BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173A03
Chromosome6 (Build37)
Map Location 135,239,405 - 135,338,042
singlet/doubletdoublet
Overlap genePbp2, LOC100043890, Emp1
Upstream geneLOC100043660, Bcl2l14, Lrp6, Mansc1, Loh12cr1, LOC100043884, Dusp16, Crebl2, Gpr19, Cdkn1b, 1190002F15Rik, Apold1, Ddx47, Gprc5a, Gprc5d, LOC100043668, Hebp1, 8430419L09Rik, Gsg1
Downstream geneGrin2b, EG668137
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173A03.bB6Ng01-173A03.g
ACCGA001473GA001474
length9071,066
definitionB6Ng01-173A03.b B6Ng01-173A03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(135,337,139 - 135,338,042)(135,239,405 - 135,240,463)
sequence
gaattctgcagcttggttcctgagaagaaatctgcccaaatgcttttaat
gtttttttaagacaggatgactaaatgtcagattcattaatgtcatccaa
ctcactcaacaaagcaagtgctataactctcagacttaatgtcgcaataa
ctagttatctcaagacctattgcaaaagactcaaaacaggtacaattttg
actcacctcaaaaactgtaaagataagagctgagaggggttggttcatat
cccaatactcaggaggtggaggcaggaggattaggagtccagcttcagct
atgtagtgagttggaagccatcctgggctaaatgagatactgtctcagaa
aagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttcagaagacaaaaactaaaaa
tttcaagatttcataatgctcaaagcctataaattataatactgaggaga
tgatgtcattcaaacatgctgaaataatctgaatttaagagatccatgtg
ttaatacaagggaggcagctaagaagtgccagcctcagaatacccaaatt
acactatcaaacagatgaaagatgggagataccttgatccagacagtgtc
gctctgagtgccatgtccttccatatttaaatggaaaactaaacactact
tccttgctataatcaaggcagacttttctgacaagagacccatgttcact
ctccaccctccctttagcagacacaggcagctttttccaagacacaaggg
cttggaagagcaacagaaacagtctggtattttaaactaaatcctatccc
actgaaatacattgcattcccaaaataaattaccaaaaatcatttcagcc
cagatagtaagtgaaaaaaaaattctagggagaattttgaaacatagtct
tgtttat
gaattcatagttcttttgcacacacatctaaaatatttcctttagggata
aaacttgagcccgggtggtaaaatgcttgcttagaagcaagcagaagaca
tgtggcattcttgggttgatccccagaaccaaaaagaccaaatgatggag
gaacacgtgtaatcccagcacttggagggctggcaattcaatacaacctt
tggctccatcgtgagttggaggctagcccgagagaagtgagaccctgtct
acagcaaaccctgtgcagcctcagaatgtagcattttgaataagaatgac
tggcataggctcatatagttgagtgtttggtacccagttggtgacctggt
tagcaaggattaggaggtgtggccttgttggaggaggtgtatccttggag
gtgggctttgaggtacaaggacaacaccaggccctgtgtgtctccttctg
tgcctccacttttcagatcagatgtaaagtctcagctactgctacagtgc
catgactgcttgcctacctgcctgctgctatgcttcccgccatgatggtc
atggactcagcctctaaaacggtaatcgagtgcccaattcaatgctttct
tttataagttgcttcagtcatggtgtctcttcacagcaatagaatactaa
ctaggaccactaggctaagtcagagacagtggaagaaattgctctttaag
gggtatgtttaggtacaatgagcaagaaaacttaagaagatgcattgtgt
aacaaagtgctttttattatcatgatataagaaaataggaagaaaatata
gcttttgaatctgtaaggaacagctggtggtactggaacagtatagaagt
cggagtcagcacagagcaaggttctccttgctcaaagagaatctgcgcca
catactttctgggttgttcaccgaacagggattaaagcattccatttgta
caaacgaccgtccctccaaggtgatcagaagaacaccttgtgaacccatc
cacacattgagcactcatccccagaagggcaggaattgagagcatgaacc
caagtcacaacccaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_135337139_135338042
seq2: B6Ng01-173A03.b_45_951 (reverse)

seq1  ATAAACAAGACTATGTTTCAAAATTCT-CCTAGAATTTTTTTTTCACTTA  49
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACAAGACTATGTTTCAAAATTCTCCCTAGAATTTTTTTTTCACTTA  50

seq1  CTGTCTGGGCTGAAATGATTTTTTGGTAATTTATTTTGGAAATGCAATGT  99
      || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTATCTGGGCTGAAATGA-TTTTTGGTAATTTATTTTGGGAATGCAATGT  99

seq1  ATTTTCAGTGGGATAGGATTTAGTTT-AAATACCAGACTG-TTCTGTTGC  147
      | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
seq2  A-TTTCAGTGGGATAGGATTTAGTTTAAAATACCAGACTGTTTCTGTTGC  148

seq1  TCTTCCAAGCCCTTGTGTCTTGG-AAAAGCTGCCTGTGTCTGCTAAAGGG  196
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAAGCCCTTGTGTCTTGGAAAAAGCTGCCTGTGTCTGCTAAAGGG  198

seq1  AGGGTGGAGAGTGAACATGGGTCTCTTGTCAGAAAAGTCTGCCTTGATTA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGGAGAGTGAACATGGGTCTCTTGTCAGAAAAGTCTGCCTTGATTA  248

seq1  TAGCAAGGAAGTAGTGTTTAGTTTTCCA-TTAAATATGGAAGGACATGGC  295
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAGGAAGTAGTGTTTAGTTTTCCATTTAAATATGGAAGGACATGGC  298

seq1  ACTCAGAGCGACACTGTCTGGATCAAGGTATCTCCCATCTTTCATCTGTT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAGCGACACTGTCTGGATCAAGGTATCTCCCATCTTTCATCTGTT  348

seq1  TGATAGTGTAATTTGGGTATTCTGAGGCTGGCACTTCTTAGCTGCCTCCC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGTGTAATTTGGGTATTCTGAGGCTGGCACTTCTTAGCTGCCTCCC  398

seq1  TTGTATTAACACATGGATCTCTTAAATTCAGATTATTTCAGCATGTTTGA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTAACACATGGATCTCTTAAATTCAGATTATTTCAGCATGTTTGA  448

seq1  ATGACATCATCTCCTCAGTATTATAATTTATAGGCTTTGAGCATTATGAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACATCATCTCCTCAGTATTATAATTTATAGGCTTTGAGCATTATGAA  498

seq1  ATCTTGAAATTTTTAGTTTTTGTCTTCTGAAACACACACACACACACACA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGAAATTTTTAGTTTTTGTCTTCTGAAACACACACACACACACACA  548

seq1  CACACACTTTTCTGAGACAGTATCTCATTTAGCCCAGGATGGCTTCCAAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACTTTTCTGAGACAGTATCTCATTTAGCCCAGGATGGCTTCCAAC  598

seq1  TCACTACATAGCTGAAGCTGGACTCCTAATCCTCCTGCCTCCACCTCCTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTACATAGCTGAAGCTGGACTCCTAATCCTCCTGCCTCCACCTCCTG  648

seq1  AGTATTGGGATATGAACCAACCCCTCTCAGCTCTTATCTTTACAGTTTTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTGGGATATGAACCAACCCCTCTCAGCTCTTATCTTTACAGTTTTT  698

seq1  GAGGTGAGTCAAAATTGTACCTGTTTTGAGTCTTTTGCAATAGGTCTTGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGAGTCAAAATTGTACCTGTTTTGAGTCTTTTGCAATAGGTCTTGA  748

seq1  GATAACTAGTTATTGCGACATTAAGTCTGAGAGTTATAGCACTTGCTTTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACTAGTTATTGCGACATTAAGTCTGAGAGTTATAGCACTTGCTTTG  798

seq1  TTGAGTGAGTTGGATGACATTAATGAATCTGACATTTAGTCATCCTGTCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTGAGTTGGATGACATTAATGAATCTGACATTTAGTCATCCTGTCT  848

seq1  TAAAAAAACATTAAAAGCATTTGGGCAGATTTCTTCTCAGGAACCAAGCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAACATTAAAAGCATTTGGGCAGATTTCTTCTCAGGAACCAAGCT  898

seq1  GCAGAATTC  904
      |||||||||
seq2  GCAGAATTC  907

seq1: chr6_135239405_135240463
seq2: B6Ng01-173A03.g_66_1131

seq1  GAATTCATAGTTCTTTTGCACACACATCTAAAATATTTCCTTTAGGGATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGTTCTTTTGCACACACATCTAAAATATTTCCTTTAGGGATA  50

seq1  AAACTTGAGCCCGGGTGGTAAAATGCTTGCTTAGAAGCAAGCAGAAGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTGAGCCCGGGTGGTAAAATGCTTGCTTAGAAGCAAGCAGAAGACA  100

seq1  TGTGGCATTCTTGGGTTGATCCCCAGAACCAAAAAGACCAAATGATGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCATTCTTGGGTTGATCCCCAGAACCAAAAAGACCAAATGATGGAG  150

seq1  GAACACGTGTAATCCCAGCACTTGGAGGGCTGGCAATTCAATACAACCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACGTGTAATCCCAGCACTTGGAGGGCTGGCAATTCAATACAACCTT  200

seq1  TGGCTCCATCGTGAGTTGGAGGCTAGCCCGAGAGAAGTGAGACCCTGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCCATCGTGAGTTGGAGGCTAGCCCGAGAGAAGTGAGACCCTGTCT  250

seq1  ACAGCAAACCCTGTGCAGCCTCAGAATGTAGCATTTTGAATAAGAATGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAAACCCTGTGCAGCCTCAGAATGTAGCATTTTGAATAAGAATGAC  300

seq1  TGGCATAGGCTCATATAGTTGAGTGTTTGGTACCCAGTTGGTGACCTGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATAGGCTCATATAGTTGAGTGTTTGGTACCCAGTTGGTGACCTGGT  350

seq1  TAGCAAGGATTAGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGGAGGTGTATCCTTGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAGGATTAGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGGAGGTGTATCCTTGGAG  400

seq1  GTGGGCTTTGAGGTACAAGGACAACACCAGGCCCTGTGTGTCTCCTTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCTTTGAGGTACAAGGACAACACCAGGCCCTGTGTGTCTCCTTCTG  450

seq1  TGCCTCCACTTTTCAGATCAGATGTAAAGTCTCAGCTACTGCTACAGTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCACTTTTCAGATCAGATGTAAAGTCTCAGCTACTGCTACAGTGC  500

seq1  CATGACTGCTTGCCTACCTGCCTGCTGCTATGCTTCCCGCCATGATGGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACTGCTTGCCTACCTGCCTGCTGCTATGCTTCCCGCCATGATGGTC  550

seq1  ATGGACTCAGCCTCTAAAACGGTAATCGAGTGCCCAATTCAATGCTTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTCAGCCTCTAAAACGGTAATCGAGTGCCCAATTCAATGCTTTCT  600

seq1  TTTATAAGTTGCTTCAGTCATGGTGTCTCTTCACAGCAATAGAATACTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAGTTGCTTCAGTCATGGTGTCTCTTCACAGCAATAGAATACTAA  650

seq1  CTAGGACCACTAGGCTAAGTCAGAGACAGTGGAAGAAATTGCTCTTTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGACCACTAGGCTAAGTCAGAGACAGTGGAAGAAATTGCTCTTTAAG  700

seq1  GGGTATGTTTAGGTACAATGAGCAAGAAAACTTAAGAAGATGCATTGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATGTTTAGGTACAATGAGCAAGAAAACTTAAGAAGATGCATTGTGT  750

seq1  AACAAAGTGCTTTTTATTATCATGATATAAGAAAATAGGAAGAAAATATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGTGCTTTTTATTATCATGATATAAGAAAATAGGAAGAAAATATA  800

seq1  GC-TTTGAATCTGTAAGGAACAGCTGGTGGTACTGGAACAGTATAG-AGT  848
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCTTTTGAATCTGTAAGGAACAGCTGGTGGTACTGGAACAGTATAGAAGT  850

seq1  CGGAGTCAGCACAGAGCAAGGTTCTC--TGCTCAAAGAGAAATCTGCGCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||
seq2  CGGAGTCAGCACAGAGCAAGGTTCTCCTTGCTCAAAGAG-AATCTGCGCC  899

seq1  ACATAC-TTCTGGG-TGTTCACCGAACAGGGATTAAAGCA-TCCATTTGT  943
      |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACATACTTTCTGGGTTGTTCACCGAACAGGGATTAAAGCATTCCATTTGT  949

seq1  ACAAACGA-CGTCCCTCCAAAGGTGATCAGAAGAACAAC-TGTG-ACCCA  990
      |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||| |||||
seq2  ACAAACGACCGTCCCTCC-AAGGTGATCAGAAGAACACCTTGTGAACCCA  998

seq1  TCCACACATGGAGCACTAATCCCCAG-AGGGAAGGAATTGAGGAGCATGA  1039
      ||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||
seq2  TCCACACATTGAGCACTCATCCCCAGAAGGGCAGGAATTGA-GAGCATGA  1047

seq1  ACCCCAAGTCACAACCCAAC  1059
      | ||||||||||||||||||
seq2  A-CCCAAGTCACAACCCAAC  1066