BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189J24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 115,853,906 - 115,854,938
singlet/doubletsinglet
Overlap geneIft122
Upstream geneVgll4, 1500001M20Rik, LOC100043420, Syn2, Timp4, Pparg, Tsen2, 2510049J12Rik, Mkrn2, Raf1, LOC100043759, D830050J10Rik, Tmem40, EG620848, Cand2, Rpl32, BC060267, Mbd4
Downstream geneRho, H1foo, Plxnd1, Tmcc1, LOC100043425, EG666634, EG666648, D6Wsu116e, Anubl1, March8, Alox5, LOC100043432, Olfr211, Olfr212, Olfr213, EG434080, Olfr214, Olfr215, Zfp422, Rassf4, 8430408G22Rik, C230095G01Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189J24.b
ACCGA013598
length1,059
definitionB6Ng01-189J24.b
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattccactgctttgtgaccccagcaccagcagtgttgtagagaaggaa
ggtaagatgcacaacaggtaacggtcaaggtcacacaaagctcgctcttc
ataacgtgtgacgcagagttcctaacacacacctggtgtgcacatacgtg
tgtacatgcaagcgcatgcacactggagcctccccacaccttccgcctgt
gttagtctaaagctccagtatttgtaaacacttgccagcactcagcccct
cagccccagcagttgccgtttgcttgtttcctatcaagtacatcacactg
gagggggatgagacatggaatcaaacttctcgacaagctggtacaagttt
ccgcagctggagacaacatgcctcagcagtgacaggaatcatttttaaac
cttcacatagtgcaggctaatcaaccaaataagctgacatctaaaacttg
tgagtgaactgaacttttgtagtgagataggtgtcagttgtggggaatgt
gggccacagaagcgcatgtttgtaaaggactgtcaatatggaaggattat
tctgccaccaggatgctatcatcccaggtatgcaacaggaacccactgag
gcacacagctccctggttaatgctggctccccagaatccagaagctgagg
cctcaggacagtcataagagatcaatttgagtgttctctgcttgtcctca
gagacagtttccttaagcacaatttctcagctcacagatcataagcaaaa
gtggacctttttgaactaagacatacaaatgggaagtcagtgtcctctct
ggccagttacttctgtgcagggaaaagtgatgttcttgttaaatcttgga
tgaagacctcaatggctaacacccaagcccttggttgagcatcgttccct
gagaagccagcagcatgatgcaatgacagccaagcagtcctttgcccacc
tggtgtgggggagaaaggtacagtgtagggctcactagtgccaaacgtgc
taaatcttagggtatagctagggtaagtgctctgaatttcccccttgggg
tttttgaac
quality valuesOpen.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_115853906_115854938
seq2: B6Ng01-189J24.b_49_1107 (reverse)

seq1  GTTC-AAAACCCCA---GGGGAACTCAGA-CGCTT-CCCTTGCTCT-CCC  43
      |||| |||||||||   ||| || ||||| | ||| |||| ||| | |||
seq2  GTTCAAAAACCCCAAGGGGGAAATTCAGAGCACTTACCCTAGCTATACCC  50

seq1  TAAGCTTTGGCACGTTT-GCCCT-GTGAGCCCT-CCCTGT-CCCTTCT-C  88
      |||| ||| |||||||| || || ||||||||| | |||| || |||| |
seq2  TAAGATTTAGCACGTTTGGCACTAGTGAGCCCTACACTGTACCTTTCTCC  100

seq1  CCCACA-CAGGTGGGC-AAGGGCTGCTTGGCTGTCATTGCCTCATGCTGC  136
      |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCCACACCAGGTGGGCAAAGGACTGCTTGGCTGTCATTGCATCATGCTGC  150

seq1  TGGC-TCTCAGGG-ACGATGCTCA--CCAGGGCTT-GGTGTTAGCCATTG  181
      |||| |||||||| ||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||
seq2  TGGCTTCTCAGGGAACGATGCTCAACCAAGGGCTTGGGTGTTAGCCATTG  200

seq1  AGGTCTTCATCC-AGATTTA--CAGAACATCACTTTTCCCTGCACAGAAG  228
      |||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTTCATCCAAGATTTAACAAGAACATCACTTTTCCCTGCACAGAAG  250

seq1  TAACTGGCCAGAGAGGACACTGACTTCCCATTTGTATGTCTTAGTTC-AA  277
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TAACTGGCCAGAGAGGACACTGACTTCCCATTTGTATGTCTTAGTTCAAA  300

seq1  AAGGTCCACTTTTGCTTATGATCTGTGAGCTGAG-AATTGTGCTTAAGG-  325
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| 
seq2  AAGGTCCACTTTTGCTTATGATCTGTGAGCTGAGAAATTGTGCTTAAGGA  350

seq1  AACTGTCTCTGAGGACAAGCAGAGAACACTC-AATTGATCTCTTATGACT  374
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCTCTGAGGACAAGCAGAGAACACTCAAATTGATCTCTTATGACT  400

seq1  GTCCTGAGGCCTCAGCTTCTGGATTCTGGGGAGCCAGCATTAACCAGGGA  424
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGAGGCCTCAGCTTCTGGATTCTGGGGAGCCAGCATTAACCAGGGA  450

seq1  GCTGTGTGCCTCAGTGGGTTCCTGTTGCATACCTGGGATGATAGCATCCT  474
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTGCCTCAGTGGGTTCCTGTTGCATACCTGGGATGATAGCATCCT  500

seq1  GGTGGCAGAATAATCCTTCCATATTGACAGTCCTTTACAAACATGCGCTT  524
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCAGAATAATCCTTCCATATTGACAGTCCTTTACAAACATGCGCTT  550

seq1  CTGTGGCCCACATTCCCCACAACTGACACCTATCTCACTACAAAAGTTCA  574
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCCCACATTCCCCACAACTGACACCTATCTCACTACAAAAGTTCA  600

seq1  GTTCACTCACAAGTTTTAGATGTCAGCTTATTTGGTTGATTAGCCTGCAC  624
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACTCACAAGTTTTAGATGTCAGCTTATTTGGTTGATTAGCCTGCAC  650

seq1  TATGTGAAGGTTTAAAAATGATTCCTGTCACTGCTGAGGCATGTTGTCTC  674
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGAAGGTTTAAAAATGATTCCTGTCACTGCTGAGGCATGTTGTCTC  700

seq1  CAGCTGCGGAAACTTGTACCAGCTTGTCGAGAAGTTTGATTCCATGTCTC  724
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCGGAAACTTGTACCAGCTTGTCGAGAAGTTTGATTCCATGTCTC  750

seq1  ATCCCCCTCCAGTGTGATGTACTTGATAGGAAACAAGCAAACGGCAACTG  774
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCCTCCAGTGTGATGTACTTGATAGGAAACAAGCAAACGGCAACTG  800

seq1  CTGGGGCTGAGGGGCTGAGTGCTGGCAAGTGTTTACAAATACTGGAGCTT  824
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGCTGAGGGGCTGAGTGCTGGCAAGTGTTTACAAATACTGGAGCTT  850

seq1  TAGACTAACACAGGCGGAAGGTGTGGGGAGGCTCCAGTGTGCATGCGCTT  874
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTAACACAGGCGGAAGGTGTGGGGAGGCTCCAGTGTGCATGCGCTT  900

seq1  GCATGTACACACGTATGTGCACACCAGGTGTGTGTTAGGAACTCTGCGTC  924
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTACACACGTATGTGCACACCAGGTGTGTGTTAGGAACTCTGCGTC  950

seq1  ACACGTTATGAAGAGCGAGCTTTGTGTGACCTTGACCGTTACCTGTTGTG  974
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGTTATGAAGAGCGAGCTTTGTGTGACCTTGACCGTTACCTGTTGTG  1000

seq1  CATCTTACCTTCCTTCTCTACAACACTGCTGGTGCTGGGGTCACAAAGCA  1024
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTACCTTCCTTCTCTACAACACTGCTGGTGCTGGGGTCACAAAGCA  1050

seq1  GTGGAATTC  1033
      |||||||||
seq2  GTGGAATTC  1059