BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-171F12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 109,134,475 - 109,159,554
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC639110
Upstream geneSumf1, Itpr1, LOC677205, Bhlhb2, Arl8b, Edem1, EG627371
Downstream geneLOC100043720
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-171F12.bB6Ng01-171F12.g
ACCGA000256GA000257
length1,122965
definitionB6Ng01-171F12.b B6Ng01-171F12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,158,421 - 109,159,554)(109,134,475 - 109,135,437)
sequence
gaattcagcaacaacttggtaagtcaatctaccatctgttcagacattag
gagcagcaacacaaaagaaggatgcagttttctttttatttatactaaaa
cctcatctatatagaaacatagaagagttgtggaaagtataatagctgtc
tcagaagactaattcaggtaaaggactgcagtaaggacatcagatatagc
cattcctatgatctagcacagtagggtaatattatccctaatgatgattt
atttaatactttcgaatagcttgaacagagggctctgttccaaatacagt
gacacccattagaaattacccctatatcctgataattatacatggataca
tgtatcaagatgtcacattgtagcttgtggatatgtaaatttatgacaga
tagagcaatatgcataggaagcacacaacaaccagcacagcacaataatc
cttaaaatgtagtagtggcatccataccttgccggtaaccaacaactact
ttaacacccactcagtaagaggaaaatcaagcctgataatgacaacaacc
aactacacagggctactgaagacatggttcttaaaagagaaccagtaaac
atcactttactaaaatagcacaaaccatgattatattcaaaatatctgtc
ctatactactataatgcttcccccctcaagacggaaacatctctttgacc
attatagaaaattataactagttaaaattcagaggtatcaaatccatggc
aatatgtatgcttcagcctcccagatactgggattatgggtatacacacc
acatccaatttaagagtttctttaagaaataaaattaaaacccttaccat
gtaatgcccacaataaatcccaaaacatctctgaatcaactgtgtgtgac
tcatgtctagaacatttttttctgacatgtgctatatatgagcacagagg
gaagcacagggacatgtagaaaaattgatttgaagcataggatagaagac
atttctcaaacatgtccaggatcattaaaccagacatgacattccaagaa
ttgtgccaccactgagaaatgcaatggtgctaattcgatgaatacacaaa
tatttatgatcagtggaaatgc

gaattctcataggcacagagtcatgccagtgggctatgcattcccattaa
acacagcatgaagattcttatgttggaacctgatagccttggtggataac
tggatttccatatagggtgaacattatgtttttggtgagcaagttggtta
gagctatagctctacttcaggatgtctaggaaattcatggggcacaacca
aaacatcatttgatgtgacatttcatgatgaataaaggaaaaattggttt
ttattatctgagaatttctgtaatgggaaaaaggaatgttggaattagaa
atattgggatgatcagctttcatttgacattgttaaagtacccgatttta
tataaaatgttcccaaagtcattatcttagattcagtttcatccatccat
agacatttctgtgttaaatgccagggttccaggactgccacgcctcctcc
tttgacaaaacaaaatacagatagaatgctgggagaaatgtatcttagca
tgtgatactcacttgaaaaaatagaagggagaacaaaatgatgtcctacc
aggttctgagaagcagacatgtcctacttgaactaactccgtcatttggt
atgaaaccagaagccagtgtatgtcagtataagctcagcttgtaaaacac
attggataacattagttcccttgccatcagaggacacagtgacattttat
agacaaatcctacaataaagagagcacagaaccctggggaatgtttttag
aggaagggaaattattttgagattccttctatttttaaatcatatttaca
gcgacactgtgggtatgtaagaataggcaatgattgtgagactgatattt
tccttggtaatcaaaagatgagtctttgaggtggactcattctaagttaa
cagcttgctttagctttttaaagatgaatctttaatgaccaacagaagtt
aggggtgtggggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_109158421_109159554
seq2: B6Ng01-171F12.b_44_1165 (reverse)

seq1  GCATTTCTCACTGGATCATAATATTTTGTGTATTTCATCGAAATTAGCAC  50
      ||||||| |||| ||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||
seq2  GCATTTC-CACT-GATCATAAATATTTGTGTA-TTCATCG-AATTAGCAC  46

seq1  CATTTGCTTTCTTCAGTGGTTGGGCAC-ATTCTTGAAATGTCCATTGTTC  99
      || |||| ||  ||||||||  ||||| ||||||| ||||| |||   ||
seq2  CA-TTGCATTTCTCAGTGGT--GGCACAATTCTTGGAATGT-CAT--GTC  90

seq1  TGGTTTAATGAATCTTGGACATGTTTGAAGAAATGTC-TCTATCCTATGC  148
      |||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| 
seq2  TGGTTTAATG-ATCCTGGACATGTTTG-AGAAATGTCTTCTATCCTATG-  137

seq1  CTTCAAATCAA-TTTTCTACATGTCCCTGTGCTTCCCCTCTGTGCTCATA  197
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTTCAAATCAATTTTTCTACATGTCCCTGTGCTT-CCCTCTGTGCTCATA  186

seq1  TATAGCACATGTCAGAAAAAAAATGTTCTTAGACATGAGTCACACACAGT  247
      ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCACATGTCAG-AAAAAAATGTTC-TAGACATGAGTCACACACAGT  234

seq1  TGATTCAGAGATGTTTT-GGATTTATTGTTGGCATTACATGGTAAGGGTT  296
      ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCAGAGATGTTTTGGGATTTATTGTGGGCATTACATGGTAAGGGTT  284

seq1  TTAATTTTATTTCTTAAAGAAACTCTTAAATTGGATGTGGTGTGTATACC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTTATTTCTTAAAGAAACTCTTAAATTGGATGTGGTGTGTATACC  334

seq1  CATAATCCCAGTATCTGGGAGGCTGAAGCATACATATTGCCATGGATTTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATCCCAGTATCTGGGAGGCTGAAGCATACATATTGCCATGGATTTG  384

seq1  ATACCTCTGAATTTTAACTAGTTATAATTTTCTATAATGGTCAAAGAGAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTCTGAATTTTAACTAGTTATAATTTTCTATAATGGTCAAAGAGAT  434

seq1  GTTTCCGTCTTGAGGGGGGAAGCATTATAGTAGTATAGGACAGATATTTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCGTCTTGAGGGGGGAAGCATTATAGTAGTATAGGACAGATATTTT  484

seq1  GAATATAATCATGGTTTGTGCTATTTTAGTAAAGTGATGTTTACTGGTTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATAATCATGGTTTGTGCTATTTTAGTAAAGTGATGTTTACTGGTTC  534

seq1  TCTTTTAAGAACCATGTCTTCAGTAGCCCTGTGTAGTTGGTTGTTGTCAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAAGAACCATGTCTTCAGTAGCCCTGTGTAGTTGGTTGTTGTCAT  584

seq1  TATCAGGCTTGATTTTCCTCTTACTGAGTGGGTGTTAAAGTAGTTGTTGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGGCTTGATTTTCCTCTTACTGAGTGGGTGTTAAAGTAGTTGTTGG  634

seq1  TTACCGGCAAGGTATGGATGCCACTACTACATTTTAAGGATTATTGTGCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCGGCAAGGTATGGATGCCACTACTACATTTTAAGGATTATTGTGCT  684

seq1  GTGCTGGTTGTTGTGTGCTTCCTATGCATATTGCTCTATCTGTCATAAAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGTTGTTGTGTGCTTCCTATGCATATTGCTCTATCTGTCATAAAT  734

seq1  TTACATATCCACAAGCTACAATGTGACATCTTGATACATGTATCCATGTA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATATCCACAAGCTACAATGTGACATCTTGATACATGTATCCATGTA  784

seq1  TAATTATCAGGATATAGGGGTAATTTCTAATGGGTGTCACTGTATTTGGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATCAGGATATAGGGGTAATTTCTAATGGGTGTCACTGTATTTGGA  834

seq1  ACAGAGCCCTCTGTTCAAGCTATTCGAAAGTATTAAATAAATCATCATTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCCCTCTGTTCAAGCTATTCGAAAGTATTAAATAAATCATCATTA  884

seq1  GGGATAATATTACCCTACTGTGCTAGATCATAGGAATGGCTATATCTGAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAATATTACCCTACTGTGCTAGATCATAGGAATGGCTATATCTGAT  934

seq1  GTCCTTACTGCAGTCCTTTACCTGAATTAGTCTTCTGAGACAGCTATTAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTACTGCAGTCCTTTACCTGAATTAGTCTTCTGAGACAGCTATTAT  984

seq1  ACTTTCCACAACTCTTCTATGTTTCTATATAGATGAGGTTTTAGTATAAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCACAACTCTTCTATGTTTCTATATAGATGAGGTTTTAGTATAAA  1034

seq1  TAAAAAGAAAACTGCATCCTTCTTTTGTGTTGCTGCTCCTAATGTCTGAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGAAAACTGCATCCTTCTTTTGTGTTGCTGCTCCTAATGTCTGAA  1084

seq1  CAGATGGTAGATTGACTTACCAAGTTGTTGCTGAATTC  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGTAGATTGACTTACCAAGTTGTTGCTGAATTC  1122


seq1: chr6_109134475_109135437
seq2: B6Ng01-171F12.g_67_1031

seq1  GAATTCTCATAGGCACAGAGTCATGCCAGTGGGCTATGCATTCCCATTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATAGGCACAGAGTCATGCCAGTGGGCTATGCATTCCCATTAA  50

seq1  ACACAGCATGAAGATTCTTATGTTGGAACCTGATAGCCTTGGTGGATAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCATGAAGATTCTTATGTTGGAACCTGATAGCCTTGGTGGATAAC  100

seq1  TGGATTTCCATATAGGGTGAACATTATGTTTTTGGTGAGCAAGTTGGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTTCCATATAGGGTGAACATTATGTTTTTGGTGAGCAAGTTGGTTA  150

seq1  GAGCTATAGCTCTACTTCAGGATGTCTAGGAAATTCATGGGGCACAACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTATAGCTCTACTTCAGGATGTCTAGGAAATTCATGGGGCACAACCA  200

seq1  AAACATCATTTGATGTGACATTTCATGATGAATAAAGGAAAAATTGGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCATTTGATGTGACATTTCATGATGAATAAAGGAAAAATTGGTTT  250

seq1  TTATTATCTGAGAATTTCTGTAATGGGAAAAAGGAATGTTGGAATTAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATCTGAGAATTTCTGTAATGGGAAAAAGGAATGTTGGAATTAGAA  300

seq1  ATATTGGGATGATCAGCTTTCATTTGACATTGTTAAAGTACCCGATTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGGGATGATCAGCTTTCATTTGACATTGTTAAAGTACCCGATTTTA  350

seq1  TATAAAATGTTCCCAAAGTCATTATCTTAGATTCAGTTTCATCCATCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAATGTTCCCAAAGTCATTATCTTAGATTCAGTTTCATCCATCCAT  400

seq1  AGACATTTCTGTGTTAAATGCCAGGGTTCCAGGACTGCCACGCCTCCTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTTCTGTGTTAAATGCCAGGGTTCCAGGACTGCCACGCCTCCTCC  450

seq1  TTTGACAAAACAAAATACAGATAGAATGCTGGGAGAAATGTATCTTAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACAAAACAAAATACAGATAGAATGCTGGGAGAAATGTATCTTAGCA  500

seq1  TGTGATACTCACTTGAAAAAATAGAAGGGAGAACAAAATGATGTCCTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATACTCACTTGAAAAAATAGAAGGGAGAACAAAATGATGTCCTACC  550

seq1  AGGTTCTGAGAAGCAGACATGTCCTACTTGAACTAACTCCGTCATTTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCTGAGAAGCAGACATGTCCTACTTGAACTAACTCCGTCATTTGGT  600

seq1  ATGAAACCAGAAGCCAGTGTATGTCAGTATAAGCTCAGCTTGTAAAACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAACCAGAAGCCAGTGTATGTCAGTATAAGCTCAGCTTGTAAAACAC  650

seq1  ATTGGATAACATTAGTTCCCTTGCCATCAGAGGACACAGTGACATTTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGATAACATTAGTTCCCTTGCCATCAGAGGACACAGTGACATTTTAT  700

seq1  AGACAAATCCTACAATAAAGAGAGCACAGAACCCTGGGGAATGTTTTTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAATCCTACAATAAAGAGAGCACAGAACCCTGGGGAATGTTTTTAG  750

seq1  AGGAAGGGAAATTATTTTGAGATTCCTTCTATTTTTAAATCATATTTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGGAAATTATTTTGAGATTCCTTCTATTTTTAAATCATATTTACA  800

seq1  GCGACACTGTGGGTATGTAAGAATAGGCAATGATTGTGAGACTGATA-TT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCGACACTGTGGGTATGTAAGAATAGGCAATGATTGTGAGACTGATATTT  850

seq1  TCCTTGGTAATCAAAAGATGAGTCTTTGAGGTGGACTCATTCTAAGTTAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGGTAATCAAAAGATGAGTCTTTGAGGTGGACTCATTCTAAGTTAA  900

seq1  CAGCTTGCTTTAGCTTTTTAAAGATGAATTCTTAATGACCAACAGAGGT-  948
      |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || 
seq2  CAGCTTGCTTTAGCTTTTTAAAGATGAATCTTTAATGACCAACAGAAGTT  950

seq1  -AGGGTGTGGGTGTGG  963
        ||||||||| ||||
seq2  AGGGGTGTGGG-GTGG  965


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |