BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183F19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 144,379,631 - 144,509,831
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSox5
Downstream gene4933425H06Rik, EG665149, Bcat1, Lrmp, Casc1, Lyrm5, Kras, LOC100039495, LOC100042866, LOC546917, 1700073E17Rik, Ifltd1, LOC100042879
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183F19.bB6Ng01-183F19.g
ACCGA009006GA009007
length1,1571,120
definitionB6Ng01-183F19.b B6Ng01-183F19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,379,631 - 144,380,774)(144,508,715 - 144,509,831)
sequence
gaattctctgcattaaagacacagaaatgaagatcatactcagagctctg
acaagacaatgtcacccttatcagcactagcctgagtctgttttcacact
atttataagaaccttttaaagtgatgcatactgcctggtgcatgtgctaa
atgtgtgcagcataagagagttcctgtccactgaagcctctttagttcta
catgagagtccttacttggtgagagtcacagtccctgcatgctgctagct
gtgtgaggacatgtcactgtcctggccagtcctgcactttcctgccctgt
cctcaactctacaccaacactccaagcacagaaccacctctgctcttcct
agtaaggtgcagcttccctgtgggcctgatgccttctctcctctcggggt
atgctctgtttgttttaaatcagaggattaccctaggcagtgcaatctcc
cttcattttgttcctgttttattttcctacttagtactcatcccatatat
gtgtgtacacacacacacacacgtatatatgtatatatatacatatatat
acatatacacacatatacatatacacatatacacacatatacatatacac
atatacacacatatacatatacacatttacacacacacacatatacacat
atacaaacatacacagatacatagatgatacataagatacataaataata
aaaaataatgtattatatttcaatatattatttaatatatttaatgtatg
ttatttatatttttaatgtgtattattttatatatttactacatattagc
ttttcacttgtatttctgtaaaatagctttttcttaatcttaactgatag
aaacatcatctttttttatctaaaacttctctaaccaaccaaacctttga
taaaatatgatgtccccaaacaaaagctctttgatttcttcaaatatcag
cacaattctgaggtgagatgcatttgctacattccatattaaaactataa
gcccgggacggtgccatgcatgatgcttggcacagagctcggtgttgcag
ctcggttttgttgttccgttagcttgaagggatgacattggcactggcat
tcgaaggttacgcacagacaacttgtccctgtcaatctgataggttaagg
actgtca

gaattcctctgcttggcctcaaactaactctggcaatctgttctgatctg
gctccttcacatgctctctcttattctgtcttcacctctgtctaatttgt
tctttctctgtgacctgtctctgtacaattgtcccagtaaaactgtttcc
ttctctctctgcactgcctcttaagtagcttccctttcctctcatttctc
atgagaattgggcatagcctattttgtcagatctttctctgattcatcac
tttgtctgcccctcagttggccagcactttcaaacatgagttcttccttc
tacaaactaactttacctttaccctttgggcaaaggtgtgcatctgtatt
acagccaaaaggattaaggatgtgtgctaatggctgagccacaccacaac
tgcaaataaggtagttggttttctttttctgcaaataacacaatcttggg
gttcacagtatgatcaaatatcctgcatcatgctctgccagaggggacac
cctggagtctcctgagcttacggtgggaagcaaatggaggccctagctta
cctatgtgtccaagaaagctgagtgccaatggccagctggacctttgacc
tggtctgtattctagtggtaaaacaggcttccaaatgcagagtcagcagc
aagtgttcaagaggcccctcagccttggggctgttaggtggtggctcctg
agacctgaggcttcagtggcatatctcattttgtagcctcctgaagggtg
gcctagaagagttgcttctctgtagttctgtaagctctcagtcatggggc
tctggctttccaccaggccataaagcagcatcccaagagtgctgggctca
attgaactttacagagagtccattcatgctcaatgaagcagaaagtgtgt
gctcagaaccccattgtgtggttgggagagcccagcgagtggcctcttga
ctctcaccagactcaggggcttctctgcccgcttttggctcccagaatat
tgaatgcttatcaatatcacaaacttccgccagtggattaactgtggtta
agttgcctctcctctagatgatacttccctgagaactggtttgaaaataa
cagacctgtccatgtgagcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_144379631_144380774
seq2: B6Ng01-183F19.b_50_1206

seq1  GAATTCTCTGCATTAAAGACACAGAAATGAAGATCATACTCAGAGCTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGCATTAAAGACACAGAAATGAAGATCATACTCAGAGCTCTG  50

seq1  ACAAGACAATGTCACCCTTATCAGCACTAGCCTGAGTCTGTTTTCACACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGACAATGTCACCCTTATCAGCACTAGCCTGAGTCTGTTTTCACACT  100

seq1  ATTTATAAGAACCTTTTAAAGTGATGCATACTGCCTGGTGCATGTGCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATAAGAACCTTTTAAAGTGATGCATACTGCCTGGTGCATGTGCTAA  150

seq1  ATGTGTGCAGCATAAGAGAGTTCCTGTCCACTGAAGCCTCTTTAGTTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGCAGCATAAGAGAGTTCCTGTCCACTGAAGCCTCTTTAGTTCTA  200

seq1  CATGAGAGTCCTTACTTGGTGAGAGTCACAGTCCCTGCATGCTGCTAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGAGTCCTTACTTGGTGAGAGTCACAGTCCCTGCATGCTGCTAGCT  250

seq1  GTGTGAGGACATGTCACTGTCCTGGCCAGTCCTGCACTTTCCTGCCCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGGACATGTCACTGTCCTGGCCAGTCCTGCACTTTCCTGCCCTGT  300

seq1  CCTCAACTCTACACCAACACTCCAAGCACAGAACCACCTCTGCTCTTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAACTCTACACCAACACTCCAAGCACAGAACCACCTCTGCTCTTCCT  350

seq1  AGTAAGGTGCAGCTTCCCTGTGGGCCTGATGCCTTCTCTCCTCTCGGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGGTGCAGCTTCCCTGTGGGCCTGATGCCTTCTCTCCTCTCGGGGT  400

seq1  ATGCTCTGTTTGTTTTAAATCAGAGGATTACCCTAGGCAGTGCAATCTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTGTTTGTTTTAAATCAGAGGATTACCCTAGGCAGTGCAATCTCC  450

seq1  CTTCATTTTGTTCCTGTTTTATTTTCCTACTTAGTACTCATCCCATATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTTTGTTCCTGTTTTATTTTCCTACTTAGTACTCATCCCATATAT  500

seq1  GTGTGTACACACACACACACACGTATATATGTATATATATACATATATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTACACACACACACACACGTATATATGTATATATATACATATATAT  550

seq1  ACATATACACACATATACATATACACATATACACACATATACATATACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATACACACATATACATATACACATATACACACATATACATATACAC  600

seq1  ATATACACACATATACATATACACATTTACACACACACACATATACACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACACACATATACATATACACATTTACACACACACACATATACACAT  650

seq1  ATACAAACATACACAGATACATAGATGATACATAAGATACATAAATAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAACATACACAGATACATAGATGATACATAAGATACATAAATAATA  700

seq1  AAAAATAATGTATTATATTTCAATATATTATTTAATATATTTAATGTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAATGTATTATATTTCAATATATTATTTAATATATTTAATGTATG  750

seq1  TTATTTATATTTTTAATGTGTATTATTTTATATATTTACTACATATTAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATATTTTTAATGTGTATTATTTTATATATTTACTACATATTAGC  800

seq1  TTTTCACTTGTATTTCTGTAAAATAGCTTTTTCTTAATCTTAACTGATAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACTTGTATTTCTGTAAAATAGCTTTTTCTTAATCTTAACTGATAG  850

seq1  AAACATCATC-TTTTTTATCTAAAACTTCTCTAACCAACCAAACC-TTGA  898
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAACATCATCTTTTTTTATCTAAAACTTCTCTAACCAACCAAACCTTTGA  900

seq1  TAAAATATGATGTCCCCAAACAAAAGCTC-TTGATTTCTTCAAATATCAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATGATGTCCCCAAACAAAAGCTCTTTGATTTCTTCAAATATCAG  950

seq1  CACAA-TCTGAGGTGAGATGCATTTGCTACATTCCATA-TAAAACTATAA  995
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CACAATTCTGAGGTGAGATGCATTTGCTACATTCCATATTAAAACTATAA  1000

seq1  G-CCGGGACGGTGCCATGCATGATGCTTGGGCACAGAGCTCGGTG-TGCA  1043
      | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  GCCCGGGACGGTGCCATGCATGATGCTT-GGCACAGAGCTCGGTGTTGCA  1049

seq1  GCTCGGTTT--GTGTTCCG-TAGCTTGGAAGGATGACATGGCAACCGGCA  1090
      |||||||||   ||||||| ||||||| | ||||||||| |  || ||||
seq2  GCTCGGTTTTGTTGTTCCGTTAGCTTGAAGGGATGACATTGGCACTGGCA  1099

seq1  -TCG-AGGTAACGCACAGAC-ACTTGGCCCTGTCAATCTGATA-GTTTAG  1136
       ||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||
seq2  TTCGAAGGTTACGCACAGACAACTTGTCCCTGTCAATCTGATAGGTTAAG  1149

seq1  GACTGTCA  1144
      ||||||||
seq2  GACTGTCA  1157


seq1: chr6_144508715_144509831
seq2: B6Ng01-183F19.g_67_1186 (reverse)

seq1  GGCTCCACAT-GACAGTGTCTGTTATTTCAAACCCAGTCTCCAGGGAAGT  49
      |||| ||||| ||||| |||||||||||  || |||||   |||||||||
seq2  GGCT-CACATGGACAG-GTCTGTTATTTTCAAACCAGTTCTCAGGGAAGT  48

seq1  ATCATCTAAGAGGAAGAGCAACTTAA-CACAGTTAATCCACT-GCGGAGT  97
      ||||||| ||||||   ||||||||| ||||||||||||||| |||||  
seq2  ATCATCT-AGAGGAGAGGCAACTTAACCACAGTTAATCCACTGGCGGAAG  97

seq1  TTTGTGAATATTGATAAGCATTCAAATATCTGGGAGCC-AAAGCGGGCAG  146
      |||||| ||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||
seq2  TTTGTG-ATATTGATAAGCATTCAATATTCTGGGAGCCAAAAGCGGGCAG  146

seq1  AGAAGCCCCTGAGTCTGGTGAGAGTC-AGAGGCCACTCGCTGGGCTCTCC  195
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCCCTGAGTCTGGTGAGAGTCAAGAGGCCACTCGCTGGGCTCTCC  196

seq1  CAACCACACAATGGGG-TCTGAGCACACACTTTCTGCTTCATTGAGCATG  244
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCACACAATGGGGTTCTGAGCACACACTTTCTGCTTCATTGAGCATG  246

seq1  AATGGACTCTCTGTTAAGTTCAATTGAGCCCAGCACTCTTGGGATGCTGC  294
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGACTCTCTGTAAAGTTCAATTGAGCCCAGCACTCTTGGGATGCTGC  296

seq1  -TTATGGCCTGGTGGAAAGCCAGAGCCCCATGACTGAGAGCTTACAGAAC  343
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGCCTGGTGGAAAGCCAGAGCCCCATGACTGAGAGCTTACAGAAC  346

seq1  TACAGAGAAGCAACTCTTCTAGGCCACCCTTCAGGAGGCTACAAAATGAG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGAAGCAACTCTTCTAGGCCACCCTTCAGGAGGCTACAAAATGAG  396

seq1  ATATGCCACTGAAGCCTCAGGTCTCAGGAGCCACCACCTAACAGCCCCAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCCACTGAAGCCTCAGGTCTCAGGAGCCACCACCTAACAGCCCCAA  446

seq1  GGCTGAGGGGCCTCTTGAACACTTGCTGCTGACTCTGCATTTGGAAGCCT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAGGGGCCTCTTGAACACTTGCTGCTGACTCTGCATTTGGAAGCCT  496

seq1  GTTTTACCACTAGAATACAGACCAGGTCAAAGGTCCAGCTGGCCATTGGC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTACCACTAGAATACAGACCAGGTCAAAGGTCCAGCTGGCCATTGGC  546

seq1  ACTCAGCTTTCTTGGACACATAGGTAAGCTAGGGCCTCCATTTGCTTCCC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCTTTCTTGGACACATAGGTAAGCTAGGGCCTCCATTTGCTTCCC  596

seq1  ACCGTAAGCTCAGGAGACTCCAGGGTGTCCCCTCTGGCAGAGCATGATGC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTAAGCTCAGGAGACTCCAGGGTGTCCCCTCTGGCAGAGCATGATGC  646

seq1  AGGATATTTGATCATACTGTGAACCCCAAGATTGTGTTATTTGCAGAAAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATATTTGATCATACTGTGAACCCCAAGATTGTGTTATTTGCAGAAAA  696

seq1  AGAAAACCAACTACCTTATTTGCAGTTGTGGTGTGGCTCAGCCATTAGCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACCAACTACCTTATTTGCAGTTGTGGTGTGGCTCAGCCATTAGCA  746

seq1  CACATCCTTAATCCTTTTGGCTGTAATACAGATGCACACCTTTGCCCAAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCCTTAATCCTTTTGGCTGTAATACAGATGCACACCTTTGCCCAAA  796

seq1  GGGTAAAGGTAAAGTTAGTTTGTAGAAGGAAGAACTCATGTTTGAAAGTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAAGGTAAAGTTAGTTTGTAGAAGGAAGAACTCATGTTTGAAAGTG  846

seq1  CTGGCCAACTGAGGGGCAGACAAAGTGATGAATCAGAGAAAGATCTGACA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCAACTGAGGGGCAGACAAAGTGATGAATCAGAGAAAGATCTGACA  896

seq1  AAATAGGCTATGCCCAATTCTCATGAGAAATGAGAGGAAAGGGAAGCTAC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGGCTATGCCCAATTCTCATGAGAAATGAGAGGAAAGGGAAGCTAC  946

seq1  TTAAGAGGCAGTGCAGAGAGAGAAGGAAACAGTTTTACTGGGACAATTGT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGGCAGTGCAGAGAGAGAAGGAAACAGTTTTACTGGGACAATTGT  996

seq1  ACAGAGACAGGTCACAGAGAAAGAACAAATTAGACAGAGGTGAAGACAGA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACAGGTCACAGAGAAAGAACAAATTAGACAGAGGTGAAGACAGA  1046

seq1  ATAAGAGAGAGCATGTGAAGGAGCCAGATCAGAACAGATTGCCAGAGTTA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAGAGAGCATGTGAAGGAGCCAGATCAGAACAGATTGCCAGAGTTA  1096

seq1  GTTTGAGGCCAAGCAGAGGAATTC  1117
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAGGCCAAGCAGAGGAATTC  1120


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |