, Gprc5a, Gprc5d, LOC100043668, Hebp1, 8430419L09Rik, Gsg1, Pbp2
Downstream geneGrin2b, EG668137, LOC545887, E330021D16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-170I13.bB6Ng01-170I13.g
ACCDH961223DH961224
length448601
definitionDH961223|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170I13, 5' end.DH961224|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170I13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(135,264,388 - 135,264,841)(135,427,635 - 135,428,235)
sequence
agaacacttataggcacagcttctggacatctaggaaaaaattggccatg
aattttcatttaactttctaagtctggtacatcatctccaggggaccctc
aggaagtgtccgcactcatttagtcccagctgattcacacagctgtgtaa
ggtatttcatgctttataaatcatttacctgatcaagaccagcaaaatga
caatgctagtagatgcgccagtgtagacagggcaaatcccacgtggttcc
atcccaagatgaagagcttcagatgaccaatggctgctgaaagagaacca
gttgccttctgggacaaactcccacatatgttgtccaatcccaagtggtc
ctcaccagacgcatacacgttcaagcaaaactacatgaagttagtaggtt
atatatacagatttgcacatataagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gaattcagctcaattgtagatgtgcctttacatagcaaagacttagatta
gatgtaagagtcttatttggtgagaagctacaggaggatgttgaacattt
cctgtacacttcccaaaatcagcttctctggacaggactcaatatttatg
tagtcagagtctaaccatttttatggaataagcccccagtgcccttaatg
ttccccattaaggatgtcatcccttgctggcccctttaatgtcctaattc
gtgcctcatttggcatgaatagagcatcctgaacttggatttccactgaa
catgccctagggtcctatcctctgtgcctttgccaagctgtggttttgcc
caagaagcagcaatgtgttcatcttcaagaaaaactcatgttacacaaaa
ataagcacaataatagaatccttgtcctggattctaattaccatagctgg
acacatgactgacacttgtgcaggcctccattttgccaacatcacactgt
cttacatttctcttccttttaaaattgtatgtgtgtgcgtgtatgcgtgt
gtgcgtacatgggtgtatgcatgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgt
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_135264388_135264841
seq2: B6Ng01-170I13.b_46_499

seq1  GAATTCAGAACACTTATAGGCACAGCTTCTGGACATCTAGGAAAAAATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAACACTTATAGGCACAGCTTCTGGACATCTAGGAAAAAATTG  50

seq1  GCCATGAATTTTCATTTAACTTTCTAAGTCTGGTACATCATCTCCAGGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGAATTTTCATTTAACTTTCTAAGTCTGGTACATCATCTCCAGGGG  100

seq1  ACCCTCAGGAAGTGTCCGCACTCATTTAGTCCCAGCTGATTCACACAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCAGGAAGTGTCCGCACTCATTTAGTCCCAGCTGATTCACACAGCT  150

seq1  GTGTAAGGTATTTCATGCTTTATAAATCATTTACCTGATCAAGACCAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAGGTATTTCATGCTTTATAAATCATTTACCTGATCAAGACCAGCA  200

seq1  AAATGACAATGCTAGTAGATGCGCCAGTGTAGACAGGGCAAATCCCACGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACAATGCTAGTAGATGCGCCAGTGTAGACAGGGCAAATCCCACGT  250

seq1  GGTTCCATCCCAAGATGAAGAGCTTCAGATGACCAATGGCTGCTGAAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCATCCCAAGATGAAGAGCTTCAGATGACCAATGGCTGCTGAAAGA  300

seq1  GAACCAGTTGCCTTCTGGGACAAACTCCCACATATGTTGTCCAATCCCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAGTTGCCTTCTGGGACAAACTCCCACATATGTTGTCCAATCCCAA  350

seq1  GTGGTCCTCACCAGACGCATACACGTTCAAGCAAAACTACATGAAGTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCCTCACCAGACGCATACACGTTCAAGCAAAACTACATGAAGTTAG  400

seq1  TAGGTTATATATACAGATTTGCACATATAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTATATATACAGATTTGCACATATAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  450

seq1  GTGT  454
      ||||
seq2  GTGT  454

seq1: chr6_135427635_135428235
seq2: B6Ng01-170I13.g_69_669 (reverse)

seq1  CACACACACACACATACACACACACACACATGCATACACCCATGTACGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACATACACACACACACACATGCATACACCCATGTACGCA  50

seq1  CACACGCATACACGCACACACATACAATTTTAAAAGGAAGAGAAATGTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACGCATACACGCACACACATACAATTTTAAAAGGAAGAGAAATGTAA  100

seq1  GACAGTGTGATGTTGGCAAAATGGAGGCCTGCACAAGTGTCAGTCATGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTGTGATGTTGGCAAAATGGAGGCCTGCACAAGTGTCAGTCATGTG  150

seq1  TCCAGCTATGGTAATTAGAATCCAGGACAAGGATTCTATTATTGTGCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTATGGTAATTAGAATCCAGGACAAGGATTCTATTATTGTGCTTA  200

seq1  TTTTTGTGTAACATGAGTTTTTCTTGAAGATGAACACATTGCTGCTTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTGTAACATGAGTTTTTCTTGAAGATGAACACATTGCTGCTTCTT  250

seq1  GGGCAAAACCACAGCTTGGCAAAGGCACAGAGGATAGGACCCTAGGGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAAACCACAGCTTGGCAAAGGCACAGAGGATAGGACCCTAGGGCAT  300

seq1  GTTCAGTGGAAATCCAAGTTCAGGATGCTCTATTCATGCCAAATGAGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTGGAAATCCAAGTTCAGGATGCTCTATTCATGCCAAATGAGGCA  350

seq1  CGAATTAGGACATTAAAGGGGCCAGCAAGGGATGACATCCTTAATGGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATTAGGACATTAAAGGGGCCAGCAAGGGATGACATCCTTAATGGGGA  400

seq1  ACATTAAGGGCACTGGGGGCTTATTCCATAAAAATGGTTAGACTCTGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAAGGGCACTGGGGGCTTATTCCATAAAAATGGTTAGACTCTGACT  450

seq1  ACATAAATATTGAGTCCTGTCCAGAGAAGCTGATTTTGGGAAGTGTACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAATATTGAGTCCTGTCCAGAGAAGCTGATTTTGGGAAGTGTACAG  500

seq1  GAAATGTTCAACATCCTCCTGTAGCTTCTCACCAAATAAGACTCTTACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTTCAACATCCTCCTGTAGCTTCTCACCAAATAAGACTCTTACAT  550

seq1  CTAATCTAAGTCTTTGCTATGTAAAGGCACATCTACAATTGAGCTGAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCTAAGTCTTTGCTATGTAAAGGCACATCTACAATTGAGCTGAATT  600

seq1  C  601
      |
seq2  C  601