BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-175A11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 87,998,213 - 88,139,080
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRpn1
Upstream geneGfpt1, D6Ertd527e, Antxr1, Gkn1, Gkn2, 1190003M12Rik, Bmp10, Arhgap25, Prokr1, 2010301N04Rik, 1810020O05Rik, AB041550, LOC100043118, EG545864, Gp9, Rab43, Isy1, Cnbp, Copg, 8430410A17Rik, LOC665416, H1fx, EG434064, LOC100043131, Rab7
Downstream geneGata2, Dnajb8, Eefsec, Ruvbl1, Sec61a1, 4933428M03Rik, Mgll, Abtb1, Podxl2, LOC100043146, Mcm2, Gpr175, 4933427D06Rik, Gm1965, LOC100043153, LOC100043159, EG624483
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-175A11.bB6Ng01-175A11.g
ACCGA002943GA002944
length1,1811,175
definitionB6Ng01-175A11.b B6Ng01-175A11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,998,213 - 87,999,403)(88,137,905 - 88,139,080)
sequence
gaattctcttggtagaccaggcaggctagacttgaactcacagccagcct
acatagtgatatcctgcaaaaacaaaacaaaacaaaaccatcagttttag
ccaagaatattgaaacatgccggtaagcccagcactcagaaggcagatgt
agagagactctcttgtactgtatggaaacatgctctgtaaataaaatgct
gttggcctattaacttaggtagaaaatagggaggaggaagttccagtaca
gagagaggattctgggaaatcatcaggcacaggagattcccagaaaagag
tacgaaactgaaactgaggaccaggtaaccagccgtgtggcatgtcttag
aataaaataaatgggtaattaaaatatgagctagctagggaacaaagtca
aagctattggcctcagcatttacttatatataaaaagtctgagttgttat
ttctgggaataaagtgaacaagtggaaaaccccaaggttacaggtggttt
taactacaaacagagacaggcagatctgtgaactctaggccagtctggtc
tacagagtaagttccagaagtatacagcaaatacctgtctctaaataaat
aagttcacaataatcagaggagagagaaaagggcattgttattgtagcca
ttcttggccagattcttccctagttctcattgggctccggcaggctgtgt
gcgcttacccagcagcccctcctcttccacctttggttaccccaaccctc
ttctggcttccatgacaactctgattttgatagcaacgccgagctctctt
gagcttcagtgcaatcgtttaccaagtacaatgtggtggataataagcct
caccttaccgtgggagattgtgtgtgaacaagatgaacacactccatctg
ataccgtggagtgactgaagcctggcggttgccaggtaaggaaactgtgg
gcagtggcttaaggcaattgtctgctagtgctaaggaaatgaagttagct
catccatcatttacaagctactaatctggcatgaccccctacacaacaga
ttactgccactaaatggaccacatgggtaacattaacaacaaacaaattg
aatgagcgtgtacctgggagaaatgccgtgaggaaatgggtctaggattg
atccttagcattctacctgactaatctccag
gaattctgacgactagttgggattatcacaacatggggaaggagtggctg
aggacctaaggggtctgtaagccccacgggccgggttacaaagccttcct
tgcttcactgaacataggatagtcactggctgtgaggtacaagagttacc
cagcagccacaccccaggacctgcctacctgatctgaatgagagggagct
acatggcccctcccttctctgcacctgcggaggtgaattcaccccatctt
gctctcctagagctggtcctgggtagcagtgggacctgtggcccgagtgg
tacttgaaccacaggaaacctcattatttaggttaattagacagagcagc
cccagccttggtggtccattgctgactgtggagctgggacggcatactgc
caaaaggagtttagcaggctccattctggggcttggggcttgggagtagc
tctggccaggagtgctgggagttaccttaagttctagcagtttcctcagc
actgtcctggaagaggagctgagtgggggctcccccatccacagaccttc
ccctcccacatggtcatccacagaccaagcctcctagcttggcagcttta
tacaagttgctttcccactcggagcctctggttctgcctctgcacttctc
cttccaggatccaggatcgtggactgtggggcttgtgtgtgagcttgcct
ttaaacagcatttttgtaagcctgacttgacaattggcagccaaagtctc
cagctggtaccacacccaatgtctgccagcactagatgcggaggatctca
tgtaaagaatttcgtttcttgcatctcgtgaaacacttcaagactggcca
ctttgtgcctgagttcttcatggtgagggaatgctgggagtgctgtgaat
acccctgtggagaacctggagccgacacatacccccagtccttaggatca
ggaacactggagtaccagtggctgggttagttttgcctttcccctccagc
actggggactcaggcttgtttctctctgttagacagtaaacttcttagta
ttagtcatgactttatgcaatcacatgtaaggggacacattggagtctta
ctgccaaagttccatggtgcatattgaactgtgtccaatgcagtgaccgt
gtgttgccaatgcaacgaaactgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_87998213_87999403
seq2: B6Ng01-175A11.b_48_1228

seq1  GAATTCTCTTGGTAGACCAGGCAGGCTAGACTTGAACTCACAGCCAGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTGGTAGACCAGGCAGGCTAGACTTGAACTCACAGCCAGCCT  50

seq1  ACATAGTGATATCCTGCAAAAACAAAACAAAACAAAACCATCAGTTTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTGATATCCTGCAAAAACAAAACAAAACAAAACCATCAGTTTTAG  100

seq1  CCAAGAATATTGAAACATGCCGGTAAGCCCAGCACTCAGAAGGCAGATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAATATTGAAACATGCCGGTAAGCCCAGCACTCAGAAGGCAGATGT  150

seq1  AGAGAGACTCTCTTGTACTGTATGGAAACATGCTCTGTAAATAAAATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGACTCTCTTGTACTGTATGGAAACATGCTCTGTAAATAAAATGCT  200

seq1  GTTGGCCTATTAACTTAGGTAGAAAATAGGGAGGAGGAAGTTCCAGTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCCTATTAACTTAGGTAGAAAATAGGGAGGAGGAAGTTCCAGTACA  250

seq1  GAGAGAGGATTCTGGGAAATCATCAGGCACAGGAGATTCCCAGAAAAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGGATTCTGGGAAATCATCAGGCACAGGAGATTCCCAGAAAAGAG  300

seq1  TACGAAACTGAAACTGAGGACCAGGTAACCAGCCGTGTGGCATGTCTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGAAACTGAAACTGAGGACCAGGTAACCAGCCGTGTGGCATGTCTTAG  350

seq1  AATAAAATAAATGGGTAATTAAAATATGAGCTAGCTAGGGAACAAAGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATAAATGGGTAATTAAAATATGAGCTAGCTAGGGAACAAAGTCA  400

seq1  AAGCTATTGGCCTCAGCATTTACTTATATATAAAAAGTCTGAGTTGTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATTGGCCTCAGCATTTACTTATATATAAAAAGTCTGAGTTGTTAT  450

seq1  TTCTGGGAATAAAGTGAACAAGTGGAAAACCCCAAGGTTACAGGTGGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGAATAAAGTGAACAAGTGGAAAACCCCAAGGTTACAGGTGGTTT  500

seq1  TAACTACAAACAGAGACAGGCAGATCTGTGAACTCTAGGCCAGTCTGGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTACAAACAGAGACAGGCAGATCTGTGAACTCTAGGCCAGTCTGGTC  550

seq1  TACAGAGTAAGTTCCAGAAGTATACAGCAAATACCTGTCTCTAAATAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGTAAGTTCCAGAAGTATACAGCAAATACCTGTCTCTAAATAAAT  600

seq1  AAGTTCACAATAATCAGAGGAGAGAGAAAAGGGCATTGTTATTGTAGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCACAATAATCAGAGGAGAGAGAAAAGGGCATTGTTATTGTAGCCA  650

seq1  TTCTTGGCCAGATTCTTCCCTAGTTCTCATTGGGCTCCGGCAGGCTGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGCCAGATTCTTCCCTAGTTCTCATTGGGCTCCGGCAGGCTGTGT  700

seq1  GCGCTTACCCAGCAGCCCCTCCTCTTCCACCTTTGGTTACCCCAACCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTTACCCAGCAGCCCCTCCTCTTCCACCTTTGGTTACCCCAACCCTC  750

seq1  TTCTGGCTTCCATGACAACTCTGATTTTGATAGCAACGCCGAGCTCTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGCTTCCATGACAACTCTGATTTTGATAGCAACGCCGAGCTCTCTT  800

seq1  GAGCTTCAGTGCAATCGTTTACCAAGTACAATGTGGTGGATAATAAGCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCAGTGCAATCGTTTACCAAGTACAATGTGGTGGATAATAAGCCT  850

seq1  CACCTTACCGTGGGAGATTGTGTGTGAACAAGATGAACACACTCCATCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTACCGTGGGAGATTGTGTGTGAACAAGATGAACACACTCCATCTG  900

seq1  ATACCGTGGAGTGACTGAAGCCTGGCGGTTGCCAGGTAAGGGAAACTGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATACCGTGGAGTGACTGAAGCCTGGCGGTTGCCAGGTAA-GGAAACTGTG  949

seq1  GGCAGTGGCTTAAGGCAATTGTCTGCTAGGTGCTAAGGAAATGAAGGTTA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  GGCAGTGGCTTAAGGCAATTGTCTGCTA-GTGCTAAGGAAATGAA-GTTA  997

seq1  GCTCATCCAATCATTTACAAGCTACTAATCTGGCCATGACCCCCTACAC-  1049
      |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  GCTCATCC-ATCATTTACAAGCTACTAATCTGG-CATGACCCCCTACACA  1045

seq1  ACAGATTACTG-CACTAAATGGA-CACATGGGTTAAACATTAAACAACAA  1097
      ||||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||
seq2  ACAGATTACTGCCACTAAATGGACCACATGGGT--AACATT-AACAACAA  1092

seq1  ACAAA-TGAAGGAGCGTGTTAACTTGGGAGATATGC--TGAGGAAATGGG  1144
      ||||| |||| ||||||||  || ||||||| ||||  ||||||||| ||
seq2  ACAAATTGAATGAGCGTGT--ACCTGGGAGAAATGCCGTGAGGAAAT-GG  1139

seq1  GTCTAGGATTTGATCCTTAGCATTTCATAAACTGAGCTAATCTCCAG  1191
      |||||||| |||||||||||||||     | |||| |||||||||||
seq2  GTCTAGGA-TTGATCCTTAGCATT---CTACCTGA-CTAATCTCCAG  1181

seq1: chr6_88137905_88139080
seq2: B6Ng01-175A11.g_66_1240 (reverse)

seq1  CACAG-TTCGCTGCATTGGGCACACACAGCTCACTGCATTGGGCACAGTT  49
      ||||| |||| ||||||||  |||||| | |||||||||||| |||||||
seq2  CACAGTTTCGTTGCATTGGCAACACAC-GGTCACTGCATTGGACACAGTT  49

seq1  CAATATGCACCACTGGGGACTTTTGCAGTAAGGCTCC-ATGTGTCCCCTT  98
      ||||||||||||   || ||||| |||||||| |||| |||||||||| |
seq2  CAATATGCACCA--TGGAACTTTGGCAGTAAGACTCCAATGTGTCCCC-T  96

seq1  TACATGTTGATTGCATTAAGTCATTGACTAATTACTAAGAGGTTTACTGG  148
      |||||| ||||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||| |
seq2  TACATG-TGATTGCATAAAGTCA-TGACTAA-TACTAAGAAGTTTACT-G  142

seq1  TCCTACAGAGAGAAACAAGCCTGAAGTCCCCAGTGCTGGAGGGG-AAGGC  197
      ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCTAACAGAGAGAAACAAGCCTG-AGTCCCCAGTGCTGGAGGGGAAAGGC  191

seq1  AAAACTAACCCAGCCACTGGTACT-CAGTGTTCCTGAT-CTAAGGACT-G  244
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |
seq2  AAAACTAACCCAGCCACTGGTACTCCAGTGTTCCTGATCCTAAGGACTGG  241

seq1  GGGTATGTGTCGGCTCCAGGTTCT-CACAGGGGTATTCACAGCACT-CCA  292
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGGTATGTGTCGGCTCCAGGTTCTCCACAGGGGTATTCACAGCACTCCCA  291

seq1  GCATTCCCTCACCATGAAGAACTCAGGCACAAAGTGGCCAGTCTTGAAGT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCCCTCACCATGAAGAACTCAGGCACAAAGTGGCCAGTCTTGAAGT  341

seq1  GTTTCACGAGATGCAAGAAACGAAATTCTTTACATGAGATCCTCCGCATC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCACGAGATGCAAGAAACGAAATTCTTTACATGAGATCCTCCGCATC  391

seq1  TAGTGCTGGCAGACATTGGGTGTGGTACCAGCTGGAGACTTTGGCTGCCA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCTGGCAGACATTGGGTGTGGTACCAGCTGGAGACTTTGGCTGCCA  441

seq1  ATTGTCAAGTCAGGCTTACAAAAATGCTGTTTAAAGGCAAGCTCACACAC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCAAGTCAGGCTTACAAAAATGCTGTTTAAAGGCAAGCTCACACAC  491

seq1  AAGCCCCACAGTCCACGATCCTGGATCCTGGAAGGAGAAGTGCAGAGGCA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCCACAGTCCACGATCCTGGATCCTGGAAGGAGAAGTGCAGAGGCA  541

seq1  GAACCAGAGGCTCCGAGTGGGAAAGCAACTTGTATAAAGCTGCCAAGCTA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAGAGGCTCCGAGTGGGAAAGCAACTTGTATAAAGCTGCCAAGCTA  591

seq1  GGAGGCTTGGTCTGTGGATGACCATGTGGGAGGGGAAGGTCTGTGGATGG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCTTGGTCTGTGGATGACCATGTGGGAGGGGAAGGTCTGTGGATGG  641

seq1  GGGAGCCCCCACTCAGCTCCTCTTCCAGGACAGTGCTGAGGAAACTGCTA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCCCCCACTCAGCTCCTCTTCCAGGACAGTGCTGAGGAAACTGCTA  691

seq1  GAACTTAAGGTAACTCCCAGCACTCCTGGCCAGAGCTACTCCCAAGCCCC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTAAGGTAACTCCCAGCACTCCTGGCCAGAGCTACTCCCAAGCCCC  741

seq1  AAGCCCCAGAATGGAGCCTGCTAAACTCCTTTTGGCAGTATGCCGTCCCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCCAGAATGGAGCCTGCTAAACTCCTTTTGGCAGTATGCCGTCCCA  791

seq1  GCTCCACAGTCAGCAATGGACCACCAAGGCTGGGGCTGCTCTGTCTAATT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCACAGTCAGCAATGGACCACCAAGGCTGGGGCTGCTCTGTCTAATT  841

seq1  AACCTAAATAATGAGGTTTCCTGTGGTTCAAGTACCACTCGGGCCACAGG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAAATAATGAGGTTTCCTGTGGTTCAAGTACCACTCGGGCCACAGG  891

seq1  TCCCACTGCTACCCAGGACCAGCTCTAGGAGAGCAAGATGGGGTGAATTC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTGCTACCCAGGACCAGCTCTAGGAGAGCAAGATGGGGTGAATTC  941

seq1  ACCTCCGCAGGTGCAGAGAAGGGAGGGGCCATGTAGCTCCCTCTCATTCA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCGCAGGTGCAGAGAAGGGAGGGGCCATGTAGCTCCCTCTCATTCA  991

seq1  GATCAGGTAGGCAGGTCCTGGGGTGTGGCTGCTGGGTAACTCTTGTACCT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGGTAGGCAGGTCCTGGGGTGTGGCTGCTGGGTAACTCTTGTACCT  1041

seq1  CACAGCCAGTGACTATCCTATGTTCAGTGAAGCAAGGAAGGCTTTGTAAC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCAGTGACTATCCTATGTTCAGTGAAGCAAGGAAGGCTTTGTAAC  1091

seq1  CCGGCCCGTGGGGCTTACAGACCCCTTAGGTCCTCAGCCACTCCTTCCCC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGCCCGTGGGGCTTACAGACCCCTTAGGTCCTCAGCCACTCCTTCCCC  1141

seq1  ATGTTGTGATAATCCCAACTAGTCGTCAGAATTC  1176
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTGATAATCCCAACTAGTCGTCAGAATTC  1175