BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188C01
Chromosome6 (Build37)
Map Location 147,967,822 - 148,101,284
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMlstd1
Upstream genePpfibp1, 2210417D09Rik, Mrps35, EG545893, Klhdc5, EG665288, LOC100039641, Pthlh, EG622129, Ccdc91, LOC100039712, LOC100039727, LOC100039736
Downstream geneErgic2, Tmtc1, 1110033J19Rik, EG622319, LOC100042984, LOC665372, Ipo8, Caprin2, EG665395, Tera, LOC667138, D030011O10Rik, 4833442J19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188C01.bB6Ng01-188C01.g
ACCGA012515GA012516
length1,0871,098
definitionB6Ng01-188C01.b B6Ng01-188C01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(147,967,822 - 147,968,905)(148,100,176 - 148,101,284)
sequence
gaattcaataaattttttacattatgtttcagacaacagctagtgtttga
ccacacatgcttgtgacatcttagggcaaagaccataattaacatgggat
gaaagtcataaagatgcatggccagaaattgccttcctgtgaagttttaa
ccatttccatgaggtatccctgagttatttgttagtcttgtttgtcttaa
tagctgggtttgcttcaggacctatttaaattcttcacctgaagtgtgtc
tctcatcctgtctagcaaggaggaggagaatactcaaagaagagagcacc
ccagggcaggagagcagcatacatgccatggcatgctgggaaatgtccct
atctgagtcaatgtggagataacacacagcaaaggtgaatgagctgattg
gaggcttgggcatttctggtactcatgcaattgcgggctatagattatga
tgtcatcactaatgagaagacagagagggtgggaacagaggcaaaagggc
actgatggacacttagaaatggatggaaaacagaatagatacagggctgg
acagagatgcctcagcagttaagagcgcatgctgcttttgcagaggactg
agctcagttctcagcatccacaccagggggctcgcaatcacctgtatatt
cagatccaggggatctgacacctctgcatgcacataattttttttctttt
ccattttttattaggtatttagctcatttacatttccaatgctataccaa
aagtccccgatacccacccacccacactcccctacccacccactccccct
ttttggccctggcgttcccctgtactggggcatataaagtttgcgtgtcc
aatgggcctctctttccagtgatggccgactaggccatcttttgatacat
atgcagctagagtcaagagctccggggtactgggttagttcataatgttg
ttccacctatagggttgcagatcctttagctccttgagtactttctctag
ctcctccattggggagccctgtatccatccatagatgactgttgagcatc
cacttctgttgttttgctaggccctgggcatagtctc
gaattcagttctgggtcttgaatcaagcagatgggcccttttcctggtac
cacagttaaggaagaggtaccactataagatgaaagcttagtgacaaatg
ccaattccatattgaacatgctctggggctttctaccgatgtacccacct
cccccaacaagcctgaagcaggctgagccagaccttgactttgcttatca
ctaaggagatcacctagggtggagcctgcctccctggatcactctattgt
tcagccattgccactgctgctacctgctgggagtcggctgttcctaagcc
tacacctggtcacctgcagatgatttggcgggaatgggcttcccctctcc
tttataaagtgtgtctgccattaaaaatttgagtcttgatcagaatactg
tcttggctccatttctctctctacccgcctagattccctcttttctttca
gttccaagatgcctcccaggctcgaacccagacatgagagccgcaggtcg
tccccaacagcggaggacctgggtattatcaaaccacgtgtgccttttct
tcagctctcctgaggaaccagtaatttgaaatgttcccttgtactagttc
ctctaaatggcctccattttgaggatttttaagtgacaggtaaaaacatc
agcaagagagacagaaatgaagggaatgagctcccaatttagctgaagct
tttcaaaagaagtgtattttaaatacaagtacaatactgcatgaaattat
atactggcagatttaccatctaacagtcattttgtgtgatttttaaatgt
agagtttaaaagacacaaagctcaagttgttggagcaaaataagaagcag
agaacagaaataaacttctgagactagaacgatgtcctatgaagaaagtg
gttttttgtttatcatcatctcatcatcatcaccaccaccaacaaacaga
ttaggagaccacttcagctaaggtaggaagtctgtcctagcagaatccat
cacagatcatctctgctggatgttagagattagatctcccaaactgttat
tgtcagcaatagccacgacttaattagtttgctcatcatcacactgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_147967822_147968905
seq2: B6Ng01-188C01.b_45_1131

seq1  GAATTCAATAAATTTTTTACATTATGTTTCAGACAACAGCTAGTGTTTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAAATTTTTTACATTATGTTTCAGACAACAGCTAGTGTTTGA  50

seq1  CCACACATGCTTGTGACATCTTAGGGCAAAGACCATAATTAACATGGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACATGCTTGTGACATCTTAGGGCAAAGACCATAATTAACATGGGAT  100

seq1  GAAAGTCATAAAGATGCATGGCCAGAAATTGCCTTCCTGTGAAGTTTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCATAAAGATGCATGGCCAGAAATTGCCTTCCTGTGAAGTTTTAA  150

seq1  CCATTTCCATGAGGTATCCCTGAGTTATTTGTTAGTCTTGTTTGTCTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTCCATGAGGTATCCCTGAGTTATTTGTTAGTCTTGTTTGTCTTAA  200

seq1  TAGCTGGGTTTGCTTCAGGACCTATTTAAATTCTTCACCTGAAGTGTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGGTTTGCTTCAGGACCTATTTAAATTCTTCACCTGAAGTGTGTC  250

seq1  TCTCATCCTGTCTAGCAAGGAGGAGGAGAATACTCAAAGAAGAGAGCACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATCCTGTCTAGCAAGGAGGAGGAGAATACTCAAAGAAGAGAGCACC  300

seq1  CCAGGGCAGGAGAGCAGCATACATGCCATGGCATGCTGGGAAATGTCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCAGGAGAGCAGCATACATGCCATGGCATGCTGGGAAATGTCCCT  350

seq1  ATCTGAGTCAATGTGGAGATAACACACAGCAAAGGTGAATGAGCTGATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGTCAATGTGGAGATAACACACAGCAAAGGTGAATGAGCTGATTG  400

seq1  GAGGCTTGGGCATTTCTGGTACTCATGCAATTGCGGGCTATAGATTATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTGGGCATTTCTGGTACTCATGCAATTGCGGGCTATAGATTATGA  450

seq1  TGTCATCACTAATGAGAAGACAGAGAGGGTGGGAACAGAGGCAAAAGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATCACTAATGAGAAGACAGAGAGGGTGGGAACAGAGGCAAAAGGGC  500

seq1  ACTGATGGACACTTAGAAATGGATGGAAAACAGAATAGATACAGGGCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATGGACACTTAGAAATGGATGGAAAACAGAATAGATACAGGGCTGG  550

seq1  ACAGAGATGCCTCAGCAGTTAAGAGCGCATGCTGCTTTTGCAGAGGACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGATGCCTCAGCAGTTAAGAGCGCATGCTGCTTTTGCAGAGGACTG  600

seq1  AGCTCAGTTCTCAGCATCCACACCAGGGGGCTCGCAATCACCTGTATATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGTTCTCAGCATCCACACCAGGGGGCTCGCAATCACCTGTATATT  650

seq1  CAGATCCAGGGGATCTGACACCTCTGCATGCACATAATTTTTTTTCTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCCAGGGGATCTGACACCTCTGCATGCACATAATTTTTTTTCTTTT  700

seq1  CCATTTTTTATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAATGCTATACCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTTTATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAATGCTATACCAA  750

seq1  AAGTCCCCGATACCCACCCACCCACACTCCCCTACCCACCCACTCCCCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCCCGATACCCACCCACCCACACTCCCCTACCCACCCACTCCCCCT  800

seq1  TTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCGTGTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCGTGTCC  850

seq1  AATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTTGATACAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTTGATACAT  900

seq1  ATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACT-GGTTAGTTCATAATGTTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTGGGTTAGTTCATAATGTTG  950

seq1  TTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCTTTTAGCTCCTTGAGTACTTTCTCTA  999
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACCTATAGGGTTGCAGATCC-TTTAGCTCCTTGAGTACTTTCTCTA  999

seq1  GCTCCTCCATT-GGGAGCCCTGTAATCCATCCATTAGATGACTG-TGAGC  1047
      ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||
seq2  GCTCCTCCATTGGGGAGCCCTGT-ATCCATCCA-TAGATGACTGTTGAGC  1047

seq1  ATCCACTTCTGT--GTTTGCTAGGCCC-CGGCATAGTCTC  1084
      ||||||||||||   ||||||||||||  |||||||||||
seq2  ATCCACTTCTGTTGTTTTGCTAGGCCCTGGGCATAGTCTC  1087

seq1: chr6_148100176_148101284
seq2: B6Ng01-188C01.g_64_1161 (reverse)

seq1  TACAGTTGTGATGATGAGCAAACTTATATAAGTCCGTTGCTA-TGCTGGA  49
      ||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||| |||| |||| ||
seq2  TACAG-TGTGATGATGAGCAAACTAAT-TAAGT-CGTGGCTATTGCT-GA  46

seq1  CAATAACAGGTTTGGGAAGAATCTAATTCTTCTAACATCCAGCAGAGGAT  99
      |||||||| ||||||||   |||||||   |||||||||||||||| |||
seq2  CAATAACA-GTTTGGGA--GATCTAAT--CTCTAACATCCAGCAGA-GAT  90

seq1  GATCTGTGGATGGATTCTGCTAGGACAGACTTTCCTACCTTAGCTGAAGT  149
      ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GATCTGT-GATGGATTCTGCTAGGACAGAC-TTCCTACCTTAGCTGAAGT  138

seq1  GGTCT-CTAATCTGTTTTGTTGGTGGTGGTGATGATGATGAGATGATGAT  198
      ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCCTAATCTG-TTTGTTGGTGGTGGTGATGATGATGAGATGATGAT  187

seq1  AAACAAAAAACCACTTTCTTCATAGGACATCGTTCTAGTCTCAGAAGTTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAAACCACTTTCTTCATAGGACATCGTTCTAGTCTCAGAAGTTT  237

seq1  ATTTCTGTTCTCTGCTTCTTATTTTGCTCCAACAACTTGAGCTTTGTGTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGTTCTCTGCTTCTTATTTTGCTCCAACAACTTGAGCTTTGTGTC  287

seq1  TTTTAAACTCTACATTTAAAAATCACACAAAATGACTGTTAGATGGTAAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAACTCTACATTTAAAAATCACACAAAATGACTGTTAGATGGTAAA  337

seq1  TCTGCCAGTATATAATTTCATGCAGTATTGTACTTGTATTTAAAATACAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCAGTATATAATTTCATGCAGTATTGTACTTGTATTTAAAATACAC  387

seq1  TTCTTTTGAAAAGCTTCAGCTAAATTGGGAGCTCATTCCCTTCATTTCTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTGAAAAGCTTCAGCTAAATTGGGAGCTCATTCCCTTCATTTCTG  437

seq1  TCTCTCTTGCTGATGTTTTTACCTGTCACTTAAAAATCCTCAAAATGGAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTTGCTGATGTTTTTACCTGTCACTTAAAAATCCTCAAAATGGAG  487

seq1  GCCATTTAGAGGAACTAGTACAAGGGAACATTTCAAATTACTGGTTCCTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTTAGAGGAACTAGTACAAGGGAACATTTCAAATTACTGGTTCCTC  537

seq1  AGGAGAGCTGAAGAAAAGGCACACGTGGTTTGATAATACCCAGGTCCTCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGCTGAAGAAAAGGCACACGTGGTTTGATAATACCCAGGTCCTCC  587

seq1  GCTGTTGGGGACGACCTGCGGCTCTCATGTCTGGGTTCGAGCCTGGGAGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGGGGACGACCTGCGGCTCTCATGTCTGGGTTCGAGCCTGGGAGG  637

seq1  CATCTTGGAACTGAAAGAAAAGAGGGAATCTAGGCGGGTAGAGAGAGAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTGGAACTGAAAGAAAAGAGGGAATCTAGGCGGGTAGAGAGAGAAA  687

seq1  TGGAGCCAAGACAGTATTCTGATCAAGACTCAAATTTTTAATGGCAGACA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCCAAGACAGTATTCTGATCAAGACTCAAATTTTTAATGGCAGACA  737

seq1  CACTTTATAAAGGAGAGGGGAAGCCCATTCCCGCCAAATCATCTGCAGGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTATAAAGGAGAGGGGAAGCCCATTCCCGCCAAATCATCTGCAGGT  787

seq1  GACCAGGTGTAGGCTTAGGAACAGCCGACTCCCAGCAGGTAGCAGCAGTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGGTGTAGGCTTAGGAACAGCCGACTCCCAGCAGGTAGCAGCAGTG  837

seq1  GCAATGGCTGAACAATAGAGTGATCCAGGGAGGCAGGCTCCACCCTAGGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGGCTGAACAATAGAGTGATCCAGGGAGGCAGGCTCCACCCTAGGT  887

seq1  GATCTCCTTAGTGATAAGCAAAGTCAAGGTCTGGCTCAGCCTGCTTCAGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCCTTAGTGATAAGCAAAGTCAAGGTCTGGCTCAGCCTGCTTCAGG  937

seq1  CTTGTTGGGGGAGGTGGGTACATCGGTAGAAAGCCCCAGAGCATGTTCAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGGGGGAGGTGGGTACATCGGTAGAAAGCCCCAGAGCATGTTCAA  987

seq1  TATGGAATTGGCATTTGTCACTAAGCTTTCATCTTATAGTGGTACCTCTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAATTGGCATTTGTCACTAAGCTTTCATCTTATAGTGGTACCTCTT  1037

seq1  CCTTAACTGTGGTACCAGGAAAAGGGCCCATCTGCTTGATTCAAGACCCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAACTGTGGTACCAGGAAAAGGGCCCATCTGCTTGATTCAAGACCCA  1087

seq1  GAACTGAATTC  1109
      |||||||||||
seq2  GAACTGAATTC  1098