BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-187K11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 46,203,062 - 46,307,787
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntnap2
Upstream genenone
Downstream geneRbpsuh-rs3, LOC622745, LOC100041064, LOC100041078
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-187K11.bB6Ng01-187K11.g
ACCGA012170GA012171
length1,117888
definitionB6Ng01-187K11.b B6Ng01-187K11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,306,673 - 46,307,787)(46,203,062 - 46,203,946)
sequence
gaattcattgtttttaatagctgagttgtactccgttgtacaaatgtatc
acattttctgtatccattcctctgtttagagatatctgggatccactttc
tcttcaataactgtacaaggtgggatgggccaggagcacacagggcacgg
gaacagtgtttaaactttttacaaaaagtgtatatgaatttggaagggag
gcacagagggagggctgtcttggagaagttggaggggtgacagtgtggat
ataatcaaactgcactgtatacatgcatgggattcccaatgaataaataa
agctatatctggaaggttggtgaacatgaacatagaaataaagaaaattt
gatttgagtgaggataataaagacttagggcaggatccatgctattttca
atgtcaattctttctcactcctcaagcagcataaaacctctcagtttcct
tgcgtttattcatattaagctgtttttattaagcttattttctattcttt
ttcctacaagctaacttaacaaacatgcagagatgggcattttgtatttc
tttcttgtgtataatacatgtatacagtgcacagttcttcacttctggat
gcttgagtaagatagttactgagatccaaactacagggagatctaatgag
cactgccaactccctccagtcccaactctggcacttcttatgctgtgaaa
ggctcacaggatagcagcccatcaccccatgctttttaatatgcatttgt
agatcaatgttttcttttctaaagctgaaagagggagaaaacatattttg
agactttcacaggtttttgtacaactgaaattaatcatttctctcaatgt
ttaatattagccagagttccaaagcaaaggataaggaaagggattaactt
gaaatttgggtgccttacaaggtgagatccttgggctgtgtgtctgcaac
aacctgcactattttaatcccatgtaatttaatttgccatatcttgaagg
catatggactgaagaacttgccctctgagaactcttgtaaggattgccac
cacttccttattcttcattcacattaacatggtagatatcaggtgtacag
gtggcgaaggtcattta

gaattcagagaggaaaaggaaagccattcataagaagtgctgaaatgtaa
agatgtatgcactcatgagtcactgcagcgaggactggaaagagaattac
tgcaggctggttaaaagggcttcaaaaaataggacctttaaactccagag
gaacaccagcctcagatcatagagagagggaatcctgaaaaggagtttac
aggcccacaactggctgaccagagatcatttaaatgacaataggaaacct
gtgtatatgaggcatagcagctctggaaaaacaggcttttcattcatttg
attatccaatctttcaacaatcatttaattgttatctgcagtgtctgtct
tcataaagaggacaaagcttttttaaaactatatatttctcagtccaatg
gttggctgtgagcatcctcctctgtatttgtcaggctctggcagagcctc
tcaggagacagtcacatcaggcttccatcagcaagcacttcctagcagcc
acaacagtgtccaggtttggtgactgtatatgggagggatccctaggtgg
ggcagtctctggatagccttccttcagtctctgctccacactttgtctcc
atatttcctcctgtgagtattttattcatttcctggatggaagagttggt
gaagggactgaaggagctaatggagtttctagccccatggggggagcaac
agtgttaacaggccagaccctcaccccccacccctggaacccctgggtac
tgaactaccaaccaaagaatacacatagagggactcatagcgctggcccc
atatgtgggagagggtggccttgttggacatctgtgggagaagaggccct
tgggcctgtgggtgttcgatgccagtataggggaatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_46306673_46307787
seq2: B6Ng01-187K11.b_48_1164 (reverse)

seq1  TAAA-GACCTTTCCCCACCTTGTCACCTGATATCTAC--AGGTAATGTGA  47
      |||| |||| ||| ||||||   ||||||||||||||   | ||||||||
seq2  TAAATGACC-TTCGCCACCTGTACACCTGATATCTACCATGTTAATGTGA  49

seq1  ATGGAAGGAAATAGGAGTG--TGCCATCCTTAC-AGAG-TCTCAGAGGGC  93
      || |||| | |  | ||||   || |||||||| |||| |||||||||||
seq2  AT-GAAGAATAAGGAAGTGGTGGCAATCCTTACAAGAGTTCTCAGAGGGC  98

seq1  A--GTCTCAGGGCCATTATGCCTTTCAGATATGGCCAATTAAATTACATG  141
      |   |||   | ||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAGTTCTTCAGTCCA-TATGCCTTCAAGATATGGCAAATTAAATTACATG  147

seq1  GGATTAAAATAGTGCAGGTTGTTTGCAGACACACAGCCCAAGGATCTTCA  191
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGATTAAAATAGTGCAGGTTG-TTGCAGACACACAGCCCAAGGATC-TCA  195

seq1  CCTTGTTAAGGCACCCAAATTTCAAGTTAATCCCTTTCCTTATCCTTTGC  241
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTG-TAAGGCACCCAAATTTCAAGTTAATCCCTTTCCTTATCCTTTGC  244

seq1  TTTGGAACTCTGGCTAATATTAAACATTGAGAGAAATGATTTAATTTCAG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTGGAACTCTGGCTAATATTAAACATTGAGAGAAATGA-TTAATTTCAG  293

seq1  TTGTACAAAAACCTGTGAAAGTCTCAAAATATGTTTTCTCCCTCTTTCAG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACAAAAACCTGTGAAAGTCTCAAAATATGTTTTCTCCCTCTTTCAG  343

seq1  CTTTAGAAAAGAAAACATTGATCTACAAATGCATATTAAAAAGCATGGGG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGAAAAGAAAACATTGATCTACAAATGCATATTAAAAAGCATGGGG  393

seq1  TGATGGGCTGCTATCCTGTGAGCCTTTCACAGCATAAGAAGTGCCAGAGT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGCTGCTATCCTGTGAGCCTTTCACAGCATAAGAAGTGCCAGAGT  443

seq1  TGGGACTGGAGGGAGTTGGCAGTGCTCATTAGATCTCCCTGTAGTTTGGA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTGGAGGGAGTTGGCAGTGCTCATTAGATCTCCCTGTAGTTTGGA  493

seq1  TCTCAGTAACTATCTTACTCAAGCATCCAGAAGTGAAGAACTGTGCACTG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTAACTATCTTACTCAAGCATCCAGAAGTGAAGAACTGTGCACTG  543

seq1  TATACATGTATTATACACAAGAAAGAAATACAAAATGCCCATCTCTGCAT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATGTATTATACACAAGAAAGAAATACAAAATGCCCATCTCTGCAT  593

seq1  GTTTGTTAAGTTAGCTTGTAGGAAAAAGAATAGAAAATAAGCTTAATAAA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTAAGTTAGCTTGTAGGAAAAAGAATAGAAAATAAGCTTAATAAA  643

seq1  AACAGCTTAATATGAATAAACGCAAGGAAACTGAGAGGTTTTATGCTGCT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTTAATATGAATAAACGCAAGGAAACTGAGAGGTTTTATGCTGCT  693

seq1  TGAGGAGTGAGAAAGAATTGACATTGAAAATAGCATGGATCCTGCCCTAA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGTGAGAAAGAATTGACATTGAAAATAGCATGGATCCTGCCCTAA  743

seq1  GTCTTTATTATCCTCACTCAAATCAAATTTTCTTTATTTCTATGTTCATG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTATTATCCTCACTCAAATCAAATTTTCTTTATTTCTATGTTCATG  793

seq1  TTCACCAACCTTCCAGATATAGCTTTATTTATTCATTGGGAATCCCATGC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCAACCTTCCAGATATAGCTTTATTTATTCATTGGGAATCCCATGC  843

seq1  ATGTATACAGTGCAGTTTGATTATATCCACACTGTCACCCCTCCAACTTC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATACAGTGCAGTTTGATTATATCCACACTGTCACCCCTCCAACTTC  893

seq1  TCCAAGACAGCCCTCCCTCTGTGCCTCCCTTCCAAATTCATATACACTTT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGACAGCCCTCCCTCTGTGCCTCCCTTCCAAATTCATATACACTTT  943

seq1  TTGTAAAAAGTTTAAACACTGTTCCCGTGCCCTGTGTGCTCCTGGCCCAT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAAAGTTTAAACACTGTTCCCGTGCCCTGTGTGCTCCTGGCCCAT  993

seq1  CCCACCTTGTACAGTTATTGAAGAGAAAGTGGATCCCAGATATCTCTAAA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTTGTACAGTTATTGAAGAGAAAGTGGATCCCAGATATCTCTAAA  1043

seq1  CAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGATACATTTGTACAACGGAGTACAAC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGATACATTTGTACAACGGAGTACAAC  1093

seq1  TCAGCTATTAAAAACAATGAATTC  1115
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTATTAAAAACAATGAATTC  1117


seq1: chr6_46203062_46203946
seq2: B6Ng01-187K11.g_63_947

seq1  GAATTCAGAGAGGAAAAGGAAAGCCATTCATAAGAAGTGCTGAAATGTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGAGGAAAAGGAAAGCCATTCATAAGAAGTGCTGAAATGTAA  50

seq1  AGATGTATGCACTCATGAGTCACTGCAGCGAGGACTGGAAAGAGAATTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTATGCACTCATGAGTCACTGCAGCGAGGACTGGAAAGAGAATTAC  100

seq1  TGCAGGCTGGTTAAAAGGGCTTCAAAAAATAGGACCTTTAAACTCCAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGCTGGTTAAAAGGGCTTCAAAAAATAGGACCTTTAAACTCCAGAG  150

seq1  GAACACCAGCCTCAGATCATAGAGAGAGGGAATCCTGAAAAGGAGTTTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACCAGCCTCAGATCATAGAGAGAGGGAATCCTGAAAAGGAGTTTAC  200

seq1  AGGCCCACAACTGGCTGACCAGAGATCATTTAAATGACAATAGGAAACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCACAACTGGCTGACCAGAGATCATTTAAATGACAATAGGAAACCT  250

seq1  GTGTATATGAGGCATAGCAGCTCTGGAAAAACAGGCTTTTCATTCATTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATATGAGGCATAGCAGCTCTGGAAAAACAGGCTTTTCATTCATTTG  300

seq1  ATTATCCAATCTTTCAACAATCATTTAATTGTTATCTGCAGTGTCTGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCCAATCTTTCAACAATCATTTAATTGTTATCTGCAGTGTCTGTCT  350

seq1  TCATAAAGAGGACAAAGCTTTTTTAAAACTATATATTTCTCAGTCCAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAAGAGGACAAAGCTTTTTTAAAACTATATATTTCTCAGTCCAATG  400

seq1  GTTGGCTGTGAGCATCCTCCTCTGTATTTGTCAGGCTCTGGCAGAGCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCTGTGAGCATCCTCCTCTGTATTTGTCAGGCTCTGGCAGAGCCTC  450

seq1  TCAGGAGACAGTCACATCAGGCTTCCATCAGCAAGCACTTCCTAGCAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGACAGTCACATCAGGCTTCCATCAGCAAGCACTTCCTAGCAGCC  500

seq1  ACAACAGTGTCCAGGTTTGGTGACTGTATATGGGAGGGATCCCTAGGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGTGTCCAGGTTTGGTGACTGTATATGGGAGGGATCCCTAGGTGG  550

seq1  GGCAGTCTCTGGATAGCCTTCCTTCAGTCTCTGCTCCACACTTTGTCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTCTCTGGATAGCCTTCCTTCAGTCTCTGCTCCACACTTTGTCTCC  600

seq1  ATATTTCCTCCTGTGAGTATTTTATTCATTTCCTGGATGGAAGAGTTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCCTCCTGTGAGTATTTTATTCATTTCCTGGATGGAAGAGTTGGT  650

seq1  GAAGGGACTGAAGGAGCTAATGGAGTTTCTAGCCCCATGGGGGGAGCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGACTGAAGGAGCTAATGGAGTTTCTAGCCCCATGGGGGGAGCAAC  700

seq1  AGTGTTAACAGGCCAGACCCTCACCCCCCACCCCTGGAACCCCTGGGTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTAACAGGCCAGACCCTCACCCCCCACCCCTGGAACCCCTGGGTAC  750

seq1  TGAACTACCAACCAAAGAATACACATAGAGGGACTCATAGCGCTGGCCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTACCAACCAAAGAATACACATAGAGGGACTCATAGCGCTGGCCCC  800

seq1  ATATGTGGGAGAGGGTGGCCTTGTTGGACATCTGTGGGAGAAGAGGCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGGGAGAGGGTGGCCTTGTTGGACATCTGTGGGAGAAGAGGCCCT  850

seq1  TGGGCCTGTGGGTGTTCGATGCCAGTATAGGGGAA  885
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTGTGGGTGTTCGATGCCAGTATAGGGGAA  885


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |