BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-194J07
Chromosome6 (Build37)
Map Location 106,394,061 - 106,534,253
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntn4
Upstream geneLOC100043716, LOC100043350
Downstream geneIl5ra, Trnt1, Crbn, Ppia-ps6_1128.1, Lrrn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-194J07.bB6Ng01-194J07.g
ACCGA017234GA017235
length1,1601,017
definitionB6Ng01-194J07.b B6Ng01-194J07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,394,061 - 106,395,213)(106,533,248 - 106,534,253)
sequence
gaattcaggtcattatacttgatgaacaagctgtctcagcttctaacccc
tctccttgccataggtcccaatttcacttcattctaaaacttgaacaata
ataccatggcttttcattccactgttattgatatctatggtatctactta
ttgatccttgtatgttgaatcataacacataattaacttacgcctgatgg
aatcttgcatttgcttgccgtgatttgaacaactgactacatttctcaga
aagtaatccttctactttaaaaacaacaacaacaacaacaaaaaaaaaac
caaaacaaaacaaaacatgtcctgtcctttcttgcaggctctgatgttct
cccataacttggctcaaaatgtgactctcaattcttcatacagtattaat
ccagcagaacagaattcacctttgtcctataaacgcgaatgttaatagtg
tagggagatacagaaaatatggtattaattcacacaactaaagctttaga
aacatatcttttattaactttatttcgtcatttttatgtgcttaagcata
aagtcaacgaatgacttcttaaaatatatatggcttttgacttaaccctc
atgtaacaactcaaaggcaggcatagacttttcagctaagtctcccgagt
gattcatctagggttcacatctattattaacacgaagtggctgtgctctg
ttgtagctttattaaaatgctgatttagccatttctcttagatttgagag
ttgttctctaagactcaaaatgacagttgaggtaaactctgccatagttt
ccatgcttgttaatgaaagtgtacactgttatgtttgcatattctattaa
tggtatctgcattctatttcattttcttatttaaaaataacaggtattat
ataaacataagaggagccatgatcgtgtgtgtgtgtgtgttgctggcaat
tgtacctaactctttgaacatgcaagggcaaactgctctgccaatgaact
aatattcccagcttccaggaatatttaagtatttaaaaatattttgaata
atgttgaacctttttttacacctttttttattaaaataatttttcttcat
tacatttcaaatgctatccaaagcttcttatgccctctccctggccatag
ctcccaaaca

gaattcatgtcatctaaatcaataggcccaatgaagcttgactgtctccc
tctcttttcaaggaggaggaagacagtttatatattgcagttgcgacctt
tttttcctgagatggatagcaaagactcaagtagatgttgaacaggtcat
tcatatagtaccctggagttctagggagaattcttggttggaaatacaaa
cttggacgtttttaagatttacaaatgttagaaattgatggactcagtga
aggtatccaagaagaagggccatgaaaagatgaaatgcagcccaaatgat
gggtcctgatttagttcagaggttatggaaaggggaatcatacaatagac
atattggaaagtagctagtgtccagggctgcgataggggaacataggaga
aggaaaaccagacaagtaaagggtcctggatagcaagtgggatatgagaa
gcaggaagtggtccactctgtctgtcaaacattattcaaaggccaggagc
caaaagtggtcattcgccttgataacccagtgatagttaaacttaccaag
aatgggttaggacaatggcagaaagggttgatggatggttagggaaatgg
agatatagtagaaccattcacagcagtggatatatagtaggtacatagag
gatacgttttaggaagatcaacctggtgaaataaaatctgaacaagtaga
gtttaagataacgtggtttgcctggcatagggaatggactacagataatt
ctattgattattttccaagatgatttcattatcattcatgggcttcaatc
tcctgtacaggcaaaatgaccacaaaaatagtaaatctggggcaagacta
agatgactatgggataccaattagcttcataataggtacctcagtaaaaa
tctatctgcttctgttatatttaaaaaaatacaaattttctggcagcttt
aatattttctctactaagcttactgtgtaccactagtcagaaaaactcta
ccaactggaaagtcctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_106394061_106395213
seq2: B6Ng01-194J07.b_46_1205

seq1  GAATTCAGGTCATTATACTTGATGAACAAGCTGTCTCAGCTTCTAACCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTCATTATACTTGATGAACAAGCTGTCTCAGCTTCTAACCCC  50

seq1  TCTCCTTGCCATAGGTCCCAATTTCACTTCATTCTAAAACTTGAACAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTGCCATAGGTCCCAATTTCACTTCATTCTAAAACTTGAACAATA  100

seq1  ATACCATGGCTTTTCATTCCACTGTTATTGATATCTATGGTATCTACTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCATGGCTTTTCATTCCACTGTTATTGATATCTATGGTATCTACTTA  150

seq1  TTGATCCTTGTATGTTGAATCATAACACATAATTAACTTACGCCTGATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCCTTGTATGTTGAATCATAACACATAATTAACTTACGCCTGATGG  200

seq1  AATCTTGCATTTGCTTGCCGTGATTTGAACAACTGACTACATTTCTCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTGCATTTGCTTGCCGTGATTTGAACAACTGACTACATTTCTCAGA  250

seq1  AAGTAATCCTTCTACTTTAAAAACAACAACAACAACAACAAAAAAAAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATCCTTCTACTTTAAAAACAACAACAACAACAACAAAAAAAAAAC  300

seq1  CAAAACAAAACAAAACATGTCCTGTCCTTTCTTGCAGGCTCTGATGTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAACAAAACATGTCCTGTCCTTTCTTGCAGGCTCTGATGTTCT  350

seq1  CCCATAACTTGGCTCAAAATGTGACTCTCAATTCTTCATACAGTATTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAACTTGGCTCAAAATGTGACTCTCAATTCTTCATACAGTATTAAT  400

seq1  CCAGCAGAACAGAATTCACCTTTGTCCTATAAACGCGAATGTTAATAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGAACAGAATTCACCTTTGTCCTATAAACGCGAATGTTAATAGTG  450

seq1  TAGGGAGATACAGAAAATATGGTATTAATTCACACAACTAAAGCTTTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAGATACAGAAAATATGGTATTAATTCACACAACTAAAGCTTTAGA  500

seq1  AACATATCTTTTATTAACTTTATTTCGTCATTTTTATGTGCTTAAGCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATCTTTTATTAACTTTATTTCGTCATTTTTATGTGCTTAAGCATA  550

seq1  AAGTCAACGAATGACTTCTTAAAATATATATGGCTTTTGACTTAACCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAACGAATGACTTCTTAAAATATATATGGCTTTTGACTTAACCCTC  600

seq1  ATGTAACAACTCAAAGGCAGGCATAGACTTTTCAGCTAAGTCTCCCGAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACAACTCAAAGGCAGGCATAGACTTTTCAGCTAAGTCTCCCGAGT  650

seq1  GATTCATCTAGGGTTCACATCTATTATTAACACGAAGTGGCTGTGCTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCATCTAGGGTTCACATCTATTATTAACACGAAGTGGCTGTGCTCTG  700

seq1  TTGTAGCTTTATTAAAATGCTGATTTAGCCATTTCTCTTAGATTTGAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGCTTTATTAAAATGCTGATTTAGCCATTTCTCTTAGATTTGAGAG  750

seq1  TTGTTCTCTAAGACTCAAAATGACAGTTGAGGTAAACTCTGCCATAGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTCTAAGACTCAAAATGACAGTTGAGGTAAACTCTGCCATAGTTT  800

seq1  CCATGCTTGTTAATGAAAGTGTACACTGTTATGTTTGCATATTCTATTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTTGTTAATGAAAGTGTACACTGTTATGTTTGCATATTCTATTAA  850

seq1  TGGTATCTGCATTCTATTTCATTTTCTTATTTAAAAATAACAGGTATTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATCTGCATTCTATTTCATTTTCTTATTTAAAAATAACAGGTATTAT  900

seq1  ATAAACATAAGAGGAGCCATGATCGTGTGTGTGTGTGTGTTGCTGGCAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACATAAGAGGAGCCATGATCGTGTGTGTGTGTGTGTTGCTGGCAAT  950

seq1  TGTACCTAACTCTTTGAACATGC-AGGGCAAACTGCTCTGCCAATGAACT  999
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCTAACTCTTTGAACATGCAAGGGCAAACTGCTCTGCCAATGAACT  1000

seq1  -ATATTCCCAGCTTCCAGGATATTTTAAGTAATTTAAAATATTTTGAATA  1048
       |||||||||||||||||||   |||||||| || |||||||||||||||
seq2  AATATTCCCAGCTTCCAGGAATATTTAAGTATTTAAAAATATTTTGAATA  1050

seq1  ATGTTGAA-CTTTTTTTACAC--TTTTTTATT-AGATA--TTTTCTTCAA  1092
      |||||||| ||||||||||||  ||||||||| | |||  |||||||| |
seq2  ATGTTGAACCTTTTTTTACACCTTTTTTTATTAAAATAATTTTTCTTC-A  1099

seq1  TTACATTTCAAATGCTATCCCCAAAGCTTCCTATGCCCTCTCCCT-GCCA  1141
      ||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  TTACATTTCAAATGCTAT--CCAAAGCTTCTTATGCCCTCTCCCTGGCCA  1147

seq1  T-GCTCCCCAACA  1153
      | |||||| ||||
seq2  TAGCTCCCAAACA  1160


seq1: chr6_106533248_106534253
seq2: B6Ng01-194J07.g_67_1083 (reverse)

seq1  AAGGAATTTCCAGTT-GTAGAG-TTTTCTGACTAGTGGTACACAATAAGC  48
      ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAGGACTTTCCAGTTGGTAGAGTTTTTCTGACTAGTGGTACACAGTAAGC  50

seq1  TTAGTAGAG-AAATATT-AAGCTGCCAG-AAATTTTAATTTTTTAAAATA  95
      ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||  ||||||| |||||
seq2  TTAGTAGAGAAAATATTAAAGCTGCCAGAAAATTTGTATTTTTTTAAATA  100

seq1  TAACAGAAGCAGATAGA-TTTTACTGA-GTACCTATTATG-AGCTAATTG  142
      ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  TAACAGAAGCAGATAGATTTTTACTGAGGTACCTATTATGAAGCTAATTG  150

seq1  TTAT-CCATAGTCATCTTAGTCTTGCCCCAGATTTACTATTTTTGTGGTC  191
       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCCATAGTCATCTTAGTCTTGCCCCAGATTTACTATTTTTGTGGTC  200

seq1  ATTTTGCCTGTACA-GAGATTGAAGCCCATGAATGATAATGAAATCATCT  240
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCCTGTACAGGAGATTGAAGCCCATGAATGATAATGAAATCATCT  250

seq1  T-GAAAATAATCAATAGAATTATCTGTAGTCCATTCCCTATGCCAGGCAA  289
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAATAATCAATAGAATTATCTGTAGTCCATTCCCTATGCCAGGCAA  300

seq1  ACCACGTTATCTTAAACTCTACTTGTTCAGATTTTATTTCACCAGGTTGA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACGTTATCTTAAACTCTACTTGTTCAGATTTTATTTCACCAGGTTGA  350

seq1  TCTTCCTAAAACGTATCCTCTATGTACCTACTATATATCCACTGCTGTGA  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTAAAACGTATCCTCTATGTACCTACTATATATCCACTGCTGTGA  400

seq1  ATGGTTCTACTATATCTCCATTTCCCTAACCATCCATCAACCCTTTCTGC  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTCTACTATATCTCCATTTCCCTAACCATCCATCAACCCTTTCTGC  450

seq1  CATTGTCCTAACCCATTCTTGGTAAGTTTAACTATCACTGGGTTATCAAG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTCCTAACCCATTCTTGGTAAGTTTAACTATCACTGGGTTATCAAG  500

seq1  GCGAATGACCACTTTTGGCTCCTGGCCTTTGAATAATGTTTGACAGACAG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAATGACCACTTTTGGCTCCTGGCCTTTGAATAATGTTTGACAGACAG  550

seq1  AGTGGACCACTTCCTGCTTCTCATATCCCACTTGCTATCCAGGACCCTTT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGACCACTTCCTGCTTCTCATATCCCACTTGCTATCCAGGACCCTTT  600

seq1  ACTTGTCTGGTTTTCCTTCTCCTATGTTCCCCTATCGCAGCCCTGGACAC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTCTGGTTTTCCTTCTCCTATGTTCCCCTATCGCAGCCCTGGACAC  650

seq1  TAGCTACTTTCCAATATGTCTATTGTATGATTCCCCTTTCCATAACCTCT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTACTTTCCAATATGTCTATTGTATGATTCCCCTTTCCATAACCTCT  700

seq1  GAACTAAATCAGGACCCATCATTTGGGCTGCATTTCATCTTTTCATGGCC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAAATCAGGACCCATCATTTGGGCTGCATTTCATCTTTTCATGGCC  750

seq1  CTTCTTCTTGGATACCTTCACTGAGTCCATCAATTTCTAACATTTGTAAA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCTTGGATACCTTCACTGAGTCCATCAATTTCTAACATTTGTAAA  800

seq1  TCTTAAAAACGTCCAAGTTTGTATTTCCAACCAAGAATTCTCCCTAGAAC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAAACGTCCAAGTTTGTATTTCCAACCAAGAATTCTCCCTAGAAC  850

seq1  TCCAGGGTACTATATGAATGACCTGTTCAACATCTACTTGAGTCTTTGCT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGTACTATATGAATGACCTGTTCAACATCTACTTGAGTCTTTGCT  900

seq1  ATCCATCTCAGGAAAAAAAGGTCGCAACTGCAATATATAAACTGTCTTCC  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCTCAGGAAAAAAAGGTCGCAACTGCAATATATAAACTGTCTTCC  950

seq1  TCCTCCTTGAAAAGAGAGGGAGACAGTCAAGCTTCATTGGGCCTATTGAT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTTGAAAAGAGAGGGAGACAGTCAAGCTTCATTGGGCCTATTGAT  1000

seq1  TTAGATGACATGAATTC  1006
      |||||||||||||||||
seq2  TTAGATGACATGAATTC  1017


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |