BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-180A16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 138,193,673 - 138,359,275
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLmo3
Upstream genePtpro, Eps8, Strap, Dera, 9830102E05Rik, Mgst1
Downstream geneIgbp1b, EG668196
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-180A16.bB6Ng01-180A16.g
ACCGA006586GA006587
length1,177190
definitionB6Ng01-180A16.b B6Ng01-180A16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(138,193,673 - 138,194,872)(138,359,086 - 138,359,275)
sequence
gaattccatgtttatgttgaaagcaagactggctgcccttcataccctca
tatactcccaaatttaaaactgcaaatagacaaaggtagactgtgtctat
aagaagtgagagggtaggagctgaagagctgcctcagtgggtaaagagct
tgcactgaattttggtcccagaactcacactaaaaatcaagtagggcatg
gagactggtgactgcaatcagcagctggggggcagagacaagatgagaaa
cagagcttgctgatctgcctgccagctgagatgagaggcaagttccagat
tcaacaagactttcaaatggaagtggagaaacatgaaagaatacacgtgg
cattgactcctggcttctgcatgcacgtgcacaggtttgtgagttatgcc
ccccacctccactgtctaacacacacagttgccctaaagaccttgttgga
agtactttttctttgaactgcaggggcaggccacacaagtcagaaggatt
gctgtggactatgacagggtaaagaacaggggcaagtcaaactagccaga
aaaaccaataggcaaacccaggcagagactcctgctggagcagttaacat
accaggtttcaaaaccacagataggtggctcatcagtgggcatcacccac
tccctgagtgccccaatgcctaccccttcctcatgatcttattccatccc
cctaagtcaggttcagaccctctgctggaccgaaggccaagctagcaacc
agaagtccatctcccaacatggacaataacttcatactagatcagaggtc
agaggtcatgttggctaccagaaatccaggctacaaagtccagaagccca
aagagaaaacacaaaccaagggaaaaaacatccatccaacagatacaaac
tccataatcagcaattagacttataatcatcccaaaatccagaggtctga
acacttgtgtaagaaccgggtcaacaacagccaggtgaactcagcaccac
cagagcccagctatactgtgacagcagacctgaagattcacacagctgaa
gcgcaggacgtgacttaaagtccactttattggagataatagatcttaaa
gagaattaaaaattcctaagaatcgagccagtagccaattgagtatcata
cgtaccttaccaatgccaaggggagtc
tatttttggttgctcttagaaaatatcaaagtaagccagcacttcattta
taagctcaccattagcttccattaagtgactaataatacatcttaatgct
gtgtttggactgcataaacataatttattaaggaatttccttttgaaaat
atgctgaaagtagtaattttgtaaatggtcttgatgaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_138193673_138194872
seq2: B6Ng01-180A16.b_45_1221

seq1  GAATTCCATGTTTATGTTGAAAGCAAGACTGGCTGCCCTTCATACCCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGTTTATGTTGAAAGCAAGACTGGCTGCCCTTCATACCCTCA  50

seq1  TATACTCCCAAATTTAAAACTGCAAATAGACAAAGGTAGACTGTGTCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTCCCAAATTTAAAACTGCAAATAGACAAAGGTAGACTGTGTCTAT  100

seq1  AAGAAGTGAGAGGGTAGGAGCTGAAGAGCTGCCTCAGTGGGTAAAGAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTGAGAGGGTAGGAGCTGAAGAGCTGCCTCAGTGGGTAAAGAGCT  150

seq1  TGCACTGAATTTTGGTCCCAGAACTCACACTAAAAATCAAGTAGGGCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTGAATTTTGGTCCCAGAACTCACACTAAAAATCAAGTAGGGCATG  200

seq1  GAGACTGGTGACTGCAATCAGCAGCTGGGGGGCAGAGACAAGATGAGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGGTGACTGCAATCAGCAGCTGGGGGGCAGAGACAAGATGAGAAA  250

seq1  CAGAGCTTGCTGATCTGCCTGCCAGCTGAGATGAGAGGCAAGTTCCAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTTGCTGATCTGCCTGCCAGCTGAGATGAGAGGCAAGTTCCAGAT  300

seq1  TCAACAAGACTTTCAAATGGAAGTGGAGAAACATGAAAGAATACACGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAAGACTTTCAAATGGAAGTGGAGAAACATGAAAGAATACACGTGG  350

seq1  CATTGACTCCTGGCTTCTGCATGCACGTGCACAGGTTTGTGAGTTATGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGACTCCTGGCTTCTGCATGCACGTGCACAGGTTTGTGAGTTATGCC  400

seq1  CCCCACCTCCACTGTCTAACACACACAGTTGCCCTAAAGACCTTGTTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCTCCACTGTCTAACACACACAGTTGCCCTAAAGACCTTGTTGGA  450

seq1  AGTACTTTTTCTTTGAACTGCAGGGGCAGGCCACACAAGTCAGAAGGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTTTTTCTTTGAACTGCAGGGGCAGGCCACACAAGTCAGAAGGATT  500

seq1  GCTGTGGACTATGACAGGGTAAAGAACAGGGGCAAGTCAAACTAGCCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGACTATGACAGGGTAAAGAACAGGGGCAAGTCAAACTAGCCAGA  550

seq1  AAAACCAATAGGCAAACCCAGGCAGAGACTCCTGCTGGAGCAGTTAACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAATAGGCAAACCCAGGCAGAGACTCCTGCTGGAGCAGTTAACAT  600

seq1  ACCAGGTTTCAAAACCACAGATAGGTGGCTCATCAGTGGGCATCACCCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGTTTCAAAACCACAGATAGGTGGCTCATCAGTGGGCATCACCCAC  650

seq1  TCCCTGAGTGCCCCAATGCCTACCCCTTCCTCATGATCTTATTCCATCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGAGTGCCCCAATGCCTACCCCTTCCTCATGATCTTATTCCATCCC  700

seq1  CCTAAGTCAGGTTGAGACCCTCTGCTGGACCGAAGGCCAAGCTAGCAACC  750
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGTCAGGTTCAGACCCTCTGCTGGACCGAAGGCCAAGCTAGCAACC  750

seq1  AGAAGTCCATCTCCCAACATGGACAATAACTTCATACTAGATCAGAGGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCCATCTCCCAACATGGACAATAACTTCATACTAGATCAGAGGTC  800

seq1  AGAGGTCATGTTGGCTACCAGAAATCCAGGCTACAAAGTCCAGAAGCCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTCATGTTGGCTACCAGAAATCCAGGCTACAAAGTCCAGAAGCCCA  850

seq1  AAGAGAAAACACAAACCAA-GGAAAAAACATCCATCCAACAGATACAAAC  899
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAAACACAAACCAAGGGAAAAAACATCCATCCAACAGATACAAAC  900

seq1  TCCATAATCAGCAATTAGACTTATAATCATCCCAAAATCCAGAGGTCTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAATCAGCAATTAGACTTATAATCATCCCAAAATCCAGAGGTCTGA  950

seq1  ACACTTGTGTAAGAACCGGGTCAACAACAGCCAGGTGAACTCAGCACCAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTGTGTAAGAACCGGGTCAACAACAGCCAGGTGAACTCAGCACCAC  1000

seq1  CAGAGCCCAGCTATACTGTGACAGCAAGACCTGAAGATTCCAACACAGCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||
seq2  CAGAGCCCAGCTATACTGTGACAGC-AGACCTGAAGATTC--ACACAGCT  1047

seq1  GAAGCGCAAGAAGGTGACTTTAAAAGCCACTTTA-TGGAGATAATAAGGA  1098
      ||||||| || | ||||| |||||  |||||||| |||||||||||  ||
seq2  GAAGCGC-AGGACGTGAC-TTAAAGTCCACTTTATTGGAGATAATA--GA  1093

seq1  TCCTTAAAGAGGAAATTTAAAAAATCCCTTAAAGAAATCGAGGCAAAGAA  1148
      | |||||||||  ||||  |||||| |||  ||| ||||||| |      
seq2  T-CTTAAAGAG--AATT--AAAAATTCCT--AAG-AATCGAGCC------  1129

seq1  AAACAAAAAATGGAGGAAATCAATACATACCTTAACAAATGCCAA-GGGA  1197
       |  |   ||| |||   ||| |||| |||||| || |||||||| ||||
seq2  -AGTAGCCAATTGAG--TATC-ATACGTACCTT-ACCAATGCCAAGGGGA  1174

seq1  GTC  1200
      |||
seq2  GTC  1177

seq1: chr6_138359086_138359275
seq2: B6Ng01-180A16.g_72_261 (reverse)

seq1  TATTCATCAAGACCATTTACAAAATTACTACTTTCAGCATATTTTCAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATCAAGACCATTTACAAAATTACTACTTTCAGCATATTTTCAAAA  50

seq1  GGAAATTCCTTAATAAATTATGTTTATGCAGTCCAAACACAGCATTAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTCCTTAATAAATTATGTTTATGCAGTCCAAACACAGCATTAAGA  100

seq1  TGTATTATTAGTCACTTAATGGAAGCTAATGGTGAGCTTATAAATGAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTATTAGTCACTTAATGGAAGCTAATGGTGAGCTTATAAATGAAGT  150

seq1  GCTGGCTTACTTTGATATTTTCTAAGAGCAACCAAAAATA  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTTACTTTGATATTTTCTAAGAGCAACCAAAAATA  190